extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/dao/RnaQc.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3188 18 Mar 15 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.dao;
3188 18 Mar 15 nicklas 2
3188 18 Mar 15 nicklas 3 import java.util.ArrayList;
3188 18 Mar 15 nicklas 4 import java.util.Collection;
3188 18 Mar 15 nicklas 5 import java.util.Date;
3188 18 Mar 15 nicklas 6 import java.util.List;
3188 18 Mar 15 nicklas 7
3188 18 Mar 15 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.BioPlate;
3188 18 Mar 15 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.BioWell;
3188 18 Mar 15 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.DbControl;
3188 18 Mar 15 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.Extract;
3188 18 Mar 15 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
3188 18 Mar 15 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
3188 18 Mar 15 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager;
3188 18 Mar 15 nicklas 15 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
3188 18 Mar 15 nicklas 16
3188 18 Mar 15 nicklas 17 /**
3188 18 Mar 15 nicklas 18   Class for loading information that is related to RNAQC extracts.
3188 18 Mar 15 nicklas 19   
3188 18 Mar 15 nicklas 20   @author nicklas
3188 18 Mar 15 nicklas 21   @since 3.2.1
3188 18 Mar 15 nicklas 22 */
3188 18 Mar 15 nicklas 23 public class RnaQc 
3188 18 Mar 15 nicklas 24   extends ReggieItem<Extract>
3188 18 Mar 15 nicklas 25 {
3188 18 Mar 15 nicklas 26
3188 18 Mar 15 nicklas 27   
3188 18 Mar 15 nicklas 28   /**
3188 18 Mar 15 nicklas 29     Find all 'RNAQC' items associated with a given RNA.
3188 18 Mar 15 nicklas 30   */
3188 18 Mar 15 nicklas 31   public static List<RnaQc> findByRna(DbControl dc, Rna rna)
3188 18 Mar 15 nicklas 32   {
3188 18 Mar 15 nicklas 33     // Fetch all child RNAQC items
3188 18 Mar 15 nicklas 34     ItemQuery<Extract> rnaqcQuery = rna.getExtract().getChildExtracts();
3188 18 Mar 15 nicklas 35     Subtype.RNAQC.addFilter(dc, rnaqcQuery);
3188 18 Mar 15 nicklas 36     rnaqcQuery.include(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
3188 18 Mar 15 nicklas 37     rnaqcQuery.join(Hql.leftJoin(null, "bioWell", "bw", null, true));
3188 18 Mar 15 nicklas 38     rnaqcQuery.join(Hql.leftJoin("bw", "bioPlate", "bp", null, true));
3188 18 Mar 15 nicklas 39     return toRnaQc(rnaqcQuery.list(dc));
3188 18 Mar 15 nicklas 40   }
3188 18 Mar 15 nicklas 41   
3188 18 Mar 15 nicklas 42   /**
3188 18 Mar 15 nicklas 43     Find the last RNAQC item in a list of RNAQC. The last is defined as the
3188 18 Mar 15 nicklas 44     one having the latest QcRunDate annotation on the bioplate the RNAQC is
3188 18 Mar 15 nicklas 45     located on, or the creation date if the RNAQC is not on a bioplate.
3188 18 Mar 15 nicklas 46     Only RNAQC items having either a CA_RQS or BA_RIN value are considered
3188 18 Mar 15 nicklas 47     since some RNAQC items may be extra NanoDrop measurements.
3188 18 Mar 15 nicklas 48   */
3188 18 Mar 15 nicklas 49   public static RnaQc findLast(DbControl dc, SnapshotManager manager, List<RnaQc> qcList)
3188 18 Mar 15 nicklas 50   {
3188 18 Mar 15 nicklas 51     RnaQc lastQc = null;
3188 18 Mar 15 nicklas 52     Date lastQcDate = null;
3188 18 Mar 15 nicklas 53
3188 18 Mar 15 nicklas 54     for (RnaQc qc : qcList)
3188 18 Mar 15 nicklas 55     {
3188 18 Mar 15 nicklas 56       Extract qcExtract = qc.getExtract();
3188 18 Mar 15 nicklas 57       Float rqs = (Float)Annotationtype.CA_RQS.getAnnotationValue(dc, manager, qcExtract);
3188 18 Mar 15 nicklas 58       Float rin = (Float)Annotationtype.BA_RIN.getAnnotationValue(dc, manager, qcExtract);
3188 18 Mar 15 nicklas 59       // Skip RNAQC items without any quality score since it may
3188 18 Mar 15 nicklas 60       // be a new NanoDrop measurement
3188 18 Mar 15 nicklas 61       if (rqs == null && rin == null) continue;
3188 18 Mar 15 nicklas 62       
3188 18 Mar 15 nicklas 63       // Use the current RNAQC if this is the first found or if the date is after
3188 18 Mar 15 nicklas 64       Date qcDate = qc.getQcRunDate(dc, manager);
3188 18 Mar 15 nicklas 65       if (lastQc == null || lastQcDate != null && qcDate != null && qcDate.after(lastQcDate))
3188 18 Mar 15 nicklas 66       {
3188 18 Mar 15 nicklas 67         lastQcDate = qcDate;
3188 18 Mar 15 nicklas 68         lastQc = qc;
3188 18 Mar 15 nicklas 69       }
3188 18 Mar 15 nicklas 70     }
3188 18 Mar 15 nicklas 71     return lastQc;
3188 18 Mar 15 nicklas 72   }
3188 18 Mar 15 nicklas 73   
3188 18 Mar 15 nicklas 74   
3188 18 Mar 15 nicklas 75   public static List<RnaQc> toRnaQc(Collection<Extract> extracts)
3188 18 Mar 15 nicklas 76   {
3188 18 Mar 15 nicklas 77     List<RnaQc> rnaqc = new ArrayList<RnaQc>(extracts.size());
3188 18 Mar 15 nicklas 78     for (Extract e : extracts)
3188 18 Mar 15 nicklas 79     {
3188 18 Mar 15 nicklas 80       rnaqc.add(new RnaQc(e));
3188 18 Mar 15 nicklas 81     }
3188 18 Mar 15 nicklas 82     return rnaqc;
3188 18 Mar 15 nicklas 83   }
3188 18 Mar 15 nicklas 84
4107 15 Sep 16 nicklas 85   /**
4107 15 Sep 16 nicklas 86     Get a RNAQC extract when the id is known.
