extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/plugins/release/MergedWriter.java

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3936 16 May 16 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.plugins.release;
3936 16 May 16 nicklas 2
5104 16 Nov 18 nicklas 3 import java.util.HashSet;
4469 26 Apr 17 nicklas 4 import java.util.List;
5104 16 Nov 18 nicklas 5 import java.util.Set;
5104 16 Nov 18 nicklas 6 import java.util.TreeSet;
4469 26 Apr 17 nicklas 7
4385 08 Mar 17 nicklas 8 import org.json.simple.JSONArray;
4371 02 Mar 17 nicklas 9 import org.json.simple.JSONObject;
4371 02 Mar 17 nicklas 10
3936 16 May 16 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.DbControl;
3936 16 May 16 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
4402 17 Mar 17 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.Item;
4472 27 Apr 17 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.Type;
3936 16 May 16 nicklas 15 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
4385 08 Mar 17 nicklas 16 import net.sf.basedb.reggie.dao.Datafiletype;
5104 16 Nov 18 nicklas 17 import net.sf.basedb.reggie.dao.DemuxedSequences;
5104 16 Nov 18 nicklas 18 import net.sf.basedb.reggie.dao.Library;
5102 16 Nov 18 nicklas 19 import net.sf.basedb.reggie.dao.MergedSequences;
5550 09 Aug 19 nicklas 20 import net.sf.basedb.reggie.dao.Pipeline;
5104 16 Nov 18 nicklas 21 import net.sf.basedb.reggie.dao.PooledLibrary;
5104 16 Nov 18 nicklas 22 import net.sf.basedb.reggie.dao.SequencingRun;
4385 08 Mar 17 nicklas 23 import net.sf.basedb.reggie.json.FilteredJSONArray;
5104 16 Nov 18 nicklas 24 import net.sf.basedb.util.Values;
4385 08 Mar 17 nicklas 25 import net.sf.basedb.util.filter.NotNullFilter;
3936 16 May 16 nicklas 26
3936 16 May 16 nicklas 27 /**
3936 16 May 16 nicklas 28   Cohort writer implementation for the merged sequences data table.
3936 16 May 16 nicklas 29   @since 4.5
3936 16 May 16 nicklas 30 */
3936 16 May 16 nicklas 31 public class MergedWriter 
3936 16 May 16 nicklas 32   extends CohortWriter 
3936 16 May 16 nicklas 33 {
3936 16 May 16 nicklas 34
4422 24 Mar 17 nicklas 35   private final ScriptWriter scriptWriter;
3936 16 May 16 nicklas 36   
5090 14 Nov 18 nicklas 37   public MergedWriter(DbControl dc, ReleaseWriterOptions options, ScriptWriter scriptWriter)
3936 16 May 16 nicklas 38   {
5090 14 Nov 18 nicklas 39     super(dc, options);
4422 24 Mar 17 nicklas 40     this.scriptWriter = scriptWriter;
3936 16 May 16 nicklas 41   }
3936 16 May 16 nicklas 42   
4371 02 Mar 17 nicklas 43   @Override
5091 14 Nov 18 nicklas 44   public JSONArray toJSONObjects(CohortItem item)
4371 02 Mar 17 nicklas 45   {
5550 09 Aug 19 nicklas 46     JSONArray json = new JSONArray();
5550 09 Aug 19 nicklas 47     
5550 09 Aug 19 nicklas 48     addRnaSeqItems(json, item);
5550 09 Aug 19 nicklas 49     addMipsItems(json, item);
5550 09 Aug 19 nicklas 50     
5550 09 Aug 19 nicklas 51     return json.size() == 0 ? null : json;
5550 09 Aug 19 nicklas 52   }
5550 09 Aug 19 nicklas 53   
5550 09 Aug 19 nicklas 54   private void addRnaSeqItems(JSONArray json, CohortItem item)
5550 09 Aug 19 nicklas 55   {
5550 09 Aug 19 nicklas 56     List<MergedSequences> mergedSequences = item.getMergedSequences(Pipeline.RNA_SEQ);
5550 09 Aug 19 nicklas 57     if (mergedSequences.size() == 0) return;
5104 16 Nov 18 nicklas 58     DbControl dc = item.getDbControl();
4371 02 Mar 17 nicklas 59     
5102 16 Nov 18 nicklas 60     for (MergedSequences ms : mergedSequences)
4472 27 Apr 17 nicklas 61     {
5102 16 Nov 18 nicklas 62       DerivedBioAssay merged = ms.getDerivedBioAssay();
5550 09 Aug 19 nicklas 63       Library lib = ms.getLibrary(dc);
