extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/servlet/CaseSummaryServlet.java

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1821 06 Feb 13 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.servlet;
1821 06 Feb 13 nicklas 2
1821 06 Feb 13 nicklas 3 import java.io.IOException;
1836 13 Feb 13 nicklas 4 import java.util.Date;
5012 05 Oct 18 nicklas 5 import java.util.HashSet;
1821 06 Feb 13 nicklas 6 import java.util.List;
5012 05 Oct 18 nicklas 7 import java.util.Set;
2144 19 Nov 13 olle 8 import java.util.regex.Matcher;
2144 19 Nov 13 olle 9 import java.util.regex.Pattern;
1821 06 Feb 13 nicklas 10
1821 06 Feb 13 nicklas 11 import javax.servlet.ServletException;
1821 06 Feb 13 nicklas 12 import javax.servlet.http.HttpServlet;
1821 06 Feb 13 nicklas 13 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
1821 06 Feb 13 nicklas 14 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
1821 06 Feb 13 nicklas 15
1821 06 Feb 13 nicklas 16 import org.json.simple.JSONArray;
1821 06 Feb 13 nicklas 17 import org.json.simple.JSONObject;
1821 06 Feb 13 nicklas 18
1832 08 Feb 13 nicklas 19 import net.sf.basedb.core.AnyToAny;
1826 07 Feb 13 nicklas 20 import net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent;
1832 08 Feb 13 nicklas 21 import net.sf.basedb.core.BioPlate;
1821 06 Feb 13 nicklas 22 import net.sf.basedb.core.BioSource;
1832 08 Feb 13 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.BioWell;
1821 06 Feb 13 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.DbControl;
2232 17 Feb 14 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
1831 08 Feb 13 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.Extract;
1832 08 Feb 13 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.File;
3373 09 Jun 15 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.Item;
2707 29 Sep 14 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.ItemNotFoundException;
1826 07 Feb 13 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
2914 11 Nov 14 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.Job;
2103 25 Oct 13 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial;
1821 06 Feb 13 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.Permission;
2144 19 Nov 13 olle 34 import net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException;
2232 17 Feb 14 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay;
2918 11 Nov 14 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
1821 06 Feb 13 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.Sample;
1821 06 Feb 13 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.SessionControl;
6393 16 Sep 21 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
6393 16 Sep 21 nicklas 40 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
6393 16 Sep 21 nicklas 41 import net.sf.basedb.core.query.Orders;
6393 16 Sep 21 nicklas 42 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
1826 07 Feb 13 nicklas 43 import net.sf.basedb.reggie.JsonUtil;
1821 06 Feb 13 nicklas 44 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
1821 06 Feb 13 nicklas 45 import net.sf.basedb.reggie.Site;
3534 08 Oct 15 nicklas 46 import net.sf.basedb.reggie.XmlConfig;
2914 11 Nov 14 nicklas 47 import net.sf.basedb.reggie.dao.AlignedSequences;
1821 06 Feb 13 nicklas 48 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
6479 09 Nov 21 nicklas 49 import net.sf.basedb.reggie.dao.BeadChip;
3321 11 May 15 nicklas 50 import net.sf.basedb.reggie.dao.BioplateType;
1821 06 Feb 13 nicklas 51 import net.sf.basedb.reggie.dao.Blood;
3356 28 May 15 nicklas 52 import net.sf.basedb.reggie.dao.BloodDna;
1821 06 Feb 13 nicklas 53 import net.sf.basedb.reggie.dao.Case;
2050 07 Oct 13 olle 54 import net.sf.basedb.reggie.dao.CDna;
1821 06 Feb 13 nicklas 55 import net.sf.basedb.reggie.dao.Consent;
7296 23 Aug 23 nicklas 56 import net.sf.basedb.reggie.dao.CopyNumber;
5731 19 Nov 19 nicklas 57 import net.sf.basedb.reggie.dao.Datafiletype;
2098 23 Oct 13 nicklas 58 import net.sf.basedb.reggie.dao.Dna;
2232 17 Feb 14 nicklas 59 import net.sf.basedb.reggie.dao.FlowCell;
2098 23 Oct 13 nicklas 60 import net.sf.basedb.reggie.dao.FlowThrough;
6479 09 Nov 21 nicklas 61 import net.sf.basedb.reggie.dao.GenotypeCall;
1826 07 Feb 13 nicklas 62 import net.sf.basedb.reggie.dao.Histology;
2050 07 Oct 13 olle 63 import net.sf.basedb.reggie.dao.Library;
1831 08 Feb 13 nicklas 64 import net.sf.basedb.reggie.dao.Lysate;
2050 07 Oct 13 olle 65 import net.sf.basedb.reggie.dao.MRna;
2914 11 Nov 14 nicklas 66 import net.sf.basedb.reggie.dao.MergedSequences;
6882 22 Nov 22 nicklas 67 import net.sf.basedb.reggie.dao.Methylation;
1821 06 Feb 13 nicklas 68 import net.sf.basedb.reggie.dao.NoSpecimen;
1821 06 Feb 13 nicklas 69 import net.sf.basedb.reggie.dao.Patient;
7308 28 Aug 23 nicklas 70 import net.sf.basedb.reggie.dao.Pipeline;
2052 09 Oct 13 olle 71 import net.sf.basedb.reggie.dao.PooledLibrary;
2918 11 Nov 14 nicklas 72 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rawbioassay;
5731 19 Nov 19 nicklas 73 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rawdatatype;
4075 05 Sep 16 nicklas 74 import net.sf.basedb.reggie.dao.ReggieItem;
1832 08 Feb 13 nicklas 75 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rna;
3188 18 Mar 15 nicklas 76 import net.sf.basedb.reggie.dao.RnaQc;
6479 09 Nov 21 nicklas 77 import net.sf.basedb.reggie.dao.Scan;
2232 17 Feb 14 nicklas 78 import net.sf.basedb.reggie.dao.SequencingRun;
1821 06 Feb 13 nicklas 79 import net.sf.basedb.reggie.dao.SpecimenTube;
1826 07 Feb 13 nicklas 80 import net.sf.basedb.reggie.dao.Subtype;
6393 16 Sep 21 nicklas 81 import net.sf.basedb.reggie.grid.TargetedGenotypeJobCreator;
6393 16 Sep 21 nicklas 82 import net.sf.basedb.reggie.grid.TargetedGenotypeJobCreator.TargetedGenotypeDefinition;
3506 23 Sep 15 nicklas 83 import net.sf.basedb.reggie.pdf.GeneReportWorker;
3534 08 Oct 15 nicklas 84 import net.sf.basedb.reggie.pdf.PilotReportWorker;
6094 14 Dec 20 nicklas 85 import net.sf.basedb.reggie.pdf.ScanBReportWorker;
2100 24 Oct 13 nicklas 86 import net.sf.basedb.util.Values;
1821 06 Feb 13 nicklas 87 import net.sf.basedb.util.error.ThrowableUtil;
1821 06 Feb 13 nicklas 88
1821 06 Feb 13 nicklas 89
1839 13 Feb 13 nicklas 90 public class CaseSummaryServlet 
1821 06 Feb 13 nicklas 91   extends HttpServlet 
1821 06 Feb 13 nicklas 92 {
1821 06 Feb 13 nicklas 93
1821 06 Feb 13 nicklas 94   
1821 06 Feb 13 nicklas 95   private static final long serialVersionUID = 856434104316596495L;
1821 06 Feb 13 nicklas 96
1839 13 Feb 13 nicklas 97   public CaseSummaryServlet()
1821 06 Feb 13 nicklas 98   {}
1821 06 Feb 13 nicklas 99
1821 06 Feb 13 nicklas 100   @Override
1821 06 Feb 13 nicklas 101   protected void doGet(HttpServletRequest req, HttpServletResponse resp)
1821 06 Feb 13 nicklas 102     throws ServletException, IOException 
1821 06 Feb 13 nicklas 103   {
1821 06 Feb 13 nicklas 104     String cmd = req.getParameter("cmd");
2598 22 Aug 14 nicklas 105     JsonUtil.setJsonResponseHeaders(resp);
1821 06 Feb 13 nicklas 106     
1821 06 Feb 13 nicklas 107     JSONObject json = new JSONObject();
1821 06 Feb 13 nicklas 108     json.put("status", "ok");
1821 06 Feb 13 nicklas 109   
3975 26 May 16 nicklas 110     final SessionControl sc = Reggie.getSessionControl(req);
1821 06 Feb 13 nicklas 111     DbControl dc = null;
1821 06 Feb 13 nicklas 112     try
1821 06 Feb 13 nicklas 113     {
1821 06 Feb 13 nicklas 114       if ("GetCaseInfo".equals(cmd))
1821 06 Feb 13 nicklas 115       {
1821 06 Feb 13 nicklas 116         /*
1821 06 Feb 13 nicklas 117           Load information about a single case when given the case name/barcode
1821 06 Feb 13 nicklas 118           If a case is found we will load annotations, the patient it is associated with
1821 06 Feb 13 nicklas 119           and specimen tubes for the case. 
1821 06 Feb 13 nicklas 120         */
6337 16 Jun 21 nicklas 121         dc = sc.newDbControl(":Case summary");
1821 06 Feb 13 nicklas 122         
1821 06 Feb 13 nicklas 123         String caseName = req.getParameter("caseName");
7150 09 May 23 nicklas 124         if (caseName != null) caseName = caseName.strip();
6801 11 Aug 22 nicklas 125         String matchedBy = null;
4075 05 Sep 16 nicklas 126         // Try to determine if the 'caseName' is a 
4075 05 Sep 16 nicklas 127         // SCANB ID, external id or personal number
6565 01 Feb 22 nicklas 128         String scanBId = getScanBId(caseName, true, true);
4075 05 Sep 16 nicklas 129         
2144 19 Nov 13 olle 130         Patient patient = null;
2144 19 Nov 13 olle 131         Case theCase = null;
2144 19 Nov 13 olle 132         List<Case> caseList = null;
6565 01 Feb 22 nicklas 133         if (scanBId != null)
2144 19 Nov 13 olle 134         {
6565 01 Feb 22 nicklas 135           caseName = scanBId;
6565 01 Feb 22 nicklas 136         }
6565 01 Feb 22 nicklas 137         else
6565 01 Feb 22 nicklas 138         {
4075 05 Sep 16 nicklas 139           // Try to find a sample-level item first
4075 05 Sep 16 nicklas 140           // Eg. a Specimen/NoSpecimen/Blood/Case
4075 05 Sep 16 nicklas 141           String specimenExternalId = getSpecimenExternalId(caseName);
4075 05 Sep 16 nicklas 142           String bloodExternalId = getBloodExternalId(caseName);
4075 05 Sep 16 nicklas 143           String caseExternalId = getCaseExternalId(caseName);
4075 05 Sep 16 nicklas 144           ReggieItem<Sample> sampleItem = null;
4075 05 Sep 16 nicklas 145           if (specimenExternalId != null)
2144 19 Nov 13 olle 146           {
4075 05 Sep 16 nicklas 147             sampleItem = SpecimenTube.findByExternalId(dc, specimenExternalId);
4075 05 Sep 16 nicklas 148             if (sampleItem == null) sampleItem = NoSpecimen.findByExternalId(dc, specimenExternalId);
6801 11 Aug 22 nicklas 149             if (sampleItem != null) matchedBy = "Specimen external id: "+specimenExternalId;
2144 19 Nov 13 olle 150           }
4075 05 Sep 16 nicklas 151           else if (bloodExternalId != null)
2144 19 Nov 13 olle 152           {
4075 05 Sep 16 nicklas 153             sampleItem = Blood.findByExternalId(dc, bloodExternalId);
6801 11 Aug 22 nicklas 154             if (sampleItem != null) matchedBy = "Blood external id: "+bloodExternalId;
4075 05 Sep 16 nicklas 155           }
4075 05 Sep 16 nicklas 156           else if (caseExternalId != null)
4075 05 Sep 16 nicklas 157           {
4075 05 Sep 16 nicklas 158             sampleItem = Case.findByExternalId(dc, caseExternalId);
6801 11 Aug 22 nicklas 159             if (sampleItem != null) matchedBy = "Case external id: "+caseExternalId;
4075 05 Sep 16 nicklas 160           }
4075 05 Sep 16 nicklas 161           
4964 03 Sep 18 nicklas 162           if (sampleItem == null)
4964 03 Sep 18 nicklas 163           {
4964 03 Sep 18 nicklas 164             // Try PAD (if logged in user has permission to access it)
4964 03 Sep 18 nicklas 165             try
4964 03 Sep 18 nicklas 166             {
7154 09 May 23 nicklas 167               // In some cases, PAD from CMD have suffix with '-' as a
7154 09 May 23 nicklas 168               // separator from the "real" PAD, we remove the suffix before searching
7154 09 May 23 nicklas 169               int sep = caseName.indexOf('-');
7154 09 May 23 nicklas 170               if (sep > 0) caseName = caseName.substring(0, sep);
4964 03 Sep 18 nicklas 171               List<SpecimenTube> tmp = SpecimenTube.findByPAD(dc, caseName);
4964 03 Sep 18 nicklas 172               if (tmp != null && tmp.size() > 0) sampleItem = tmp.get(0);
4964 03 Sep 18 nicklas 173               if (sampleItem == null)
4964 03 Sep 18 nicklas 174               {
4964 03 Sep 18 nicklas 175                 List<NoSpecimen> tmp2 = NoSpecimen.findByPAD(dc, caseName);
4964 03 Sep 18 nicklas 176                 if (tmp2 != null && tmp2.size() > 0) sampleItem = tmp2.get(0);
4964 03 Sep 18 nicklas 177               }
