extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/dao/PooledLibrary.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1934 17 Apr 13 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.dao;
1934 17 Apr 13 nicklas 2
1934 17 Apr 13 nicklas 3 import java.util.ArrayList;
1934 17 Apr 13 nicklas 4 import java.util.Collection;
1934 17 Apr 13 nicklas 5 import java.util.List;
1934 17 Apr 13 nicklas 6
2090 21 Oct 13 nicklas 7 import org.json.simple.JSONArray;
1934 17 Apr 13 nicklas 8 import org.json.simple.JSONObject;
1934 17 Apr 13 nicklas 9
1934 17 Apr 13 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.BioPlate;
5452 28 May 19 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.BioPlateType;
1934 17 Apr 13 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.BioWell;
1934 17 Apr 13 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.DbControl;
1934 17 Apr 13 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.Extract;
4883 04 Jul 18 nicklas 15 import net.sf.basedb.core.Include;
1934 17 Apr 13 nicklas 16 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
2052 09 Oct 13 olle 17 import net.sf.basedb.core.Type;
2077 17 Oct 13 nicklas 18 import net.sf.basedb.core.query.Annotations;
2077 17 Oct 13 nicklas 19 import net.sf.basedb.core.query.Expression;
1934 17 Apr 13 nicklas 20 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
1934 17 Apr 13 nicklas 21 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
1934 17 Apr 13 nicklas 22 import net.sf.basedb.core.query.Orders;
1934 17 Apr 13 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
1934 17 Apr 13 nicklas 24 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
1934 17 Apr 13 nicklas 25
1934 17 Apr 13 nicklas 26 /**
1934 17 Apr 13 nicklas 27   Class for loading information that is related to Pooled library extracts.
1934 17 Apr 13 nicklas 28   
1934 17 Apr 13 nicklas 29   @author nicklas
1934 17 Apr 13 nicklas 30   @since 2.12
1934 17 Apr 13 nicklas 31 */
1934 17 Apr 13 nicklas 32 public class PooledLibrary 
1934 17 Apr 13 nicklas 33   extends ReggieItem<Extract>
2041 04 Oct 13 nicklas 34 {  
2041 04 Oct 13 nicklas 35   
2041 04 Oct 13 nicklas 36   /**
2041 04 Oct 13 nicklas 37     Value for the {@link Annotationtype#POOL_MIXING_STRATEGY} annotation 
2041 04 Oct 13 nicklas 38     when the pool should be mixed using the FIXED strategy. This strategy
2041 04 Oct 13 nicklas 39     mixes all libraries to the same volume at the expense of a non-optimal
2041 04 Oct 13 nicklas 40     final pool molarity.
2041 04 Oct 13 nicklas 41     @since 2.13
2041 04 Oct 13 nicklas 42   */
2041 04 Oct 13 nicklas 43   public static final String MIXING_STRATEGY_FIXED = "fixed";
1934 17 Apr 13 nicklas 44
2052 09 Oct 13 olle 45   
1934 17 Apr 13 nicklas 46   /**
2041 04 Oct 13 nicklas 47     Value for the {@link Annotationtype#POOL_MIXING_STRATEGY} annotation 
2041 04 Oct 13 nicklas 48     when the pool should be mixed using the DYNAMIC strategy. This strategy
2041 04 Oct 13 nicklas 49     optimizes the final pool molarity but mixes all libraries to different
2041 04 Oct 13 nicklas 50     volumes.
2041 04 Oct 13 nicklas 51     @since 2.13
2041 04 Oct 13 nicklas 52   */
2041 04 Oct 13 nicklas 53   public static final String MIXING_STRATEGY_DYNAMIC = "dynamic";
2041 04 Oct 13 nicklas 54   
2077 17 Oct 13 nicklas 55   /**
2077 17 Oct 13 nicklas 56     Flag value for the {@link Annotationtype#FLAG} annotation when clustering
2077 17 Oct 13 nicklas 57     a pooled library failed. This flag is normally attached to 'PooledLibrary'
2077 17 Oct 13 nicklas 58     items, but may be found on RNA items if the pool runs out of biomaterial.