4107 15 Sep 16 nicklas 87     @since 4.7
4107 15 Sep 16 nicklas 88   */
4107 15 Sep 16 nicklas 89   public static RnaQc getById(DbControl dc, int id)
4107 15 Sep 16 nicklas 90   {
4107 15 Sep 16 nicklas 91     return new RnaQc(Extract.getById(dc, id));
4107 15 Sep 16 nicklas 92   }
4107 15 Sep 16 nicklas 93
6207 12 Apr 21 nicklas 94   public static RnaQc get(Extract extract)
6207 12 Apr 21 nicklas 95   {
6207 12 Apr 21 nicklas 96     return new RnaQc(extract);
6207 12 Apr 21 nicklas 97   }
6207 12 Apr 21 nicklas 98   
3188 18 Mar 15 nicklas 99   RnaQc(Extract extract)
3188 18 Mar 15 nicklas 100   {
3188 18 Mar 15 nicklas 101     super(extract);
3188 18 Mar 15 nicklas 102
3188 18 Mar 15 nicklas 103   }  
3188 18 Mar 15 nicklas 104   
3188 18 Mar 15 nicklas 105   /**
3188 18 Mar 15 nicklas 106     Get the real extract that represents this RNAQC in BASE.
3188 18 Mar 15 nicklas 107   */
3188 18 Mar 15 nicklas 108   public Extract getExtract()
3188 18 Mar 15 nicklas 109   {
3188 18 Mar 15 nicklas 110     return getItem();
3188 18 Mar 15 nicklas 111   }
3188 18 Mar 15 nicklas 112   
3188 18 Mar 15 nicklas 113   /**
3188 18 Mar 15 nicklas 114     Get the QcRunDate annotation from the bioplate this RNAQC item is located
3188 18 Mar 15 nicklas 115     on. If it is not on a bioplate, the creation date is returned (which can be null)
3188 18 Mar 15 nicklas 116   */
3188 18 Mar 15 nicklas 117   public Date getQcRunDate(DbControl dc, SnapshotManager manager)
3188 18 Mar 15 nicklas 118   {
3188 18 Mar 15 nicklas 119     Extract qc = getItem();
3188 18 Mar 15 nicklas 120     BioWell well = qc.getBioWell();
3188 18 Mar 15 nicklas 121     Date qcDate = null;
3188 18 Mar 15 nicklas 122     // Try to get QC date from RNAQC reaction plate
3188 18 Mar 15 nicklas 123     if (well != null)
3188 18 Mar 15 nicklas 124     {
3188 18 Mar 15 nicklas 125       BioPlate plate = well.getPlate();
3188 18 Mar 15 nicklas 126       qcDate = (Date)Annotationtype.QC_RUN_DATE.getAnnotationValue(dc, manager, plate);
3188 18 Mar 15 nicklas 127     }
3188 18 Mar 15 nicklas 128     // If not found, get creation date from extract
3188 18 Mar 15 nicklas 129     if (qcDate == null)
3188 18 Mar 15 nicklas 130     {
3188 18 Mar 15 nicklas 131       qcDate = qc.getCreationEvent().getEventDate();
3188 18 Mar 15 nicklas 132     }
3188 18 Mar 15 nicklas 133
3188 18 Mar 15 nicklas 134     return qcDate;
3188 18 Mar 15 nicklas 135   }
3188 18 Mar 15 nicklas 136   
3937 16 May 16 nicklas 137   /**
3937 16 May 16 nicklas 138     Get the RQS value if avilable, otherwise the RIN value.
3937 16 May 16 nicklas 139     @since 4.5
3937 16 May 16 nicklas 140   */
3937 16 May 16 nicklas 141   public Float getRqsOrRin(DbControl dc, SnapshotManager manager)
3937 16 May 16 nicklas 142   {
3937 16 May 16 nicklas 143     Extract qc = getItem();
3937 16 May 16 nicklas 144     Float rqs = (Float)Annotationtype.CA_RQS.getAnnotationValue(dc, manager, qc);
3937 16 May 16 nicklas 145     if (rqs != null) return rqs;
3937 16 May 16 nicklas 146     
3937 16 May 16 nicklas 147     Float rin = (Float)Annotationtype.BA_RIN.getAnnotationValue(dc, manager, qc);
3937 16 May 16 nicklas 148     return rin;
3937 16 May 16 nicklas 149   }
3937 16 May 16 nicklas 150
3188 18 Mar 15 nicklas 151 }

Generated on Tue Nov 21 03:33:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)