6801 11 Aug 22 nicklas 178               if (sampleItem != null) matchedBy = "PAD";
4964 03 Sep 18 nicklas 179             }
4964 03 Sep 18 nicklas 180             catch (PermissionDeniedException | ItemNotFoundException ex)
4964 03 Sep 18 nicklas 181             {}
4964 03 Sep 18 nicklas 182           }
4964 03 Sep 18 nicklas 183           
4964 03 Sep 18 nicklas 184           if (sampleItem == null)
4964 03 Sep 18 nicklas 185           {
7150 09 May 23 nicklas 186             // Try ExternalRef on Specimen items
7150 09 May 23 nicklas 187             List<SpecimenTube> tmp = SpecimenTube.findByExternalRef(dc, caseName);
7150 09 May 23 nicklas 188             if (tmp != null && tmp.size() > 0) sampleItem = tmp.get(0);
7150 09 May 23 nicklas 189             if (sampleItem != null) matchedBy = "ExternalRef: "+caseName;
7150 09 May 23 nicklas 190           }
7150 09 May 23 nicklas 191           
7150 09 May 23 nicklas 192           if (sampleItem == null)
7150 09 May 23 nicklas 193           {
4964 03 Sep 18 nicklas 194             // Try RCCID on blood items
4964 03 Sep 18 nicklas 195             List<Blood> tmp = Blood.findAllByBaseRccidNumber(dc, caseName);
4964 03 Sep 18 nicklas 196             if (tmp != null && tmp.size() > 0) sampleItem = tmp.get(0);
6801 11 Aug 22 nicklas 197             if (sampleItem != null) matchedBy = "RCC-ID: "+caseName;
4964 03 Sep 18 nicklas 198           }
4964 03 Sep 18 nicklas 199           
6835 05 Sep 22 nicklas 200           if (sampleItem == null)
6835 05 Sep 22 nicklas 201           {
6835 05 Sep 22 nicklas 202             // Try BD47_ID on blood items
6835 05 Sep 22 nicklas 203             List<Blood> tmp = Blood.findAllByBD47Id(dc, caseName);
6835 05 Sep 22 nicklas 204             if (tmp != null && tmp.size() > 0) sampleItem = tmp.get(0);
6835 05 Sep 22 nicklas 205             if (sampleItem != null) matchedBy = "BD47-ID: "+caseName;
6835 05 Sep 22 nicklas 206           }
6835 05 Sep 22 nicklas 207           
4075 05 Sep 16 nicklas 208           if (sampleItem != null)
4075 05 Sep 16 nicklas 209           {
4075 05 Sep 16 nicklas 210             // If an item is found we have an exact match for case name
4075 05 Sep 16 nicklas 211             // and use that from now on just as if that was entered in
4075 05 Sep 16 nicklas 212             // the search form
6835 05 Sep 22 nicklas 213             caseName = sampleItem.getName().substring(0, 7);
4075 05 Sep 16 nicklas 214           }
4075 05 Sep 16 nicklas 215           else
4075 05 Sep 16 nicklas 216           {
4075 05 Sep 16 nicklas 217             String patientExternalId = getPatientExternalId(caseName);
5278 05 Feb 19 nicklas 218             String patientName = getPatientName(caseName);
5278 05 Feb 19 nicklas 219             if (patientName != null)
2144 19 Nov 13 olle 220             {
5278 05 Feb 19 nicklas 221               patient = Patient.findByName(dc, patientName);
6801 11 Aug 22 nicklas 222               if (patient != null) matchedBy = "Patient name: " + patientName;
5278 05 Feb 19 nicklas 223             }
5278 05 Feb 19 nicklas 224             else if (patientExternalId != null)
5278 05 Feb 19 nicklas 225             {
4075 05 Sep 16 nicklas 226               patient = Patient.findByExternalId(dc, patientExternalId);
6835 05 Sep 22 nicklas 227               if (patient != null) matchedBy = "Patient external id: " + patientExternalId;
2144 19 Nov 13 olle 228             }
4075 05 Sep 16 nicklas 229             else
2144 19 Nov 13 olle 230             {
4075 05 Sep 16 nicklas 231               // Input 'caseName' may be personal number
4075 05 Sep 16 nicklas 232               String potentialPnr = caseName;
4075 05 Sep 16 nicklas 233               // Find cases by personal number if user has permission to do so
4075 05 Sep 16 nicklas 234               try
4075 05 Sep 16 nicklas 235               {
4075 05 Sep 16 nicklas 236                 patient = Patient.findByPersonalNumber(dc, potentialPnr);
6801 11 Aug 22 nicklas 237                 if (patient != null) matchedBy = "Personal number";
4075 05 Sep 16 nicklas 238               }
4075 05 Sep 16 nicklas 239               catch (PermissionDeniedException | ItemNotFoundException ex)
4075 05 Sep 16 nicklas 240               {}
2144 19 Nov 13 olle 241             }
4075 05 Sep 16 nicklas 242             if (patient != null)
4075 05 Sep 16 nicklas 243             {
4075 05 Sep 16 nicklas 244               caseList = Case.findByPatient(dc, patient);
4075 05 Sep 16 nicklas 245               if (caseList != null && caseList.size() > 0)
4075 05 Sep 16 nicklas 246               {
4075 05 Sep 16 nicklas 247                 // Use lowest case name (a patient can have at most 2 cases)
5415 09 May 19 nicklas 248                 theCase = caseList.get(0);
4075 05 Sep 16 nicklas 249               }
4075 05 Sep 16 nicklas 250               if (theCase != null)
4075 05 Sep 16 nicklas 251               {
4075 05 Sep 16 nicklas 252                 // Use case name found from personal number
4075 05 Sep 16 nicklas 253                 caseName = theCase.getName();
4075 05 Sep 16 nicklas 254               }
4075 05 Sep 16 nicklas 255             }
2144 19 Nov 13 olle 256           }
2144 19 Nov 13 olle 257         }
2144 19 Nov 13 olle 258         
2100 24 Oct 13 nicklas 259         JSONArray jsonSections = new JSONArray();
2100 24 Oct 13 nicklas 260         json.put("sections", jsonSections);
1821 06 Feb 13 nicklas 261         
1821 06 Feb 13 nicklas 262         // Load site information
1821 06 Feb 13 nicklas 263         Site site = Site.findByCaseName(caseName);
1821 06 Feb 13 nicklas 264         if (site != null)
1821 06 Feb 13 nicklas 265         {
1821 06 Feb 13 nicklas 266           json.put("site", site.asJSONObject());
1821 06 Feb 13 nicklas 267         }
1821 06 Feb 13 nicklas 268         
6835 05 Sep 22 nicklas 269         if (matchedBy != null) json.put("matchedBy", matchedBy);
6835 05 Sep 22 nicklas 270         if (caseName != null) json.put("caseName", caseName);
6835 05 Sep 22 nicklas 271         
1821 06 Feb 13 nicklas 272         // Load case (null if not found) and patient
2144 19 Nov 13 olle 273         if (theCase == null)
2144 19 Nov 13 olle 274         {
2144 19 Nov 13 olle 275           theCase = Case.findByName(dc, caseName);
2144 19 Nov 13 olle 276         }
1821 06 Feb 13 nicklas 277         if (theCase != null) 
1821 06 Feb 13 nicklas 278         {
1821 06 Feb 13 nicklas 279           loadCaseInfo(dc, theCase);
2100 24 Oct 13 nicklas 280           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "case"));
1821 06 Feb 13 nicklas 281           json.put("caseInfo", theCase.asJSONObject());
2144 19 Nov 13 olle 282           if (patient == null)
2144 19 Nov 13 olle 283           {
2144 19 Nov 13 olle 284             patient = Patient.findByCase(dc, theCase);
2144 19 Nov 13 olle 285           }
1821 06 Feb 13 nicklas 286         }
1821 06 Feb 13 nicklas 287
1821 06 Feb 13 nicklas 288         // Load blood (and patient if no case was found)
1821 06 Feb 13 nicklas 289         List<Blood> blood = null;
1907 18 Mar 13 nicklas 290         if (patient == null)
1907 18 Mar 13 nicklas 291         {
1907 18 Mar 13 nicklas 292           blood = Blood.findAllByCaseName(dc, caseName);
1907 18 Mar 13 nicklas 293           if (blood.size() > 0) patient = Patient.findByBlood(dc, blood.get(0));
1907 18 Mar 13 nicklas 294         }
1821 06 Feb 13 nicklas 295         if (patient != null)
1821 06 Feb 13 nicklas 296         {
1821 06 Feb 13 nicklas 297           blood = Blood.findByPatient(dc, patient);
1821 06 Feb 13 nicklas 298         }
1821 06 Feb 13 nicklas 299     
1821 06 Feb 13 nicklas 300         if (blood.size() > 0) 
1821 06 Feb 13 nicklas 301         {
1821 06 Feb 13 nicklas 302           JSONArray jsonBlood = new JSONArray();
1821 06 Feb 13 nicklas 303           for (Blood b: blood)
1821 06 Feb 13 nicklas 304           {
1821 06 Feb 13 nicklas 305             loadBloodInfo(dc, b);
1821 06 Feb 13 nicklas 306             jsonBlood.add(b.asJSONObject());
1821 06 Feb 13 nicklas 307           }
2100 24 Oct 13 nicklas 308           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "blood"));
1821 06 Feb 13 nicklas 309           json.put("blood", jsonBlood);
1821 06 Feb 13 nicklas 310         }
1821 06 Feb 13 nicklas 311         
1821 06 Feb 13 nicklas 312         if (patient != null)
1821 06 Feb 13 nicklas 313         {
1821 06 Feb 13 nicklas 314           loadPatientInfo(dc, patient);
2592 19 Aug 14 nicklas 315           List<String> allCases = Case.findAllCaseNumbersByPatient(dc, patient);
1907 18 Mar 13 nicklas 316           patient.setAnnotation("allCases", allCases);
2100 24 Oct 13 nicklas 317           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "patient"));
1821 06 Feb 13 nicklas 318           json.put("patient", patient.asJSONObject());
1821 06 Feb 13 nicklas 319         }
1821 06 Feb 13 nicklas 320         
1821 06 Feb 13 nicklas 321         // Load specimen tubes
1821 06 Feb 13 nicklas 322         List<SpecimenTube> specimen = SpecimenTube.findByCaseName(dc, caseName, false);
1821 06 Feb 13 nicklas 323         if (specimen.size() > 0)
1821 06 Feb 13 nicklas 324         {
1821 06 Feb 13 nicklas 325           JSONArray jsonSpecimen = new JSONArray();
1821 06 Feb 13 nicklas 326           for (SpecimenTube s : specimen)
1821 06 Feb 13 nicklas 327           {
1821 06 Feb 13 nicklas 328             loadSpecimenInfo(dc, s);
1821 06 Feb 13 nicklas 329             jsonSpecimen.add(s.asJSONObject());
1821 06 Feb 13 nicklas 330           }
2100 24 Oct 13 nicklas 331           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "specimen"));
1821 06 Feb 13 nicklas 332           json.put("specimen", jsonSpecimen);
1821 06 Feb 13 nicklas 333         }
1821 06 Feb 13 nicklas 334         
1821 06 Feb 13 nicklas 335         List<NoSpecimen> noSpecimen = NoSpecimen.findByCaseName(dc, caseName, false);
1821 06 Feb 13 nicklas 336         if (noSpecimen.size() > 0)
1821 06 Feb 13 nicklas 337         {
1821 06 Feb 13 nicklas 338           JSONArray jsonNoSpecimen = new JSONArray();
1821 06 Feb 13 nicklas 339           for (NoSpecimen ns : noSpecimen)
1821 06 Feb 13 nicklas 340           {
1821 06 Feb 13 nicklas 341             loadNoSpecimenInfo(dc, ns);
1821 06 Feb 13 nicklas 342             jsonNoSpecimen.add(ns.asJSONObject());
1821 06 Feb 13 nicklas 343           }
2100 24 Oct 13 nicklas 344           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "nospecimen"));
1821 06 Feb 13 nicklas 345           json.put("noSpecimen", jsonNoSpecimen);
1821 06 Feb 13 nicklas 346         }
1821 06 Feb 13 nicklas 347         
1826 07 Feb 13 nicklas 348         List<Histology> histology = Histology.findByCaseName(dc, caseName);
1826 07 Feb 13 nicklas 349         if (histology.size() > 0)
1826 07 Feb 13 nicklas 350         {
1826 07 Feb 13 nicklas 351           JSONArray jsonHistology = new JSONArray();
1826 07 Feb 13 nicklas 352           for (Histology his : histology)
1826 07 Feb 13 nicklas 353           {
1826 07 Feb 13 nicklas 354             loadHistologyInfo(dc, his);
1826 07 Feb 13 nicklas 355             jsonHistology.add(his.asJSONObject());
1826 07 Feb 13 nicklas 356           }
2100 24 Oct 13 nicklas 357           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "histology"));
1826 07 Feb 13 nicklas 358           json.put("histology", jsonHistology);
1826 07 Feb 13 nicklas 359         }
1831 08 Feb 13 nicklas 360         
6479 09 Nov 21 nicklas 361         List<GenotypeCall> genotypeCalls = GenotypeCall.findByCaseName(dc, caseName);
6479 09 Nov 21 nicklas 362         if (genotypeCalls.size() > 0)
6479 09 Nov 21 nicklas 363         {
6479 09 Nov 21 nicklas 364           JSONArray jsonGtc = new JSONArray();
6479 09 Nov 21 nicklas 365           for (GenotypeCall gtc : genotypeCalls)