2077 17 Oct 13 nicklas 59     @since 2.13
2077 17 Oct 13 nicklas 60   */
2077 17 Oct 13 nicklas 61   public static final String FLAG_CLUSTERING_FAILED = "ClusteringFailed";
2077 17 Oct 13 nicklas 62
2224 12 Feb 14 nicklas 63   /**
2224 12 Feb 14 nicklas 64     Flag value for the {@link Annotationtype#FLAG} annotation when sequencing
2224 12 Feb 14 nicklas 65     a pooled library failed. This flag is normally attached to 'PooledLibrary'
2224 12 Feb 14 nicklas 66     items, but may be found on RNA items if the pool runs out of biomaterial.
2224 12 Feb 14 nicklas 67     @since 2.15
2224 12 Feb 14 nicklas 68   */
2224 12 Feb 14 nicklas 69   public static final String FLAG_SEQUENCING_FAILED = "SequencingFailed";
2052 09 Oct 13 olle 70   
2041 04 Oct 13 nicklas 71   /**
2367 17 Apr 14 nicklas 72     Flag value for the {@link Annotationtype#FLAG} annotation when
2367 17 Apr 14 nicklas 73     a pool has been sequenced but the demux step failed.
2367 17 Apr 14 nicklas 74     @since 2.16
2367 17 Apr 14 nicklas 75   */
2367 17 Apr 14 nicklas 76   public static final String FLAG_DEMUX_FAILED = Rna.FLAG_DEMUX_FAILED;
2367 17 Apr 14 nicklas 77
2367 17 Apr 14 nicklas 78   
2367 17 Apr 14 nicklas 79   /**
5012 05 Oct 18 nicklas 80     Find all pooled library items by case name. This method will check for {@link Subtype#POOLED_LIBRARY}
5012 05 Oct 18 nicklas 81     where at least one of the source items is a {@link Subtype#LIBRARY} with a name matching the case 
5012 05 Oct 18 nicklas 82     name (eg. xxx.r.m.c.lib)
2052 09 Oct 13 olle 83     @since 2.13
2052 09 Oct 13 olle 84    */
2052 09 Oct 13 olle 85   public static List<PooledLibrary> findByCaseName(DbControl dc, String name)
2052 09 Oct 13 olle 86   {
2052 09 Oct 13 olle 87     // Get rid of suffixes in the name (eg. 'C' which is used for pre-neoadjuvant forms)
2052 09 Oct 13 olle 88     if (name.length() > 7) name = name.substring(0, 7);    
2052 09 Oct 13 olle 89
5012 05 Oct 18 nicklas 90     ItemQuery<Extract> poolQuery = Extract.getQuery();
5012 05 Oct 18 nicklas 91     Subtype.POOLED_LIBRARY.addFilter(dc, poolQuery);
5012 05 Oct 18 nicklas 92     poolQuery.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
5012 05 Oct 18 nicklas 93     poolQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
5012 05 Oct 18 nicklas 94     poolQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
5012 05 Oct 18 nicklas 95     poolQuery.join(Hql.innerJoin("src", "bioMaterial", "lib"));
5012 05 Oct 18 nicklas 96     poolQuery.restrict(Restrictions.like(Hql.property("lib", "name"), Expressions.parameter("name", name+".%", Type.STRING)));
5012 05 Oct 18 nicklas 97     poolQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5012 05 Oct 18 nicklas 98     poolQuery.setDistinct(true);
5012 05 Oct 18 nicklas 99     List<Extract> tmp = poolQuery.list(dc);
5012 05 Oct 18 nicklas 100     return toList(tmp);
2052 09 Oct 13 olle 101   }
2052 09 Oct 13 olle 102
2052 09 Oct 13 olle 103
2052 09 Oct 13 olle 104   /**
1934 17 Apr 13 nicklas 105     Get a Library extract when the id is known.