5102 16 Nov 18 nicklas 64       
5102 16 Nov 18 nicklas 65       JSONObject jsonMerged = new JSONObject();
5102 16 Nov 18 nicklas 66       jsonMerged.put("name", item.toReleaseId(merged.getName()));
5102 16 Nov 18 nicklas 67       jsonMerged.put("type", merged.getType().name());
5102 16 Nov 18 nicklas 68       jsonMerged.put("subtype", getName(merged.getItemSubtype()));
5102 16 Nov 18 nicklas 69       jsonMerged.put("extract", item.toReleaseId(lib.getName()));
5102 16 Nov 18 nicklas 70   
5102 16 Nov 18 nicklas 71       JSONArray jsonAnnotations = new FilteredJSONArray(new NotNullFilter<>(false));
5102 16 Nov 18 nicklas 72       jsonMerged.put("annotations", jsonAnnotations);
5550 09 Aug 19 nicklas 73       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.PIPELINE, merged, null));
5102 16 Nov 18 nicklas 74       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.PF_READS, merged, null));
5102 16 Nov 18 nicklas 75       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.PT_READS, merged, null));
5102 16 Nov 18 nicklas 76       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.ADAPTER_READS, merged, null));
5102 16 Nov 18 nicklas 77       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.FRAGMENT_SIZE_AVG, merged, null));
5102 16 Nov 18 nicklas 78       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.FRAGMENT_SIZE_STDEV, merged, null));
6424 28 Sep 21 nicklas 79       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.READLENGTH_AVG_R1, merged, null));
6424 28 Sep 21 nicklas 80       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.READLENGTH_AVG_R2, merged, null));
5102 16 Nov 18 nicklas 81       
5550 09 Aug 19 nicklas 82       // Load information from parent items: DemuxedSequence, SequencingRun and PooledLibrary
5550 09 Aug 19 nicklas 83       List<DemuxedSequences> demuxedSequences = item.getDemuxedSequences(ms);
5550 09 Aug 19 nicklas 84       List<SequencingRun> sequencingRuns = item.getSequencingRuns(ms);
5550 09 Aug 19 nicklas 85       List<PooledLibrary> poolsWithLib = item.getPools(lib);
5550 09 Aug 19 nicklas 86       
6010 18 Sep 20 nicklas 87       Set<String> demuxSoftware = getDemuxSoftwareNames(item, demuxedSequences);
5550 09 Aug 19 nicklas 88       Set<String> readStrings = getReadStrings(item, demuxedSequences);
5550 09 Aug 19 nicklas 89       Set<String> poolNames = getSequencedPoolNames(item, demuxedSequences, poolsWithLib);
6010 18 Sep 20 nicklas 90       Set<String> sequencerSerials = getSequencerSerials(item, sequencingRuns);
6010 18 Sep 20 nicklas 91       Set<String> sequencerModels = getSequencerModels(item, sequencingRuns);
5550 09 Aug 19 nicklas 92       
6010 18 Sep 20 nicklas 93       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("DemuxSoftware", Values.getString(demuxSoftware, ";", true)));
5102 16 Nov 18 nicklas 94       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("ReadString", Values.getString(readStrings, ";", true)));
6010 18 Sep 20 nicklas 95       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("SequencerSerial", Values.getString(sequencerSerials, ";", true)));
6010 18 Sep 20 nicklas 96       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("SequencerModel", Values.getString(sequencerModels, ";", true)));
5550 09 Aug 19 nicklas 97       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("PoolName", Values.getString(poolNames, ";", true)));
5550 09 Aug 19 nicklas 98       
5550 09 Aug 19 nicklas 99       // Folders and files
5550 09 Aug 19 nicklas 100       String dataFilesFolder = (String)item.getAnnotationValue(Annotationtype.DATA_FILES_FOLDER, merged);
