extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/grid/scripts/mbaf.sh

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6630 07 Mar 22 nicklas 1 #!/bin/bash
6628 07 Mar 22 nicklas 2 ##
6628 07 Mar 22 nicklas 3 ## Pipeline script for the mBaf analysis. It requries an 'alignment.bam' file and
6628 07 Mar 22 nicklas 4 ## output genotypes in 'mbaf_genotype.vcf' to the same directory.
6628 07 Mar 22 nicklas 5 ##
6631 08 Mar 22 nicklas 6 ## Environment variables that should be defined (in job.sh) before calling this script
6628 07 Mar 22 nicklas 7 ##  -BamFolder: Path to folder where alignment.bam is found (results will also be saved here)
6628 07 Mar 22 nicklas 8 ##  -BamName: Base part of alignment BAM file (eg. alignment)
6628 07 Mar 22 nicklas 9 ##  -JAVA: Path to JAVA program
6628 07 Mar 22 nicklas 10 ##  -GATK: Path to GATK JAR file
6628 07 Mar 22 nicklas 11 ##  -DBSNP: Path to VCF file with SNP variants that should be genotyped
6640 11 Mar 22 nicklas 12 ##  -HCRef: Path to reference genome FASTA file
6628 07 Mar 22 nicklas 13 ##  -HaplotypeCallerOptions: Other options for the the HaplotypeCaller program
6628 07 Mar 22 nicklas 14 ##  -TMPDIR: Path to a local temporary working directory
6628 07 Mar 22 nicklas 15 ##
6628 07 Mar 22 nicklas 16
6628 07 Mar 22 nicklas 17 set -e
6628 07 Mar 22 nicklas 18
6628 07 Mar 22 nicklas 19 ## Import utility functions
6628 07 Mar 22 nicklas 20 source ./reggie-utils.sh
6628 07 Mar 22 nicklas 21
6628 07 Mar 22 nicklas 22 ## Verify settings in options
6653 23 Mar 22 nicklas 23 rg_var_isdir "BamFolder" "TMPDIR" "WD"
6653 23 Mar 22 nicklas 24 rg_var_isfile "JAVA" "GATK" "DBSNP" "HCRef"
6653 23 Mar 22 nicklas 25 rg_var_isset "BamName"
6628 07 Mar 22 nicklas 26 rg_file_exists "${BamFolder}/${BamName}.bam" "${BamFolder}/${BamName}.bai"
6628 07 Mar 22 nicklas 27
6628 07 Mar 22 nicklas 28 ## Move to the temporary working directory
6628 07 Mar 22 nicklas 29 cd ${TMPDIR}
6669 06 Apr 22 nicklas 30 mkdir -p bam
6669 06 Apr 22 nicklas 31 mkdir -p mbaf
6669 06 Apr 22 nicklas 32 mkdir -p done
6628 07 Mar 22 nicklas 33
6628 07 Mar 22 nicklas 34 ## Copy BAM file to local working directory
6669 06 Apr 22 nicklas 35 if [ ! -f "done/copy.done" ]; then
6669 06 Apr 22 nicklas 36   rg_progress 10 "Copying BAM file"
6669 06 Apr 22 nicklas 37   cp ${BamFolder}/${BamName}.bam bam/alignment.bam
6669 06 Apr 22 nicklas 38   cp ${BamFolder}/${BamName}.bai bam/alignment.bai
6669 06 Apr 22 nicklas 39   touch "done/copy.done"
6669 06 Apr 22 nicklas 40 fi
6628 07 Mar 22 nicklas 41
6628 07 Mar 22 nicklas 42 ## Run GATK HaplotypeCaller
6669 06 Apr 22 nicklas 43 if [ ! -f "done/haplotypecaller.done" ]; then
6669 06 Apr 22 nicklas 44   rg_progress 20 "Running HaplotypeCaller"
6669 06 Apr 22 nicklas 45   ${WD}/stdwrap.sh ${JAVA} ${JavaOptions} \
6669 06 Apr 22 nicklas 46     -jar ${GATK} -T HaplotypeCaller \
6669 06 Apr 22 nicklas 47     -R ${HCRef} \
6669 06 Apr 22 nicklas 48     --genotyping_mode GENOTYPE_GIVEN_ALLELES \
6669 06 Apr 22 nicklas 49     -L ${DBSNP} --dbsnp ${DBSNP} --alleles ${DBSNP} \
6669 06 Apr 22 nicklas 50     ${HaplotypeCallerOptions} \
6669 06 Apr 22 nicklas 51     -I bam/alignment.bam \
6669 06 Apr 22 nicklas 52     -o mbaf/mbaf_genotype.vcf \
6669 06 Apr 22 nicklas 53     > mbaf/mbaf_HaplotypeCaller.out
6669 06 Apr 22 nicklas 54   touch "done/haplotypecaller.done"
6669 06 Apr 22 nicklas 55 fi
6628 07 Mar 22 nicklas 56
6628 07 Mar 22 nicklas 57 rg_progress 90 "Copying result files to project archive"
6628 07 Mar 22 nicklas 58 \cp mbaf/mbaf* ${BamFolder}
6628 07 Mar 22 nicklas 59 ls -1 mbaf/mbaf* > ${WD}/files.out
6628 07 Mar 22 nicklas 60
6640 11 Mar 22 nicklas 61 rg_progress 99 "Analysis completed, cleaning up..."

Generated on Tue Nov 21 03:33:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)