1934 17 Apr 13 nicklas 106   */
1934 17 Apr 13 nicklas 107   public static PooledLibrary getById(DbControl dc, int id)
1934 17 Apr 13 nicklas 108   {
1934 17 Apr 13 nicklas 109     return new PooledLibrary(Extract.getById(dc, id));
1934 17 Apr 13 nicklas 110   }
1934 17 Apr 13 nicklas 111   
2094 21 Oct 13 nicklas 112   /**
6193 30 Mar 21 nicklas 113     @since 4.32
6193 30 Mar 21 nicklas 114   */
6193 30 Mar 21 nicklas 115   public static PooledLibrary get(Extract extract)
6193 30 Mar 21 nicklas 116   {
6193 30 Mar 21 nicklas 117     return new PooledLibrary(extract);
6193 30 Mar 21 nicklas 118   }
6193 30 Mar 21 nicklas 119
6193 30 Mar 21 nicklas 120   
6193 30 Mar 21 nicklas 121   /**
2094 21 Oct 13 nicklas 122     Load pools used on the flow cell.
2094 21 Oct 13 nicklas 123   */
2094 21 Oct 13 nicklas 124   public static List<PooledLibrary> getByFlowCell(DbControl dc, FlowCell flowCell)
2094 21 Oct 13 nicklas 125   {
2094 21 Oct 13 nicklas 126     ItemQuery<Extract> poolQuery = Extract.getQuery();
2094 21 Oct 13 nicklas 127     Subtype.POOLED_LIBRARY.addFilter(dc, poolQuery);
2094 21 Oct 13 nicklas 128     poolQuery.include(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
2094 21 Oct 13 nicklas 129     poolQuery.setDistinct(true);
2094 21 Oct 13 nicklas 130     
2094 21 Oct 13 nicklas 131     // Join intermediate aliquot
2094 21 Oct 13 nicklas 132     poolQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce1"));
2094 21 Oct 13 nicklas 133     poolQuery.join(Hql.innerJoin("cce1", "event", "evt1"));
2094 21 Oct 13 nicklas 134     poolQuery.join(Hql.innerJoin("evt1", "bioMaterial", "pa"));
2094 21 Oct 13 nicklas 135     
2094 21 Oct 13 nicklas 136     // Join flow cell
2094 21 Oct 13 nicklas 137     poolQuery.join(Hql.innerJoin("pa", "childCreationEvents", "cce2"));
2094 21 Oct 13 nicklas 138     poolQuery.join(Hql.innerJoin("cce2", "event", "evt2"));
2094 21 Oct 13 nicklas 139     poolQuery.join(Hql.innerJoin("evt2", "physicalBioAssay", "fc"));
2094 21 Oct 13 nicklas 140     poolQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("fc"), Hql.entity(flowCell.getItem())));
2094 21 Oct 13 nicklas 141     
2094 21 Oct 13 nicklas 142     poolQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
2094 21 Oct 13 nicklas 143     
2094 21 Oct 13 nicklas 144     List<Extract> tmp = poolQuery.list(dc);
2094 21 Oct 13 nicklas 145
2094 21 Oct 13 nicklas 146     return toList(tmp);
2094 21 Oct 13 nicklas 147   }
2094 21 Oct 13 nicklas 148
1934 17 Apr 13 nicklas 149   
1934 17 Apr 13 nicklas 150   public static List<PooledLibrary> toList(Collection<Extract> extracts)
1934 17 Apr 13 nicklas 151   {
1934 17 Apr 13 nicklas 152     List<PooledLibrary> lib = new ArrayList<PooledLibrary>(extracts.size());
1934 17 Apr 13 nicklas 153     for (Extract e : extracts)
1934 17 Apr 13 nicklas 154     {
1934 17 Apr 13 nicklas 155       lib.add(new PooledLibrary(e));
1934 17 Apr 13 nicklas 156     }
1934 17 Apr 13 nicklas 157     return lib;
1934 17 Apr 13 nicklas 158   }
1934 17 Apr 13 nicklas 159   
1934 17 Apr 13 nicklas 160   /**
1934 17 Apr 13 nicklas 161     Generate a sequence of names for the new pools. This method will search all pooled
4883 04 Jul 18 nicklas 162     libraries and find the one with the highest numeric suffix which
4883 04 Jul 18 nicklas 163     is incremented to create the following names.