5550 09 Aug 19 nicklas 101       String releaseDataFilesFolder = item.toReleaseFolder(dataFilesFolder);
5550 09 Aug 19 nicklas 102       JSONObject jsonDataFilesFolder = item.createAnnotationJSON(Annotationtype.DATA_FILES_FOLDER.getName(), releaseDataFilesFolder);
5550 09 Aug 19 nicklas 103       jsonAnnotations.add(jsonDataFilesFolder);
5102 16 Nov 18 nicklas 104   
5550 09 Aug 19 nicklas 105       JSONArray jsonFiles = new FilteredJSONArray(new NotNullFilter<>(false));
5550 09 Aug 19 nicklas 106       jsonMerged.put("files", jsonFiles);
5550 09 Aug 19 nicklas 107       jsonFiles.addAll(item.getDataFilesJSON(Datafiletype.FASTQ, merged, null, true));
5550 09 Aug 19 nicklas 108
5550 09 Aug 19 nicklas 109       if (scriptWriter != null)
5102 16 Nov 18 nicklas 110       {
5550 09 Aug 19 nicklas 111         scriptWriter.addFiles(releaseDataFilesFolder, dataFilesFolder, null, jsonFiles);
5102 16 Nov 18 nicklas 112       }
5550 09 Aug 19 nicklas 113       
5550 09 Aug 19 nicklas 114       json.add(jsonMerged);
5550 09 Aug 19 nicklas 115     }
5550 09 Aug 19 nicklas 116   }
5550 09 Aug 19 nicklas 117
5550 09 Aug 19 nicklas 118   private void addMipsItems(JSONArray json, CohortItem item)
5550 09 Aug 19 nicklas 119   {
5550 09 Aug 19 nicklas 120     
5550 09 Aug 19 nicklas 121     List<MergedSequences> mergedSequences = item.getMergedSequences(Pipeline.MIPS);
5550 09 Aug 19 nicklas 122     if (mergedSequences.size() == 0) return;
5550 09 Aug 19 nicklas 123     DbControl dc = item.getDbControl();
5550 09 Aug 19 nicklas 124     
5550 09 Aug 19 nicklas 125     for (MergedSequences ms : mergedSequences)
5550 09 Aug 19 nicklas 126     {
5550 09 Aug 19 nicklas 127       DerivedBioAssay merged = ms.getDerivedBioAssay();
5550 09 Aug 19 nicklas 128       Library lib = ms.getLibrary(dc);
5550 09 Aug 19 nicklas 129       
5550 09 Aug 19 nicklas 130       JSONObject jsonMerged = new JSONObject();
5550 09 Aug 19 nicklas 131       jsonMerged.put("name", item.toReleaseId(merged.getName()));
5550 09 Aug 19 nicklas 132       jsonMerged.put("type", merged.getType().name());
5550 09 Aug 19 nicklas 133       jsonMerged.put("subtype", getName(merged.getItemSubtype()));
5550 09 Aug 19 nicklas 134       jsonMerged.put("extract", item.toReleaseId(lib.getName()));
5550 09 Aug 19 nicklas 135   
5550 09 Aug 19 nicklas 136       JSONArray jsonAnnotations = new FilteredJSONArray(new NotNullFilter<>(false));
5550 09 Aug 19 nicklas 137       jsonMerged.put("annotations", jsonAnnotations);
5550 09 Aug 19 nicklas 138       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.PIPELINE, merged, null));
5550 09 Aug 19 nicklas 139       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.PF_READS, merged, null));
5550 09 Aug 19 nicklas 140       
5550 09 Aug 19 nicklas 141       // Load information from parent items: DemuxedSequence, SequencingRun and PooledLibrary
5550 09 Aug 19 nicklas 142       List<DemuxedSequences> demuxedSequences = item.getDemuxedSequences(ms);
5550 09 Aug 19 nicklas 143       List<SequencingRun> sequencingRuns = item.getSequencingRuns(ms);
5550 09 Aug 19 nicklas 144       List<PooledLibrary> poolsWithLib = item.getPools(lib);
5550 09 Aug 19 nicklas 145       
5550 09 Aug 19 nicklas 146       Set<String> readStrings = getReadStrings(item, demuxedSequences);
6010 18 Sep 20 nicklas 147       Set<String> demuxSoftware = getDemuxSoftwareNames(item, demuxedSequences);
5550 09 Aug 19 nicklas 148       Set<String> poolNames = getSequencedPoolNames(item, demuxedSequences, poolsWithLib);
6010 18 Sep 20 nicklas 149       Set<String> sequencerSerials = getSequencerSerials(item, sequencingRuns);
