extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/plugins/release/MethylationWriter.java

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7006 24 Jan 23 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.plugins.release;
7006 24 Jan 23 nicklas 2
7006 24 Jan 23 nicklas 3 import java.util.Arrays;
7006 24 Jan 23 nicklas 4 import java.util.HashSet;
7006 24 Jan 23 nicklas 5 import java.util.List;
7006 24 Jan 23 nicklas 6
7006 24 Jan 23 nicklas 7 import org.json.simple.JSONArray;
7006 24 Jan 23 nicklas 8 import org.json.simple.JSONObject;
7006 24 Jan 23 nicklas 9
7006 24 Jan 23 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.DbControl;
7006 24 Jan 23 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
7006 24 Jan 23 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.File;
7019 27 Jan 23 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.Hardware;
7006 24 Jan 23 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.Item;
7006 24 Jan 23 nicklas 15 import net.sf.basedb.core.Location;
7019 27 Jan 23 nicklas 16 import net.sf.basedb.core.Type;
7006 24 Jan 23 nicklas 17 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
7010 25 Jan 23 nicklas 18 import net.sf.basedb.reggie.dao.BeadChip;
7013 26 Jan 23 nicklas 19 import net.sf.basedb.reggie.dao.Datafiletype;
7009 25 Jan 23 nicklas 20 import net.sf.basedb.reggie.dao.Dna;
7006 24 Jan 23 nicklas 21 import net.sf.basedb.reggie.dao.Methylation;
7019 27 Jan 23 nicklas 22 import net.sf.basedb.reggie.dao.Scan;
7006 24 Jan 23 nicklas 23 import net.sf.basedb.reggie.json.FilteredJSONArray;
7006 24 Jan 23 nicklas 24 import net.sf.basedb.util.filter.Filter;
7006 24 Jan 23 nicklas 25 import net.sf.basedb.util.filter.NotNullFilter;
7006 24 Jan 23 nicklas 26
7006 24 Jan 23 nicklas 27 /**
7006 24 Jan 23 nicklas 28   Cohort writer implementation for Methylation data.
7006 24 Jan 23 nicklas 29   @since 4.44
7006 24 Jan 23 nicklas 30 */
7006 24 Jan 23 nicklas 31 public class MethylationWriter 
7006 24 Jan 23 nicklas 32   extends CohortWriter 
7006 24 Jan 23 nicklas 33 {
7006 24 Jan 23 nicklas 34
7006 24 Jan 23 nicklas 35   private final ScriptWriter scriptWriter;
7006 24 Jan 23 nicklas 36   private final Filter<File> fileFilterMethylation;
7006 24 Jan 23 nicklas 37   
7006 24 Jan 23 nicklas 38   public MethylationWriter(DbControl dc, ReleaseWriterOptions options, ScriptWriter scriptWriter)
7006 24 Jan 23 nicklas 39   {
7006 24 Jan 23 nicklas 40     super(dc, options);
7006 24 Jan 23 nicklas 41     this.scriptWriter = scriptWriter;
7006 24 Jan 23 nicklas 42     this.fileFilterMethylation = new FileListFilter(new HashSet<String>(Arrays.asList(
7013 26 Jan 23 nicklas 43       "beta_normalized.tsv.gz", "beta_adjusted.tsv.gz", "adjustmentPlots.pdf"
7013 26 Jan 23 nicklas 44       )), true, new FileLocationFilter(Location.EXTERNAL, true));
7006 24 Jan 23 nicklas 45   }
7006 24 Jan 23 nicklas 46   
7006 24 Jan 23 nicklas 47   @Override
7006 24 Jan 23 nicklas 48   public JSONArray toJSONObjects(CohortItem item)
7006 24 Jan 23 nicklas 49   {
7006 24 Jan 23 nicklas 50     List<Methylation> methylation = item.getMethylationBioAssays();
7006 24 Jan 23 nicklas 51     if (methylation.size() == 0) return null;
7006 24 Jan 23 nicklas 52     DbControl dc = item.getDbControl();
7006 24 Jan 23 nicklas 53     
7006 24 Jan 23 nicklas 54     JSONArray json = new JSONArray();
7006 24 Jan 23 nicklas 55     for (Methylation m : methylation)
7006 24 Jan 23 nicklas 56     {
7010 25 Jan 23 nicklas 57       DerivedBioAssay meth = m.getDerivedBioAssay();
7010 25 Jan 23 nicklas 58       BeadChip chip = m.getBeadChip(dc);
