extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/dao/Arraydesign.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2722 02 Oct 14 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.dao;
2722 02 Oct 14 nicklas 2
2722 02 Oct 14 nicklas 3 import java.util.ArrayList;
2722 02 Oct 14 nicklas 4 import java.util.List;
2722 02 Oct 14 nicklas 5
2722 02 Oct 14 nicklas 6 import org.json.simple.JSONObject;
2722 02 Oct 14 nicklas 7
2722 02 Oct 14 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.ArrayDesign;
2722 02 Oct 14 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.DbControl;
2722 02 Oct 14 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.InvalidDataException;
3069 09 Jan 15 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.Item;
2722 02 Oct 14 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
3069 09 Jan 15 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.PlatformVariant;
3069 09 Jan 15 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.Project;
2722 02 Oct 14 nicklas 15 import net.sf.basedb.core.Type;
2722 02 Oct 14 nicklas 16 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
2722 02 Oct 14 nicklas 17 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
2722 02 Oct 14 nicklas 18 import net.sf.basedb.core.query.Orders;
2722 02 Oct 14 nicklas 19 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
2722 02 Oct 14 nicklas 20 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
6819 26 Aug 22 nicklas 21 import net.sf.basedb.util.filter.Filter;
2722 02 Oct 14 nicklas 22
2722 02 Oct 14 nicklas 23 /**
2722 02 Oct 14 nicklas 24   Class for loading information about array designs.
2722 02 Oct 14 nicklas 25   
2722 02 Oct 14 nicklas 26   @author nicklas
2722 02 Oct 14 nicklas 27   @since 2.17
2722 02 Oct 14 nicklas 28 */
2722 02 Oct 14 nicklas 29 public class Arraydesign
2722 02 Oct 14 nicklas 30   extends ReggieItem<ArrayDesign>
2722 02 Oct 14 nicklas 31 {
2722 02 Oct 14 nicklas 32
2722 02 Oct 14 nicklas 33
2722 02 Oct 14 nicklas 34   /**
2722 02 Oct 14 nicklas 35     Find all array design for the given sequencing platform variant.
2722 02 Oct 14 nicklas 36   */
6819 26 Aug 22 nicklas 37   public static List<Arraydesign> findByPlatformVariant(DbControl dc, String variantId, Filter<? super ArrayDesign> filter)
2722 02 Oct 14 nicklas 38   {
2722 02 Oct 14 nicklas 39     ItemQuery<ArrayDesign> query = ArrayDesign.getQuery();
2722 02 Oct 14 nicklas 40     query.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
2722 02 Oct 14 nicklas 41     query.join(Hql.innerJoin("variant", "v"));
2722 02 Oct 14 nicklas 42     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("v", "externalId"), Expressions.string(variantId)));
2722 02 Oct 14 nicklas 43     query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
2722 02 Oct 14 nicklas 44     
2722 02 Oct 14 nicklas 45     List<ArrayDesign> tmp = query.list(dc);
2722 02 Oct 14 nicklas 46     List<Arraydesign> designs = new ArrayList<Arraydesign>(tmp.size());
2722 02 Oct 14 nicklas 47     for (ArrayDesign design : tmp)
2722 02 Oct 14 nicklas 48     {
6819 26 Aug 22 nicklas 49       if (filter == null || filter.evaluate(design))
6819 26 Aug 22 nicklas 50       {
6819 26 Aug 22 nicklas 51         designs.add(new Arraydesign(design));
6819 26 Aug 22 nicklas 52       }
2722 02 Oct 14 nicklas 53     }
2722 02 Oct 14 nicklas 54     return designs;
2722 02 Oct 14 nicklas 55   }
2722 02 Oct 14 nicklas 56   
2722 02 Oct 14 nicklas 57   /**
3069 09 Jan 15 nicklas 58     Get the latest array design that is the project default item with the
3069 09 Jan 15 nicklas 59     given platform variant. In this case, an item with a higher ID is considerd 
3069 09 Jan 15 nicklas 60     later than an item with a lower ID.
6819 26 Aug 22 nicklas 61     @since 3.0, 4.40
3069 09 Jan 15 nicklas 62   */
6819 26 Aug 22 nicklas 63   public static Arraydesign getLatestProjectDefault(DbControl dc, String variantId, Filter<? super ArrayDesign> filter)
3069 09 Jan 15 nicklas 64   {
3069 09 Jan 15 nicklas 65     int projectId = dc.getSessionControl().getActiveProjectId();
3069 09 Jan 15 nicklas 66     ArrayDesign bestMatch = null;
3069 09 Jan 15 nicklas 67     if (projectId != 0)
3069 09 Jan 15 nicklas 68     {
3069 09 Jan 15 nicklas 69       PlatformVariant variant = PlatformVariant.getByExternalId(dc, variantId);
3069 09 Jan 15 nicklas 70       Project p = Project.getById(dc, projectId);
5363 16 Apr 19 nicklas 71       List<ArrayDesign> defaultItems = p.findDefaultItems(dc, Item.ARRAYDESIGN, false);
3069 09 Jan 15 nicklas 72       for (ArrayDesign item : defaultItems)
3069 09 Jan 15 nicklas 73       {
3069 09 Jan 15 nicklas 74         if (!variant.equals(item.getVariant())) continue;
3069 09 Jan 15 nicklas 75
3069 09 Jan 15 nicklas 76         if (bestMatch == null || bestMatch.getId() < item.getId())
3069 09 Jan 15 nicklas 77         {
6819 26 Aug 22 nicklas 78           if (filter == null || filter.evaluate(item))
6819 26 Aug 22 nicklas 79           {
6819 26 Aug 22 nicklas 80             bestMatch = item;
6819 26 Aug 22 nicklas 81           }
3069 09 Jan 15 nicklas 82         }
3069 09 Jan 15 nicklas 83       }
3069 09 Jan 15 nicklas 84     }
3069 09 Jan 15 nicklas 85     return bestMatch == null ? null : new Arraydesign(bestMatch);
3069 09 Jan 15 nicklas 86   }
3069 09 Jan 15 nicklas 87
3069 09 Jan 15 nicklas 88   
3069 09 Jan 15 nicklas 89   /**
2722 02 Oct 14 nicklas 90     Find the array design with the given name.