6479 09 Nov 21 nicklas 366           {
6479 09 Nov 21 nicklas 367             loadGenotypeCallInfo(dc, gtc);
6479 09 Nov 21 nicklas 368             jsonGtc.add(gtc.asJSONObject());
6479 09 Nov 21 nicklas 369           }
6479 09 Nov 21 nicklas 370           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "genotypecall"));
6479 09 Nov 21 nicklas 371           json.put("genotypecall", jsonGtc);
6479 09 Nov 21 nicklas 372         }
6479 09 Nov 21 nicklas 373         
6882 22 Nov 22 nicklas 374         List<Methylation> methylation = Methylation.findByCaseName(dc, caseName);
6882 22 Nov 22 nicklas 375         if (methylation.size() > 0)
6882 22 Nov 22 nicklas 376         {
6882 22 Nov 22 nicklas 377           JSONArray jsonMeth = new JSONArray();
6882 22 Nov 22 nicklas 378           for (Methylation m : methylation)
6882 22 Nov 22 nicklas 379           {
6882 22 Nov 22 nicklas 380             loadMethylationInfo(dc, m);
6882 22 Nov 22 nicklas 381             jsonMeth.add(m.asJSONObject());
6882 22 Nov 22 nicklas 382           }
6882 22 Nov 22 nicklas 383           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "methylation"));
6882 22 Nov 22 nicklas 384           json.put("methylation", jsonMeth);
6882 22 Nov 22 nicklas 385         }
6882 22 Nov 22 nicklas 386         
1831 08 Feb 13 nicklas 387         List<Lysate> lysate = Lysate.findByCaseName(dc, caseName);
1831 08 Feb 13 nicklas 388         if (lysate.size() > 0)
1831 08 Feb 13 nicklas 389         {
1831 08 Feb 13 nicklas 390           JSONArray jsonLysate = new JSONArray();
1831 08 Feb 13 nicklas 391           for (Lysate lys : lysate)
1831 08 Feb 13 nicklas 392           {
1831 08 Feb 13 nicklas 393             loadLysateInfo(dc, lys);
1831 08 Feb 13 nicklas 394             jsonLysate.add(lys.asJSONObject());
1831 08 Feb 13 nicklas 395           }
2100 24 Oct 13 nicklas 396           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "lysate"));
1831 08 Feb 13 nicklas 397           json.put("lysate", jsonLysate);
1831 08 Feb 13 nicklas 398         }
1832 08 Feb 13 nicklas 399
1832 08 Feb 13 nicklas 400         List<Rna> rna = Rna.findByCaseName(dc, caseName);
1832 08 Feb 13 nicklas 401         if (rna.size() > 0)
1832 08 Feb 13 nicklas 402         {
1832 08 Feb 13 nicklas 403           JSONArray jsonRna = new JSONArray();
1832 08 Feb 13 nicklas 404           for (Rna r : rna)
1832 08 Feb 13 nicklas 405           {
1832 08 Feb 13 nicklas 406             loadRnaInfo(dc, r);
1832 08 Feb 13 nicklas 407             jsonRna.add(r.asJSONObject());
1832 08 Feb 13 nicklas 408           }
2100 24 Oct 13 nicklas 409           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "rna"));
1832 08 Feb 13 nicklas 410           json.put("rna", jsonRna);
1832 08 Feb 13 nicklas 411         }
2050 07 Oct 13 olle 412
2098 23 Oct 13 nicklas 413         List<Dna> dna = Dna.findByCaseName(dc, caseName);
2098 23 Oct 13 nicklas 414         if (dna.size() > 0)
2098 23 Oct 13 nicklas 415         {
2098 23 Oct 13 nicklas 416           JSONArray jsonDna = new JSONArray();
2098 23 Oct 13 nicklas 417           for (Dna d : dna)
2098 23 Oct 13 nicklas 418           {
2098 23 Oct 13 nicklas 419             loadDnaInfo(dc, d);
2098 23 Oct 13 nicklas 420             jsonDna.add(d.asJSONObject());
2098 23 Oct 13 nicklas 421           }
2100 24 Oct 13 nicklas 422           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "dna"));
2098 23 Oct 13 nicklas 423           json.put("dna", jsonDna);
2098 23 Oct 13 nicklas 424         }
2098 23 Oct 13 nicklas 425
3356 28 May 15 nicklas 426         List<BloodDna> bdna = BloodDna.findByCaseName(dc, caseName);
3356 28 May 15 nicklas 427         if (bdna.size() > 0)
3356 28 May 15 nicklas 428         {
3356 28 May 15 nicklas 429           JSONArray jsonBloodDna = new JSONArray();
3356 28 May 15 nicklas 430           for (BloodDna d : bdna)
3356 28 May 15 nicklas 431           {
3356 28 May 15 nicklas 432             loadBloodDnaInfo(dc, d);
3356 28 May 15 nicklas 433             jsonBloodDna.add(d.asJSONObject());
3356 28 May 15 nicklas 434           }
3356 28 May 15 nicklas 435           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "bdna"));
3356 28 May 15 nicklas 436           json.put("bdna", jsonBloodDna);
3356 28 May 15 nicklas 437         }
3356 28 May 15 nicklas 438         
2098 23 Oct 13 nicklas 439         List<FlowThrough> ft = FlowThrough.findByCaseName(dc, caseName);
2098 23 Oct 13 nicklas 440         if (ft.size() > 0)
2098 23 Oct 13 nicklas 441         {
2098 23 Oct 13 nicklas 442           JSONArray jsonFlowThrough = new JSONArray();
2098 23 Oct 13 nicklas 443           for (FlowThrough f : ft)
2098 23 Oct 13 nicklas 444           {
2098 23 Oct 13 nicklas 445             loadFlowThroughInfo(dc, f);
2098 23 Oct 13 nicklas 446             jsonFlowThrough.add(f.asJSONObject());
2098 23 Oct 13 nicklas 447           }
2100 24 Oct 13 nicklas 448           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "ft"));
2098 23 Oct 13 nicklas 449           json.put("flowThrough", jsonFlowThrough);
2098 23 Oct 13 nicklas 450         }
2098 23 Oct 13 nicklas 451   
2050 07 Oct 13 olle 452         List<MRna> mrna = MRna.findByCaseName(dc, caseName);
2050 07 Oct 13 olle 453         if (mrna.size() > 0)
2050 07 Oct 13 olle 454         {
2050 07 Oct 13 olle 455           JSONArray jsonMRna = new JSONArray();
2050 07 Oct 13 olle 456           for (MRna r : mrna)
2050 07 Oct 13 olle 457           {
2050 07 Oct 13 olle 458             loadMRnaInfo(dc, r);
2050 07 Oct 13 olle 459             jsonMRna.add(r.asJSONObject());
2050 07 Oct 13 olle 460           }
2100 24 Oct 13 nicklas 461           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "mrna"));
2050 07 Oct 13 olle 462           json.put("mrna", jsonMRna);
2050 07 Oct 13 olle 463         }
1831 08 Feb 13 nicklas 464         
2050 07 Oct 13 olle 465         List<CDna> cdna = CDna.findByCaseName(dc, caseName);
2050 07 Oct 13 olle 466         if (cdna.size() > 0)
2050 07 Oct 13 olle 467         {
2050 07 Oct 13 olle 468           JSONArray jsonCDna = new JSONArray();
2050 07 Oct 13 olle 469           for (CDna r : cdna)
2050 07 Oct 13 olle 470           {
2050 07 Oct 13 olle 471             loadCDnaInfo(dc, r);
2050 07 Oct 13 olle 472             jsonCDna.add(r.asJSONObject());
2050 07 Oct 13 olle 473           }
2100 24 Oct 13 nicklas 474           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "cdna"));
2050 07 Oct 13 olle 475           json.put("cdna", jsonCDna);
2050 07 Oct 13 olle 476         }
2050 07 Oct 13 olle 477
2050 07 Oct 13 olle 478         List<Library> lib = Library.findByCaseName(dc, caseName);
2050 07 Oct 13 olle 479         if (lib.size() > 0)
2050 07 Oct 13 olle 480         {
2050 07 Oct 13 olle 481           JSONArray jsonLib = new JSONArray();
2050 07 Oct 13 olle 482           for (Library r : lib)
2050 07 Oct 13 olle 483           {
2185 09 Jan 14 nicklas 484             // Ignore *.dil items with '0' remaining quantity
4886 04 Jul 18 nicklas 485             if (r.getName().indexOf(".dil") == -1 || r.getExtract().getRemainingQuantity() > 0)
2185 09 Jan 14 nicklas 486             {
2185 09 Jan 14 nicklas 487               loadLibraryInfo(dc, r);
2185 09 Jan 14 nicklas 488               jsonLib.add(r.asJSONObject());
2185 09 Jan 14 nicklas 489             }
2050 07 Oct 13 olle 490           }
2100 24 Oct 13 nicklas 491           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "lib"));
2050 07 Oct 13 olle 492           json.put("lib", jsonLib);
2050 07 Oct 13 olle 493         }
2052 09 Oct 13 olle 494
2052 09 Oct 13 olle 495         List<PooledLibrary> pooledLib = PooledLibrary.findByCaseName(dc, caseName);
2052 09 Oct 13 olle 496         if (pooledLib.size() > 0)
2052 09 Oct 13 olle 497         {
2052 09 Oct 13 olle 498           JSONArray jsonPooledLib = new JSONArray();
2052 09 Oct 13 olle 499           for (PooledLibrary r : pooledLib)
2052 09 Oct 13 olle 500           {
5012 05 Oct 18 nicklas 501             loadPooledLibraryInfo(dc, r, caseName);
2052 09 Oct 13 olle 502             jsonPooledLib.add(r.asJSONObject());
2052 09 Oct 13 olle 503           }
2100 24 Oct 13 nicklas 504           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "pooledlib"));
2052 09 Oct 13 olle 505           json.put("pooledlib", jsonPooledLib);
2052 09 Oct 13 olle 506         }
2232 17 Feb 14 nicklas 507         
2232 17 Feb 14 nicklas 508         List<SequencingRun> sequencingRuns = SequencingRun.findByCaseName(dc, caseName);
2232 17 Feb 14 nicklas 509         if (sequencingRuns.size() > 0)
2232 17 Feb 14 nicklas 510         {
2232 17 Feb 14 nicklas 511           JSONArray jsonSequencingRun = new JSONArray();
2232 17 Feb 14 nicklas 512           for (SequencingRun sr : sequencingRuns)
2232 17 Feb 14 nicklas 513           {
5012 05 Oct 18 nicklas 514             loadSequencingRunInfo(dc, sr, caseName);
2232 17 Feb 14 nicklas 515             jsonSequencingRun.add(sr.asJSONObject());
2232 17 Feb 14 nicklas 516           }
2232 17 Feb 14 nicklas 517           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "sequencingRun"));
2232 17 Feb 14 nicklas 518           json.put("sequencingRun", jsonSequencingRun);
2232 17 Feb 14 nicklas 519         }
2232 17 Feb 14 nicklas 520         
2914 11 Nov 14 nicklas 521         List<MergedSequences> merged = MergedSequences.findByCaseName(dc, caseName);
2914 11 Nov 14 nicklas 522         if (merged.size() > 0)
2914 11 Nov 14 nicklas 523         {
7308 28 Aug 23 nicklas 524           JSONArray jsonMergedRNA = new JSONArray();
7308 28 Aug 23 nicklas 525           JSONArray jsonMergedDNA = new JSONArray();
2914 11 Nov 14 nicklas 526           for (MergedSequences m : merged)
2914 11 Nov 14 nicklas 527           {
7308 28 Aug 23 nicklas 528             
7308 28 Aug 23 nicklas 529             Pipeline p = loadMergedInfo(dc, m);
7308 28 Aug 23 nicklas 530             if (p == null || p.isRnaPipeline())
7308 28 Aug 23 nicklas 531             {
7308 28 Aug 23 nicklas 532               jsonMergedRNA.add(m.asJSONObject());
7308 28 Aug 23 nicklas 533             }
7308 28 Aug 23 nicklas 534             else if (p.isDnaPipeline())
7308 28 Aug 23 nicklas 535             {
7308 28 Aug 23 nicklas 536               jsonMergedDNA.add(m.asJSONObject());
7308 28 Aug 23 nicklas 537             }
2914 11 Nov 14 nicklas 538           }
7308 28 Aug 23 nicklas 539           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "mergedSequencesRNA"));
7308 28 Aug 23 nicklas 540           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "mergedSequencesDNA"));
7308 28 Aug 23 nicklas 541           json.put("mergedSequencesRNA", jsonMergedRNA);
7308 28 Aug 23 nicklas 542           json.put("mergedSequencesDNA", jsonMergedDNA);
2914 11 Nov 14 nicklas 543         }
2914 11 Nov 14 nicklas 544         
2914 11 Nov 14 nicklas 545         List<AlignedSequences> aligned = AlignedSequences.findByCaseName(dc, caseName);
2914 11 Nov 14 nicklas 546         if (aligned.size() > 0)
2914 11 Nov 14 nicklas 547         {
7308 28 Aug 23 nicklas 548           JSONArray jsonAlignedRNA = new JSONArray();
7308 28 Aug 23 nicklas 549           JSONArray jsonAlignedDNA = new JSONArray();
2914 11 Nov 14 nicklas 550           for (AlignedSequences a : aligned)
2914 11 Nov 14 nicklas 551           {
7308 28 Aug 23 nicklas 552             Pipeline p = loadAlignedInfo(dc, a);
7308 28 Aug 23 nicklas 553             if (p == null || p.isRnaPipeline())
7308 28 Aug 23 nicklas 554             {
7308 28 Aug 23 nicklas 555               jsonAlignedRNA.add(a.asJSONObject());
7308 28 Aug 23 nicklas 556             }
7308 28 Aug 23 nicklas 557             else
7308 28 Aug 23 nicklas 558             {
7308 28 Aug 23 nicklas 559               jsonAlignedDNA.add(a.asJSONObject());
7308 28 Aug 23 nicklas 560             }
