extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/dao/TumorNormalPair.java

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7406 08 Nov 23 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.dao;
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7406 08 Nov 23 nicklas 3 import net.sf.basedb.core.DbControl;
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7406 08 Nov 23 nicklas 5 /**
7406 08 Nov 23 nicklas 6   Hold the tumor/normal pair of alignements that should be analysed.
7406 08 Nov 23 nicklas 7   @since 4.50
7406 08 Nov 23 nicklas 8 */
7406 08 Nov 23 nicklas 9 public class TumorNormalPair
7406 08 Nov 23 nicklas 10 {
7406 08 Nov 23 nicklas 11   public final AlignedSequences normal;
7406 08 Nov 23 nicklas 12   public final AlignedSequences tumor;
7406 08 Nov 23 nicklas 13   
7406 08 Nov 23 nicklas 14   public TumorNormalPair(AlignedSequences tumor, AlignedSequences normal)
7406 08 Nov 23 nicklas 15   {
7406 08 Nov 23 nicklas 16     this.tumor = tumor;
7406 08 Nov 23 nicklas 17     this.normal = normal;
7406 08 Nov 23 nicklas 18   }
7406 08 Nov 23 nicklas 19   
7406 08 Nov 23 nicklas 20   /**
7406 08 Nov 23 nicklas 21     Reload the pair with the given DbControl. 
7406 08 Nov 23 nicklas 22     NOTE! Returns a new object instance.
7406 08 Nov 23 nicklas 23   */
7406 08 Nov 23 nicklas 24   public TumorNormalPair reload(DbControl dc)
7406 08 Nov 23 nicklas 25   {
7406 08 Nov 23 nicklas 26     return new TumorNormalPair(
7406 08 Nov 23 nicklas 27       AlignedSequences.getById(dc, tumor.getId()), 
7406 08 Nov 23 nicklas 28       AlignedSequences.getById(dc, normal.getId())
7406 08 Nov 23 nicklas 29     );
7406 08 Nov 23 nicklas 30   }
7406 08 Nov 23 nicklas 31 }