7010 25 Jan 23 nicklas 59       Dna dnaAliquot = m.getDnaAliquot(dc);
7010 25 Jan 23 nicklas 60       Dna dna = dnaAliquot.getTopDna(dc);
7019 27 Jan 23 nicklas 61       Scan scan = m.getScan(dc);
7019 27 Jan 23 nicklas 62       Hardware scanner = scan.getItem().getHardware();
7006 24 Jan 23 nicklas 63       
7006 24 Jan 23 nicklas 64       JSONObject jsonMeth = new JSONObject();
7006 24 Jan 23 nicklas 65       jsonMeth.put("name", item.toReleaseId(meth.getName()));
7006 24 Jan 23 nicklas 66       jsonMeth.put("type", meth.getType().name());
7006 24 Jan 23 nicklas 67       jsonMeth.put("subtype", getName(meth.getItemSubtype()));
7006 24 Jan 23 nicklas 68       jsonMeth.put("extract", item.toReleaseId(dna.getName()));
7006 24 Jan 23 nicklas 69   
7006 24 Jan 23 nicklas 70       JSONArray jsonAnnotations = new FilteredJSONArray(new NotNullFilter<>(false));
7006 24 Jan 23 nicklas 71       jsonMeth.put("annotations", jsonAnnotations);
7006 24 Jan 23 nicklas 72       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.PIPELINE, meth, null));
7020 27 Jan 23 nicklas 73       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.MEDIAN_METH, meth, null));
7020 27 Jan 23 nicklas 74       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.MEDIAN_UNMETH, meth, null));
7020 27 Jan 23 nicklas 75       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.NUM_PROBES, meth, null));
7020 27 Jan 23 nicklas 76       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.NUM_PROBES_BAD_PVAL, meth, null));
7020 27 Jan 23 nicklas 77       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.NUM_PROBES_I, meth, null));
7020 27 Jan 23 nicklas 78       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.NUM_PROBES_II, meth, null));
7020 27 Jan 23 nicklas 79       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.PEAK_METH_I, meth, null));
7020 27 Jan 23 nicklas 80       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.PEAK_METH_II, meth, null));
7020 27 Jan 23 nicklas 81       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.PEAK_UNMETH_I, meth, null));
7020 27 Jan 23 nicklas 82       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.PEAK_UNMETH_II, meth, null));
7020 27 Jan 23 nicklas 83       
7010 25 Jan 23 nicklas 84       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.BEADCHIP_ID, chip, null));
7010 25 Jan 23 nicklas 85       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.BEADCHIP_TYPE, chip, null));
7010 25 Jan 23 nicklas 86       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.BEADCHIP_POSITION, dnaAliquot, null));
7019 27 Jan 23 nicklas 87       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("ScannerModel", Annotationtype.HARDWARE_MODEL.getAnnotationValue(dc, scanner)));
7019 27 Jan 23 nicklas 88       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("ScannerSerial", Annotationtype.SERIAL_NUMBER.getAnnotationValue(dc, scanner)));
7020 27 Jan 23 nicklas 89       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("MethylationSoftware", getName(meth.getSoftware())));
7006 24 Jan 23 nicklas 90       
7006 24 Jan 23 nicklas 91       // Folders and files
7006 24 Jan 23 nicklas 92       String dataFilesFolder = (String)item.getAnnotationValue(Annotationtype.DATA_FILES_FOLDER, meth);
7006 24 Jan 23 nicklas 93       String releaseDataFilesFolder = item.toReleaseFolder(dataFilesFolder);
7006 24 Jan 23 nicklas 94       JSONObject jsonDataFilesFolder = item.createAnnotationJSON(Annotationtype.DATA_FILES_FOLDER.getName(), releaseDataFilesFolder);
