extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/plugins/release/RnaWriter.java

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3937 16 May 16 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.plugins.release;
3937 16 May 16 nicklas 2
3937 16 May 16 nicklas 3 import java.util.Date;
4469 26 Apr 17 nicklas 4 import java.util.List;
3937 16 May 16 nicklas 5
4389 09 Mar 17 nicklas 6 import org.json.simple.JSONArray;
4371 02 Mar 17 nicklas 7 import org.json.simple.JSONObject;
4371 02 Mar 17 nicklas 8
5170 03 Dec 18 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent;
3937 16 May 16 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.DbControl;
3937 16 May 16 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.Extract;
4389 09 Mar 17 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.Item;
4465 25 Apr 17 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.Quantity;
4389 09 Mar 17 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.Type;
5170 03 Dec 18 nicklas 15 import net.sf.basedb.core.Unit;
4389 09 Mar 17 nicklas 16 import net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager;
3937 16 May 16 nicklas 17 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
3937 16 May 16 nicklas 18 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
5100 15 Nov 18 nicklas 19 import net.sf.basedb.reggie.dao.Lysate;
5100 15 Nov 18 nicklas 20 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rna;
3937 16 May 16 nicklas 21 import net.sf.basedb.reggie.dao.RnaQc;
4389 09 Mar 17 nicklas 22 import net.sf.basedb.reggie.json.FilteredJSONArray;
4389 09 Mar 17 nicklas 23 import net.sf.basedb.util.filter.NotNullFilter;
4465 25 Apr 17 nicklas 24 import net.sf.basedb.util.units.UnitUtil;
3937 16 May 16 nicklas 25
3937 16 May 16 nicklas 26 /**
3937 16 May 16 nicklas 27   Cohort writer implementation for the RNA data table.
3937 16 May 16 nicklas 28   @since 4.5
3937 16 May 16 nicklas 29 */
3937 16 May 16 nicklas 30 public class RnaWriter 
3937 16 May 16 nicklas 31   extends CohortWriter 
3937 16 May 16 nicklas 32 {
3937 16 May 16 nicklas 33   
5090 14 Nov 18 nicklas 34   public RnaWriter(DbControl dc, ReleaseWriterOptions options)
3937 16 May 16 nicklas 35   {
5090 14 Nov 18 nicklas 36     super(dc, options);
3937 16 May 16 nicklas 37   }
3937 16 May 16 nicklas 38   
4371 02 Mar 17 nicklas 39   @Override
5091 14 Nov 18 nicklas 40   public JSONArray toJSONObjects(CohortItem item)
4371 02 Mar 17 nicklas 41   {
5100 15 Nov 18 nicklas 42     List<Rna> rnaList = item.getRna();
5100 15 Nov 18 nicklas 43     if (rnaList.size() == 0) return null;
4371 02 Mar 17 nicklas 44     
5100 15 Nov 18 nicklas 45     List<RnaQc> rnaQcList = item.getRnaQc();
5100 15 Nov 18 nicklas 46     JSONArray json = new JSONArray();
5100 15 Nov 18 nicklas 47     for (int i = 0; i < rnaList.size(); i++)
4389 09 Mar 17 nicklas 48     {
5100 15 Nov 18 nicklas 49       Rna r = rnaList.get(i);
5100 15 Nov 18 nicklas 50       RnaQc qc = rnaQcList.get(i);
5100 15 Nov 18 nicklas 51       Extract rna = r.getItem();
5100 15 Nov 18 nicklas 52       Lysate lys = r.getLysate();
5170 03 Dec 18 nicklas 53       BioMaterialEvent creationEvent = rna.getCreationEvent();
5100 15 Nov 18 nicklas 54       
5100 15 Nov 18 nicklas 55       DbControl dc = item.getDbControl();
5100 15 Nov 18 nicklas 56       SnapshotManager manager = item.getSnapshotManager();
5100 15 Nov 18 nicklas 57       
5100 15 Nov 18 nicklas 58       JSONObject jsonRna = new JSONObject();
5100 15 Nov 18 nicklas 59       jsonRna.put("name", item.toReleaseId(rna.getName()));
5100 15 Nov 18 nicklas 60       jsonRna.put("type", rna.getType().name());
5100 15 Nov 18 nicklas 61       jsonRna.put("subtype", getName(rna.getItemSubtype()));
5100 15 Nov 18 nicklas 62       jsonRna.put("parent", item.toReleaseId(lys.getName()));
5100 15 Nov 18 nicklas 63       
5100 15 Nov 18 nicklas 64       JSONArray jsonAnnotations = new FilteredJSONArray(new NotNullFilter<>(false));
