extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/plugins/cmd/FlowCellInfo.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6202 09 Apr 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.plugins.cmd;
6202 09 Apr 21 nicklas 2
6205 12 Apr 21 nicklas 3 import java.util.List;
6202 09 Apr 21 nicklas 4
6205 12 Apr 21 nicklas 5 import net.sf.basedb.core.DbControl;
6205 12 Apr 21 nicklas 6 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
6205 12 Apr 21 nicklas 7 import net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay;
6205 12 Apr 21 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.query.Annotations;
6205 12 Apr 21 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
6205 12 Apr 21 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
6205 12 Apr 21 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
6205 12 Apr 21 nicklas 12 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
6205 12 Apr 21 nicklas 13 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
6205 12 Apr 21 nicklas 14 import net.sf.basedb.reggie.dao.FlowCell;
6205 12 Apr 21 nicklas 15 import net.sf.basedb.reggie.dao.PooledLibrary;
6205 12 Apr 21 nicklas 16 import net.sf.basedb.reggie.dao.Subtype;
6960 13 Dec 22 nicklas 17 import net.sf.basedb.util.Values;
6205 12 Apr 21 nicklas 18
6202 09 Apr 21 nicklas 19 /**
6202 09 Apr 21 nicklas 20   Holds all information about a flow cell. Validation will
6202 09 Apr 21 nicklas 21   be done at construction and errors are reported to
6202 09 Apr 21 nicklas 22   the JsonSection. Check the 'valid' flag before using
6202 09 Apr 21 nicklas 23   the information.
6202 09 Apr 21 nicklas 24   
6202 09 Apr 21 nicklas 25   NOTE! We do not read the "FlowCellType" entry from this
6202 09 Apr 21 nicklas 26   section. Instead we use the "SequencingRun/SerialNumber" 
6202 09 Apr 21 nicklas 27   entry to locate a Hardware item (Sequencer) in our database
6202 09 Apr 21 nicklas 28   and take the "FlowCellType" annotation from that item. This
6202 09 Apr 21 nicklas 29   is done in the {@link SequencingRunInfo} class. 
6202 09 Apr 21 nicklas 30   
6202 09 Apr 21 nicklas 31   @since 4.32
6202 09 Apr 21 nicklas 32 */
6202 09 Apr 21 nicklas 33 public class FlowCellInfo
6202 09 Apr 21 nicklas 34 {
6202 09 Apr 21 nicklas 35
6202 09 Apr 21 nicklas 36   public String flowCellId;
6205 12 Apr 21 nicklas 37   public PhysicalBioAssay flowCell;
6202 09 Apr 21 nicklas 38   public Integer size;
6202 09 Apr 21 nicklas 39   public String sequencingCycles;
6202 09 Apr 21 nicklas 40   public String operator;
6202 09 Apr 21 nicklas 41   
6202 09 Apr 21 nicklas 42   public boolean valid;
6202 09 Apr 21 nicklas 43
6960 13 Dec 22 nicklas 44   public FlowCellInfo(JsonSection section, FastqInfo fastqInfo, PoolInfo poolInfo, LibraryInfo libInfo, MainInfo main)
6202 09 Apr 21 nicklas 45   {
6205 12 Apr 21 nicklas 46     if (section != null)
6202 09 Apr 21 nicklas 47     {
6205 12 Apr 21 nicklas 48       flowCellId = section.getRequiredEntry("FlowCellID", PatternValidator.FLOWCELL_ID);
6955 12 Dec 22 nicklas 49       if (flowCellId != null && fastqInfo != null && fastqInfo.flowCellId != null)
6955 12 Dec 22 nicklas 50       {
6955 12 Dec 22 nicklas 51         if (!flowCellId.equals(fastqInfo.flowCellId))
6955 12 Dec 22 nicklas 52         {
6955 12 Dec 22 nicklas 53           section.addErrorMessage("FlowCell.FlowCellID mismatch: JSON="+flowCellId+"; FASTQ="+fastqInfo.flowCellId);
6955 12 Dec 22 nicklas 54         }
6955 12 Dec 22 nicklas 55       }
6205 12 Apr 21 nicklas 56       if (flowCellId != null) flowCell = findExistingFlowCell(flowCellId, section);
6955 12 Dec 22 nicklas 57
6739 10 May 22 nicklas 58       if (flowCell != null && poolInfo != null && poolInfo.poolId != null)
6205 12 Apr 21 nicklas 59       {
6205 12 Apr 21 nicklas 60         verifyPoolIsSequencedOnFlowCell(flowCell, poolInfo, section);
6205 12 Apr 21 nicklas 61       }
6205 12 Apr 21 nicklas 62       size = section.getRequiredEntry("Size", IntValidator.FLOWCELL_SIZE_2_OR_4);
6209 13 Apr 21 nicklas 63       sequencingCycles = section.getRequiredEntry("SequencingCycles", PatternValidator.SEQUENCING_CYCLES);
6960 13 Dec 22 nicklas 64       if (sequencingCycles != null && libInfo != null && libInfo.barcodeInfo != null)
6960 13 Dec 22 nicklas 65       {
6960 13 Dec 22 nicklas 66         Integer[] cycles = Values.getInt(sequencingCycles.split("-"));
6960 13 Dec 22 nicklas 67         if (cycles.length == 4)
6960 13 Dec 22 nicklas 68         {
