extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/grid/CufflinksJobCreator.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4288 09 Jan 17 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.grid;
3069 09 Jan 15 nicklas 2
3069 09 Jan 15 nicklas 3 import java.util.ArrayList;
4545 28 Jun 17 nicklas 4 import java.util.Arrays;
3069 09 Jan 15 nicklas 5 import java.util.List;
4543 27 Jun 17 nicklas 6 import java.util.regex.Matcher;
4543 27 Jun 17 nicklas 7 import java.util.regex.Pattern;
3069 09 Jan 15 nicklas 8
4545 28 Jun 17 nicklas 9 import org.slf4j.LoggerFactory;
4545 28 Jun 17 nicklas 10
3069 09 Jan 15 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.AnyToAny;
3069 09 Jan 15 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.ArrayDesign;
3069 09 Jan 15 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.DataFileType;
3069 09 Jan 15 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.DbControl;
3069 09 Jan 15 nicklas 15 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
3069 09 Jan 15 nicklas 16 import net.sf.basedb.core.Directory;
3069 09 Jan 15 nicklas 17 import net.sf.basedb.core.FeatureIdentificationMethod;
3069 09 Jan 15 nicklas 18 import net.sf.basedb.core.File;
3069 09 Jan 15 nicklas 19 import net.sf.basedb.core.FileServer;
3069 09 Jan 15 nicklas 20 import net.sf.basedb.core.FileSetMember;
6423 28 Sep 21 nicklas 21 import net.sf.basedb.core.IntegerParameterType;
4598 27 Sep 17 nicklas 22 import net.sf.basedb.core.ItemList;
4272 16 Dec 16 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.ItemNotFoundException;
3069 09 Jan 15 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.ItemParameterType;
3069 09 Jan 15 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.ItemSubtype;
3069 09 Jan 15 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.Job;
3069 09 Jan 15 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.Path;
3069 09 Jan 15 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.PluginConfiguration;
3069 09 Jan 15 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.Protocol;
3069 09 Jan 15 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
4543 27 Jun 17 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.Sample;
3069 09 Jan 15 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.SessionControl;
3069 09 Jan 15 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.Software;
5544 06 Aug 19 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.StringParameterType;
4272 16 Dec 16 nicklas 35 import net.sf.basedb.opengrid.JobDefinition;
4272 16 Dec 16 nicklas 36 import net.sf.basedb.opengrid.JobStatus;
4272 16 Dec 16 nicklas 37 import net.sf.basedb.opengrid.OpenGridCluster;
4272 16 Dec 16 nicklas 38 import net.sf.basedb.opengrid.OpenGridSession;
4272 16 Dec 16 nicklas 39 import net.sf.basedb.opengrid.ScriptBuilder;
4272 16 Dec 16 nicklas 40 import net.sf.basedb.opengrid.config.ClusterConfig;
4272 16 Dec 16 nicklas 41 import net.sf.basedb.opengrid.config.JobConfig;
4272 16 Dec 16 nicklas 42 import net.sf.basedb.opengrid.service.JobCompletionHandler;
3069 09 Jan 15 nicklas 43 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
3118 06 Feb 15 nicklas 44 import net.sf.basedb.reggie.XmlConfig;
3069 09 Jan 15 nicklas 45 import net.sf.basedb.reggie.dao.AlignedSequences;
3069 09 Jan 15 nicklas 46 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
4598 27 Sep 17 nicklas 47 import net.sf.basedb.reggie.dao.BiomaterialList;
3069 09 Jan 15 nicklas 48 import net.sf.basedb.reggie.dao.Datafiletype;
4543 27 Jun 17 nicklas 49 import net.sf.basedb.reggie.dao.DemuxedSequences;
5790 13 Dec 19 nicklas 50 import net.sf.basedb.reggie.dao.DoNotUse;
3069 09 Jan 15 nicklas 51 import net.sf.basedb.reggie.dao.Fileserver;
3793 18 Mar 16 nicklas 52 import net.sf.basedb.reggie.dao.Library;
4545 28 Jun 17 nicklas 53 import net.sf.basedb.reggie.dao.MaskedSequences;
4543 27 Jun 17 nicklas 54 import net.sf.basedb.reggie.dao.MergedSequences;
5543 06 Aug 19 nicklas 55 import net.sf.basedb.reggie.dao.Pipeline;
4545 28 Jun 17 nicklas 56 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rawbioassay;
4665 31 Jan 18 nicklas 57 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rawdatatype;
4325 30 Jan 17 nicklas 58 import net.sf.basedb.reggie.dao.Subtype;
3069 09 Jan 15 nicklas 59 import net.sf.basedb.util.Values;
7079 27 Mar 23 nicklas 60 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLog;
7079 27 Mar 23 nicklas 61 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLogger;
3069 09 Jan 15 nicklas 62
3069 09 Jan 15 nicklas 63 /**
3069 09 Jan 15 nicklas 64   Helper class for creating items needed for executing cufflinks as
3069 09 Jan 15 nicklas 65   well as generating the cufflinks script and send it to the cluster for
3069 09 Jan 15 nicklas 66   execution.
3069 09 Jan 15 nicklas 67   
3069 09 Jan 15 nicklas 68   @author nicklas
3069 09 Jan 15 nicklas 69   @since 3.0
3069 09 Jan 15 nicklas 70 */
3069 09 Jan 15 nicklas 71 public class CufflinksJobCreator 
6674 11 Apr 22 nicklas 72   extends AbstractJobCreator
3069 09 Jan 15 nicklas 73 {
3069 09 Jan 15 nicklas 74
4543 27 Jun 17 nicklas 75   private Software maskingSoftware;
4543 27 Jun 17 nicklas 76   private Protocol maskingProtocol;
4543 27 Jun 17 nicklas 77
4543 27 Jun 17 nicklas 78   private Software alignSoftware;
4543 27 Jun 17 nicklas 79   private Protocol alignProtocol;
4543 27 Jun 17 nicklas 80
3069 09 Jan 15 nicklas 81   private Software software;
3069 09 Jan 15 nicklas 82   private Protocol protocol;
3069 09 Jan 15 nicklas 83   private ArrayDesign arrayDesign;
3069 09 Jan 15 nicklas 84   
3069 09 Jan 15 nicklas 85   public CufflinksJobCreator()
3069 09 Jan 15 nicklas 86   {}
3069 09 Jan 15 nicklas 87
4543 27 Jun 17 nicklas 88   /**
4543 27 Jun 17 nicklas 89     Set the software item to set on created MaskedSequences.
