extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/grid/scripts/alignment_statistics.sh

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6640 11 Mar 22 nicklas 1 #!/bin/bash
6640 11 Mar 22 nicklas 2
6640 11 Mar 22 nicklas 3 # $Id $
6640 11 Mar 22 nicklas 4
6640 11 Mar 22 nicklas 5 # Nicklas Nordborg
6640 11 Mar 22 nicklas 6
6640 11 Mar 22 nicklas 7 # run ./alignment_statistics.sh path-to-aligned-bam <path-to-unmapped-bam>
6640 11 Mar 22 nicklas 8
6640 11 Mar 22 nicklas 9 ALIGNMENT_BAM=$1
6640 11 Mar 22 nicklas 10 UNMAPPED_BAM=$2
6640 11 Mar 22 nicklas 11
6640 11 Mar 22 nicklas 12 # Flag   Chr  Description
6640 11 Mar 22 nicklas 13 # 0x0001  p  the read is paired in sequencing
6640 11 Mar 22 nicklas 14 # 0x0002  P  the read is mapped in a proper pair
6640 11 Mar 22 nicklas 15 # 0x0004  u  the query sequence itself is unmapped
6640 11 Mar 22 nicklas 16 # 0x0008  U  the mate is unmapped
6640 11 Mar 22 nicklas 17 # 0x0010  r  strand of the query (1 for reverse)
6640 11 Mar 22 nicklas 18 # 0x0020  R  strand of the mate
6640 11 Mar 22 nicklas 19 # 0x0040  1  the read is the first read in a pair
6640 11 Mar 22 nicklas 20 # 0x0080  2  the read is the second read in a pair
6640 11 Mar 22 nicklas 21 # 0x0100  s  the alignment is not primary
6640 11 Mar 22 nicklas 22 # 0x0200  f  the read fails platform/vendor quality checks
6640 11 Mar 22 nicklas 23 # 0x0400  d  the read is either a PCR or an optical duplicate
6640 11 Mar 22 nicklas 24
6640 11 Mar 22 nicklas 25   SamtoolsVersion=`${SAMTOOLS} |& grep Version`
6640 11 Mar 22 nicklas 26   echo "${SAMTOOLS} ${SamtoolsVersion}"
6640 11 Mar 22 nicklas 27   echo "---------------------"
6640 11 Mar 22 nicklas 28  
6640 11 Mar 22 nicklas 29 if [ -f "${ALIGNMENT_BAM}" ]; then
6640 11 Mar 22 nicklas 30   cmd="${SAMTOOLS} view -c"
6640 11 Mar 22 nicklas 31   # skip not primary alignments
6640 11 Mar 22 nicklas 32   cmd=${cmd}" -F 0x0100"
6640 11 Mar 22 nicklas 33   # keep first reads and mapped proper pair
6640 11 Mar 22 nicklas 34   cmd=${cmd}" -f 0x0042" 
6640 11 Mar 22 nicklas 35   cmd=${cmd}" ${ALIGNMENT_BAM}"
6640 11 Mar 22 nicklas 36   echo ${cmd}
6640 11 Mar 22 nicklas 37   ${cmd}
6640 11 Mar 22 nicklas 38
6640 11 Mar 22 nicklas 39   echo "---------------------"
6640 11 Mar 22 nicklas 40
6640 11 Mar 22 nicklas 41   cmd="${SAMTOOLS} flagstat"
6640 11 Mar 22 nicklas 42   cmd=${cmd}" ${ALIGNMENT_BAM}"
6640 11 Mar 22 nicklas 43   echo ${cmd}
6640 11 Mar 22 nicklas 44   ${cmd}
6640 11 Mar 22 nicklas 45
6640 11 Mar 22 nicklas 46   echo "---------------------"
6640 11 Mar 22 nicklas 47 fi
6640 11 Mar 22 nicklas 48
6640 11 Mar 22 nicklas 49 if [ -f "${UNMAPPED_BAM}" ]; then
6640 11 Mar 22 nicklas 50   cmd="${SAMTOOLS} flagstat"
6640 11 Mar 22 nicklas 51   cmd=${cmd}" ${UNMAPPED_BAM}"
6640 11 Mar 22 nicklas 52   echo ${cmd}
6640 11 Mar 22 nicklas 53  ${cmd}
6640 11 Mar 22 nicklas 54 fi

Generated on Tue Nov 21 03:33:35 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)