6010 18 Sep 20 nicklas 150       Set<String> sequencerModels = getSequencerModels(item, sequencingRuns);
5550 09 Aug 19 nicklas 151       
6010 18 Sep 20 nicklas 152       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("DemuxSoftware", Values.getString(demuxSoftware, ";", true)));
5550 09 Aug 19 nicklas 153       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("ReadString", Values.getString(readStrings, ";", true)));
6010 18 Sep 20 nicklas 154       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("SequencerSerial", Values.getString(sequencerSerials, ";", true)));
6010 18 Sep 20 nicklas 155       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("SequencerModel", Values.getString(sequencerModels, ";", true)));
5102 16 Nov 18 nicklas 156       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("PoolName", Values.getString(poolNames, ";", true)));
5106 19 Nov 18 nicklas 157       
5102 16 Nov 18 nicklas 158       // Folders and files
5102 16 Nov 18 nicklas 159       String dataFilesFolder = (String)item.getAnnotationValue(Annotationtype.DATA_FILES_FOLDER, merged);
5106 19 Nov 18 nicklas 160       String releaseDataFilesFolder = item.toReleaseFolder(dataFilesFolder);
5102 16 Nov 18 nicklas 161       JSONObject jsonDataFilesFolder = item.createAnnotationJSON(Annotationtype.DATA_FILES_FOLDER.getName(), releaseDataFilesFolder);
5102 16 Nov 18 nicklas 162       jsonAnnotations.add(jsonDataFilesFolder);
5102 16 Nov 18 nicklas 163   
5102 16 Nov 18 nicklas 164       JSONArray jsonFiles = new FilteredJSONArray(new NotNullFilter<>(false));
5102 16 Nov 18 nicklas 165       jsonMerged.put("files", jsonFiles);
5142 22 Nov 18 nicklas 166       jsonFiles.addAll(item.getDataFilesJSON(Datafiletype.FASTQ, merged, null, true));
5106 19 Nov 18 nicklas 167
5102 16 Nov 18 nicklas 168       if (scriptWriter != null)
5102 16 Nov 18 nicklas 169       {
5106 19 Nov 18 nicklas 170         scriptWriter.addFiles(releaseDataFilesFolder, dataFilesFolder, null, jsonFiles);
5102 16 Nov 18 nicklas 171       }
5102 16 Nov 18 nicklas 172       
5102 16 Nov 18 nicklas 173       json.add(jsonMerged);
4472 27 Apr 17 nicklas 174     }
4371 02 Mar 17 nicklas 175   }
4371 02 Mar 17 nicklas 176
5550 09 Aug 19 nicklas 177   /**
5550 09 Aug 19 nicklas 178     Get the serial number of the sequencers that have been involved in
5550 09 Aug 19 nicklas 179     creating the merged sequences. Typically it is a single sequencer, but
5550 09 Aug 19 nicklas 180     there are cases where data comes from multiple sequencing runs on different
5550 09 Aug 19 nicklas 181     sequencers.
5550 09 Aug 19 nicklas 182   */
5550 09 Aug 19 nicklas 183   private Set<String> getSequencerSerials(CohortItem item, List<SequencingRun> sequencingRuns)
5550 09 Aug 19 nicklas 184   {
5550 09 Aug 19 nicklas 185     Set<String> sequencers = new TreeSet<>();
5550 09 Aug 19 nicklas 186     for (SequencingRun sr : sequencingRuns)
5550 09 Aug 19 nicklas 187     {
5861 11 Mar 20 nicklas 188       String sn = (String)item.getAnnotationValue(Annotationtype.SERIAL_NUMBER, sr.getItem().getHardware());
5861 11 Mar 20 nicklas 189       if (sn != null) sequencers.add(sn);
5550 09 Aug 19 nicklas 190     }
5550 09 Aug 19 nicklas 191     return sequencers;
5550 09 Aug 19 nicklas 192   }
4402 17 Mar 17 nicklas 193   
5550 09 Aug 19 nicklas 194   /**
6010 18 Sep 20 nicklas 195     Get the model of the sequencers that have been involved in
6010 18 Sep 20 nicklas 196     creating the merged sequences. Typically it is a single sequencer,
6010 18 Sep 20 nicklas 197     but  there are cases where data comes from multiple sequencing
6010 18 Sep 20 nicklas 198     runs on different sequencers.