4543 27 Jun 17 nicklas 90     @see DerivedBioAssay#setSoftware(Software)
4543 27 Jun 17 nicklas 91   */
4543 27 Jun 17 nicklas 92   public void setMaskingSoftware(Software software)
4543 27 Jun 17 nicklas 93   {
4543 27 Jun 17 nicklas 94     this.maskingSoftware = software;
4543 27 Jun 17 nicklas 95   }
3069 09 Jan 15 nicklas 96   
3069 09 Jan 15 nicklas 97   /**
4543 27 Jun 17 nicklas 98     Set the protocol item to set on created MaskedSequences.
4543 27 Jun 17 nicklas 99     @see DerivedBioAssay#setProtocol(Protocol)
4543 27 Jun 17 nicklas 100   */
4543 27 Jun 17 nicklas 101   public void setMaskingProtocol(Protocol protocol)
4543 27 Jun 17 nicklas 102   {
4543 27 Jun 17 nicklas 103     this.maskingProtocol = protocol;
4543 27 Jun 17 nicklas 104   }
4543 27 Jun 17 nicklas 105   
4543 27 Jun 17 nicklas 106   /**
4543 27 Jun 17 nicklas 107     Set the software item to set on created AlignedSequences.
4543 27 Jun 17 nicklas 108     @see DerivedBioAssay#setSoftware(Software)
4543 27 Jun 17 nicklas 109   */
4543 27 Jun 17 nicklas 110   public void setAlignSoftware(Software software)
4543 27 Jun 17 nicklas 111   {
4543 27 Jun 17 nicklas 112     this.alignSoftware = software;
4543 27 Jun 17 nicklas 113   }
4543 27 Jun 17 nicklas 114   
4543 27 Jun 17 nicklas 115   /**
4543 27 Jun 17 nicklas 116     Set the protocol item to set on created AlignedSequences.
4543 27 Jun 17 nicklas 117     @see DerivedBioAssay#setProtocol(Protocol)
4543 27 Jun 17 nicklas 118   */
4543 27 Jun 17 nicklas 119   public void setAlignProtocol(Protocol protocol)
4543 27 Jun 17 nicklas 120   {
4543 27 Jun 17 nicklas 121     this.alignProtocol = protocol;
4543 27 Jun 17 nicklas 122   }
4543 27 Jun 17 nicklas 123
4543 27 Jun 17 nicklas 124   /**
3069 09 Jan 15 nicklas 125     Set the software item to set on created RawBioAssay:s.
3069 09 Jan 15 nicklas 126     @see RawBioAssay#setSoftware(Software)
3069 09 Jan 15 nicklas 127   */
3069 09 Jan 15 nicklas 128   public void setSoftware(Software software)
3069 09 Jan 15 nicklas 129   {
3069 09 Jan 15 nicklas 130     this.software = software;
3069 09 Jan 15 nicklas 131   }
3069 09 Jan 15 nicklas 132   
3069 09 Jan 15 nicklas 133   /**
3069 09 Jan 15 nicklas 134     Set the protocol item to set on created RawBioAssay:s
3069 09 Jan 15 nicklas 135     @see RawBioAssay#setProtocol(Protocol)
3069 09 Jan 15 nicklas 136   */
3069 09 Jan 15 nicklas 137   public void setProtocol(Protocol protocol)
3069 09 Jan 15 nicklas 138   {
3069 09 Jan 15 nicklas 139     this.protocol = protocol;
3069 09 Jan 15 nicklas 140   }
3069 09 Jan 15 nicklas 141   
3069 09 Jan 15 nicklas 142   /**
3069 09 Jan 15 nicklas 143     Set the array design item to set on created RawBioAssay:s
3069 09 Jan 15 nicklas 144     @see RawBioAssay#setArrayDesign(ArrayDesign)
3069 09 Jan 15 nicklas 145   */
3069 09 Jan 15 nicklas 146   public void setArrayDesign(ArrayDesign design)
3069 09 Jan 15 nicklas 147   {
3069 09 Jan 15 nicklas 148     this.arrayDesign = design;
3069 09 Jan 15 nicklas 149   }
3069 09 Jan 15 nicklas 150   
3069 09 Jan 15 nicklas 151   /**
4543 27 Jun 17 nicklas 152     Create a child items for all given merged sequences and schedule
4543 27 Jun 17 nicklas 153     jobs on the given cluster for running tophat and cufflinks.
