extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/dao/FlowThrough.java

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2098 23 Oct 13 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.dao;
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2098 23 Oct 13 nicklas 3 import java.util.ArrayList;
2098 23 Oct 13 nicklas 4 import java.util.Collection;
2098 23 Oct 13 nicklas 5 import java.util.List;
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2098 23 Oct 13 nicklas 7 import org.json.simple.JSONObject;
2098 23 Oct 13 nicklas 8
2098 23 Oct 13 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.DbControl;
2098 23 Oct 13 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.Extract;
2098 23 Oct 13 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
2098 23 Oct 13 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.Type;
2098 23 Oct 13 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
2098 23 Oct 13 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
2917 11 Nov 14 nicklas 15 import net.sf.basedb.core.query.Orders;
2098 23 Oct 13 nicklas 16 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
2098 23 Oct 13 nicklas 17 import net.sf.basedb.reggie.JsonUtil;
2917 11 Nov 14 nicklas 18 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
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2098 23 Oct 13 nicklas 20 /**
2098 23 Oct 13 nicklas 21   Class for loading information that is related to FlowThrough extracts.
2098 23 Oct 13 nicklas 22   
2098 23 Oct 13 nicklas 23   @author nicklas
2098 23 Oct 13 nicklas 24   @since 2.13
2098 23 Oct 13 nicklas 25 */
2098 23 Oct 13 nicklas 26 public class FlowThrough 
2098 23 Oct 13 nicklas 27   extends ReggieItem<Extract>
2098 23 Oct 13 nicklas 28 {
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2098 23 Oct 13 nicklas 31   /**
2098 23 Oct 13 nicklas 32     Find all FlowThrough items by case name. This method will check for {@link Subtype#FLOW_THROUGH}
2098 23 Oct 13 nicklas 33     extracts with a name matching the case name (eg. xxx.d).
2098 23 Oct 13 nicklas 34   */
2098 23 Oct 13 nicklas 35   public static List<FlowThrough> findByCaseName(DbControl dc, String name)
2098 23 Oct 13 nicklas 36   {
2098 23 Oct 13 nicklas 37     // Get rid of suffixes in the name (eg. 'C' which is used for pre-neoadjuvant forms)
2098 23 Oct 13 nicklas 38     if (name.length() > 7) name = name.substring(0, 7);    
2098 23 Oct 13 nicklas 39     
2098 23 Oct 13 nicklas 40     // Look for a flow through with the given name 
2098 23 Oct 13 nicklas 41     ItemQuery<Extract> ftQuery = Extract.getQuery();
2098 23 Oct 13 nicklas 42     Subtype.FLOW_THROUGH.addFilter(dc, ftQuery);
2917 11 Nov 14 nicklas 43     ftQuery.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
2098 23 Oct 13 nicklas 44     ftQuery.restrict(Restrictions.like(Hql.property("name"), Expressions.parameter("name", name+".%", Type.STRING)));
2917 11 Nov 14 nicklas 45     ftQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
2917 11 Nov 14 nicklas 46
2098 23 Oct 13 nicklas 47     List<Extract> tmp = ftQuery.list(dc);
2098 23 Oct 13 nicklas 48     List<FlowThrough> ft = new ArrayList<FlowThrough>(tmp.size());
2098 23 Oct 13 nicklas 49     for (Extract e : tmp)
2098 23 Oct 13 nicklas 50     {
2098 23 Oct 13 nicklas 51       ft.add(new FlowThrough(e));
2098 23 Oct 13 nicklas 52     }
2098 23 Oct 13 nicklas 53     return ft;
2098 23 Oct 13 nicklas 54   }
2098 23 Oct 13 nicklas 55
2098 23 Oct 13 nicklas 56   
2098 23 Oct 13 nicklas 57   /**
2098 23 Oct 13 nicklas 58     Get a FlowThrough extract when the id is known.