6960 13 Dec 22 nicklas 69           // Check barcode sizes
6960 13 Dec 22 nicklas 70           if (libInfo.barcodeInfo.seq1 != null && cycles[1] != libInfo.barcodeInfo.seq1.length())
6960 13 Dec 22 nicklas 71           {
6960 13 Dec 22 nicklas 72             section.addErrorMessage("FlowCell.SequencingCycles ("+sequencingCycles+") doesn't match Library.Barcode length: " + libInfo.barcodeInfo.seq1.length() + " ("+libInfo.barcodeInfo.seq1+")");
6960 13 Dec 22 nicklas 73           }
6960 13 Dec 22 nicklas 74           else if (libInfo.barcodeInfo.seq2 != null && cycles[2] != libInfo.barcodeInfo.seq2.length())
6960 13 Dec 22 nicklas 75           {
6960 13 Dec 22 nicklas 76             section.addErrorMessage("FlowCell.SequencingCycles ("+sequencingCycles+") doesn't match Library.Barcode length: " + libInfo.barcodeInfo.seq2.length() + " ("+libInfo.barcodeInfo.seq2+")");
6960 13 Dec 22 nicklas 77           }
6960 13 Dec 22 nicklas 78         }
6960 13 Dec 22 nicklas 79       }
6960 13 Dec 22 nicklas 80       
6212 14 Apr 21 nicklas 81       operator = section.getOptionalEntry("Operator", null);
6202 09 Apr 21 nicklas 82     }
6205 12 Apr 21 nicklas 83     valid = section != null && !section.hasError();
6202 09 Apr 21 nicklas 84   }
6202 09 Apr 21 nicklas 85   
6205 12 Apr 21 nicklas 86   private PhysicalBioAssay findExistingFlowCell(String flowCellId, JsonSection section) 
6205 12 Apr 21 nicklas 87   {
6205 12 Apr 21 nicklas 88     PhysicalBioAssay flowCell = null;
6205 12 Apr 21 nicklas 89     DbControl dc = section.getFile().dc();
6205 12 Apr 21 nicklas 90     ItemQuery<PhysicalBioAssay> query = PhysicalBioAssay.getQuery();
6205 12 Apr 21 nicklas 91     query.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
6205 12 Apr 21 nicklas 92     Subtype.FLOW_CELL.addFilter(dc, query);
6205 12 Apr 21 nicklas 93     query.join(Annotations.innerJoin(null, Annotationtype.FLOWCELL_ID.load(dc), "ref"));
6205 12 Apr 21 nicklas 94     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("ref"), Expressions.string(flowCellId)));
6205 12 Apr 21 nicklas 95     List<PhysicalBioAssay> list = query.list(dc);
6205 12 Apr 21 nicklas 96     if (list.size() > 1)
6205 12 Apr 21 nicklas 97     {
6205 12 Apr 21 nicklas 98       section.addErrorMessage("Found "+list.size()+" flow cells with FlowCellID="+flowCellId);
6205 12 Apr 21 nicklas 99     }
6205 12 Apr 21 nicklas 100     else if (list.size() == 1)
6205 12 Apr 21 nicklas 101     {
6205 12 Apr 21 nicklas 102       flowCell = list.get(0); 
6205 12 Apr 21 nicklas 103     }
6205 12 Apr 21 nicklas 104     return flowCell;
6205 12 Apr 21 nicklas 105   }
6205 12 Apr 21 nicklas 106
6205 12 Apr 21 nicklas 107   /**
6205 12 Apr 21 nicklas 108     Verify that an existing flow cell is linked to an existing pool. Note
6205 12 Apr 21 nicklas 109     that is it not possible to add a new pool to an existing flow cell.
6205 12 Apr 21 nicklas 110   */
6205 12 Apr 21 nicklas 111   private void verifyPoolIsSequencedOnFlowCell(PhysicalBioAssay flowCell, PoolInfo poolInfo, JsonSection section)
6205 12 Apr 21 nicklas 112   {
6205 12 Apr 21 nicklas 113     if (poolInfo.pool != null)
6205 12 Apr 21 nicklas 114     {
6205 12 Apr 21 nicklas 115       DbControl dc = section.getFile().dc();
6205 12 Apr 21 nicklas 116       // Verify that the flow cell is linked to the pool
6205 12 Apr 21 nicklas 117       List<PooledLibrary> pools = PooledLibrary.getByFlowCell(dc, FlowCell.get(flowCell));
6205 12 Apr 21 nicklas 118       boolean isLinked = false;
6205 12 Apr 21 nicklas 119       for (PooledLibrary p : pools)
6205 12 Apr 21 nicklas 120       {
6205 12 Apr 21 nicklas 121         if (p.getId() == poolInfo.pool.getId()) isLinked = true;
6205 12 Apr 21 nicklas 122       }
6205 12 Apr 21 nicklas 123       if (!isLinked)
6205 12 Apr 21 nicklas 124       {
6205 12 Apr 21 nicklas 125         section.addErrorMessage(poolInfo.pool.getName()+" is not sequenced on "+flowCell.getName());
6205 12 Apr 21 nicklas 126       }
6205 12 Apr 21 nicklas 127     }
6205 12 Apr 21 nicklas 128     else
6205 12 Apr 21 nicklas 129     {
6205 12 Apr 21 nicklas 130       // This is a new pool that can't be added to the existing flow cell
6205 12 Apr 21 nicklas 131       section.addErrorMessage("Pool[ExternalRef="+poolInfo.poolId+"] is not sequenced on "+flowCell.getName());
6205 12 Apr 21 nicklas 132     }
6205 12 Apr 21 nicklas 133   }
6205 12 Apr 21 nicklas 134   
6202 09 Apr 21 nicklas 135 }

Generated on Tue Nov 21 03:34:18 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)