3069 09 Jan 15 nicklas 154     @return A list with the corresponding jobs in BASE
3069 09 Jan 15 nicklas 155   */
4599 28 Sep 17 nicklas 156   public List<JobDefinition> createTophatCufflinkJobs(DbControl dc, OpenGridCluster cluster, List<MergedSequences> mergedSequences)
3069 09 Jan 15 nicklas 157   {
3069 09 Jan 15 nicklas 158     /*
3069 09 Jan 15 nicklas 159     System.out.println("createCufflinkJobs:");
3069 09 Jan 15 nicklas 160     System.out.println("software:" + software);
3069 09 Jan 15 nicklas 161     System.out.println("protocol:" + protocol);
3069 09 Jan 15 nicklas 162     System.out.println("design:" + arrayDesign);
3069 09 Jan 15 nicklas 163     System.out.println("importer:" + rawImporter);
3069 09 Jan 15 nicklas 164     */
3069 09 Jan 15 nicklas 165     
3069 09 Jan 15 nicklas 166     SessionControl sc = dc.getSessionControl();
4272 16 Dec 16 nicklas 167     
4272 16 Dec 16 nicklas 168     ClusterConfig clusterCfg = cluster.getConfig();
4272 16 Dec 16 nicklas 169     XmlConfig cfg = Reggie.getConfig(cluster.getId());
4272 16 Dec 16 nicklas 170     if (cfg == null)
4272 16 Dec 16 nicklas 171     {
4272 16 Dec 16 nicklas 172       throw new ItemNotFoundException("No configuration in reggie-config.xml for cluster: " + cluster.getId());
4272 16 Dec 16 nicklas 173     }
3118 06 Feb 15 nicklas 174
4543 27 Jun 17 nicklas 175     String maskParameterSet = (String)Annotationtype.PARAMETER_SET.getAnnotationValue(dc, maskingSoftware);
4543 27 Jun 17 nicklas 176     String alignParameterSet = (String)Annotationtype.PARAMETER_SET.getAnnotationValue(dc, alignSoftware);
3118 06 Feb 15 nicklas 177     String parameterSet = (String)Annotationtype.PARAMETER_SET.getAnnotationValue(dc, software);
3118 06 Feb 15 nicklas 178
3069 09 Jan 15 nicklas 179     // Get global options
6693 22 Apr 22 nicklas 180     String global_env = ScriptUtil.multilineIndent(cfg.getConfig("global-env"));
6675 13 Apr 22 nicklas 181     String projectArchive = cfg.getRequiredConfig("project-archive", null);
6675 13 Apr 22 nicklas 182     String externalArchive = cfg.getConfig("external-archive", null, projectArchive);
3069 09 Jan 15 nicklas 183     
3069 09 Jan 15 nicklas 184     // Options for the programs
7372 06 Oct 23 nicklas 185     String legacy_submit = cfg.getConfig("legacy/submit", alignParameterSet, null);
7372 06 Oct 23 nicklas 186     String legacy_submit_debug = cfg.getConfig("legacy/submit-debug", alignParameterSet, null);
6675 13 Apr 22 nicklas 187     String legacy_env = ScriptUtil.multilineIndent(cfg.getRequiredConfig("legacy/env", alignParameterSet));
6675 13 Apr 22 nicklas 188     String legacy_envdebug = ScriptUtil.multilineIndent(cfg.getConfig("legacy/env-debug", alignParameterSet, null));
6675 13 Apr 22 nicklas 189     String legacy_execute = ScriptUtil.multilineIndent(cfg.getConfig("legacy/execute", alignParameterSet, "./legacy.sh"));
4543 27 Jun 17 nicklas 190
6675 13 Apr 22 nicklas 191     int align_adjust_mate_inner_dist = Values.getInt(cfg.getConfig("legacy/adjust-mate-inner-dist", alignParameterSet, "0"));
6675 13 Apr 22 nicklas 192     int align_adjust_mate_std_dev = Values.getInt(cfg.getConfig("legacy/adjust-mate-std-dev", alignParameterSet, "0"));
3069 09 Jan 15 nicklas 193
4598 27 Sep 17 nicklas 194     // Selected items must be removed from this list
4598 27 Sep 17 nicklas 195     ItemList legacyPipeline = BiomaterialList.LEGACY_PIPELINE.load(dc);
4598 27 Sep 17 nicklas 196
4543 27 Jun 17 nicklas 197     // Load common items
4543 27 Jun 17 nicklas 198     ItemSubtype maskedType = Subtype.MASKED_SEQUENCES.get(dc);
4543 27 Jun 17 nicklas 199     ItemSubtype alignType = Subtype.ALIGNED_SEQUENCES.get(dc);
4543 27 Jun 17 nicklas 200
4667 01 Feb 18 nicklas 201     Rawdatatype cufflinksType = Rawdatatype.CUFFLINKS;
3069 09 Jan 15 nicklas 202
3069 09 Jan 15 nicklas 203     // Job parameter types
3069 09 Jan 15 nicklas 204     ItemParameterType<PluginConfiguration> configType = new ItemParameterType<PluginConfiguration>(PluginConfiguration.class, null);
3069 09 Jan 15 nicklas 205     ItemParameterType<RawBioAssay> rawType = new ItemParameterType<RawBioAssay>(RawBioAssay.class, null);
3069 09 Jan 15 nicklas 206
4272 16 Dec 16 nicklas 207     // Options common for all jobs
4272 16 Dec 16 nicklas 208     JobConfig jobConfig = new JobConfig();
4272 16 Dec 16 nicklas 209     if (priority != null) jobConfig.setPriority(priority);
7372 06 Oct 23 nicklas 210     if (partition != null) jobConfig.setSbatchOption("partition", ScriptUtil.checkValidScriptParameter(partition));
7372 06 Oct 23 nicklas 211     jobConfig.convertOptionsTo(clusterCfg.getType());
7372 06 Oct 23 nicklas 212     if (submitOptionsOverride != null)
7372 06 Oct 23 nicklas 213     {
7372 06 Oct 23 nicklas 214       ScriptUtil.addSubmitOptions(jobConfig, submitOptionsOverride, clusterCfg.getType());
7372 06 Oct 23 nicklas 215     }
7372 06 Oct 23 nicklas 216     else
7372 06 Oct 23 nicklas 217     {
7372 06 Oct 23 nicklas 218       ScriptUtil.addSubmitOptions(jobConfig, legacy_submit, clusterCfg.getType());
7372 06 Oct 23 nicklas 219       if (debug) ScriptUtil.addSubmitOptions(jobConfig, legacy_submit_debug, clusterCfg.getType());
7372 06 Oct 23 nicklas 220     }
4272 16 Dec 16 nicklas 221     
3069 09 Jan 15 nicklas 222     // We submit one job for each raw bioassay to the cluster
4543 27 Jun 17 nicklas 223     List<JobDefinition> jobDefs = new ArrayList<JobDefinition>(mergedSequences.size());
3069 09 Jan 15 nicklas 224
4599 28 Sep 17 nicklas 225     for (MergedSequences ms : mergedSequences)
3069 09 Jan 15 nicklas 226     {
4623 17 Nov 17 nicklas 227       ms = MergedSequences.getById(dc, ms.getId()); // Ensure item is loaded in this transaction
4623 17 Nov 17 nicklas 228
4599 28 Sep 17 nicklas 229       // Get some information about the aligned data that we need
4599 28 Sep 17 nicklas 230       DerivedBioAssay merged = ms.getDerivedBioAssay();
5364 16 Apr 19 nicklas 231       legacyPipeline.removeItem(merged);
3069 09 Jan 15 nicklas 232       
4599 28 Sep 17 nicklas 233       Library lib = Library.get(merged.getExtract());
5596 11 Sep 19 nicklas 234       boolean isExternal = Reggie.isExternalItem(merged.getName());
6675 13 Apr 22 nicklas 235       String archiveFolder = isExternal ? externalArchive : projectArchive;
4599 28 Sep 17 nicklas 236       
4599 28 Sep 17 nicklas 237       Sample specimen =  (Sample)lib.findSingleParent(dc, Subtype.SPECIMEN);
4599 28 Sep 17 nicklas 238
4599 28 Sep 17 nicklas 239       String fastQFolder = (String)Annotationtype.DATA_FILES_FOLDER.getAnnotationValue(dc, merged);
4599 28 Sep 17 nicklas 240       int fragment_size_avg = ((Number)Annotationtype.FRAGMENT_SIZE_AVG.getAnnotationValue(dc, merged)).intValue();
6422 28 Sep 21 nicklas 241       int fragment_size_std = ((Number)Annotationtype.FRAGMENT_SIZE_STDEV.getAnnotationValue(dc, merged)).intValue();
6422 28 Sep 21 nicklas 242       // Get read length from FASTQ files or from the READ_STRING annotation if not available.