7006 24 Jan 23 nicklas 95       jsonAnnotations.add(jsonDataFilesFolder);
7006 24 Jan 23 nicklas 96   
7013 26 Jan 23 nicklas 97       JSONArray jsonFiles = new FilteredJSONArray(new NotNullFilter<>(false));
7013 26 Jan 23 nicklas 98       jsonFiles.addAll(item.getDataFilesJSON(Datafiletype.IDAT, meth, null, true));
7013 26 Jan 23 nicklas 99       jsonFiles.addAll(item.getLinkedFilesJSON(meth, fileFilterMethylation, false));
7013 26 Jan 23 nicklas 100       jsonMeth.put("files", jsonFiles);
7013 26 Jan 23 nicklas 101       if (scriptWriter != null) 
7013 26 Jan 23 nicklas 102       {
7013 26 Jan 23 nicklas 103         scriptWriter.addFiles(releaseDataFilesFolder, dataFilesFolder, null, jsonFiles);
7013 26 Jan 23 nicklas 104       }
7006 24 Jan 23 nicklas 105       
7006 24 Jan 23 nicklas 106       json.add(jsonMeth);
7006 24 Jan 23 nicklas 107     }
7006 24 Jan 23 nicklas 108     return json;
7006 24 Jan 23 nicklas 109   }
7006 24 Jan 23 nicklas 110   
7006 24 Jan 23 nicklas 111   @Override
7006 24 Jan 23 nicklas 112   public List<CohortTypeDef> getTypeDefsInJSON()
7006 24 Jan 23 nicklas 113   {
7006 24 Jan 23 nicklas 114     DbControl dc = getDbControl();
7006 24 Jan 23 nicklas 115     
7006 24 Jan 23 nicklas 116     CohortTypeDefFactory methFactory = new CohortTypeDefFactory(dc, Item.DERIVEDBIOASSAY, "Methylation");
7006 24 Jan 23 nicklas 117     
7006 24 Jan 23 nicklas 118     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.PIPELINE);
7020 27 Jan 23 nicklas 119     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.MEDIAN_METH);
7020 27 Jan 23 nicklas 120     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.MEDIAN_UNMETH);
7020 27 Jan 23 nicklas 121     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.NUM_PROBES);
7020 27 Jan 23 nicklas 122     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.NUM_PROBES_BAD_PVAL);
7020 27 Jan 23 nicklas 123     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.NUM_PROBES_I);
7020 27 Jan 23 nicklas 124     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.NUM_PROBES_II);
7020 27 Jan 23 nicklas 125     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.PEAK_METH_I);
7020 27 Jan 23 nicklas 126     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.PEAK_METH_II);
7020 27 Jan 23 nicklas 127     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.PEAK_UNMETH_I);
7020 27 Jan 23 nicklas 128     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.PEAK_UNMETH_II);
7006 24 Jan 23 nicklas 129     
7010 25 Jan 23 nicklas 130     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.BEADCHIP_ID);
7010 25 Jan 23 nicklas 131     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.BEADCHIP_POSITION);
7010 25 Jan 23 nicklas 132     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.BEADCHIP_TYPE);
7019 27 Jan 23 nicklas 133     methFactory.createAnnotationType("ScannerModel", Type.STRING);
7019 27 Jan 23 nicklas 134     methFactory.createAnnotationType("ScannerSerial", Type.STRING);
7020 27 Jan 23 nicklas 135     methFactory.createAnnotationType("MethylationSoftware", Type.STRING);
7010 25 Jan 23 nicklas 136     
7006 24 Jan 23 nicklas 137     methFactory.createAnnotationType(Annotationtype.DATA_FILES_FOLDER).setProjectSpecificValues(true);
7013 26 Jan 23 nicklas 138     methFactory.createFileType(Datafiletype.IDAT);
7006 24 Jan 23 nicklas 139     
7006 24 Jan 23 nicklas 140     return methFactory.allCreated();
7006 24 Jan 23 nicklas 141   }
7006 24 Jan 23 nicklas 142
7006 24 Jan 23 nicklas 143 }

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