1934 17 Apr 13 nicklas 164   */
4883 04 Jul 18 nicklas 165   public static List<String> getNextNames(DbControl dc, int numNames)
1934 17 Apr 13 nicklas 166   {
4895 09 Jul 18 nicklas 167     String prefix = Subtype.POOLED_LIBRARY.getItemPrefix();
1934 17 Apr 13 nicklas 168     int numDigitsInName = 4;
1934 17 Apr 13 nicklas 169     ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
1934 17 Apr 13 nicklas 170     Subtype.POOLED_LIBRARY.addFilter(dc, query);
4883 04 Jul 18 nicklas 171     query.include(Include.ALL);
4883 04 Jul 18 nicklas 172     return ReggieItem.getNextItemNames(dc, numNames, query, prefix, numDigitsInName, false);
1934 17 Apr 13 nicklas 173   }
1934 17 Apr 13 nicklas 174
1959 03 May 13 nicklas 175   /**
1959 03 May 13 nicklas 176     Find pooled libraries that have not yet been processed. The query will look for
5434 17 May 19 nicklas 177     extract with the {@link Subtype#POOLED_LIBRARY} subtype for the given pipeline
5434 17 May 19 nicklas 178     that has no 'created' date. The list is sorted by name.
1959 03 May 13 nicklas 179   */
5434 17 May 19 nicklas 180   public static List<PooledLibrary> findUnprocessedPools(DbControl dc, Pipeline pipeline)
1959 03 May 13 nicklas 181   {
1959 03 May 13 nicklas 182     List<PooledLibrary> pools = new ArrayList<PooledLibrary>();
1959 03 May 13 nicklas 183     
5434 17 May 19 nicklas 184     // Create a query that load all PooledLibrary extracts without created date
1959 03 May 13 nicklas 185     ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
1959 03 May 13 nicklas 186     query.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
5434 17 May 19 nicklas 187     // Filter on PooledLibrary subtype
1959 03 May 13 nicklas 188     Subtype.POOLED_LIBRARY.addFilter(dc, query);
5434 17 May 19 nicklas 189     // Filter on pipeline
5434 17 May 19 nicklas 190     if (pipeline != null) pipeline.addFilter(dc, query);
1959 03 May 13 nicklas 191     // Filter on created date
1959 03 May 13 nicklas 192     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("ce", "eventDate"), null));
1959 03 May 13 nicklas 193     
1959 03 May 13 nicklas 194     // Join the creation event and bioplate
1959 03 May 13 nicklas 195     query.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
1959 03 May 13 nicklas 196     
1959 03 May 13 nicklas 197     // Sort by name
1959 03 May 13 nicklas 198     query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
1959 03 May 13 nicklas 199         
1959 03 May 13 nicklas 200     return toList(query.list(dc));
1959 03 May 13 nicklas 201   }
1959 03 May 13 nicklas 202
2020 13 Sep 13 nicklas 203   /**
2020 13 Sep 13 nicklas 204     Find pooled libraries that have not yet been used on a flow cell. The query will 
5434 17 May 19 nicklas 205     look for extracts with the {@link Subtype#POOLED_LIBRARY} subtype for the given
5434 17 May 19 nicklas 206     pipeline that has remaining quantity equal to original quantity. The list is sorted by name.