2914 11 Nov 14 nicklas 561           }
7308 28 Aug 23 nicklas 562           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "alignedSequencesRNA"));
7308 28 Aug 23 nicklas 563           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "alignedSequencesDNA"));
7308 28 Aug 23 nicklas 564           json.put("alignedSequencesRNA", jsonAlignedRNA);
7308 28 Aug 23 nicklas 565           json.put("alignedSequencesDNA", jsonAlignedDNA);
2914 11 Nov 14 nicklas 566         }
2914 11 Nov 14 nicklas 567         
7296 23 Aug 23 nicklas 568         List<CopyNumber> copyNumber = CopyNumber.findByCaseName(dc, caseName);
7296 23 Aug 23 nicklas 569         if (copyNumber.size() > 0)
7296 23 Aug 23 nicklas 570         {
7296 23 Aug 23 nicklas 571           JSONArray jsonCopyNumber = new JSONArray();
7296 23 Aug 23 nicklas 572           for (CopyNumber cn : copyNumber)
7296 23 Aug 23 nicklas 573           {
7296 23 Aug 23 nicklas 574             loadCopyNumberInfo(dc, cn);
7296 23 Aug 23 nicklas 575             jsonCopyNumber.add(cn.asJSONObject());
7296 23 Aug 23 nicklas 576           }
7296 23 Aug 23 nicklas 577           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "copyNumber"));
7296 23 Aug 23 nicklas 578           json.put("copyNumber", jsonCopyNumber);
7296 23 Aug 23 nicklas 579         }
7296 23 Aug 23 nicklas 580         
7296 23 Aug 23 nicklas 581         
2918 11 Nov 14 nicklas 582         List<Rawbioassay> raw = Rawbioassay.findByCaseName(dc, caseName);
2918 11 Nov 14 nicklas 583         if (raw.size() > 0)
2918 11 Nov 14 nicklas 584         {
2918 11 Nov 14 nicklas 585           JSONArray jsonRaw = new JSONArray();
7411 10 Nov 23 nicklas 586           JSONArray jsonRNAVarCall = new JSONArray();
7411 10 Nov 23 nicklas 587           JSONArray jsonDNAVarCall = new JSONArray();
2918 11 Nov 14 nicklas 588           for (Rawbioassay r : raw)
2918 11 Nov 14 nicklas 589           {
5731 19 Nov 19 nicklas 590             if (Rawdatatype.VARIANT_CALL.getRawDataType().equals(r.getItem().getRawDataType()))
5731 19 Nov 19 nicklas 591             {
7411 10 Nov 23 nicklas 592               Pipeline p = loadVariantCallingInfo(dc, r);
7411 10 Nov 23 nicklas 593               if (p == null || p.isRnaPipeline())
7411 10 Nov 23 nicklas 594               {
7411 10 Nov 23 nicklas 595                 jsonRNAVarCall.add(r.asJSONObject());
7411 10 Nov 23 nicklas 596               }
7411 10 Nov 23 nicklas 597               else
7411 10 Nov 23 nicklas 598               {
7411 10 Nov 23 nicklas 599                 jsonDNAVarCall.add(r.asJSONObject());
7411 10 Nov 23 nicklas 600               }
5731 19 Nov 19 nicklas 601             }
5731 19 Nov 19 nicklas 602             else
5731 19 Nov 19 nicklas 603             {
5731 19 Nov 19 nicklas 604               loadRawBioAssayInfo(dc, r);
5731 19 Nov 19 nicklas 605               jsonRaw.add(r.asJSONObject());
5731 19 Nov 19 nicklas 606             }
2918 11 Nov 14 nicklas 607           }
2918 11 Nov 14 nicklas 608           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "rawBioAssays"));
2918 11 Nov 14 nicklas 609           json.put("rawBioAssays", jsonRaw);
7411 10 Nov 23 nicklas 610           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "variantCallingRNA"));
7411 10 Nov 23 nicklas 611           json.put("variantCallingRNA", jsonRNAVarCall);
7411 10 Nov 23 nicklas 612           jsonSections.add(loadSectionInfo(sc, "variantCallingDNA"));
7411 10 Nov 23 nicklas 613           json.put("variantCallingDNA", jsonDNAVarCall);
2918 11 Nov 14 nicklas 614         }
1821 06 Feb 13 nicklas 615       }
1821 06 Feb 13 nicklas 616     }
1821 06 Feb 13 nicklas 617     catch (Throwable t)
1821 06 Feb 13 nicklas 618     {
1821 06 Feb 13 nicklas 619       t.printStackTrace();
1821 06 Feb 13 nicklas 620       json.clear();
1821 06 Feb 13 nicklas 621       json.put("status", "error");
1821 06 Feb 13 nicklas 622       json.put("message", t.getMessage());
1821 06 Feb 13 nicklas 623       json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
1821 06 Feb 13 nicklas 624     }
1821 06 Feb 13 nicklas 625     finally
1821 06 Feb 13 nicklas 626     {
1821 06 Feb 13 nicklas 627       if (dc != null) dc.close();
1821 06 Feb 13 nicklas 628       json.writeJSONString(resp.getWriter());
1821 06 Feb 13 nicklas 629     }
1821 06 Feb 13 nicklas 630   }
1821 06 Feb 13 nicklas 631
2100 24 Oct 13 nicklas 632   @Override
2100 24 Oct 13 nicklas 633   protected void doPost(HttpServletRequest req, HttpServletResponse resp)
2100 24 Oct 13 nicklas 634     throws ServletException, IOException 
2100 24 Oct 13 nicklas 635   {  
2100 24 Oct 13 nicklas 636     String cmd = req.getParameter("cmd");
2598 22 Aug 14 nicklas 637     JsonUtil.setJsonResponseHeaders(resp);
2100 24 Oct 13 nicklas 638     
2100 24 Oct 13 nicklas 639     JSONObject json = new JSONObject();
2100 24 Oct 13 nicklas 640     json.put("status", "ok");
2100 24 Oct 13 nicklas 641     
2100 24 Oct 13 nicklas 642     JSONArray jsonMessages = new JSONArray();
3975 26 May 16 nicklas 643     final SessionControl sc = Reggie.getSessionControl(req);
2100 24 Oct 13 nicklas 644     DbControl dc = null;
2100 24 Oct 13 nicklas 645         
2100 24 Oct 13 nicklas 646     try
2100 24 Oct 13 nicklas 647     {
2100 24 Oct 13 nicklas 648       if ("SetSectionVisibility".equals(cmd))
2100 24 Oct 13 nicklas 649       {
2100 24 Oct 13 nicklas 650         String section = req.getParameter("section");
2100 24 Oct 13 nicklas 651         boolean isHidden = Values.getBoolean(req.getParameter("hidden"));
2100 24 Oct 13 nicklas 652         String key = "net.sf.basedb.reggie.case-summary."+section+".hidden-details";
2100 24 Oct 13 nicklas 653         sc.setUserClientSetting(key, isHidden ? "1" : "0");
2100 24 Oct 13 nicklas 654         jsonMessages.add(key + "=" + sc.getUserClientSetting(key));
2100 24 Oct 13 nicklas 655       }
2100 24 Oct 13 nicklas 656       json.put("messages", jsonMessages);
2100 24 Oct 13 nicklas 657     }
2100 24 Oct 13 nicklas 658     catch (Throwable t)
2100 24 Oct 13 nicklas 659     {
2100 24 Oct 13 nicklas 660       t.printStackTrace();
2100 24 Oct 13 nicklas 661       json.clear();
2100 24 Oct 13 nicklas 662       json.put("status", "error");
2100 24 Oct 13 nicklas 663       json.put("message", t.getMessage());
2100 24 Oct 13 nicklas 664       json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
2100 24 Oct 13 nicklas 665     }
2100 24 Oct 13 nicklas 666     finally
2100 24 Oct 13 nicklas 667     {
2100 24 Oct 13 nicklas 668       if (dc != null) dc.close();
2100 24 Oct 13 nicklas 669       json.writeJSONString(resp.getWriter());
2100 24 Oct 13 nicklas 670     }
2100 24 Oct 13 nicklas 671   }
2100 24 Oct 13 nicklas 672
4075 05 Sep 16 nicklas 673   /**
7150 09 May 23 nicklas 674     Check if the 'case' name is a 7-digit value + optional 'C' suffix or 'K' prefix
7150 09 May 23 nicklas 675     or the name of a SCAN-B item starting with 7 digits, a dot and then optionally more
7150 09 May 23 nicklas 676     characters. 
2144 19 Nov 13 olle 677     
2144 19 Nov 13 olle 678     @param caseName String Input case name to check.
2144 19 Nov 13 olle 679     @param allowSuffix boolean Flag indicating if optional 'C' suffix is allowed.
6565 01 Feb 22 nicklas 680     @param allowPrefix boolean flag indicating if optional 'K' prefix is allowed.
6565 01 Feb 22 nicklas 681     @return The 7-digit SCANB ID or null
2144 19 Nov 13 olle 682    */
6565 01 Feb 22 nicklas 683   private String getScanBId(String caseName, boolean allowSuffix, boolean allowPrefix)
2144 19 Nov 13 olle 684   {
2144 19 Nov 13 olle 685     if (caseName != null)
2144 19 Nov 13 olle 686     {
7150 09 May 23 nicklas 687       for (String regex : new String[] {
7150 09 May 23 nicklas 688         "^"+(allowPrefix ? "K?":"")+"(\\d{7})"+(allowSuffix ? "C?":"")+"$" , 
7150 09 May 23 nicklas 689         "^(\\d{7})\\.[a-z0-9.]+"} )
7150 09 May 23 nicklas 690       {
7150 09 May 23 nicklas 691         Pattern pattern = Pattern.compile(regex);
7150 09 May 23 nicklas 692         Matcher matcher = pattern.matcher(caseName);
7150 09 May 23 nicklas 693         if (matcher.matches()) return matcher.group(1);
7150 09 May 23 nicklas 694       }
2144 19 Nov 13 olle 695     }
6565 01 Feb 22 nicklas 696     return null;
2144 19 Nov 13 olle 697   }
4075 05 Sep 16 nicklas 698   
4075 05 Sep 16 nicklas 699   /**
4075 05 Sep 16 nicklas 700     Check if the 'case' name is an external id for a specimen.
4075 05 Sep 16 nicklas 701     It should contain 'S' + 6 digits
4075 05 Sep 16 nicklas 702     
4075 05 Sep 16 nicklas 703     @param caseName
4075 05 Sep 16 nicklas 704     @return The specimen external id or null if no match is found
4075 05 Sep 16 nicklas 705   */
4075 05 Sep 16 nicklas 706   private String getSpecimenExternalId(String caseName)
4075 05 Sep 16 nicklas 707   {
4075 05 Sep 16 nicklas 708     if (caseName == null) return null;
4075 05 Sep 16 nicklas 709     Pattern pattern = Pattern.compile("S\\d{6}");
4075 05 Sep 16 nicklas 710     Matcher matcher = pattern.matcher(caseName);
4075 05 Sep 16 nicklas 711     return matcher.find() ? matcher.group() : null;
4075 05 Sep 16 nicklas 712   }
4075 05 Sep 16 nicklas 713   
4075 05 Sep 16 nicklas 714   /**
4075 05 Sep 16 nicklas 715     Check if the 'case' name is an external id for blood.
4075 05 Sep 16 nicklas 716     It should contain 'B' + 6 digits
4075 05 Sep 16 nicklas 717     
4075 05 Sep 16 nicklas 718     @param caseName
4075 05 Sep 16 nicklas 719     @return The blood external id or null if no match is found
4075 05 Sep 16 nicklas 720   */
4075 05 Sep 16 nicklas 721   private String getBloodExternalId(String caseName)
4075 05 Sep 16 nicklas 722   {
4075 05 Sep 16 nicklas 723     if (caseName == null) return null;
4075 05 Sep 16 nicklas 724     Pattern pattern = Pattern.compile("B\\d{6}");
4075 05 Sep 16 nicklas 725     Matcher matcher = pattern.matcher(caseName);
4075 05 Sep 16 nicklas 726     return matcher.find() ? matcher.group() : null;
4075 05 Sep 16 nicklas 727   }
4075 05 Sep 16 nicklas 728   
4075 05 Sep 16 nicklas 729   /**
4075 05 Sep 16 nicklas 730     Check if the 'case' name is an external id for a case.
4075 05 Sep 16 nicklas 731     It should contain 'C' + 6 digits
4075 05 Sep 16 nicklas 732     
4075 05 Sep 16 nicklas 733     @param caseName
4075 05 Sep 16 nicklas 734     @return The case external id or null if no match is found
4075 05 Sep 16 nicklas 735   */
4075 05 Sep 16 nicklas 736   private String getCaseExternalId(String caseName)
4075 05 Sep 16 nicklas 737   {
4075 05 Sep 16 nicklas 738     if (caseName == null) return null;
4075 05 Sep 16 nicklas 739     Pattern pattern = Pattern.compile("C\\d{6}");
4075 05 Sep 16 nicklas 740     Matcher matcher = pattern.matcher(caseName);
4075 05 Sep 16 nicklas 741     return matcher.find() ? matcher.group() : null;
4075 05 Sep 16 nicklas 742   }
4075 05 Sep 16 nicklas 743   
4075 05 Sep 16 nicklas 744   /**
4075 05 Sep 16 nicklas 745     Check if the 'case' name is an external id for a patient.
4076 05 Sep 16 nicklas 746     It should contain 'Q' + 6 digits
4075 05 Sep 16 nicklas 747     
4075 05 Sep 16 nicklas 748     @param caseName
4075 05 Sep 16 nicklas 749     @return The patient external id or null if no match is found
4075 05 Sep 16 nicklas 750   */
4075 05 Sep 16 nicklas 751   private String getPatientExternalId(String caseName)
4075 05 Sep 16 nicklas 752   {
4075 05 Sep 16 nicklas 753     if (caseName == null) return null;
4076 05 Sep 16 nicklas 754     Pattern pattern = Pattern.compile("Q\\d{6}");
4075 05 Sep 16 nicklas 755     Matcher matcher = pattern.matcher(caseName);
4075 05 Sep 16 nicklas 756     return matcher.find() ? matcher.group() : null;
4075 05 Sep 16 nicklas 757   }
5278 05 Feb 19 nicklas 758   
5278 05 Feb 19 nicklas 759   /**
5278 05 Feb 19 nicklas 760     Check if the 'case' name is an PATnnnn name for a patient.