2098 23 Oct 13 nicklas 59   */
2098 23 Oct 13 nicklas 60   public static FlowThrough getById(DbControl dc, int id)
2098 23 Oct 13 nicklas 61   {
2098 23 Oct 13 nicklas 62     return new FlowThrough(Extract.getById(dc, id));
2098 23 Oct 13 nicklas 63   }
2098 23 Oct 13 nicklas 64   
2098 23 Oct 13 nicklas 65   public static FlowThrough get(Extract extract)
2098 23 Oct 13 nicklas 66   {
7142 04 May 23 nicklas 67     return extract == null ? null : new FlowThrough(extract);
2098 23 Oct 13 nicklas 68   }
2098 23 Oct 13 nicklas 69   
2098 23 Oct 13 nicklas 70   public static List<FlowThrough> toFlowThrough(Collection<Extract> extracts)
2098 23 Oct 13 nicklas 71   {
2098 23 Oct 13 nicklas 72     List<FlowThrough> ft = new ArrayList<FlowThrough>(extracts.size());
2098 23 Oct 13 nicklas 73     for (Extract e : extracts)
2098 23 Oct 13 nicklas 74     {
2098 23 Oct 13 nicklas 75       ft.add(new FlowThrough(e));
2098 23 Oct 13 nicklas 76     }
2098 23 Oct 13 nicklas 77     return ft;
2098 23 Oct 13 nicklas 78   }
2098 23 Oct 13 nicklas 79   
2098 23 Oct 13 nicklas 80   private JSONObject jsonWell;
2098 23 Oct 13 nicklas 81   
2098 23 Oct 13 nicklas 82   private FlowThrough(Extract extract)
2098 23 Oct 13 nicklas 83   {
2098 23 Oct 13 nicklas 84     super(extract);
2098 23 Oct 13 nicklas 85   }  
2098 23 Oct 13 nicklas 86   
2098 23 Oct 13 nicklas 87   
2098 23 Oct 13 nicklas 88   /**
2098 23 Oct 13 nicklas 89     Get the real extract that represents this FlowThrough item in BASE.
2098 23 Oct 13 nicklas 90   */
2098 23 Oct 13 nicklas 91   public Extract getExtract()
2098 23 Oct 13 nicklas 92   {
2098 23 Oct 13 nicklas 93     return getItem();
2098 23 Oct 13 nicklas 94   }
2098 23 Oct 13 nicklas 95
5133 21 Nov 18 nicklas 96   /**
5133 21 Nov 18 nicklas 97     @since 4.21
5133 21 Nov 18 nicklas 98   */
5133 21 Nov 18 nicklas 99   public Lysate getLysate()
5133 21 Nov 18 nicklas 100   {
5133 21 Nov 18 nicklas 101     Extract ft = getItem();    
5133 21 Nov 18 nicklas 102     Extract lysate = (Extract)ft.getParent();
5133 21 Nov 18 nicklas 103     return lysate == null ? null : Lysate.get(lysate);
5133 21 Nov 18 nicklas 104   }
5133 21 Nov 18 nicklas 105
2098 23 Oct 13 nicklas 106   @Override
2098 23 Oct 13 nicklas 107   protected void initJSON(JSONObject json) 
2098 23 Oct 13 nicklas 108   {
2098 23 Oct 13 nicklas 109     super.initJSON(json);
2098 23 Oct 13 nicklas 110     if (jsonWell != null) json.put("bioWell", jsonWell);
2098 23 Oct 13 nicklas 111     
2098 23 Oct 13 nicklas 112   }
2098 23 Oct 13 nicklas 113   
2098 23 Oct 13 nicklas 114   /**
2098 23 Oct 13 nicklas 115     Load information about the plate and location the current FlowThrough
2098 23 Oct 13 nicklas 116     is located on.
2098 23 Oct 13 nicklas 117   */
2098 23 Oct 13 nicklas 118   public JSONObject loadBioPlateLocation()
2098 23 Oct 13 nicklas 119   {
2098 23 Oct 13 nicklas 120     if (jsonWell == null)
2098 23 Oct 13 nicklas 121     {
2134 11 Nov 13 nicklas 122       jsonWell = JsonUtil.getBioWellAsJSON(getItem().getBioWell(), true);
2098 23 Oct 13 nicklas 123     }
2098 23 Oct 13 nicklas 124     return jsonWell;
2098 23 Oct 13 nicklas 125   }
2098 23 Oct 13 nicklas 126   
2098 23 Oct 13 nicklas 127 }

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