extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/grid/scripts/allele_counter.R

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7270 28 Jun 23 nicklas 1 #!/usr/bin/env Rscript
7270 28 Jun 23 nicklas 2 #
7270 28 Jun 23 nicklas 3 # Wrapper script for running ascat.prepareHTS()
7270 28 Jun 23 nicklas 4 # 
7270 28 Jun 23 nicklas 5
7270 28 Jun 23 nicklas 6
7278 10 Aug 23 nicklas 7 # Parse arguments
7278 10 Aug 23 nicklas 8 library("argparser")
7278 10 Aug 23 nicklas 9 parser <- arg_parser("Wrapper script for ascat.prepareHTS", hide.opts=T)
7278 10 Aug 23 nicklas 10 parser <- add_argument(parser, "tumorBam", help="Path to tumor BAM")
7278 10 Aug 23 nicklas 11 parser <- add_argument(parser, "normalBam", help="Path to normal BAM")
7278 10 Aug 23 nicklas 12 parser <- add_argument(parser, "allelesPrefix", help="Prefix for allele files")
7278 10 Aug 23 nicklas 13 parser <- add_argument(parser, "lociPrefix", help="Prefix for loci files")
7278 10 Aug 23 nicklas 14 parser <- add_argument(parser, "--outputDir", default=".", help="Path to output directory")
7278 10 Aug 23 nicklas 15 parser <- add_argument(parser, "--tumorName", default="Tumor", help="Name of tumor sample", )
7278 10 Aug 23 nicklas 16 parser <- add_argument(parser, "--normalName", default="Normal", help="Name of normal sample")
7278 10 Aug 23 nicklas 17 parser <- add_argument(parser, "--gender", default="XX", help="Gender: XX or XY")
7278 10 Aug 23 nicklas 18 parser <- add_argument(parser, "--genomeVersion", default="hg38", help="Genome version: hg19 or hg38")
7278 10 Aug 23 nicklas 19 parser <- add_argument(parser, "--minCounts", default=20, help="Minimum depth required in the normal for a SNP to be considered")
7278 10 Aug 23 nicklas 20 parser <- add_argument(parser, "--minBaseQual", default=20, help="Minimum base quality required for a read to be counted")
7278 10 Aug 23 nicklas 21 parser <- add_argument(parser, "--minMapQual", default=35, help="Minimum mapping quality required for a read to be counted")
7278 10 Aug 23 nicklas 22 parser <- add_argument(parser, "--threads", default=1, help="Number of parallel threads")
7278 10 Aug 23 nicklas 23 argv <- parse_args(parser)
7278 10 Aug 23 nicklas 24
7278 10 Aug 23 nicklas 25
7270 28 Jun 23 nicklas 26 library("ASCAT")
7270 28 Jun 23 nicklas 27
7270 28 Jun 23 nicklas 28 ascat.prepareHTS(
7278 10 Aug 23 nicklas 29   argv$tumorBam,
7278 10 Aug 23 nicklas 30   argv$normalBam,
7278 10 Aug 23 nicklas 31   argv$tumorName,
7278 10 Aug 23 nicklas 32   argv$normalName,
7270 28 Jun 23 nicklas 33   'alleleCounter',
7278 10 Aug 23 nicklas 34   argv$allelesPrefix,
7278 10 Aug 23 nicklas 35   argv$lociPrefix,
7278 10 Aug 23 nicklas 36   gender=argv$gender,
7278 10 Aug 23 nicklas 37   genomeVersion=argv$genomeVersion,
7278 10 Aug 23 nicklas 38   nthreads=argv$threads,
7278 10 Aug 23 nicklas 39   tumourLogR_file=paste0(argv$outputDir, '/tumor_logr.txt'),
7278 10 Aug 23 nicklas 40   tumourBAF_file=paste0(argv$outputDir, '/tumor_baf.txt'),
7278 10 Aug 23 nicklas 41   normalLogR_file=paste0(argv$outputDir, '/normal_logr.txt'),
7278 10 Aug 23 nicklas 42   normalBAF_file=paste0(argv$outputDir, '/normal_baf.txt'),
7278 10 Aug 23 nicklas 43   minCounts=argv$minCounts,
7278 10 Aug 23 nicklas 44   min_base_qual=argv$minBaseQual,
7278 10 Aug 23 nicklas 45   min_map_qual=argv$mimMapQual
7270 28 Jun 23 nicklas 46   )

Generated on Tue Nov 21 03:33:35 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)