5278 05 Feb 19 nicklas 761     It should contain 'PAT' + 6 digits
5278 05 Feb 19 nicklas 762     
5278 05 Feb 19 nicklas 763     @param caseName
5278 05 Feb 19 nicklas 764     @return The patient 'name' or null if no match is found
5278 05 Feb 19 nicklas 765     @since 4.21
5278 05 Feb 19 nicklas 766   */
5278 05 Feb 19 nicklas 767   private String getPatientName(String caseName)
5278 05 Feb 19 nicklas 768   {
5278 05 Feb 19 nicklas 769     if (caseName == null) return null;
5278 05 Feb 19 nicklas 770     Pattern pattern = Pattern.compile("PAT\\d{6}");
5278 05 Feb 19 nicklas 771     Matcher matcher = pattern.matcher(caseName);
5278 05 Feb 19 nicklas 772     return matcher.find() ? matcher.group() : null;
5278 05 Feb 19 nicklas 773   }
2144 19 Nov 13 olle 774
2100 24 Oct 13 nicklas 775   private JSONObject loadSectionInfo(SessionControl sc, String section)
2100 24 Oct 13 nicklas 776   {
2100 24 Oct 13 nicklas 777     String keyBase = "net.sf.basedb.reggie.case-summary."+section;
2100 24 Oct 13 nicklas 778     JSONObject json = new JSONObject();
2100 24 Oct 13 nicklas 779     json.put("id", section);
2100 24 Oct 13 nicklas 780     json.put("hiddenDetails", Values.getInt(sc.getUserClientSetting(keyBase+".hidden-details")));
2100 24 Oct 13 nicklas 781     return json;
2100 24 Oct 13 nicklas 782   }
2100 24 Oct 13 nicklas 783   
1821 06 Feb 13 nicklas 784   private void loadCaseInfo(DbControl dc, Case theCase)
1821 06 Feb 13 nicklas 785   {
1821 06 Feb 13 nicklas 786     Sample s = theCase.getItem();
1821 06 Feb 13 nicklas 787     // Properties
1821 06 Feb 13 nicklas 788     theCase.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(s.getEntryDate()));
1821 06 Feb 13 nicklas 789     theCase.setAnnotation("editable", s.hasPermission(Permission.WRITE));
1821 06 Feb 13 nicklas 790     
1821 06 Feb 13 nicklas 791     // Annotations and consent
1821 06 Feb 13 nicklas 792     Consent.loadConsentAnnotations(dc, theCase);
1821 06 Feb 13 nicklas 793     theCase.loadAnnotations(dc, "laterality", Annotationtype.LATERALITY, null);
4798 08 May 18 nicklas 794     theCase.loadAnnotations(dc, "frozenTissueDate", Annotationtype.FROZEN_TISSUE_DATE, Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING);
1844 15 Feb 13 nicklas 795     theCase.setAnnotation("comment", s.getDescription());
1821 06 Feb 13 nicklas 796   }
1821 06 Feb 13 nicklas 797   
1821 06 Feb 13 nicklas 798   private void loadBloodInfo(DbControl dc, Blood blood)
1821 06 Feb 13 nicklas 799   {
1821 06 Feb 13 nicklas 800     Sample s = blood.getItem();
1821 06 Feb 13 nicklas 801     
1821 06 Feb 13 nicklas 802     blood.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(s.getEntryDate()));
1821 06 Feb 13 nicklas 803     blood.setAnnotation("editable", s.hasPermission(Permission.WRITE));
1821 06 Feb 13 nicklas 804     
1821 06 Feb 13 nicklas 805     Consent.loadConsentAnnotations(dc, blood);
1821 06 Feb 13 nicklas 806     blood.loadAnnotations(dc, "samplingDate", Annotationtype.BLOOD_SAMPLING_DATETIME, Reggie.CONVERTER_DATETIME_TO_STRING);
1821 06 Feb 13 nicklas 807     blood.loadAnnotations(dc, "freezerDate", Annotationtype.BLOOD_FREEZER_DATETIME, Reggie.CONVERTER_DATETIME_TO_STRING);
1821 06 Feb 13 nicklas 808     blood.loadAnnotations(dc, "serum", Annotationtype.BLOOD_SERUM, null);
1821 06 Feb 13 nicklas 809     blood.loadAnnotations(dc, "bloodSample", Annotationtype.BLOOD_SAMPLE, null);
1844 15 Feb 13 nicklas 810     blood.setAnnotation("comment", s.getDescription());
1821 06 Feb 13 nicklas 811   }
1821 06 Feb 13 nicklas 812   
1821 06 Feb 13 nicklas 813   private void loadPatientInfo(DbControl dc, Patient patient)
1821 06 Feb 13 nicklas 814   {
1821 06 Feb 13 nicklas 815     BioSource b = patient.getBioSource();
1821 06 Feb 13 nicklas 816     
1821 06 Feb 13 nicklas 817     patient.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(b.getEntryDate()));
1821 06 Feb 13 nicklas 818     patient.setAnnotation("editable", b.hasPermission(Permission.WRITE));
1821 06 Feb 13 nicklas 819     
1821 06 Feb 13 nicklas 820     patient.loadDefaultAnnotations(dc);
1821 06 Feb 13 nicklas 821   }
1821 06 Feb 13 nicklas 822   
1821 06 Feb 13 nicklas 823   private void loadSpecimenInfo(DbControl dc, SpecimenTube specimen)
1821 06 Feb 13 nicklas 824   {
1821 06 Feb 13 nicklas 825     Sample s = specimen.getSample();
1821 06 Feb 13 nicklas 826     specimen.loadBioPlateLocation();
1821 06 Feb 13 nicklas 827     specimen.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(s.getEntryDate()));
1821 06 Feb 13 nicklas 828     specimen.setAnnotation("editable", s.hasPermission(Permission.WRITE));
5009 04 Oct 18 nicklas 829     specimen.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
1821 06 Feb 13 nicklas 830     
1821 06 Feb 13 nicklas 831     specimen.setAnnotation("originalQuantity", s.getOriginalQuantity());
1821 06 Feb 13 nicklas 832     specimen.setAnnotation("remainingQuantity", s.getRemainingQuantity());
1821 06 Feb 13 nicklas 833     
1821 06 Feb 13 nicklas 834     specimen.loadAnnotations(dc, "laterality", Annotationtype.LATERALITY, null);
1821 06 Feb 13 nicklas 835     specimen.loadAnnotations(dc, "arrivalDate", Annotationtype.ARRIVAL_DATE,  Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING);
1821 06 Feb 13 nicklas 836     specimen.loadAnnotations(dc, "pad", Annotationtype.PAD, null);
1821 06 Feb 13 nicklas 837     specimen.loadAnnotations(dc, "samplingDate", Annotationtype.SAMPLING_DATETIME,  Reggie.CONVERTER_DATETIME_TO_STRING);
1821 06 Feb 13 nicklas 838     specimen.loadAnnotations(dc, "rnaLaterDate", Annotationtype.RNALATER_DATETIME,  Reggie.CONVERTER_DATETIME_TO_STRING);  
1821 06 Feb 13 nicklas 839     specimen.loadAnnotations(dc, "biopsyType", Annotationtype.BIOPSY_TYPE, null);
1828 07 Feb 13 nicklas 840     specimen.loadAnnotations(dc, "partitionComment", Annotationtype.OPERATOR_PARTITION_COMMENT, null);
1828 07 Feb 13 nicklas 841     specimen.loadAnnotations(dc, "nofPieces", Annotationtype.NOF_PIECES, null);
3758 19 Feb 16 nicklas 842     specimen.loadAnnotations(dc, "YellowLabel", Annotationtype.YELLOW_LABEL, null);
7146 08 May 23 nicklas 843     specimen.loadAnnotations(dc, "ExternalRef", Annotationtype.EXTERNAL_REF, null);
7146 08 May 23 nicklas 844     specimen.loadAnnotations(dc, "OtherPathNote", Annotationtype.OTHER_PATH_NOTE, null);
1844 15 Feb 13 nicklas 845     specimen.setAnnotation("comment", s.getDescription());
7151 09 May 23 nicklas 846
7172 16 May 23 nicklas 847     try
7172 16 May 23 nicklas 848     {
7172 16 May 23 nicklas 849       File json = specimen.getLinkedFile(dc, "Imported from");
7172 16 May 23 nicklas 850       if (json != null) specimen.setAnnotation("importFile", JsonUtil.getFileAsJSON(json));
7172 16 May 23 nicklas 851     }
7172 16 May 23 nicklas 852     catch (RuntimeException ex)
7172 16 May 23 nicklas 853     {} // The user may not have access to the file
1821 06 Feb 13 nicklas 854   }
1821 06 Feb 13 nicklas 855   
1821 06 Feb 13 nicklas 856   private void loadNoSpecimenInfo(DbControl dc, NoSpecimen noSpecimen)
1821 06 Feb 13 nicklas 857   {
1821 06 Feb 13 nicklas 858     Sample s = noSpecimen.getSample();
1821 06 Feb 13 nicklas 859     noSpecimen.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(s.getEntryDate()));
1821 06 Feb 13 nicklas 860     noSpecimen.setAnnotation("editable", s.hasPermission(Permission.WRITE));
1821 06 Feb 13 nicklas 861     
1821 06 Feb 13 nicklas 862     noSpecimen.loadAnnotations(dc, "laterality", Annotationtype.LATERALITY, null);
1821 06 Feb 13 nicklas 863     noSpecimen.loadAnnotations(dc, "pad", Annotationtype.PAD, null);
1821 06 Feb 13 nicklas 864     noSpecimen.loadAnnotations(dc, "samplingDate", Annotationtype.SAMPLING_DATETIME,  Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING);
6579 10 Feb 22 nicklas 865     noSpecimen.loadAnnotations(dc, "reasonIfNoSpecimen", Annotationtype.REASON_IF_NO_SPECIMEN,  null);
6579 10 Feb 22 nicklas 866     
6579 10 Feb 22 nicklas 867     noSpecimen.loadAnnotations(dc, "externalSpecimenExists", Annotationtype.EXTERNAL_SPECIMEN_EXISTS, null);
6579 10 Feb 22 nicklas 868     noSpecimen.loadAnnotations(dc, "externalOperator", Annotationtype.EXTERNAL_OPERATOR, null);
6579 10 Feb 22 nicklas 869     noSpecimen.loadAnnotations(dc, "liasonComment", Annotationtype.LIASON_COMMENT, null);
7146 08 May 23 nicklas 870     noSpecimen.loadAnnotations(dc, "ExternalRef", Annotationtype.EXTERNAL_REF, null);
7146 08 May 23 nicklas 871     noSpecimen.loadAnnotations(dc, "OtherPathNote", Annotationtype.OTHER_PATH_NOTE, null);
6579 10 Feb 22 nicklas 872     
1844 15 Feb 13 nicklas 873     noSpecimen.setAnnotation("comment", s.getDescription());
1821 06 Feb 13 nicklas 874   }
1821 06 Feb 13 nicklas 875
6479 09 Nov 21 nicklas 876   private void loadGenotypeCallInfo(DbControl dc, GenotypeCall gtc)
6479 09 Nov 21 nicklas 877   {
6479 09 Nov 21 nicklas 878     DerivedBioAssay dba = gtc.getDerivedBioAssay();
6479 09 Nov 21 nicklas 879     gtc.setAnnotation("editable", dba.hasPermission(Permission.WRITE));
6479 09 Nov 21 nicklas 880     gtc.loadAnnotations(dc, "callDate", Annotationtype.CALL_DATE, Reggie.CONVERTER_DATETIME_TO_STRING);
6479 09 Nov 21 nicklas 881     gtc.loadAnnotations(dc, "numCalls", Annotationtype.NUM_CALLS, null);
6479 09 Nov 21 nicklas 882     gtc.loadAnnotations(dc, "callRate", Annotationtype.CALL_RATE, null);
6479 09 Nov 21 nicklas 883     gtc.loadAnnotations(dc, "gc50", Annotationtype.GC50, null);
6479 09 Nov 21 nicklas 884     gtc.loadAnnotations(dc, "gc10", Annotationtype.GC10, null);
6517 07 Dec 21 nicklas 885     gtc.loadAnnotations(dc, "QC_GENOTYPE_COUNT", Annotationtype.QC_GENOTYPE_COUNT, null);
6517 07 Dec 21 nicklas 886     gtc.loadAnnotations(dc, "QC_GENOTYPE_HET_PCT", Annotationtype.QC_GENOTYPE_HET_PCT, null);
6517 07 Dec 21 nicklas 887     gtc.setAnnotation("qcVcf", JsonUtil.loadLinkedItem(dc, dba, "qc_genotype.vcf", Item.FILE, null));
6479 09 Nov 21 nicklas 888     
6479 09 Nov 21 nicklas 889     BloodDna dna = gtc.getBloodDna(dc);
6479 09 Nov 21 nicklas 890     if (dna != null)
6479 09 Nov 21 nicklas 891     {
6479 09 Nov 21 nicklas 892       gtc.setAnnotation("bloodDna", dna.asJSONObject());
6479 09 Nov 21 nicklas 893     }
6479 09 Nov 21 nicklas 894     
6479 09 Nov 21 nicklas 895     Scan sc = gtc.getScan(dc);
6479 09 Nov 21 nicklas 896     if (sc != null)
6479 09 Nov 21 nicklas 897     {
6479 09 Nov 21 nicklas 898       sc.setAnnotation("editable", sc.getItem().hasPermission(Permission.WRITE));
6479 09 Nov 21 nicklas 899       sc.loadAnnotations(dc, "scanDate", Annotationtype.SCAN_DATE, Reggie.CONVERTER_DATETIME_TO_STRING);
6479 09 Nov 21 nicklas 900       gtc.setAnnotation("scan", sc.asJSONObject());
6479 09 Nov 21 nicklas 901     }
6479 09 Nov 21 nicklas 902     
6479 09 Nov 21 nicklas 903     BeadChip chip = gtc.getBeadChip(dc);
6479 09 Nov 21 nicklas 904     if (chip != null)
6479 09 Nov 21 nicklas 905     {
6479 09 Nov 21 nicklas 906       chip.setAnnotation("editable", chip.getItem().hasPermission(Permission.WRITE));
6479 09 Nov 21 nicklas 907       chip.loadAnnotations(dc, "chipType", Annotationtype.BEADCHIP_TYPE, null);
6479 09 Nov 21 nicklas 908       gtc.setAnnotation("beadChip", chip.asJSONObject());
6479 09 Nov 21 nicklas 909     }
6479 09 Nov 21 nicklas 910     
6479 09 Nov 21 nicklas 911     gtc.setAnnotation("comment", dba.getDescription());
6479 09 Nov 21 nicklas 912   }
6479 09 Nov 21 nicklas 913   
6882 22 Nov 22 nicklas 914   private void loadMethylationInfo(DbControl dc, Methylation meth)
6882 22 Nov 22 nicklas 915   {
6882 22 Nov 22 nicklas 916     DerivedBioAssay dba = meth.getDerivedBioAssay();
6882 22 Nov 22 nicklas 917     Job job = dba.getJob();
6882 22 Nov 22 nicklas 918     if (!Subtype.METHYLATION_BETA_JOB.get(dc).equals(job.getItemSubtype()))