4599 28 Sep 17 nicklas 243       int totalReadSize = 0;
6422 28 Sep 21 nicklas 244       Integer readlength_avg_r1 = (Integer)Annotationtype.READLENGTH_AVG_R1.getAnnotationValue(dc, merged);
6422 28 Sep 21 nicklas 245       Integer readlength_avg_r2 = (Integer)Annotationtype.READLENGTH_AVG_R2.getAnnotationValue(dc, merged);
6422 28 Sep 21 nicklas 246       if (readlength_avg_r1 != null && readlength_avg_r2 != null)
3069 09 Jan 15 nicklas 247       {
6422 28 Sep 21 nicklas 248         totalReadSize = readlength_avg_r1+readlength_avg_r2;
6422 28 Sep 21 nicklas 249       }
6422 28 Sep 21 nicklas 250       else
6422 28 Sep 21 nicklas 251       {
6422 28 Sep 21 nicklas 252         List<DemuxedSequences> dxList = ms.getDemuxedSequences(dc);
6422 28 Sep 21 nicklas 253         for (DemuxedSequences dx : dxList)
4543 27 Jun 17 nicklas 254         {
6422 28 Sep 21 nicklas 255           String readString = (String)Annotationtype.READ_STRING.getAnnotationValue(dc, dx.getItem());
6422 28 Sep 21 nicklas 256           int rs = getTotalReadSize(readString);
6422 28 Sep 21 nicklas 257           if (totalReadSize == 0 || rs < totalReadSize)
6422 28 Sep 21 nicklas 258           {
6422 28 Sep 21 nicklas 259             totalReadSize = rs;
6422 28 Sep 21 nicklas 260           }
4543 27 Jun 17 nicklas 261         }
4599 28 Sep 17 nicklas 262       }
6423 28 Sep 21 nicklas 263       int mateStdDev = fragment_size_std + align_adjust_mate_std_dev;
6423 28 Sep 21 nicklas 264       int mateInnerDist = Math.max(fragment_size_avg - totalReadSize + align_adjust_mate_inner_dist, 1-mateStdDev);
6423 28 Sep 21 nicklas 265
4599 28 Sep 17 nicklas 266       // Create job 
4599 28 Sep 17 nicklas 267       Job cufflinksJob = Job.getNew(dc, null, null, null);
4599 28 Sep 17 nicklas 268       cufflinksJob.setItemSubtype(Subtype.TOPHAT_CUFFLINKS_JOB.get(dc));
4599 28 Sep 17 nicklas 269       cufflinksJob.setPluginVersion("reggie-"+Reggie.VERSION);
4599 28 Sep 17 nicklas 270       cufflinksJob.setSendMessage(Values.getBoolean(sc.getUserClientSetting("plugins.sendmessage"), false));
4599 28 Sep 17 nicklas 271       cufflinksJob.setName("Run Tophat and Cufflinks " + merged.getName());
5546 07 Aug 19 nicklas 272       cufflinksJob.setParameterValue("pipeline", new StringParameterType(), Pipeline.RNASEQ_LEGACY.getId());
6423 28 Sep 21 nicklas 273       cufflinksJob.setParameterValue("--mate-inner-dist", new IntegerParameterType(), mateInnerDist);
6423 28 Sep 21 nicklas 274       cufflinksJob.setParameterValue("--mate-std-dev", new IntegerParameterType(), mateStdDev);
4599 28 Sep 17 nicklas 275       if (debug) cufflinksJob.setName(cufflinksJob.getName() + " (debug)");
6981 17 Jan 23 nicklas 276       if (partition != null) cufflinksJob.setParameterValue("partition", new StringParameterType(), partition);
7372 06 Oct 23 nicklas 277       if (submitOptionsOverride != null) cufflinksJob.setParameterValue("jobOptions", new StringParameterType(), submitOptionsOverride);
4599 28 Sep 17 nicklas 278       dc.saveItem(cufflinksJob);
4599 28 Sep 17 nicklas 279       
4599 28 Sep 17 nicklas 280       // Created MASKED derived bioassay set
4599 28 Sep 17 nicklas 281       String maskedName = ms.getNextMaskedSequencesName(dc);
4599 28 Sep 17 nicklas 282       DerivedBioAssay masked = DerivedBioAssay.getNew(dc, false, cufflinksJob);
4599 28 Sep 17 nicklas 283       masked.setItemSubtype(maskedType);
5546 07 Aug 19 nicklas 284       Pipeline.RNASEQ_LEGACY.setAnnotation(dc, masked);
4881 03 Jul 18 nicklas 285       masked.setName(maskedName);
4599 28 Sep 17 nicklas 286       masked.setExtract(merged.getExtract());
4599 28 Sep 17 nicklas 287       masked.setSoftware(maskingSoftware);
4599 28 Sep 17 nicklas 288       masked.setProtocol(maskingProtocol);
4599 28 Sep 17 nicklas 289       masked.addParent(merged);
5790 13 Dec 19 nicklas 290       DoNotUse.copyDoNotUseAnnotations(dc, merged, masked, false);
4599 28 Sep 17 nicklas 291       dc.saveItem(masked);
4599 28 Sep 17 nicklas 292       
4599 28 Sep 17 nicklas 293       // Create ALIGNED derived bioassay set
5705 06 Nov 19 nicklas 294       String alignedName = masked.getName()+"." + Subtype.ALIGNED_SEQUENCES.getItemSuffix(); // This is safe since the masked item is a new item
4599 28 Sep 17 nicklas 295       DerivedBioAssay aligned = DerivedBioAssay.getNew(dc, false, cufflinksJob);
4599 28 Sep 17 nicklas 296       aligned.setItemSubtype(alignType);
5546 07 Aug 19 nicklas 297       Pipeline.RNASEQ_LEGACY.setAnnotation(dc, aligned);
4881 03 Jul 18 nicklas 298       aligned.setName(alignedName);
4599 28 Sep 17 nicklas 299       aligned.setExtract(masked.getExtract());
4599 28 Sep 17 nicklas 300       aligned.setSoftware(alignSoftware);
4599 28 Sep 17 nicklas 301       aligned.setProtocol(alignProtocol);
4599 28 Sep 17 nicklas 302       aligned.addParent(masked);