2020 13 Sep 13 nicklas 207   */
5434 17 May 19 nicklas 208   public static List<PooledLibrary> findUnusedPools(DbControl dc, Pipeline pipeline)
2020 13 Sep 13 nicklas 209   {
2020 13 Sep 13 nicklas 210     List<PooledLibrary> pools = new ArrayList<PooledLibrary>();
2020 13 Sep 13 nicklas 211     
2020 13 Sep 13 nicklas 212     // Create a query that load all Lysate extracts without created date
2020 13 Sep 13 nicklas 213     ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
2020 13 Sep 13 nicklas 214     query.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
2077 17 Oct 13 nicklas 215     // Filter on Pooled library subtype
2020 13 Sep 13 nicklas 216     Subtype.POOLED_LIBRARY.addFilter(dc, query);
5434 17 May 19 nicklas 217     // Filter on pipeline
5434 17 May 19 nicklas 218     if (pipeline != null) pipeline.addFilter(dc, query);
2077 17 Oct 13 nicklas 219
2020 13 Sep 13 nicklas 220     // Join the creation event 
2020 13 Sep 13 nicklas 221     query.join(Hql.innerJoin(null, "creationEvent", "ce", true));
2077 17 Oct 13 nicklas 222     // Filter on created date != null
2077 17 Oct 13 nicklas 223     query.restrict(Restrictions.neq(Hql.property("ce", "eventDate"), null));
2077 17 Oct 13 nicklas 224
2077 17 Oct 13 nicklas 225     // Join AUTO_PROCESSING annotation
2077 17 Oct 13 nicklas 226     query.join(Annotations.leftJoin(null, Annotationtype.AUTO_PROCESSING.load(dc), "ap"));
2077 17 Oct 13 nicklas 227
5452 28 May 19 nicklas 228     /* Create filter: AUTO_PROCESS==ReProcess OR (AUTO_PROCESS=null AND size(childCreationEvents)==0) */
2077 17 Oct 13 nicklas 229     Expression autoProcessing = Hql.alias("ap");
2077 17 Oct 13 nicklas 230     query.restrict(
2077 17 Oct 13 nicklas 231       Restrictions.nullSafeOr(
2077 17 Oct 13 nicklas 232         Restrictions.eq(autoProcessing, Expressions.string("ReProcess")),
2077 17 Oct 13 nicklas 233         Restrictions.and(
2077 17 Oct 13 nicklas 234           Restrictions.eq(autoProcessing, null),
5452 28 May 19 nicklas 235           Restrictions.eq(Hql.size(null, "childCreationEvents"), Expressions.integer(0))
2077 17 Oct 13 nicklas 236         )
2077 17 Oct 13 nicklas 237       )
2077 17 Oct 13 nicklas 238     );
2077 17 Oct 13 nicklas 239
2020 13 Sep 13 nicklas 240     // Sort by name
2020 13 Sep 13 nicklas 241     query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
2020 13 Sep 13 nicklas 242     return toList(query.list(dc));
2020 13 Sep 13 nicklas 243   }
2020 13 Sep 13 nicklas 244
1934 17 Apr 13 nicklas 245   private JSONObject jsonWell;
2090 21 Oct 13 nicklas 246   private JSONArray jsonLibPlates;
1934 17 Apr 13 nicklas 247   
1934 17 Apr 13 nicklas 248   private PooledLibrary(Extract extract)
1934 17 Apr 13 nicklas 249   {
1934 17 Apr 13 nicklas 250     super(extract);
1934 17 Apr 13 nicklas 251
1934 17 Apr 13 nicklas 252   }  
1934 17 Apr 13 nicklas 253   
1934 17 Apr 13 nicklas 254   /**
1934 17 Apr 13 nicklas 255     Get the real extract that represents this Pooled library in BASE.
1934 17 Apr 13 nicklas 256   */
1934 17 Apr 13 nicklas 257   public Extract getExtract()
1934 17 Apr 13 nicklas 258   {
1934 17 Apr 13 nicklas 259     return getItem();
1934 17 Apr 13 nicklas 260   }
1934 17 Apr 13 nicklas 261
4890 06 Jul 18 nicklas 262   /**
4890 06 Jul 18 nicklas 263     Find the next name to give a "PooledLibraryAliquot" child item. This assumes that
4890 06 Jul 18 nicklas 264     all child items are using the naming convention. foo.a1, foo.a2, and
4890 06 Jul 18 nicklas 265     so on. NOTE! The first child item also have a number in this case!