6882 22 Nov 22 nicklas 919     {
6882 22 Nov 22 nicklas 920       job = null; // We only care about beta-analysis jobs
6882 22 Nov 22 nicklas 921     }
6882 22 Nov 22 nicklas 922     meth.setAnnotation("job", JsonUtil.getJobAsJSON(job));
6882 22 Nov 22 nicklas 923     meth.setAnnotation("editable", dba.hasPermission(Permission.WRITE));
6882 22 Nov 22 nicklas 924     meth.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
6882 22 Nov 22 nicklas 925     if (job == null || job.getEnded() != null)
6882 22 Nov 22 nicklas 926     {
6882 22 Nov 22 nicklas 927       meth.loadAnnotations(dc, "AnalysisFlag", Annotationtype.ANALYSIS_FLAG, null);
6882 22 Nov 22 nicklas 928       meth.loadAnnotations(dc, "ProbesI", Annotationtype.NUM_PROBES_I, null);
6882 22 Nov 22 nicklas 929       meth.loadAnnotations(dc, "ProbesII", Annotationtype.NUM_PROBES_II, null);
6882 22 Nov 22 nicklas 930       meth.setAnnotation("adjustmentPlots", JsonUtil.loadLinkedItem(dc, dba, "adjustmentPlots.pdf", Item.FILE, null));
6882 22 Nov 22 nicklas 931     }
6882 22 Nov 22 nicklas 932     
6882 22 Nov 22 nicklas 933     Dna dna = meth.getDnaAliquot(dc);
6882 22 Nov 22 nicklas 934     if (dna != null)
6882 22 Nov 22 nicklas 935     {
6882 22 Nov 22 nicklas 936       meth.setAnnotation("dna", dna.asJSONObject());
6882 22 Nov 22 nicklas 937     }
6882 22 Nov 22 nicklas 938     
6882 22 Nov 22 nicklas 939     Scan sc = meth.getScan(dc);
6882 22 Nov 22 nicklas 940     if (sc != null)
6882 22 Nov 22 nicklas 941     {
6882 22 Nov 22 nicklas 942       sc.setAnnotation("editable", sc.getItem().hasPermission(Permission.WRITE));
6882 22 Nov 22 nicklas 943       sc.loadAnnotations(dc, "scanDate", Annotationtype.SCAN_DATE, Reggie.CONVERTER_DATETIME_TO_STRING);
6882 22 Nov 22 nicklas 944       meth.setAnnotation("scan", sc.asJSONObject());
6882 22 Nov 22 nicklas 945     }
6882 22 Nov 22 nicklas 946     
6882 22 Nov 22 nicklas 947     BeadChip chip = meth.getBeadChip(dc);
6882 22 Nov 22 nicklas 948     if (chip != null)
6882 22 Nov 22 nicklas 949     {
6882 22 Nov 22 nicklas 950       chip.setAnnotation("editable", chip.getItem().hasPermission(Permission.WRITE));
6882 22 Nov 22 nicklas 951       chip.loadAnnotations(dc, "chipType", Annotationtype.BEADCHIP_TYPE, null);
6882 22 Nov 22 nicklas 952       meth.setAnnotation("beadChip", chip.asJSONObject());
6882 22 Nov 22 nicklas 953     }
6882 22 Nov 22 nicklas 954     
6882 22 Nov 22 nicklas 955     meth.setAnnotation("comment", dba.getDescription());
6882 22 Nov 22 nicklas 956   }
6882 22 Nov 22 nicklas 957
6882 22 Nov 22 nicklas 958   
1826 07 Feb 13 nicklas 959   private void loadHistologyInfo(DbControl dc, Histology his)
1826 07 Feb 13 nicklas 960   {
1826 07 Feb 13 nicklas 961     Sample s = his.getSample();
1826 07 Feb 13 nicklas 962     BioMaterialEvent created = s.getCreationEvent();
1826 07 Feb 13 nicklas 963     
1826 07 Feb 13 nicklas 964     his.loadBioPlateLocation();
1826 07 Feb 13 nicklas 965     his.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(s.getEntryDate()));
1826 07 Feb 13 nicklas 966     his.setAnnotation("editable", s.hasPermission(Permission.WRITE));
5009 04 Oct 18 nicklas 967     his.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
5009 04 Oct 18 nicklas 968
1826 07 Feb 13 nicklas 969     his.loadAnnotations(dc, "partitionDate", Annotationtype.PARTITION_DATE, Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING);
1826 07 Feb 13 nicklas 970     his.setAnnotation("originalQuantity", s.getOriginalQuantity());
1826 07 Feb 13 nicklas 971     his.setAnnotation("remainingQuantity", s.getRemainingQuantity());
1826 07 Feb 13 nicklas 972     
1826 07 Feb 13 nicklas 973     if (created.getEventDate() != null)
1826 07 Feb 13 nicklas 974     {
1826 07 Feb 13 nicklas 975       his.setAnnotation("embedDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(created.getEventDate()));
1826 07 Feb 13 nicklas 976       his.setAnnotation("embedProtocol", JsonUtil.getProtocolAsJSON(created.getProtocol()));
1826 07 Feb 13 nicklas 977     }
1826 07 Feb 13 nicklas 978     
1826 07 Feb 13 nicklas 979     ItemQuery<Sample> stainedQuery = s.getChildSamples();
1826 07 Feb 13 nicklas 980     Subtype.STAINED.addFilter(dc, stainedQuery);
1826 07 Feb 13 nicklas 981     stainedQuery.include(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
1826 07 Feb 13 nicklas 982     List<Sample> stained = stainedQuery.list(dc);
1826 07 Feb 13 nicklas 983     if (stained.size() > 0)
1826 07 Feb 13 nicklas 984     {
1826 07 Feb 13 nicklas 985       Sample good = stained.get(0);
1826 07 Feb 13 nicklas 986       boolean goodIsGood = false;
1826 07 Feb 13 nicklas 987       for (Sample he : stained)
1826 07 Feb 13 nicklas 988       {
1826 07 Feb 13 nicklas 989         if (Boolean.TRUE.equals(Annotationtype.GOOD_STAIN.getAnnotationValue(dc, he)))
1826 07 Feb 13 nicklas 990         {
1826 07 Feb 13 nicklas 991           good = he;
1826 07 Feb 13 nicklas 992           goodIsGood = true;
1826 07 Feb 13 nicklas 993           break;
1826 07 Feb 13 nicklas 994         }
1826 07 Feb 13 nicklas 995       }
1826 07 Feb 13 nicklas 996       BioMaterialEvent heCreated = good.getCreationEvent();
1826 07 Feb 13 nicklas 997       his.setAnnotation("stainDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(heCreated.getEventDate()));
1826 07 Feb 13 nicklas 998       his.setAnnotation("stainProtocol", JsonUtil.getProtocolAsJSON(good.getProtocol()));
1826 07 Feb 13 nicklas 999       his.setAnnotation("numStains", stained.size());
1826 07 Feb 13 nicklas 1000       if (goodIsGood)
1826 07 Feb 13 nicklas 1001       {
3373 09 Jun 15 nicklas 1002         // Image
3373 09 Jun 15 nicklas 1003         File imageFile = null;
3373 09 Jun 15 nicklas 1004         AnyToAny imageLink = null;
3373 09 Jun 15 nicklas 1005         try
3373 09 Jun 15 nicklas 1006         {
3373 09 Jun 15 nicklas 1007           imageLink = AnyToAny.getByName(dc, good, "image");
3373 09 Jun 15 nicklas 1008           if (imageLink.getToType() == Item.FILE)
3373 09 Jun 15 nicklas 1009           {
3373 09 Jun 15 nicklas 1010             // This is linked to an existing file already, replace it
3373 09 Jun 15 nicklas 1011             imageFile = (File)imageLink.getTo();
3373 09 Jun 15 nicklas 1012           }
3373 09 Jun 15 nicklas 1013         }
3373 09 Jun 15 nicklas 1014         catch (RuntimeException ex)
3373 09 Jun 15 nicklas 1015         {}
3373 09 Jun 15 nicklas 1016         
2134 11 Nov 13 nicklas 1017         JSONObject jsonGood = new JSONObject();
2134 11 Nov 13 nicklas 1018         jsonGood.put("id", good.getId());
2134 11 Nov 13 nicklas 1019         jsonGood.put("name", good.getName());
6018 09 Oct 20 nicklas 1020         BioWell well = good.getBioWell();
6018 09 Oct 20 nicklas 1021         if (well != null)
6018 09 Oct 20 nicklas 1022         {
6018 09 Oct 20 nicklas 1023           JSONObject jsonWell = JsonUtil.getBioWellAsJSON(well, true);
6018 09 Oct 20 nicklas 1024           jsonGood.put("bioWell", jsonWell);
6018 09 Oct 20 nicklas 1025           jsonGood.put("ndpiImage", JsonUtil.loadLinkedItem(dc, well.getPlate(), "NDPI Image", Item.FILE, null));
6018 09 Oct 20 nicklas 1026         }
2134 11 Nov 13 nicklas 1027         jsonGood.put("comments", good.getDescription());
2134 11 Nov 13 nicklas 1028         
2134 11 Nov 13 nicklas 1029         jsonGood.put("ScoreComplete", Annotationtype.SCORE_COMPLETE.getAnnotationValue(dc, good));
2134 11 Nov 13 nicklas 1030         jsonGood.put("ScoreInvasiveCancer", Annotationtype.SCORE_INVASIVE_CANCER.getAnnotationValue(dc, good));
2134 11 Nov 13 nicklas 1031         jsonGood.put("ScoreInsituCancer", Annotationtype.SCORE_INSITU_CANCER.getAnnotationValue(dc, good));
2134 11 Nov 13 nicklas 1032         jsonGood.put("ScoreLymphocytes", Annotationtype.SCORE_LYMPHOCYTES.getAnnotationValue(dc, good));
2134 11 Nov 13 nicklas 1033         jsonGood.put("ScoreNormal", Annotationtype.SCORE_NORMAL.getAnnotationValue(dc, good));
2134 11 Nov 13 nicklas 1034         jsonGood.put("ScoreStroma", Annotationtype.SCORE_STROMA.getAnnotationValue(dc, good));
2134 11 Nov 13 nicklas 1035         jsonGood.put("ScoreFat", Annotationtype.SCORE_FAT.getAnnotationValue(dc, good));
3373 09 Jun 15 nicklas 1036         if (imageFile != null)
3373 09 Jun 15 nicklas 1037         {
3373 09 Jun 15 nicklas 1038           JSONObject jsonImage = new JSONObject();
3373 09 Jun 15 nicklas 1039           jsonImage.put("id", imageFile.getId());
3373 09 Jun 15 nicklas 1040           jsonImage.put("path", imageFile.getPath().toString());
3373 09 Jun 15 nicklas 1041           jsonGood.put("image", jsonImage);
3373 09 Jun 15 nicklas 1042         }
2134 11 Nov 13 nicklas 1043         
2134 11 Nov 13 nicklas 1044         his.setAnnotation("bestStain", jsonGood);
1826 07 Feb 13 nicklas 1045       }
1826 07 Feb 13 nicklas 1046     }
1826 07 Feb 13 nicklas 1047     
1826 07 Feb 13 nicklas 1048   }
1826 07 Feb 13 nicklas 1049   
1831 08 Feb 13 nicklas 1050   private void loadLysateInfo(DbControl dc, Lysate lys)
1831 08 Feb 13 nicklas 1051   {
1831 08 Feb 13 nicklas 1052     Extract e = lys.getExtract();
1831 08 Feb 13 nicklas 1053     BioMaterialEvent created = e.getCreationEvent();
1831 08 Feb 13 nicklas 1054     
1831 08 Feb 13 nicklas 1055     lys.loadBioPlateLocation();
1831 08 Feb 13 nicklas 1056     lys.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(e.getEntryDate()));
1831 08 Feb 13 nicklas 1057     lys.setAnnotation("editable", e.hasPermission(Permission.WRITE));  
5009 04 Oct 18 nicklas 1058     lys.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
1831 08 Feb 13 nicklas 1059     lys.loadAnnotations(dc, "partitionDate", Annotationtype.PARTITION_DATE, Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING);
1833 08 Feb 13 nicklas 1060     lys.loadAnnotations(dc, "multiplePieces", Annotationtype.MULTIPLE_PIECES, null);
1831 08 Feb 13 nicklas 1061     lys.setAnnotation("usedQuantity", created.getUsedQuantity((Sample)e.getParent()));
1844 15 Feb 13 nicklas 1062     lys.setAnnotation("comment", e.getDescription());
1831 08 Feb 13 nicklas 1063     
1831 08 Feb 13 nicklas 1064     if (created.getEventDate() != null)
1831 08 Feb 13 nicklas 1065     {
1831 08 Feb 13 nicklas 1066       lys.setAnnotation("lysisDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(created.getEventDate()));
1831 08 Feb 13 nicklas 1067       lys.setAnnotation("lysisProtocol", JsonUtil.getProtocolAsJSON(created.getProtocol()));
1831 08 Feb 13 nicklas 1068       lys.setAnnotation("originalQuantity", e.getOriginalQuantity());
1831 08 Feb 13 nicklas 1069       lys.setAnnotation("remainingQuantity", e.getRemainingQuantity());
1831 08 Feb 13 nicklas 1070     }
1831 08 Feb 13 nicklas 1071     
1831 08 Feb 13 nicklas 1072   }
1831 08 Feb 13 nicklas 1073
1832 08 Feb 13 nicklas 1074   private void loadRnaInfo(DbControl dc, Rna rna)
1832 08 Feb 13 nicklas 1075   {
1832 08 Feb 13 nicklas 1076     Extract e = rna.getExtract();
1832 08 Feb 13 nicklas 1077     BioMaterialEvent created = e.getCreationEvent();
1832 08 Feb 13 nicklas 1078     
1832 08 Feb 13 nicklas 1079     rna.loadBioPlateLocation();
1832 08 Feb 13 nicklas 1080     rna.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(e.getEntryDate()));
2081 17 Oct 13 olle 1081     rna.setAnnotation("flag", (String) Annotationtype.FLAG.getAnnotationValue(dc, e));
1832 08 Feb 13 nicklas 1082     rna.setAnnotation("editable", e.hasPermission(Permission.WRITE));  
5009 04 Oct 18 nicklas 1083     rna.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
1832 08 Feb 13 nicklas 1084     rna.setAnnotation("usedQuantity", created.getUsedQuantity((Extract)e.getParent()));
1832 08 Feb 13 nicklas 1085     rna.setAnnotation("extractionDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(created.getEventDate()));