5790 13 Dec 19 nicklas 303       DoNotUse.copyDoNotUseAnnotations(dc, merged, aligned, false);
4599 28 Sep 17 nicklas 304       dc.saveItem(aligned);
4543 27 Jun 17 nicklas 305
4599 28 Sep 17 nicklas 306       // Create raw bioassay
5705 06 Nov 19 nicklas 307       String rawName = aligned.getName() + "." + cufflinksType.getItemSuffix(); // This is safe since the aligned item is a new item
4667 01 Feb 18 nicklas 308       RawBioAssay raw = cufflinksType.createRawBioAssay(dc);
5546 07 Aug 19 nicklas 309       Pipeline.RNASEQ_LEGACY.setAnnotation(dc, raw);
4599 28 Sep 17 nicklas 310       raw.setArrayDesign(arrayDesign);
4599 28 Sep 17 nicklas 311       raw.getRawDataBatcher(FeatureIdentificationMethod.FEATURE_ID, cufflinksJob);
4881 03 Jul 18 nicklas 312       raw.setName(rawName);
4599 28 Sep 17 nicklas 313       raw.setParentExtract(lib.getExtract());
4599 28 Sep 17 nicklas 314       raw.setSoftware(software);
4599 28 Sep 17 nicklas 315       raw.setProtocol(protocol);
4599 28 Sep 17 nicklas 316       raw.setParentBioAssay(aligned);
5790 13 Dec 19 nicklas 317       DoNotUse.copyDoNotUseAnnotations(dc, merged, raw, false);
4599 28 Sep 17 nicklas 318       dc.saveItem(raw);
4599 28 Sep 17 nicklas 319       
4599 28 Sep 17 nicklas 320       String cufflinksFolder = fastQFolder + "/"+raw.getName().substring(merged.getName().length()+1);
4599 28 Sep 17 nicklas 321       if (debug && !cufflinksFolder.startsWith("/debug"))
4599 28 Sep 17 nicklas 322       {
4599 28 Sep 17 nicklas 323         cufflinksFolder = "/debug" + cufflinksFolder;
4599 28 Sep 17 nicklas 324       }
4599 28 Sep 17 nicklas 325       Annotationtype.DATA_FILES_FOLDER.setAnnotationValue(dc, raw, cufflinksFolder);
4599 28 Sep 17 nicklas 326       if (autoConfirm)
4599 28 Sep 17 nicklas 327       {
4599 28 Sep 17 nicklas 328         Annotationtype.AUTO_PROCESSING.setAnnotationValue(dc, raw, "AutoConfirm");
4599 28 Sep 17 nicklas 329       }
4599 28 Sep 17 nicklas 330       cufflinksJob.setParameterValue("rawBioAssay", rawType, raw);
3755 18 Feb 16 nicklas 331
4599 28 Sep 17 nicklas 332       // Checks to make sure no bad things are included in script file
4599 28 Sep 17 nicklas 333       ScriptUtil.checkValidPath(cufflinksFolder, true, true);
4599 28 Sep 17 nicklas 334       ScriptUtil.checkValidScriptParameter(raw.getName());
4599 28 Sep 17 nicklas 335   
4599 28 Sep 17 nicklas 336       ScriptBuilder script = new ScriptBuilder();
6665 05 Apr 22 nicklas 337       script.cmd(debug ? "set -ex" : "set -e");
5596 11 Sep 19 nicklas 338       // Set file permissions based on consent or external group!
5596 11 Sep 19 nicklas 339       String externalGroup = isExternal ? Reggie.getExternalGroup(merged.getName()) : null;
5596 11 Sep 19 nicklas 340       ScriptUtil.setUmaskForItem(dc, lib, externalGroup, script);
4599 28 Sep 17 nicklas 341       script.newLine();
6693 22 Apr 22 nicklas 342       script.cmd(global_env);
6675 13 Apr 22 nicklas 343       script.export("ArchiveFolder", archiveFolder);
6675 13 Apr 22 nicklas 344       script.export("FastqFolder", "${ArchiveFolder}"+fastQFolder);
6675 13 Apr 22 nicklas 345       script.export("CufflinksFolder", "${ArchiveFolder}"+cufflinksFolder);
4599 28 Sep 17 nicklas 346       script.newLine();
6675 13 Apr 22 nicklas 347       script.cmd(legacy_env);
6675 13 Apr 22 nicklas 348       if (debug) script.cmd(legacy_envdebug);
6675 13 Apr 22 nicklas 349       script.export("TophatOptions", "${TophatOptions} --mate-inner-dist "+mateInnerDist+" --mate-std-dev "+mateStdDev);
4599 28 Sep 17 nicklas 350       script.newLine();
6675 13 Apr 22 nicklas 351       script.cmd(legacy_execute);
4599 28 Sep 17 nicklas 352       script.newLine();
5596 11 Sep 19 nicklas 353       if (externalGroup != null)
5596 11 Sep 19 nicklas 354       {
5930 06 May 20 nicklas 355         ScriptUtil.addChgrp(externalGroup, "${CufflinksFolder}", rawName, null, script);
5596 11 Sep 19 nicklas 356       }
6675 13 Apr 22 nicklas 357
6674 11 Apr 22 nicklas 358       JobDefinition jobDef = new JobDefinition("Cufflinks", jobConfig, batchConfig, cufflinksJob);
6675 13 Apr 22 nicklas 359       jobDef.addFile(ScriptUtil.upload("legacy.sh"));
6675 13 Apr 22 nicklas 360       jobDef.addFile(ScriptUtil.upload("reggie-utils.sh"));
6675 13 Apr 22 nicklas 361       jobDef.addFile(ScriptUtil.upload("stdwrap.sh"));
6675 13 Apr 22 nicklas 362       jobDef.addFile(ScriptUtil.upload("alignment_statistics.sh"));
6675 13 Apr 22 nicklas 363       jobDef.addFile(ScriptUtil.upload("singlecolumnaverager.awk"));
6675 13 Apr 22 nicklas 364       jobDef.addFile(ScriptUtil.upload("fix_cufflinks_tracking_id.sh"));
4599 28 Sep 17 nicklas 365       jobDef.setDebug(debug);
4599 28 Sep 17 nicklas 366       jobDef.setCmd(script.toString());
4599 28 Sep 17 nicklas 367       jobDefs.add(jobDef);
3069 09 Jan 15 nicklas 368     }