2722 02 Oct 14 nicklas 91    */
2722 02 Oct 14 nicklas 92   public static Arraydesign findByName(DbControl dc, String name)
2722 02 Oct 14 nicklas 93   {
2722 02 Oct 14 nicklas 94     
2722 02 Oct 14 nicklas 95     ItemQuery<ArrayDesign> query = ArrayDesign.getQuery();
2722 02 Oct 14 nicklas 96     query.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
2722 02 Oct 14 nicklas 97     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("name"), Expressions.parameter("name", name, Type.STRING)));
2722 02 Oct 14 nicklas 98   
2722 02 Oct 14 nicklas 99     List<ArrayDesign> tmp = query.list(dc);
2722 02 Oct 14 nicklas 100     Arraydesign design = null;
2722 02 Oct 14 nicklas 101     
2722 02 Oct 14 nicklas 102     if (tmp.size() > 1)
2722 02 Oct 14 nicklas 103     {
2722 02 Oct 14 nicklas 104       throw new InvalidDataException(
2722 02 Oct 14 nicklas 105         "Found " + tmp.size() + " array designs with the same name (" + name + 
2722 02 Oct 14 nicklas 106         "). This wizard can't be used until that is corrected.");
2722 02 Oct 14 nicklas 107     }
2722 02 Oct 14 nicklas 108     else if (tmp.size() == 1)
2722 02 Oct 14 nicklas 109     {
2722 02 Oct 14 nicklas 110       design = new Arraydesign(tmp.get(0));
2722 02 Oct 14 nicklas 111     }
2722 02 Oct 14 nicklas 112     return design;
2722 02 Oct 14 nicklas 113   }
2722 02 Oct 14 nicklas 114
2722 02 Oct 14 nicklas 115   public static Arraydesign getById(DbControl dc, int arrayDesignId)
2722 02 Oct 14 nicklas 116   {
2722 02 Oct 14 nicklas 117     ArrayDesign design = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
2722 02 Oct 14 nicklas 118     return design == null ? null : new Arraydesign(design);
2722 02 Oct 14 nicklas 119   }
2722 02 Oct 14 nicklas 120   
2722 02 Oct 14 nicklas 121   
2722 02 Oct 14 nicklas 122   private Arraydesign(ArrayDesign design)
2722 02 Oct 14 nicklas 123   {
2722 02 Oct 14 nicklas 124     super(design);
2722 02 Oct 14 nicklas 125   }
2722 02 Oct 14 nicklas 126   
2722 02 Oct 14 nicklas 127   
2722 02 Oct 14 nicklas 128   /**
2722 02 Oct 14 nicklas 129     Get the array design item that represents this in BASE.
2722 02 Oct 14 nicklas 130   */
2722 02 Oct 14 nicklas 131   public ArrayDesign getArrayDesign()
2722 02 Oct 14 nicklas 132   {
2722 02 Oct 14 nicklas 133     return getItem();
2722 02 Oct 14 nicklas 134   }
2722 02 Oct 14 nicklas 135   
2722 02 Oct 14 nicklas 136   @Override
2722 02 Oct 14 nicklas 137   protected void initJSON(JSONObject json)
2722 02 Oct 14 nicklas 138   {
2722 02 Oct 14 nicklas 139     super.initJSON(json);
2722 02 Oct 14 nicklas 140     ArrayDesign ad = getItem();
4667 01 Feb 18 nicklas 141     if (ad.isFileOnlyPlatform())
4667 01 Feb 18 nicklas 142     {
4667 01 Feb 18 nicklas 143       json.put("numFeatures", ad.getNumFileFeatures());
4667 01 Feb 18 nicklas 144     }
4667 01 Feb 18 nicklas 145     else
4667 01 Feb 18 nicklas 146     {
4667 01 Feb 18 nicklas 147       json.put("numFeatures", ad.getNumDbFeatures());
4667 01 Feb 18 nicklas 148     }
2722 02 Oct 14 nicklas 149   }
2722 02 Oct 14 nicklas 150
2722 02 Oct 14 nicklas 151   
2722 02 Oct 14 nicklas 152 }

Generated on Tue Nov 21 03:33:02 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)