1832 08 Feb 13 nicklas 1086     rna.setAnnotation("extractionProtocol", JsonUtil.getProtocolAsJSON(created.getProtocol()));
1832 08 Feb 13 nicklas 1087     rna.setAnnotation("originalQuantity", e.getOriginalQuantity());
1832 08 Feb 13 nicklas 1088     rna.setAnnotation("remainingQuantity", e.getRemainingQuantity());
1844 15 Feb 13 nicklas 1089     rna.setAnnotation("comment", e.getDescription());
1832 08 Feb 13 nicklas 1090     rna.loadAnnotations(dc, "ndConc", Annotationtype.ND_CONC, null);
6220 20 Apr 21 nicklas 1091     rna.loadAnnotations(dc, "QubitConc", Annotationtype.QUBIT_CONC, null);
6220 20 Apr 21 nicklas 1092     rna.coalesceInto("conc", "ndConc", "QubitConc");
1832 08 Feb 13 nicklas 1093     
3188 18 Mar 15 nicklas 1094     List<RnaQc> rnaqc = RnaQc.findByRna(dc, rna);
3188 18 Mar 15 nicklas 1095     RnaQc lastRnaQc = RnaQc.findLast(dc, null, rnaqc);
3188 18 Mar 15 nicklas 1096     if (lastRnaQc != null)
1832 08 Feb 13 nicklas 1097     {
3188 18 Mar 15 nicklas 1098       Extract lastQc = lastRnaQc.getExtract();
3188 18 Mar 15 nicklas 1099       Date qcRunDate = lastRnaQc.getQcRunDate(dc, null);
3188 18 Mar 15 nicklas 1100       BioWell well = lastQc.getBioWell();
3188 18 Mar 15 nicklas 1101       BioPlate plate = well == null ? null : well.getPlate();
1844 15 Feb 13 nicklas 1102       
1832 08 Feb 13 nicklas 1103       rna.setAnnotation("nofQc", rnaqc.size());
3188 18 Mar 15 nicklas 1104       rna.setAnnotation("qcDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(qcRunDate));
1832 08 Feb 13 nicklas 1105       rna.setAnnotation("qcProtocol", JsonUtil.getProtocolAsJSON(lastQc.getProtocol()));
3188 18 Mar 15 nicklas 1106       rna.setAnnotation("qcPlate", JsonUtil.getBioWellAsJSON(well, true));
1844 15 Feb 13 nicklas 1107       rna.setAnnotation("qcComment", lastQc.getDescription());
3188 18 Mar 15 nicklas 1108       rna.setAnnotation("qcRqs", Annotationtype.CA_RQS.getAnnotationValue(dc, lastQc));
3188 18 Mar 15 nicklas 1109       rna.setAnnotation("qcRin", Annotationtype.BA_RIN.getAnnotationValue(dc, lastQc));
1844 15 Feb 13 nicklas 1110
3188 18 Mar 15 nicklas 1111       if (plate != null)
1832 08 Feb 13 nicklas 1112       {
1833 08 Feb 13 nicklas 1113         try
1832 08 Feb 13 nicklas 1114         {
3188 18 Mar 15 nicklas 1115           AnyToAny pdf = AnyToAny.getByName(dc, plate, "PDF printout");
1832 08 Feb 13 nicklas 1116           File pdfFile = File.getById(dc, pdf.getToId());
1832 08 Feb 13 nicklas 1117           JSONObject jsonPdf = new JSONObject();
1832 08 Feb 13 nicklas 1118           jsonPdf.put("id", pdfFile.getId());
1832 08 Feb 13 nicklas 1119           jsonPdf.put("name", pdfFile.getName());
1832 08 Feb 13 nicklas 1120           rna.setAnnotation("qcPdf", jsonPdf);
1832 08 Feb 13 nicklas 1121         }
1833 08 Feb 13 nicklas 1122         catch (RuntimeException ex)
1833 08 Feb 13 nicklas 1123         {} // Typically, ItemNotFound if no PDF exists
1832 08 Feb 13 nicklas 1124       }
1832 08 Feb 13 nicklas 1125     }
1832 08 Feb 13 nicklas 1126   }
1832 08 Feb 13 nicklas 1127
2098 23 Oct 13 nicklas 1128   private void loadDnaInfo(DbControl dc, Dna dna)
2098 23 Oct 13 nicklas 1129   {
2098 23 Oct 13 nicklas 1130     Extract e = dna.getExtract();
2098 23 Oct 13 nicklas 1131     BioMaterialEvent created = e.getCreationEvent();
2098 23 Oct 13 nicklas 1132     
2098 23 Oct 13 nicklas 1133     dna.loadBioPlateLocation();
2098 23 Oct 13 nicklas 1134     dna.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(e.getEntryDate()));
2098 23 Oct 13 nicklas 1135     dna.setAnnotation("editable", e.hasPermission(Permission.WRITE));  
5009 04 Oct 18 nicklas 1136     dna.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
3356 28 May 15 nicklas 1137     dna.setAnnotation("usedQuantity", created.getUsedQuantity((MeasuredBioMaterial)e.getParent()));
2098 23 Oct 13 nicklas 1138     dna.setAnnotation("extractionDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(created.getEventDate()));
2098 23 Oct 13 nicklas 1139     dna.setAnnotation("extractionProtocol", JsonUtil.getProtocolAsJSON(created.getProtocol()));
2098 23 Oct 13 nicklas 1140     dna.setAnnotation("originalQuantity", e.getOriginalQuantity());
2098 23 Oct 13 nicklas 1141     dna.setAnnotation("remainingQuantity", e.getRemainingQuantity());
2098 23 Oct 13 nicklas 1142     dna.setAnnotation("comment", e.getDescription());
2098 23 Oct 13 nicklas 1143     dna.loadAnnotations(dc, "ndConc", Annotationtype.ND_CONC, null);
6220 20 Apr 21 nicklas 1144     dna.loadAnnotations(dc, "QubitConc", Annotationtype.QUBIT_CONC, null);
6220 20 Apr 21 nicklas 1145     dna.coalesceInto("conc", "ndConc", "QubitConc");
2098 23 Oct 13 nicklas 1146   }
2098 23 Oct 13 nicklas 1147
3356 28 May 15 nicklas 1148   private void loadBloodDnaInfo(DbControl dc, BloodDna dna)
3356 28 May 15 nicklas 1149   {
3356 28 May 15 nicklas 1150     Extract e = dna.getExtract();
3356 28 May 15 nicklas 1151     BioMaterialEvent created = e.getCreationEvent();
3356 28 May 15 nicklas 1152     
3356 28 May 15 nicklas 1153     dna.loadBioPlateLocation();
3356 28 May 15 nicklas 1154     dna.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(e.getEntryDate()));
3356 28 May 15 nicklas 1155     dna.setAnnotation("editable", e.hasPermission(Permission.WRITE));
3356 28 May 15 nicklas 1156     dna.setAnnotation("usedQuantity", created.getUsedQuantity((MeasuredBioMaterial)e.getParent()));
3356 28 May 15 nicklas 1157     dna.setAnnotation("extractionDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(created.getEventDate()));
3356 28 May 15 nicklas 1158     dna.setAnnotation("originalQuantity", e.getOriginalQuantity());
3356 28 May 15 nicklas 1159     dna.setAnnotation("remainingQuantity", e.getRemainingQuantity());
3356 28 May 15 nicklas 1160     dna.setAnnotation("comment", e.getDescription());
3356 28 May 15 nicklas 1161     dna.loadAnnotations(dc, "ndConc", Annotationtype.ND_CONC, null);
3356 28 May 15 nicklas 1162   }
3356 28 May 15 nicklas 1163
3356 28 May 15 nicklas 1164   
2098 23 Oct 13 nicklas 1165   private void loadFlowThroughInfo(DbControl dc, FlowThrough ft)
2098 23 Oct 13 nicklas 1166   {
2098 23 Oct 13 nicklas 1167     Extract e = ft.getExtract();
2098 23 Oct 13 nicklas 1168     BioMaterialEvent created = e.getCreationEvent();
2098 23 Oct 13 nicklas 1169     
2098 23 Oct 13 nicklas 1170     ft.loadBioPlateLocation();
2098 23 Oct 13 nicklas 1171     ft.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(e.getEntryDate()));
2098 23 Oct 13 nicklas 1172     ft.setAnnotation("editable", e.hasPermission(Permission.WRITE));  
5009 04 Oct 18 nicklas 1173     ft.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
2098 23 Oct 13 nicklas 1174     ft.setAnnotation("usedQuantity", created.getUsedQuantity((Extract)e.getParent()));
2098 23 Oct 13 nicklas 1175     ft.setAnnotation("extractionDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(created.getEventDate()));
2098 23 Oct 13 nicklas 1176     ft.setAnnotation("extractionProtocol", JsonUtil.getProtocolAsJSON(created.getProtocol()));
2098 23 Oct 13 nicklas 1177     ft.setAnnotation("originalQuantity", e.getOriginalQuantity());
2098 23 Oct 13 nicklas 1178     ft.setAnnotation("remainingQuantity", e.getRemainingQuantity());
2098 23 Oct 13 nicklas 1179     ft.setAnnotation("comment", e.getDescription());
2098 23 Oct 13 nicklas 1180   }
2098 23 Oct 13 nicklas 1181
2050 07 Oct 13 olle 1182   private void loadMRnaInfo(DbControl dc, MRna mrna)
2050 07 Oct 13 olle 1183   {
2050 07 Oct 13 olle 1184     Extract e = mrna.getExtract();
2050 07 Oct 13 olle 1185     BioMaterialEvent created = e.getCreationEvent();
2050 07 Oct 13 olle 1186     
2050 07 Oct 13 olle 1187     mrna.loadBioPlateLocation();
2050 07 Oct 13 olle 1188     JSONObject jsonPdf = mrna.loadBioPlatePdf(dc);
2050 07 Oct 13 olle 1189     if (jsonPdf != null)
2050 07 Oct 13 olle 1190     {
2050 07 Oct 13 olle 1191       mrna.setAnnotation("platePdf", jsonPdf);
2050 07 Oct 13 olle 1192     }
2050 07 Oct 13 olle 1193     mrna.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(e.getEntryDate()));
2050 07 Oct 13 olle 1194     mrna.setAnnotation("editable", e.hasPermission(Permission.WRITE));  
5009 04 Oct 18 nicklas 1195     mrna.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
2050 07 Oct 13 olle 1196     mrna.setAnnotation("usedQuantity", created.getUsedQuantity((Extract)e.getParent()));
2101 25 Oct 13 nicklas 1197     mrna.setAnnotation("comment", e.getDescription());
2101 25 Oct 13 nicklas 1198     
2103 25 Oct 13 nicklas 1199     // Get BioPlate annotations
2103 25 Oct 13 nicklas 1200     BioPlate plate = getBioPlate(e);
2103 25 Oct 13 nicklas 1201     if (plate != null)
2103 25 Oct 13 nicklas 1202     {
2103 25 Oct 13 nicklas 1203       Date cleanupDate = (Date) Annotationtype.CLEANUP_DATE.getAnnotationValue(dc, plate);
2103 25 Oct 13 nicklas 1204       mrna.setAnnotation("cleanupDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(cleanupDate));
2103 25 Oct 13 nicklas 1205       // Get BioPlate PlateProcessResult annotation
2103 25 Oct 13 nicklas 1206       String result = (String) Annotationtype.PLATE_PROCESS_RESULT.getAnnotationValue(dc, plate);
2103 25 Oct 13 nicklas 1207       mrna.setAnnotation("result", result);
2103 25 Oct 13 nicklas 1208     }
2050 07 Oct 13 olle 1209   }
2050 07 Oct 13 olle 1210
2050 07 Oct 13 olle 1211   private void loadCDnaInfo(DbControl dc, CDna cdna)
2050 07 Oct 13 olle 1212   {
2050 07 Oct 13 olle 1213     Extract e = cdna.getExtract();
2050 07 Oct 13 olle 1214     
2050 07 Oct 13 olle 1215     cdna.loadBioPlateLocation();
2050 07 Oct 13 olle 1216     cdna.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(e.getEntryDate()));
2050 07 Oct 13 olle 1217     cdna.setAnnotation("editable", e.hasPermission(Permission.WRITE));  
5009 04 Oct 18 nicklas 1218     cdna.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
2101 25 Oct 13 nicklas 1219     cdna.setAnnotation("comment", e.getDescription());
2103 25 Oct 13 nicklas 1220     
2103 25 Oct 13 nicklas 1221     // Get BioPlate annotations
2103 25 Oct 13 nicklas 1222     BioPlate plate = getBioPlate(e);
2103 25 Oct 13 nicklas 1223     if (plate != null)
2103 25 Oct 13 nicklas 1224     {
2103 25 Oct 13 nicklas 1225       Date synthesisDate = (Date) Annotationtype.SYNTHESIS_DATE.getAnnotationValue(dc, plate);
2103 25 Oct 13 nicklas 1226       cdna.setAnnotation("synthesisDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(synthesisDate));
2103 25 Oct 13 nicklas 1227       // Get BioPlate PlateProcessResult annotation
2103 25 Oct 13 nicklas 1228       String result = (String) Annotationtype.PLATE_PROCESS_RESULT.getAnnotationValue(dc, plate);
2103 25 Oct 13 nicklas 1229       cdna.setAnnotation("result", result);
2103 25 Oct 13 nicklas 1230     }
2050 07 Oct 13 olle 1231   }
2050 07 Oct 13 olle 1232
2050 07 Oct 13 olle 1233   private void loadLibraryInfo(DbControl dc, Library lib)
2050 07 Oct 13 olle 1234   {
2050 07 Oct 13 olle 1235     Extract e = lib.getExtract();
5895 14 Apr 20 nicklas 1236     BioMaterialEvent createEvent = e.getCreationEvent();
2050 07 Oct 13 olle 1237     
2050 07 Oct 13 olle 1238     lib.loadBioPlateLocation();
5895 14 Apr 20 nicklas 1239     lib.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(createEvent.getEntryDate()));
5895 14 Apr 20 nicklas 1240     lib.setAnnotation("creationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(createEvent.getEventDate()));
2050 07 Oct 13 olle 1241     lib.setAnnotation("editable", e.hasPermission(Permission.WRITE));  
5009 04 Oct 18 nicklas 1242     lib.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
2050 07 Oct 13 olle 1243     lib.setAnnotation("originalQuantity", e.getOriginalQuantity());