4599 28 Sep 17 nicklas 369       
3069 09 Jan 15 nicklas 370     
4599 28 Sep 17 nicklas 371     return jobDefs;
3069 09 Jan 15 nicklas 372   }
3069 09 Jan 15 nicklas 373   
3069 09 Jan 15 nicklas 374   /**
4543 27 Jun 17 nicklas 375     Sum all parts of the read string that generate
4543 27 Jun 17 nicklas 376     an ouput read (eg. all T and S)
4543 27 Jun 17 nicklas 377   */
4543 27 Jun 17 nicklas 378   public int getTotalReadSize(String readString)
4543 27 Jun 17 nicklas 379   {
4543 27 Jun 17 nicklas 380     Pattern p = Pattern.compile("(\\d+)(T|S)");
4543 27 Jun 17 nicklas 381     Matcher m = p.matcher(readString);
4543 27 Jun 17 nicklas 382     int totalReadSize = 0;
4543 27 Jun 17 nicklas 383     while (m.find())
4543 27 Jun 17 nicklas 384     {
4543 27 Jun 17 nicklas 385       totalReadSize += Values.getInt(m.group(1));
4543 27 Jun 17 nicklas 386     }
4543 27 Jun 17 nicklas 387     return totalReadSize;
4543 27 Jun 17 nicklas 388   }
4543 27 Jun 17 nicklas 389
4543 27 Jun 17 nicklas 390   /**
3069 09 Jan 15 nicklas 391     Job completion handler for cufflinks jobs.
3069 09 Jan 15 nicklas 392   */
3069 09 Jan 15 nicklas 393   public static class CufflinksJobCompletionHandler
3069 09 Jan 15 nicklas 394     implements JobCompletionHandler
3069 09 Jan 15 nicklas 395   {
7079 27 Mar 23 nicklas 396     private static final ExtensionsLogger logger = 
7079 27 Mar 23 nicklas 397       ExtensionsLog.getLogger(JobCompletionHandlerFactory.ID, true).wrap(LoggerFactory.getLogger(CufflinksJobCompletionHandler.class));
3069 09 Jan 15 nicklas 398     
3069 09 Jan 15 nicklas 399     public CufflinksJobCompletionHandler()
3069 09 Jan 15 nicklas 400     {}
3069 09 Jan 15 nicklas 401   
3069 09 Jan 15 nicklas 402     @Override
4272 16 Dec 16 nicklas 403     public String jobCompleted(SessionControl sc, OpenGridSession session, Job job, JobStatus status)
3069 09 Jan 15 nicklas 404     {
4272 16 Dec 16 nicklas 405       
4272 16 Dec 16 nicklas 406       String jobName = status.getName();
4545 28 Jun 17 nicklas 407       String masked = session.getJobFileAsString(jobName, "masked.out", "UTF-8");
4545 28 Jun 17 nicklas 408       String alignStatistics = session.getJobFileAsString(jobName, "alignment_statistics.out", "UTF-8");
4545 28 Jun 17 nicklas 409       String picardMetrics = session.getJobFileAsString(jobName, "accepted_hits_picardmetrics.csv", "UTF-8");
4545 28 Jun 17 nicklas 410       String fragments = session.getJobFileAsString(jobName, "fragments.out", "UTF-8");
4545 28 Jun 17 nicklas 411       String files = session.getJobFileAsString(jobName, "files.out", "UTF-8");
3069 09 Jan 15 nicklas 412   
4545 28 Jun 17 nicklas 413       Metrics metrics = parseCufflinksOut(sc, job, masked, alignStatistics, picardMetrics, fragments, files);
4545 28 Jun 17 nicklas 414       String msg = Values.formatNumber(metrics.numReadsAfterMask/1000000f, 1) + "M reads after mask; ";
4545 28 Jun 17 nicklas 415       msg += Values.formatNumber(metrics.numReadsAfterAlign/1000000f, 1) + "M reads after alignment; ";
4676 08 Feb 18 nicklas 416       msg += Values.formatNumber(metrics.fractionDuplication * 100,  1) + "% duplicates";
4545 28 Jun 17 nicklas 417       msg += "; Cufflinks completed.";
3069 09 Jan 15 nicklas 418       return msg;
3069 09 Jan 15 nicklas 419     }
3069 09 Jan 15 nicklas 420     
4545 28 Jun 17 nicklas 421     private Metrics parseCufflinksOut(SessionControl sc, Job job, String maskedOut, String alignOut, String picardMetrics, String fragments, String filesOut)
3069 09 Jan 15 nicklas 422     {
4545 28 Jun 17 nicklas 423       Metrics metrics = new Metrics();
3069 09 Jan 15 nicklas 424       
4545 28 Jun 17 nicklas 425       Pattern p = Pattern.compile("\\s+(\\d+).*aligned concordantly 0 times.*");
4545 28 Jun 17 nicklas 426       for (String line : maskedOut.split("\n"))
4545 28 Jun 17 nicklas 427       {
4545 28 Jun 17 nicklas 428         Matcher m = p.matcher(line);
4545 28 Jun 17 nicklas 429         if (m.matches())
4545 28 Jun 17 nicklas 430         {
4545 28 Jun 17 nicklas 431           metrics.numReadsAfterMask = Values.getLong(m.group(1), null);
4545 28 Jun 17 nicklas 432           if (logger.isDebugEnabled())
4545 28 Jun 17 nicklas 433           {
4545 28 Jun 17 nicklas 434             logger.debug("Found match: " + line + "; numReadsAfterMask="+metrics.numReadsAfterMask);
4545 28 Jun 17 nicklas 435           }
4545 28 Jun 17 nicklas 436           break;
4545 28 Jun 17 nicklas 437         }
4545 28 Jun 17 nicklas 438       }
4545 28 Jun 17 nicklas 439       
4545 28 Jun 17 nicklas 440       p = Pattern.compile("(\\d+)");
4545 28 Jun 17 nicklas 441       for (String line : alignOut.split("\n"))
4545 28 Jun 17 nicklas 442       {
4545 28 Jun 17 nicklas 443         Matcher m = p.matcher(line);
4545 28 Jun 17 nicklas 444         if (m.matches())