6010 18 Sep 20 nicklas 199     @since 4.27.4
6010 18 Sep 20 nicklas 200   */
6010 18 Sep 20 nicklas 201   private Set<String> getSequencerModels(CohortItem item, List<SequencingRun> sequencingRuns)
6010 18 Sep 20 nicklas 202   {
6010 18 Sep 20 nicklas 203     Set<String> models = new TreeSet<>();
6010 18 Sep 20 nicklas 204     for (SequencingRun sr : sequencingRuns)
6010 18 Sep 20 nicklas 205     {
6010 18 Sep 20 nicklas 206       String m = (String)item.getAnnotationValue(Annotationtype.HARDWARE_MODEL, sr.getItem().getHardware());
6010 18 Sep 20 nicklas 207       if (m != null) models.add(m);
6010 18 Sep 20 nicklas 208     }
6010 18 Sep 20 nicklas 209     return models;
6010 18 Sep 20 nicklas 210   }
6010 18 Sep 20 nicklas 211
6010 18 Sep 20 nicklas 212   
6010 18 Sep 20 nicklas 213   /**
5550 09 Aug 19 nicklas 214     Get the read strings used to demux the data in the given demuxed sequences.
5550 09 Aug 19 nicklas 215     Typically the same read string is used for all data, but there are cases 
5550 09 Aug 19 nicklas 216     that uses different read strings from different sources.
5550 09 Aug 19 nicklas 217   */
5550 09 Aug 19 nicklas 218   private Set<String> getReadStrings(CohortItem item, List<DemuxedSequences> demuxedSequences)
5550 09 Aug 19 nicklas 219   {
5550 09 Aug 19 nicklas 220     Set<String> readStrings = new TreeSet<>();
5550 09 Aug 19 nicklas 221     for (DemuxedSequences dx : demuxedSequences)
5550 09 Aug 19 nicklas 222     {
5861 11 Mar 20 nicklas 223       String rs = (String)item.getAnnotationValue(Annotationtype.READ_STRING, dx.getItem());
5861 11 Mar 20 nicklas 224       if (rs != null) readStrings.add(rs);
5550 09 Aug 19 nicklas 225     }
5550 09 Aug 19 nicklas 226     return readStrings;
5550 09 Aug 19 nicklas 227   }
5550 09 Aug 19 nicklas 228   
5550 09 Aug 19 nicklas 229   /**
6010 18 Sep 20 nicklas 230     Get the name of the software used in demuxing. A merged item **should** 
6010 18 Sep 20 nicklas 231     have the same software for all DemuxedSequences. We do not check this
6010 18 Sep 20 nicklas 232     but return all names that we find.
6010 18 Sep 20 nicklas 233     @since 4.27.4
6010 18 Sep 20 nicklas 234   */
6010 18 Sep 20 nicklas 235   private Set<String> getDemuxSoftwareNames(CohortItem item, List<DemuxedSequences> demuxedSequences)
6010 18 Sep 20 nicklas 236   {
6010 18 Sep 20 nicklas 237     Set<String> softwareNames = new TreeSet<>();
6010 18 Sep 20 nicklas 238     for (DemuxedSequences dx : demuxedSequences)
6010 18 Sep 20 nicklas 239     {
6010 18 Sep 20 nicklas 240       String software = getName(dx.getItem().getSoftware());
6010 18 Sep 20 nicklas 241       if (software != null) softwareNames.add(software);
6010 18 Sep 20 nicklas 242     }
6010 18 Sep 20 nicklas 243     return softwareNames;
6010 18 Sep 20 nicklas 244   }
6010 18 Sep 20 nicklas 245   
6010 18 Sep 20 nicklas 246   /**
5550 09 Aug 19 nicklas 247     Get the pool names that overlap between the given list of pools (expected to be pools from
5550 09 Aug 19 nicklas 248     the same library) and the pools that was sequenced in the given sequencing runs.
