extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/plugins/cmd/PoolInfo.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6200 08 Apr 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.plugins.cmd;
6200 08 Apr 21 nicklas 2
6200 08 Apr 21 nicklas 3 import java.util.Date;
6205 12 Apr 21 nicklas 4 import java.util.List;
6200 08 Apr 21 nicklas 5
6205 12 Apr 21 nicklas 6 import net.sf.basedb.core.DbControl;
6205 12 Apr 21 nicklas 7 import net.sf.basedb.core.Extract;
6205 12 Apr 21 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
6205 12 Apr 21 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.Tag;
6205 12 Apr 21 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.query.Annotations;
6205 12 Apr 21 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
6205 12 Apr 21 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
6205 12 Apr 21 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
6205 12 Apr 21 nicklas 14 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
6205 12 Apr 21 nicklas 15 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
6205 12 Apr 21 nicklas 16 import net.sf.basedb.reggie.dao.Subtype;
6887 24 Nov 22 nicklas 17 import net.sf.basedb.reggie.plugins.cmd.LibraryInfo.BarcodeInfo;
6205 12 Apr 21 nicklas 18 import net.sf.basedb.util.Values;
6205 12 Apr 21 nicklas 19 import net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter;
6205 12 Apr 21 nicklas 20
6200 08 Apr 21 nicklas 21 /**
6200 08 Apr 21 nicklas 22   Holds all information about a pool. Validation will
6200 08 Apr 21 nicklas 23   be done at construction and errors are reported to
6200 08 Apr 21 nicklas 24   the JsonSection. Check the 'valid' flag before using
6200 08 Apr 21 nicklas 25   the information.
6200 08 Apr 21 nicklas 26   
6200 08 Apr 21 nicklas 27   @since 4.32
6200 08 Apr 21 nicklas 28 */
6200 08 Apr 21 nicklas 29 public class PoolInfo 
6200 08 Apr 21 nicklas 30 {
6200 08 Apr 21 nicklas 31
6200 08 Apr 21 nicklas 32   public String poolId;
6205 12 Apr 21 nicklas 33   public Extract pool;
6200 08 Apr 21 nicklas 34   public Date poolDate;
6200 08 Apr 21 nicklas 35   public String operator;
6200 08 Apr 21 nicklas 36   
6200 08 Apr 21 nicklas 37   public boolean valid;
6200 08 Apr 21 nicklas 38   
6893 25 Nov 22 nicklas 39   public PoolInfo(JsonSection section, LibraryInfo libInfo, MainInfo main, ImportContext ctx)
6200 08 Apr 21 nicklas 40   {
6205 12 Apr 21 nicklas 41     if (section != null)
6200 08 Apr 21 nicklas 42     {
6205 12 Apr 21 nicklas 43       poolId = section.getRequiredEntry("Pool ID", PatternValidator.CMD_ID);
6205 12 Apr 21 nicklas 44       if (poolId != null) pool = findExistingPool(poolId, section);
6887 24 Nov 22 nicklas 45       BarcodeInfo barcodeInfo = libInfo != null ? libInfo.barcodeInfo : null;
6887 24 Nov 22 nicklas 46       if (poolId != null && barcodeInfo != null && ctx != null)
6346 16 Aug 21 nicklas 47       {
6887 24 Nov 22 nicklas 48         JsonSection duplicate = ctx.add("POOL:"+poolId+":"+barcodeInfo.name, section);
6346 16 Aug 21 nicklas 49         if (duplicate != null)
6346 16 Aug 21 nicklas 50         {
6887 24 Nov 22 nicklas 51           String msg = "Pool barcode ["+barcodeInfo.name+"; ExternalRef="+poolId+"] duplicated in file: ";
6346 16 Aug 21 nicklas 52           section.addErrorMessage(msg+duplicate.getFile().getName());
6346 16 Aug 21 nicklas 53           duplicate.addErrorMessage(msg+section.getFile().getName());
6346 16 Aug 21 nicklas 54         }
6346 16 Aug 21 nicklas 55
6346 16 Aug 21 nicklas 56       }
6887 24 Nov 22 nicklas 57       if (pool != null && barcodeInfo != null && barcodeInfo.tag != null)
6205 12 Apr 21 nicklas 58       {
6887 24 Nov 22 nicklas 59         verifyUnusedBarcode(pool, barcodeInfo.tag, section);
6205 12 Apr 21 nicklas 60       }
6893 25 Nov 22 nicklas 61       poolDate = section.getRequiredEntry("Date", DateValidator.YYYY_MM_DD.warnIfFutureOrOlder(libInfo!=null?libInfo.libDate:null, main.refDate));
6212 14 Apr 21 nicklas 62       operator = section.getOptionalEntry("Operator", null);
6200 08 Apr 21 nicklas 63     }
6205 12 Apr 21 nicklas 64     valid = section != null && !section.hasError();
6200 08 Apr 21 nicklas 65   }
6200 08 Apr 21 nicklas 66   
6205 12 Apr 21 nicklas 67   /**
6205 12 Apr 21 nicklas 68     Find an existing pool with the given id.