4545 28 Jun 17 nicklas 445         {
4545 28 Jun 17 nicklas 446           metrics.numReadsAfterAlign = Values.getLong(m.group(1), null);
4545 28 Jun 17 nicklas 447           if (logger.isDebugEnabled())
4545 28 Jun 17 nicklas 448           {
4545 28 Jun 17 nicklas 449             logger.debug("Found match: " + line + "; numReadsAfterAlign="+metrics.numReadsAfterAlign);
4545 28 Jun 17 nicklas 450           }
4545 28 Jun 17 nicklas 451           break;
4545 28 Jun 17 nicklas 452         }        
4545 28 Jun 17 nicklas 453       }
4545 28 Jun 17 nicklas 454
4545 28 Jun 17 nicklas 455       int readPairsExaminedIndex = -1;
4545 28 Jun 17 nicklas 456       int readPairDuplicatesIndex = -1;
4545 28 Jun 17 nicklas 457       int percentDuplicationIndex = -1;
4545 28 Jun 17 nicklas 458       
4545 28 Jun 17 nicklas 459       for (String line : picardMetrics.split("\n"))
4545 28 Jun 17 nicklas 460       {
4545 28 Jun 17 nicklas 461         String[] cols = line.split("\t");
4545 28 Jun 17 nicklas 462         if (cols.length >= 9)
4545 28 Jun 17 nicklas 463         {
4545 28 Jun 17 nicklas 464           if (readPairsExaminedIndex == -1)
4545 28 Jun 17 nicklas 465           {
4545 28 Jun 17 nicklas 466             List<String> colsA = Arrays.asList(cols);
4545 28 Jun 17 nicklas 467             readPairsExaminedIndex = colsA.indexOf("READ_PAIRS_EXAMINED");
4545 28 Jun 17 nicklas 468             readPairDuplicatesIndex = colsA.indexOf("READ_PAIR_DUPLICATES");
4545 28 Jun 17 nicklas 469             percentDuplicationIndex = colsA.indexOf("PERCENT_DUPLICATION");
4545 28 Jun 17 nicklas 470           }
4545 28 Jun 17 nicklas 471           else
4545 28 Jun 17 nicklas 472           {
4545 28 Jun 17 nicklas 473             metrics.readPairsExamined = Values.getLong(cols[readPairsExaminedIndex], null);
4545 28 Jun 17 nicklas 474             metrics.readPairDuplicates = Values.getLong(cols[readPairDuplicatesIndex], null);
4545 28 Jun 17 nicklas 475             metrics.fractionDuplication = Values.getFloat(cols[percentDuplicationIndex], null);
4545 28 Jun 17 nicklas 476           }
4545 28 Jun 17 nicklas 477         }
4545 28 Jun 17 nicklas 478       }
4545 28 Jun 17 nicklas 479       
4545 28 Jun 17 nicklas 480       // Fragments
4545 28 Jun 17 nicklas 481       p = Pattern.compile("(\\d+)\\t(\\d+\\.?\\d*)\\t(\\d+\\.?\\d*)");
4545 28 Jun 17 nicklas 482       for (String line : fragments.split("\n"))
4545 28 Jun 17 nicklas 483       {
4545 28 Jun 17 nicklas 484         Matcher m = p.matcher(line);
4545 28 Jun 17 nicklas 485         if (m.matches())
4545 28 Jun 17 nicklas 486         {
4545 28 Jun 17 nicklas 487           metrics.fragmentSizeCount = Values.getInt(m.group(1), -1);
4545 28 Jun 17 nicklas 488           metrics.fragmentSizeAvg = Values.getInt(m.group(2), -1);
4545 28 Jun 17 nicklas 489           metrics.fragmentSizeStd = Values.getInt(m.group(3), -1);
4545 28 Jun 17 nicklas 490         }
4545 28 Jun 17 nicklas 491       }
4545 28 Jun 17 nicklas 492
3069 09 Jan 15 nicklas 493       DbControl dc = null;
3069 09 Jan 15 nicklas 494       try
3069 09 Jan 15 nicklas 495       {
6599 22 Feb 22 nicklas 496         dc = sc.newDbControl("Reggie: Cufflinks completed handler");
3069 09 Jan 15 nicklas 497         
4545 28 Jun 17 nicklas 498         Rawbioassay rawCufflinks = Rawbioassay.getByJob(dc, job);
4545 28 Jun 17 nicklas 499         AlignedSequences alignedSequences = rawCufflinks.getAlignedSequences(dc);
4545 28 Jun 17 nicklas 500         MaskedSequences maskedSequences = alignedSequences.getMaskedSequences(dc);
3069 09 Jan 15 nicklas 501         
4545 28 Jun 17 nicklas 502         RawBioAssay raw = rawCufflinks.getItem();
4545 28 Jun 17 nicklas 503         DerivedBioAssay aligned = alignedSequences.getItem();
4545 28 Jun 17 nicklas 504         DerivedBioAssay masked = maskedSequences.getItem();
4545 28 Jun 17 nicklas 505   
4545 28 Jun 17 nicklas 506         Annotationtype.PM_READS.setAnnotationValue(dc, masked, metrics.numReadsAfterMask);
4545 28 Jun 17 nicklas 507         Annotationtype.ALIGNED_PAIRS.setAnnotationValue(dc, aligned, metrics.numReadsAfterAlign);
4545 28 Jun 17 nicklas 508         Annotationtype.READ_PAIRS_EXAMINED.setAnnotationValue(dc, aligned, metrics.readPairsExamined);
4545 28 Jun 17 nicklas 509         Annotationtype.READ_PAIR_DUPLICATES.setAnnotationValue(dc, aligned, metrics.readPairDuplicates);
4545 28 Jun 17 nicklas 510         Annotationtype.FRACTION_DUPLICATION.setAnnotationValue(dc, aligned, metrics.fractionDuplication);
4545 28 Jun 17 nicklas 511         Annotationtype.FRAGMENT_SIZE_AVG.setAnnotationValue(dc, aligned, metrics.fragmentSizeAvg);
4545 28 Jun 17 nicklas 512         Annotationtype.FRAGMENT_SIZE_STDEV.setAnnotationValue(dc, aligned, metrics.fragmentSizeStd);
4545 28 Jun 17 nicklas 513         
3069 09 Jan 15 nicklas 514         // Create file links