5550 09 Aug 19 nicklas 249   */
5550 09 Aug 19 nicklas 250   private Set<String> getSequencedPoolNames(CohortItem item, List<DemuxedSequences> demuxedSequences, List<PooledLibrary> pools)
5550 09 Aug 19 nicklas 251   {
5550 09 Aug 19 nicklas 252     Set<String> poolNames = new HashSet<>();
5550 09 Aug 19 nicklas 253     for (PooledLibrary pool : pools)
5550 09 Aug 19 nicklas 254     {
5550 09 Aug 19 nicklas 255       poolNames.add(pool.getName());
5550 09 Aug 19 nicklas 256     }
5550 09 Aug 19 nicklas 257     
5550 09 Aug 19 nicklas 258     Set<String> sequencedPools = new TreeSet<String>();
5550 09 Aug 19 nicklas 259     for (DemuxedSequences dx : demuxedSequences)
5550 09 Aug 19 nicklas 260     {
5550 09 Aug 19 nicklas 261       for (PooledLibrary p : item.getPools(dx))
5550 09 Aug 19 nicklas 262       {
5550 09 Aug 19 nicklas 263         if (poolNames.contains(p.getName())) sequencedPools.add(p.getName());
5550 09 Aug 19 nicklas 264       }
5550 09 Aug 19 nicklas 265     }
5550 09 Aug 19 nicklas 266     return sequencedPools;
5550 09 Aug 19 nicklas 267   }
5550 09 Aug 19 nicklas 268   
4402 17 Mar 17 nicklas 269   @Override
4469 26 Apr 17 nicklas 270   public List<CohortTypeDef> getTypeDefsInJSON()
4402 17 Mar 17 nicklas 271   {
4469 26 Apr 17 nicklas 272     DbControl dc = getDbControl();
4407 20 Mar 17 nicklas 273     
4469 26 Apr 17 nicklas 274     CohortTypeDefFactory mergedFactory = new CohortTypeDefFactory(dc, Item.DERIVEDBIOASSAY, "MergedSequences");
4407 20 Mar 17 nicklas 275     
5550 09 Aug 19 nicklas 276     mergedFactory.createAnnotationType(Annotationtype.PIPELINE);
4472 27 Apr 17 nicklas 277     mergedFactory.createAnnotationType(Annotationtype.PF_READS);
4472 27 Apr 17 nicklas 278     mergedFactory.createAnnotationType(Annotationtype.PT_READS);
4472 27 Apr 17 nicklas 279     mergedFactory.createAnnotationType(Annotationtype.ADAPTER_READS);
4472 27 Apr 17 nicklas 280
4472 27 Apr 17 nicklas 281     mergedFactory.createAnnotationType(Annotationtype.FRAGMENT_SIZE_AVG);
4472 27 Apr 17 nicklas 282     mergedFactory.createAnnotationType(Annotationtype.FRAGMENT_SIZE_STDEV);
6424 28 Sep 21 nicklas 283     mergedFactory.createAnnotationType(Annotationtype.READLENGTH_AVG_R1);
6424 28 Sep 21 nicklas 284     mergedFactory.createAnnotationType(Annotationtype.READLENGTH_AVG_R2);
4472 27 Apr 17 nicklas 285     
4469 26 Apr 17 nicklas 286     mergedFactory.createAnnotationType(Annotationtype.DATA_FILES_FOLDER).setProjectSpecificValues(true);
4469 26 Apr 17 nicklas 287     mergedFactory.createFileType(Datafiletype.FASTQ);
4469 26 Apr 17 nicklas 288     
6010 18 Sep 20 nicklas 289     mergedFactory.createAnnotationType("DemuxSoftware", Type.STRING);
4472 27 Apr 17 nicklas 290     mergedFactory.createAnnotationType("PoolName", Type.STRING);
6010 18 Sep 20 nicklas 291     mergedFactory.createAnnotationType("SequencerModel", Type.STRING); // Annotationtype.HARDWARE_MODEL
4472 27 Apr 17 nicklas 292     mergedFactory.createAnnotationType("SequencerSerial", Type.STRING);
4472 27 Apr 17 nicklas 293     mergedFactory.createAnnotationType("ReadString", Type.STRING);
4472 27 Apr 17 nicklas 294     
4469 26 Apr 17 nicklas 295     return mergedFactory.allCreated();
4402 17 Mar 17 nicklas 296   }
4402 17 Mar 17 nicklas 297
4402 17 Mar 17 nicklas 298   
3936 16 May 16 nicklas 299 }

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