4890 06 Jul 18 nicklas 266     @return The next unused name
4890 06 Jul 18 nicklas 267     @since 4.19
4890 06 Jul 18 nicklas 268   */
4890 06 Jul 18 nicklas 269   public String getNextAliquotName(DbControl dc)
4890 06 Jul 18 nicklas 270   {
4890 06 Jul 18 nicklas 271     Extract pool = getItem();
6193 30 Mar 21 nicklas 272     ItemQuery<Extract> query = null;
6193 30 Mar 21 nicklas 273     if (pool.isInDatabase())
6193 30 Mar 21 nicklas 274     {
6193 30 Mar 21 nicklas 275       query = pool.getChildExtracts();
6193 30 Mar 21 nicklas 276       Subtype.POOLED_LIBRARY_ALIQUOT.addFilter(dc, query);
6193 30 Mar 21 nicklas 277       query.setIncludes(Include.ALL);
6193 30 Mar 21 nicklas 278     }
4890 06 Jul 18 nicklas 279     String name = getNextChildItemName(dc, query, Subtype.POOLED_LIBRARY_ALIQUOT.getItemSuffix(), true);
4890 06 Jul 18 nicklas 280     if (name.endsWith(Subtype.POOLED_LIBRARY_ALIQUOT.getItemSuffix())) name += "1";
4890 06 Jul 18 nicklas 281     return name;
4890 06 Jul 18 nicklas 282   }
4890 06 Jul 18 nicklas 283
4890 06 Jul 18 nicklas 284   
1934 17 Apr 13 nicklas 285   @Override
1934 17 Apr 13 nicklas 286   protected void initJSON(JSONObject json) 
1934 17 Apr 13 nicklas 287   {
1934 17 Apr 13 nicklas 288     super.initJSON(json);
1934 17 Apr 13 nicklas 289     if (jsonWell != null) json.put("bioWell", jsonWell);
2090 21 Oct 13 nicklas 290     if (jsonLibPlates != null) json.put("libPlates", jsonLibPlates);
1934 17 Apr 13 nicklas 291   }
1934 17 Apr 13 nicklas 292
1934 17 Apr 13 nicklas 293   /**
1934 17 Apr 13 nicklas 294     Load information about the plate and location the current Library
1934 17 Apr 13 nicklas 295     is located on.
1934 17 Apr 13 nicklas 296   */
1934 17 Apr 13 nicklas 297   public JSONObject loadBioPlateLocation()
1934 17 Apr 13 nicklas 298   {
1934 17 Apr 13 nicklas 299     if (jsonWell != null) return jsonWell;
1934 17 Apr 13 nicklas 300
1959 03 May 13 nicklas 301     Extract pool = getItem();
1959 03 May 13 nicklas 302     BioWell well = pool.getBioWell();
1934 17 Apr 13 nicklas 303
1934 17 Apr 13 nicklas 304     if (well != null)
1934 17 Apr 13 nicklas 305     {
1934 17 Apr 13 nicklas 306       jsonWell = new JSONObject();
1934 17 Apr 13 nicklas 307       jsonWell.put("id", well.getId());
1934 17 Apr 13 nicklas 308       jsonWell.put("row", well.getRow());
1934 17 Apr 13 nicklas 309       jsonWell.put("column", well.getColumn());
1934 17 Apr 13 nicklas 310       
1934 17 Apr 13 nicklas 311       BioPlate plate = well.getPlate();
1934 17 Apr 13 nicklas 312       JSONObject jsonPlate = new JSONObject();
1934 17 Apr 13 nicklas 313       jsonPlate.put("id", plate.getId());
1934 17 Apr 13 nicklas 314       jsonPlate.put("name", plate.getName());
1934 17 Apr 13 nicklas 315     
1934 17 Apr 13 nicklas 316       jsonWell.put("bioPlate", jsonPlate);
1934 17 Apr 13 nicklas 317     }
1934 17 Apr 13 nicklas 318
1934 17 Apr 13 nicklas 319     return jsonWell;
1934 17 Apr 13 nicklas 320   }
1934 17 Apr 13 nicklas 321   
2090 21 Oct 13 nicklas 322   /**
2090 21 Oct 13 nicklas 323     Load the library bioplates that the parent libraries that
2090 21 Oct 13 nicklas 324     are part of this pool are coming from. The result is returned
2090 21 Oct 13 nicklas 325     as a JSON array and is also included in the "libPlates" property
2090 21 Oct 13 nicklas 326     when calling {@link #asJSONObject()} later.