5553 12 Aug 19 nicklas 515         boolean useExternalProjectArchive = Reggie.isExternalItem(raw.getName());
3606 16 Nov 15 nicklas 516         FileServer fileArchive = useExternalProjectArchive ? Fileserver.EXTERNAL_ARCHIVE.load(dc) : Fileserver.PROJECT_ARCHIVE.load(dc);
3606 16 Nov 15 nicklas 517         String analysisDir = useExternalProjectArchive ? Reggie.EXTERNAL_ANALYSIS_DIR : Reggie.SECONDARY_ANALYSIS_DIR;
3606 16 Nov 15 nicklas 518
3069 09 Jan 15 nicklas 519         String dataFilesFolder = (String)Annotationtype.DATA_FILES_FOLDER.getAnnotationValue(dc, raw);
3069 09 Jan 15 nicklas 520         String baseFolder = Reggie.convertDataFilesFolderToBaseFolder(dataFilesFolder);
3606 16 Nov 15 nicklas 521         Directory localDataDir = Directory.getNew(dc, new Path(analysisDir+baseFolder, Path.Type.DIRECTORY));
3069 09 Jan 15 nicklas 522         
3069 09 Jan 15 nicklas 523         DataFileType fpkmData = Datafiletype.FPKM.load(dc);
3069 09 Jan 15 nicklas 524         ItemSubtype fpkmType = fpkmData.getGenericType();
3069 09 Jan 15 nicklas 525   
4545 28 Jun 17 nicklas 526         DataFileType bamData = Datafiletype.BAM.load(dc);
4545 28 Jun 17 nicklas 527         ItemSubtype bamType = bamData.getGenericType();
4545 28 Jun 17 nicklas 528
3069 09 Jan 15 nicklas 529         int lineNo = 0;
3069 09 Jan 15 nicklas 530         File fpkmFile = null;
3069 09 Jan 15 nicklas 531         for (String line : filesOut.split("\n"))
3069 09 Jan 15 nicklas 532         {
3069 09 Jan 15 nicklas 533           lineNo++;
3069 09 Jan 15 nicklas 534           
3069 09 Jan 15 nicklas 535           File f = File.getFile(dc, localDataDir, line.substring(line.lastIndexOf("/")+1), true);
3606 16 Nov 15 nicklas 536           f.setFileServer(fileArchive);
3606 16 Nov 15 nicklas 537           String fileUrl = "sftp://" + fileArchive.getHost() + dataFilesFolder + "/" + f.getName();
3069 09 Jan 15 nicklas 538           try
3069 09 Jan 15 nicklas 539           {
3069 09 Jan 15 nicklas 540             f.setUrl(fileUrl, true);
3069 09 Jan 15 nicklas 541           }
3069 09 Jan 15 nicklas 542           catch (RuntimeException ex)
3069 09 Jan 15 nicklas 543           {
3069 09 Jan 15 nicklas 544             f.setUrl(fileUrl, false);
3069 09 Jan 15 nicklas 545           }
3069 09 Jan 15 nicklas 546           if (!f.isInDatabase())
3069 09 Jan 15 nicklas 547           {
3069 09 Jan 15 nicklas 548             dc.saveItem(f);
3069 09 Jan 15 nicklas 549           }
4545 28 Jun 17 nicklas 550           if (f.getName().equals("accepted_hits.bam"))
3069 09 Jan 15 nicklas 551           {
4545 28 Jun 17 nicklas 552             f.setDescription(metrics.numReadsAfterAlign + " ALIGNED PAIRS");
4545 28 Jun 17 nicklas 553             f.setItemSubtype(bamType);
4545 28 Jun 17 nicklas 554             FileSetMember member = aligned.getFileSet().addMember(f, bamData);
4545 28 Jun 17 nicklas 555           }
4545 28 Jun 17 nicklas 556           else if (f.getName().equals("isoforms.fpkm_tracking"))
4545 28 Jun 17 nicklas 557           {
3069 09 Jan 15 nicklas 558             f.setItemSubtype(fpkmType);
3069 09 Jan 15 nicklas 559             FileSetMember member = raw.getFileSet().addMember(f, fpkmData);
3069 09 Jan 15 nicklas 560             fpkmFile = f;
3069 09 Jan 15 nicklas 561           }
3069 09 Jan 15 nicklas 562           else
3069 09 Jan 15 nicklas 563           {
3069 09 Jan 15 nicklas 564             AnyToAny link = AnyToAny.getNewOrExisting(dc, raw, f.getName(), f, true);
3069 09 Jan 15 nicklas 565             if (!link.isInDatabase()) dc.saveItem(link);
3069 09 Jan 15 nicklas 566           }
3069 09 Jan 15 nicklas 567         }
3069 09 Jan 15 nicklas 568         dc.commit();
3069 09 Jan 15 nicklas 569       }
3069 09 Jan 15 nicklas 570       finally
3069 09 Jan 15 nicklas 571       {
3069 09 Jan 15 nicklas 572         if (dc != null) dc.close();
3069 09 Jan 15 nicklas 573       }
4545 28 Jun 17 nicklas 574       
4545 28 Jun 17 nicklas 575       return metrics;
3069 09 Jan 15 nicklas 576     }
3069 09 Jan 15 nicklas 577   }
4545 28 Jun 17 nicklas 578   
4545 28 Jun 17 nicklas 579   static class Metrics
4545 28 Jun 17 nicklas 580   {
4545 28 Jun 17 nicklas 581     Long numReadsAfterMask = null;
4545 28 Jun 17 nicklas 582     Long numReadsAfterAlign = null;
4545 28 Jun 17 nicklas 583     Long readPairsExamined = null;
4545 28 Jun 17 nicklas 584     Long readPairDuplicates = null;
4545 28 Jun 17 nicklas 585     Float fractionDuplication = null;
4545 28 Jun 17 nicklas 586     int fragmentSizeAvg = -1;
4545 28 Jun 17 nicklas 587     int fragmentSizeStd = -1;
4545 28 Jun 17 nicklas 588     int fragmentSizeCount = -1;
4545 28 Jun 17 nicklas 589   }
3069 09 Jan 15 nicklas 590
3069 09 Jan 15 nicklas 591 }

Generated on Tue Nov 21 03:33:53 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)