5100 15 Nov 18 nicklas 65       jsonRna.put("annotations", jsonAnnotations);
5100 15 Nov 18 nicklas 66       
5100 15 Nov 18 nicklas 67       String qiacubeDate = Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert((Date)item.getAnnotationValue(Annotationtype.QIACUBE_DATE, rna));
5100 15 Nov 18 nicklas 68       Integer qiacubeRunNo = (Integer)item.getAnnotationValue(Annotationtype.QIACUBE_RUN_NO, rna);
5100 15 Nov 18 nicklas 69       qiacubeDate += qiacubeRunNo == null ? ":0" : ":"+qiacubeRunNo;
5100 15 Nov 18 nicklas 70   
5100 15 Nov 18 nicklas 71       jsonAnnotations.add(item.createBatchIndexAnnotationJSON("QiacubeBatchNo", qiacubeDate));
5170 03 Dec 18 nicklas 72       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("Protocol", getName(creationEvent.getProtocol())));
5170 03 Dec 18 nicklas 73       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("RNAOriginalQuantity", rna.getOriginalQuantity()));
5170 03 Dec 18 nicklas 74       jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("RNARemainingQuantity", rna.getRemainingQuantity()));
5170 03 Dec 18 nicklas 75
6220 20 Apr 21 nicklas 76       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.QUBIT_CONC, rna, null));
5100 15 Nov 18 nicklas 77       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.ND_CONC, rna, null));
5100 15 Nov 18 nicklas 78       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.ND_260_BY_230, rna, null));
5100 15 Nov 18 nicklas 79       jsonAnnotations.add(item.getAnnotationJSON(Annotationtype.ND_260_BY_280, rna, null));
5100 15 Nov 18 nicklas 80       if (qc != null)
5100 15 Nov 18 nicklas 81       {
5100 15 Nov 18 nicklas 82         // It should always be not null but in case the filtering rules are changed...
5100 15 Nov 18 nicklas 83         jsonAnnotations.add(item.createAnnotationJSON("RNAQC", qc.getRqsOrRin(dc, manager)));
5100 15 Nov 18 nicklas 84       }
5100 15 Nov 18 nicklas 85       json.add(jsonRna);
4389 09 Mar 17 nicklas 86     }
4389 09 Mar 17 nicklas 87     
5100 15 Nov 18 nicklas 88     return json;
4371 02 Mar 17 nicklas 89   }
4389 09 Mar 17 nicklas 90   
4389 09 Mar 17 nicklas 91   @Override
4469 26 Apr 17 nicklas 92   public List<CohortTypeDef> getTypeDefsInJSON()
4389 09 Mar 17 nicklas 93   {
4448 07 Apr 17 nicklas 94     DbControl dc = getDbControl();
4469 26 Apr 17 nicklas 95     CohortTypeDefFactory rnaFactory = new CohortTypeDefFactory(dc, Item.EXTRACT, "RNA");
4465 25 Apr 17 nicklas 96
5170 03 Dec 18 nicklas 97     Unit µg = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
5170 03 Dec 18 nicklas 98
4465 25 Apr 17 nicklas 99     // RNA annotation
4469 26 Apr 17 nicklas 100     rnaFactory.createAnnotationType("QiacubeBatchNo", Type.INT).setProjectSpecificValues(true);
5170 03 Dec 18 nicklas 101     rnaFactory.createAnnotationType("Protocol", Type.STRING);
5170 03 Dec 18 nicklas 102     rnaFactory.createAnnotationType("RNAOriginalQuantity", Type.FLOAT).setUnit(µg);
5170 03 Dec 18 nicklas 103     rnaFactory.createAnnotationType("RNARemainingQuantity", Type.FLOAT).setUnit(µg).setProjectSpecificValues(true);
6220 20 Apr 21 nicklas 104     rnaFactory.createAnnotationType(Annotationtype.QUBIT_CONC).setUnit(UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.DENSITY, "ng/µl"));
4470 26 Apr 17 nicklas 105     rnaFactory.createAnnotationType(Annotationtype.ND_CONC).setUnit(UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.DENSITY, "ng/µl"));
4469 26 Apr 17 nicklas 106     rnaFactory.createAnnotationType(Annotationtype.ND_260_BY_230);
4469 26 Apr 17 nicklas 107     rnaFactory.createAnnotationType(Annotationtype.ND_260_BY_280);
4469 26 Apr 17 nicklas 108     rnaFactory.createAnnotationType("RNAQC", Type.FLOAT).setProjectSpecificValues(true);
4468 26 Apr 17 nicklas 109     
4468 26 Apr 17 nicklas 110     return rnaFactory.allCreated();
4389 09 Mar 17 nicklas 111   }
3937 16 May 16 nicklas 112
3937 16 May 16 nicklas 113 }

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