6205 12 Apr 21 nicklas 69   */
6205 12 Apr 21 nicklas 70   private Extract findExistingPool(String poolId, JsonSection section) 
6205 12 Apr 21 nicklas 71   {
6205 12 Apr 21 nicklas 72     Extract pool = null;
6205 12 Apr 21 nicklas 73     DbControl dc = section.getFile().dc();
6205 12 Apr 21 nicklas 74     ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
6205 12 Apr 21 nicklas 75     query.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
6205 12 Apr 21 nicklas 76     Subtype.POOLED_LIBRARY.addFilter(dc, query);
6205 12 Apr 21 nicklas 77     query.join(Annotations.innerJoin(null, Annotationtype.EXTERNAL_REF.load(dc), "eref"));
6205 12 Apr 21 nicklas 78     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("eref"), Expressions.string(poolId)));
6205 12 Apr 21 nicklas 79     List<Extract> list = query.list(dc);
6205 12 Apr 21 nicklas 80     if (list.size() > 1)
6205 12 Apr 21 nicklas 81     {
6205 12 Apr 21 nicklas 82       section.addErrorMessage("Found "+list.size()+" pools with ExternalRef="+poolId);
6205 12 Apr 21 nicklas 83     }
6205 12 Apr 21 nicklas 84     else if (list.size() == 1)
6205 12 Apr 21 nicklas 85     {
6205 12 Apr 21 nicklas 86       pool = list.get(0); 
6205 12 Apr 21 nicklas 87     }
6205 12 Apr 21 nicklas 88     return pool;
6205 12 Apr 21 nicklas 89   }
6205 12 Apr 21 nicklas 90   
6205 12 Apr 21 nicklas 91   /**
6205 12 Apr 21 nicklas 92     Check if there are any other libs in the pool with the same barcode
6205 12 Apr 21 nicklas 93   */
6205 12 Apr 21 nicklas 94   private void verifyUnusedBarcode(Extract pool, Tag barcode, JsonSection section)
6205 12 Apr 21 nicklas 95   {
6205 12 Apr 21 nicklas 96     DbControl dc = section.getFile().dc();
6205 12 Apr 21 nicklas 97     ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
6584 11 Feb 22 nicklas 98     query.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
6205 12 Apr 21 nicklas 99     query.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
6205 12 Apr 21 nicklas 100     query.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "pool"));
6205 12 Apr 21 nicklas 101     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("pool"), Hql.entity(pool.getCreationEvent())));
6205 12 Apr 21 nicklas 102     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("tag"), Hql.entity(barcode)));
6205 12 Apr 21 nicklas 103     List<Extract> libsInPool = query.list(dc);
6205 12 Apr 21 nicklas 104     if (libsInPool.size() > 0)
6205 12 Apr 21 nicklas 105     {
6205 12 Apr 21 nicklas 106       section.addErrorMessage("Found other libraries in "+pool.getName() + 
6205 12 Apr 21 nicklas 107         " with barcode "+barcode.getName()+": " + Values.getString(libsInPool, ", ", true, new NameableFormatter()));
6205 12 Apr 21 nicklas 108     }
6205 12 Apr 21 nicklas 109
6205 12 Apr 21 nicklas 110   }
6200 08 Apr 21 nicklas 111 }

Generated on Tue Nov 21 03:34:24 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)