extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/plugins/cmd/DemuxInfo.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6204 09 Apr 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.plugins.cmd;
6204 09 Apr 21 nicklas 2
6204 09 Apr 21 nicklas 3 import java.util.List;
6204 09 Apr 21 nicklas 4
6204 09 Apr 21 nicklas 5 import net.sf.basedb.core.DbControl;
6204 09 Apr 21 nicklas 6 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
6204 09 Apr 21 nicklas 7 import net.sf.basedb.core.Software;
6204 09 Apr 21 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.query.Annotations;
6204 09 Apr 21 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
6204 09 Apr 21 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
6204 09 Apr 21 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
6204 09 Apr 21 nicklas 12 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
6204 09 Apr 21 nicklas 13 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
6204 09 Apr 21 nicklas 14 import net.sf.basedb.reggie.dao.Pipeline;
6204 09 Apr 21 nicklas 15 import net.sf.basedb.reggie.dao.Subtype;
6204 09 Apr 21 nicklas 16
6204 09 Apr 21 nicklas 17 /**
6204 09 Apr 21 nicklas 18   Holds all information about a demux. Validation will
6204 09 Apr 21 nicklas 19   be done at construction and errors are reported to
6204 09 Apr 21 nicklas 20   the JsonSection. Check the 'valid' flag before using
6204 09 Apr 21 nicklas 21   the information.
6204 09 Apr 21 nicklas 22   
6204 09 Apr 21 nicklas 23   @since 4.32
6204 09 Apr 21 nicklas 24 */
6204 09 Apr 21 nicklas 25 public class DemuxInfo 
6204 09 Apr 21 nicklas 26 {
6204 09 Apr 21 nicklas 27
6204 09 Apr 21 nicklas 28   public Software software;
6204 09 Apr 21 nicklas 29   public String readString;
6215 16 Apr 21 nicklas 30   public Long pfReads;
6215 16 Apr 21 nicklas 31   public Long reads;
6204 09 Apr 21 nicklas 32
6215 16 Apr 21 nicklas 33   public boolean valid = false;
6215 16 Apr 21 nicklas 34
6893 25 Nov 22 nicklas 35   public DemuxInfo(JsonSection demuxSection, JsonSection mergeSection, MainInfo main)
6204 09 Apr 21 nicklas 36   {
6215 16 Apr 21 nicklas 37     if (demuxSection != null && mergeSection != null)
6204 09 Apr 21 nicklas 38     {
6215 16 Apr 21 nicklas 39       software = demuxSection.getRequiredEntry("Software", SoftwareValidator.INSTANCE);
6215 16 Apr 21 nicklas 40       readString = demuxSection.getRequiredEntry("ReadString", PatternValidator.READ_STRING);
7286 15 Aug 23 nicklas 41       pfReads = mergeSection.getRequiredEntry("PF_READS", LongValidator.POSITIVE.warnIf(20000000l, 75000000l)); // Warn if less than 20M or more than 75M reads
6215 16 Apr 21 nicklas 42       reads = pfReads; // 
6215 16 Apr 21 nicklas 43       valid = !demuxSection.hasError() && !mergeSection.hasError();
6204 09 Apr 21 nicklas 44     }
6204 09 Apr 21 nicklas 45   }
6204 09 Apr 21 nicklas 46
6204 09 Apr 21 nicklas 47   /**
6204 09 Apr 21 nicklas 48     Find a Demuxing software with ExternalRef given from the JSON file and
6204 09 Apr 21 nicklas 49     Pipeline=RNAseq.
6204 09 Apr 21 nicklas 50   */
6204 09 Apr 21 nicklas 51   static class SoftwareValidator
6204 09 Apr 21 nicklas 52     implements ValueValidator<String, Software>
6204 09 Apr 21 nicklas 53   {
6204 09 Apr 21 nicklas 54
6204 09 Apr 21 nicklas 55     static final SoftwareValidator INSTANCE = new SoftwareValidator();
6204 09 Apr 21 nicklas 56     
6204 09 Apr 21 nicklas 57     @Override
6204 09 Apr 21 nicklas 58     public Class<String> getExpectedClass() 
6204 09 Apr 21 nicklas 59     {
6204 09 Apr 21 nicklas 60       return String.class;
6204 09 Apr 21 nicklas 61     }
6204 09 Apr 21 nicklas 62
6204 09 Apr 21 nicklas 63     @Override
6204 09 Apr 21 nicklas 64     public Software isValid(DbControl dc, String value, JsonSection section, String entryKey) 
6204 09 Apr 21 nicklas 65     {
6204 09 Apr 21 nicklas 66       ItemQuery<Software> query = Software.getQuery();
6204 09 Apr 21 nicklas 67       query.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
6204 09 Apr 21 nicklas 68       Subtype.DEMUX_SOFTWARE.addFilter(dc, query);
6204 09 Apr 21 nicklas 69       Pipeline.RNA_SEQ.addFilter(dc, query);
6204 09 Apr 21 nicklas 70       query.join(Annotations.innerJoin(Annotationtype.EXTERNAL_REF.get(dc), "ref"));
6204 09 Apr 21 nicklas 71       query.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("ref"), Expressions.string(value)));
6204 09 Apr 21 nicklas 72       List<Software> list = query.list(dc);
6204 09 Apr 21 nicklas 73       if (list.size() != 1)
6204 09 Apr 21 nicklas 74       {
6204 09 Apr 21 nicklas 75         if (list.size() > 1)
6204 09 Apr 21 nicklas 76         {
6240 19 May 21 nicklas 77           section.addErrorMessage("Found "+list.size()+" demux software: ExternalRef="+value);
6204 09 Apr 21 nicklas 78         }
6204 09 Apr 21 nicklas 79         else
6204 09 Apr 21 nicklas 80         {
6240 19 May 21 nicklas 81           section.addErrorMessage("Demux software not found: ExternalRef="+value);
6204 09 Apr 21 nicklas 82         }
6204 09 Apr 21 nicklas 83         return null;
6204 09 Apr 21 nicklas 84       }
6204 09 Apr 21 nicklas 85       return list.get(0);
6204 09 Apr 21 nicklas 86     }
6204 09 Apr 21 nicklas 87   }
6204 09 Apr 21 nicklas 88   
6204 09 Apr 21 nicklas 89 }

Generated on Tue Nov 21 03:34:15 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)