2090 21 Oct 13 nicklas 327   */
2090 21 Oct 13 nicklas 328   public JSONArray loadLibPlates(DbControl dc)
2090 21 Oct 13 nicklas 329   {
2090 21 Oct 13 nicklas 330     if (jsonLibPlates != null) return jsonLibPlates;
2090 21 Oct 13 nicklas 331     
2090 21 Oct 13 nicklas 332     Extract pool = getItem();
2090 21 Oct 13 nicklas 333     
2090 21 Oct 13 nicklas 334     ItemQuery<BioPlate> libPlateQuery = BioPlate.getQuery();
2090 21 Oct 13 nicklas 335     libPlateQuery.setDistinct(true);
2090 21 Oct 13 nicklas 336     libPlateQuery.include(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
5883 26 Mar 20 nicklas 337
2090 21 Oct 13 nicklas 338     libPlateQuery.join(Hql.innerJoin("bioWells", "bw"));
2090 21 Oct 13 nicklas 339     libPlateQuery.join(Hql.innerJoin("bw", "bioMaterial", "lib"));
2090 21 Oct 13 nicklas 340     
2090 21 Oct 13 nicklas 341     libPlateQuery.join(Hql.innerJoin("lib", "childCreationEvents", "cce"));
2090 21 Oct 13 nicklas 342     libPlateQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
2090 21 Oct 13 nicklas 343     libPlateQuery.join(Hql.innerJoin("evt", "bioMaterial", "pool"));
2090 21 Oct 13 nicklas 344     
2090 21 Oct 13 nicklas 345     libPlateQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("pool"), Hql.entity(pool)));
2090 21 Oct 13 nicklas 346     
2090 21 Oct 13 nicklas 347     libPlateQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
2090 21 Oct 13 nicklas 348     List<BioPlate> result = libPlateQuery.list(dc);
2090 21 Oct 13 nicklas 349     
2090 21 Oct 13 nicklas 350     jsonLibPlates = new JSONArray();
2090 21 Oct 13 nicklas 351     for (BioPlate libPlate : result)
2090 21 Oct 13 nicklas 352     {
5452 28 May 19 nicklas 353       BioPlateType plateType = libPlate.getBioPlateType();
2090 21 Oct 13 nicklas 354       JSONObject jsonLibPlate = new JSONObject();
2090 21 Oct 13 nicklas 355       jsonLibPlate.put("id", libPlate.getId());
2090 21 Oct 13 nicklas 356       jsonLibPlate.put("name", libPlate.getName());
5452 28 May 19 nicklas 357       jsonLibPlate.put("plateType", plateType.getName());
2090 21 Oct 13 nicklas 358       jsonLibPlates.add(jsonLibPlate);
2090 21 Oct 13 nicklas 359     }
2090 21 Oct 13 nicklas 360     return jsonLibPlates;
2090 21 Oct 13 nicklas 361   }
2090 21 Oct 13 nicklas 362   
1934 17 Apr 13 nicklas 363 }

Generated on Tue Nov 21 03:33:19 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)