2050 07 Oct 13 olle 1244     lib.setAnnotation("remainingQuantity", e.getRemainingQuantity());
5522 24 Jun 19 nicklas 1245     lib.loadAnnotations(dc, "pipeline", Annotationtype.PIPELINE, null);
2050 07 Oct 13 olle 1246     lib.loadAnnotations(dc, "ca_size", Annotationtype.CA_SIZE, null);
3320 11 May 15 nicklas 1247     lib.loadAnnotations(dc, "qubitconc", Annotationtype.QUBIT_CONC, null);
7286 15 Aug 23 nicklas 1248     lib.loadAnnotations(dc, "quantitconc", Annotationtype.QUANTIT_CONC, null);
2454 23 May 14 nicklas 1249     lib.loadAnnotations(dc, "library_molarity_est", Annotationtype.LIBRARY_MOLARITY_EST, null);
3320 11 May 15 nicklas 1250     lib.loadAnnotations(dc, "library_size_est", Annotationtype.LIBRARY_SIZE_EST, null);
2454 23 May 14 nicklas 1251     lib.loadAnnotations(dc, "library_frac_adpt", Annotationtype.LIBRARY_FRAC_ADPT, null);
3320 11 May 15 nicklas 1252     lib.loadAnnotations(dc, "library_conc_est", Annotationtype.LIBRARY_CONC_EST, null);
7286 15 Aug 23 nicklas 1253     lib.coalesceInto("conc", "qubitconc", "quantitconc", "library_conc_est");
2101 25 Oct 13 nicklas 1254     lib.setAnnotation("comment", e.getDescription());
2103 25 Oct 13 nicklas 1255     
2103 25 Oct 13 nicklas 1256     // Get BioPlate annotations
2103 25 Oct 13 nicklas 1257     BioPlate plate = getBioPlate(e);
2103 25 Oct 13 nicklas 1258     if (plate != null)
2103 25 Oct 13 nicklas 1259     {
3321 11 May 15 nicklas 1260       boolean isNeoPrep = BioplateType.NEOPREP.load(dc).equals(plate.getBioPlateType());
3321 11 May 15 nicklas 1261       lib.setAnnotation("isNeoPrep", isNeoPrep);
3321 11 May 15 nicklas 1262       if (isNeoPrep)
3321 11 May 15 nicklas 1263       {
3321 11 May 15 nicklas 1264         Date neoPrepDate = (Date) Annotationtype.NEOPREP_DATE.getAnnotationValue(dc, plate);
3321 11 May 15 nicklas 1265         lib.setAnnotation("neoPrepDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(neoPrepDate));
3321 11 May 15 nicklas 1266       }
3321 11 May 15 nicklas 1267       else
3321 11 May 15 nicklas 1268       {
3321 11 May 15 nicklas 1269         Date cleanupDate = (Date) Annotationtype.CLEANUP_DATE.getAnnotationValue(dc, plate);
3321 11 May 15 nicklas 1270         lib.setAnnotation("cleanupDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(cleanupDate));
3321 11 May 15 nicklas 1271       }
2103 25 Oct 13 nicklas 1272       // Get BioPlate PlateProcessResult annotation
2103 25 Oct 13 nicklas 1273       String result = (String) Annotationtype.PLATE_PROCESS_RESULT.getAnnotationValue(dc, plate);
2103 25 Oct 13 nicklas 1274       lib.setAnnotation("result", result);
2103 25 Oct 13 nicklas 1275     }
2050 07 Oct 13 olle 1276   }
2052 09 Oct 13 olle 1277
5012 05 Oct 18 nicklas 1278   private void loadPooledLibraryInfo(DbControl dc, PooledLibrary pool, String caseName)
2052 09 Oct 13 olle 1279   {
5012 05 Oct 18 nicklas 1280     Extract e = pool.getExtract();
2052 09 Oct 13 olle 1281     BioMaterialEvent created = e.getCreationEvent();
2052 09 Oct 13 olle 1282     
5012 05 Oct 18 nicklas 1283     List<Library> libs = Library.getByPool(dc, pool);
5012 05 Oct 18 nicklas 1284     JSONArray jsonLibs = new JSONArray();
5012 05 Oct 18 nicklas 1285     for (Library l : libs)
5012 05 Oct 18 nicklas 1286     {
5012 05 Oct 18 nicklas 1287       if (l.getName().startsWith(caseName)) jsonLibs.add(l.getName());
5012 05 Oct 18 nicklas 1288     }
5012 05 Oct 18 nicklas 1289     pool.setAnnotation("libNames", jsonLibs);
5012 05 Oct 18 nicklas 1290     
5012 05 Oct 18 nicklas 1291     pool.setAnnotation("registrationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(e.getEntryDate()));
5012 05 Oct 18 nicklas 1292     pool.setAnnotation("editable", e.hasPermission(Permission.WRITE));  
5012 05 Oct 18 nicklas 1293     pool.setAnnotation("poolDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(created.getEventDate()));
5012 05 Oct 18 nicklas 1294     pool.setAnnotation("originalQuantity", e.getOriginalQuantity());
5012 05 Oct 18 nicklas 1295     pool.setAnnotation("remainingQuantity", e.getRemainingQuantity());
5522 24 Jun 19 nicklas 1296     pool.loadAnnotations(dc, "pipeline", Annotationtype.PIPELINE, null);
5012 05 Oct 18 nicklas 1297     pool.loadAnnotations(dc, "poolMolarity", Annotationtype.POOL_MOLARITY, null);
5012 05 Oct 18 nicklas 1298     pool.loadAnnotations(dc, "poolConc", Annotationtype.POOL_CONC, null);
5012 05 Oct 18 nicklas 1299     pool.setAnnotation("comment", e.getDescription());
2052 09 Oct 13 olle 1300   }
2103 25 Oct 13 nicklas 1301   
5012 05 Oct 18 nicklas 1302   private void loadSequencingRunInfo(DbControl dc, SequencingRun sr, String caseName)
2232 17 Feb 14 nicklas 1303   {
2232 17 Feb 14 nicklas 1304     DerivedBioAssay dba = sr.getDerivedBioAssay();
2232 17 Feb 14 nicklas 1305     
2232 17 Feb 14 nicklas 1306     sr.setAnnotation("editable", dba.hasPermission(Permission.WRITE));
5522 24 Jun 19 nicklas 1307     sr.loadAnnotations(dc, "pipeline", Annotationtype.PIPELINE, null);
2232 17 Feb 14 nicklas 1308     sr.loadAnnotations(dc, "startDate", Annotationtype.SEQUENCING_START, Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING);
2232 17 Feb 14 nicklas 1309     sr.loadAnnotations(dc, "endDate", Annotationtype.SEQUENCING_END, Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING);
2232 17 Feb 14 nicklas 1310     sr.loadAnnotations(dc, "result", Annotationtype.SEQUENCING_RESULT, null);
2232 17 Feb 14 nicklas 1311     sr.setAnnotation("comment", dba.getDescription());
2232 17 Feb 14 nicklas 1312     
2232 17 Feb 14 nicklas 1313     FlowCell fc = FlowCell.getBySequencingRun(dc, sr);
2232 17 Feb 14 nicklas 1314     PhysicalBioAssay pba = fc.getPhysicalBioAssay();
2232 17 Feb 14 nicklas 1315     
5012 05 Oct 18 nicklas 1316     Set<String> libNames = new HashSet<>();
5012 05 Oct 18 nicklas 1317     for (PooledLibrary pool : PooledLibrary.getByFlowCell(dc, fc))
5012 05 Oct 18 nicklas 1318     {
5012 05 Oct 18 nicklas 1319       for (Library l : Library.getByPool(dc, pool))
5012 05 Oct 18 nicklas 1320       {
5012 05 Oct 18 nicklas 1321         if (l.getName().startsWith(caseName)) libNames.add(l.getName());
5012 05 Oct 18 nicklas 1322       }
5012 05 Oct 18 nicklas 1323     }
5012 05 Oct 18 nicklas 1324     JSONArray jsonLibs = new JSONArray();
5012 05 Oct 18 nicklas 1325     jsonLibs.addAll(libNames);
5012 05 Oct 18 nicklas 1326     sr.setAnnotation("libNames", jsonLibs);
5012 05 Oct 18 nicklas 1327     
2232 17 Feb 14 nicklas 1328     fc.setAnnotation("editable", pba.hasPermission(Permission.WRITE));
2232 17 Feb 14 nicklas 1329     fc.loadAnnotations(dc, "clusterDate", Annotationtype.CLUSTER_START, Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING);
2232 17 Feb 14 nicklas 1330     sr.setAnnotation("flowCell", fc.asJSONObject());
2232 17 Feb 14 nicklas 1331   }
2232 17 Feb 14 nicklas 1332   
7308 28 Aug 23 nicklas 1333   private Pipeline loadMergedInfo(DbControl dc, MergedSequences m)
2914 11 Nov 14 nicklas 1334   {
2914 11 Nov 14 nicklas 1335     DerivedBioAssay dba = m.getDerivedBioAssay();
2914 11 Nov 14 nicklas 1336     Job job = dba.getJob();
2914 11 Nov 14 nicklas 1337     m.setAnnotation("job", JsonUtil.getJobAsJSON(job));
2914 11 Nov 14 nicklas 1338     m.setAnnotation("editable", dba.hasPermission(Permission.WRITE));
5009 04 Oct 18 nicklas 1339     m.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
7308 28 Aug 23 nicklas 1340     Pipeline pipeline = Pipeline.getFromItem(dc, m);
7308 28 Aug 23 nicklas 1341     m.setAnnotation("pipeline", pipeline == null ? null : pipeline.getName());
6453 22 Oct 21 nicklas 1342     if (job == null || job.getEnded() != null)
2914 11 Nov 14 nicklas 1343     {
7308 28 Aug 23 nicklas 1344       if (pipeline == null || pipeline.isRnaPipeline())
7308 28 Aug 23 nicklas 1345       {
7308 28 Aug 23 nicklas 1346         m.loadAnnotations(dc, "PF_READS", Annotationtype.PF_READS, null);
7308 28 Aug 23 nicklas 1347         m.loadAnnotations(dc, "PT_READS", Annotationtype.PT_READS, null);
7308 28 Aug 23 nicklas 1348         m.loadAnnotations(dc, "ADAPTER_READS", Annotationtype.ADAPTER_READS, null);
7308 28 Aug 23 nicklas 1349       }
7308 28 Aug 23 nicklas 1350       else if (pipeline.isDnaPipeline())
7308 28 Aug 23 nicklas 1351       {
7308 28 Aug 23 nicklas 1352         m.loadAnnotations(dc, "READS", Annotationtype.READS, null);
7308 28 Aug 23 nicklas 1353       }
2914 11 Nov 14 nicklas 1354       m.loadAnnotations(dc, "result", Annotationtype.ANALYSIS_RESULT, null);
2914 11 Nov 14 nicklas 1355     }
2914 11 Nov 14 nicklas 1356     m.setAnnotation("comment", dba.getDescription());
7308 28 Aug 23 nicklas 1357     return pipeline;
2914 11 Nov 14 nicklas 1358   }
2914 11 Nov 14 nicklas 1359
7308 28 Aug 23 nicklas 1360   private Pipeline loadAlignedInfo(DbControl dc, AlignedSequences a)
2914 11 Nov 14 nicklas 1361   {
2914 11 Nov 14 nicklas 1362     DerivedBioAssay dba = a.getDerivedBioAssay();
2914 11 Nov 14 nicklas 1363     Job job = dba.getJob();
2914 11 Nov 14 nicklas 1364     a.setAnnotation("job", JsonUtil.getJobAsJSON(job));
2914 11 Nov 14 nicklas 1365     a.setAnnotation("editable", dba.hasPermission(Permission.WRITE));
5009 04 Oct 18 nicklas 1366     a.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
7308 28 Aug 23 nicklas 1367     Pipeline pipeline = Pipeline.getFromItem(dc, a);
7308 28 Aug 23 nicklas 1368     a.setAnnotation("pipeline", pipeline == null ? null : pipeline.getName());
4603 02 Oct 17 nicklas 1369     a.setAnnotation("software", JsonUtil.getSoftwareAsJSON(dba.getSoftware()));
6453 22 Oct 21 nicklas 1370     if (job == null || job.getEnded() != null)
2914 11 Nov 14 nicklas 1371     {
2914 11 Nov 14 nicklas 1372       a.loadAnnotations(dc, "ALIGNED_PAIRS", Annotationtype.ALIGNED_PAIRS, null);
2914 11 Nov 14 nicklas 1373       a.loadAnnotations(dc, "FRACTION_DUPLICATION", Annotationtype.FRACTION_DUPLICATION, null);
4621 16 Nov 17 nicklas 1374       a.loadAnnotations(dc, "QC_GENOTYPE_COUNT", Annotationtype.QC_GENOTYPE_COUNT, null);
4658 26 Jan 18 nicklas 1375       a.loadAnnotations(dc, "QC_GENOTYPE_HET_PCT", Annotationtype.QC_GENOTYPE_HET_PCT, null);
2914 11 Nov 14 nicklas 1376       a.loadAnnotations(dc, "result", Annotationtype.ANALYSIS_RESULT, null);
4621 16 Nov 17 nicklas 1377       a.setAnnotation("qcVcf", JsonUtil.loadLinkedItem(dc, dba, "qc_genotype.vcf", Item.FILE, null));
7308 28 Aug 23 nicklas 1378       if (pipeline != null && pipeline.isDnaPipeline())
7308 28 Aug 23 nicklas 1379       {
7308 28 Aug 23 nicklas 1380         a.loadAnnotations(dc, "MEAN_COVERAGE", Annotationtype.MEAN_COVERAGE, null);
7308 28 Aug 23 nicklas 1381         a.loadAnnotations(dc, "SD_COVERAGE", Annotationtype.SD_COVERAGE, null);
7308 28 Aug 23 nicklas 1382         a.loadAnnotations(dc, "FRACTION_OPTICAL_DUPLICATION", Annotationtype.FRACTION_OPTICAL_DUPLICATION, null);
7308 28 Aug 23 nicklas 1383       }
2914 11 Nov 14 nicklas 1384     }
2914 11 Nov 14 nicklas 1385     a.setAnnotation("comment", dba.getDescription());
7308 28 Aug 23 nicklas 1386     return pipeline;
2914 11 Nov 14 nicklas 1387   }
2914 11 Nov 14 nicklas 1388
7296 23 Aug 23 nicklas 1389   private void loadCopyNumberInfo(DbControl dc, CopyNumber cn)
7296 23 Aug 23 nicklas 1390   {
7296 23 Aug 23 nicklas 1391     DerivedBioAssay dba = cn.getDerivedBioAssay();
7296 23 Aug 23 nicklas 1392     Job job = dba.getJob();
7296 23 Aug 23 nicklas 1393     cn.setAnnotation("job", JsonUtil.getJobAsJSON(job));
7296 23 Aug 23 nicklas 1394     cn.setAnnotation("editable", dba.hasPermission(Permission.WRITE));
7296 23 Aug 23 nicklas 1395     cn.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
7296 23 Aug 23 nicklas 1396     cn.loadAnnotations(dc, "pipeline", Annotationtype.PIPELINE, null);
7296 23 Aug 23 nicklas 1397     cn.setAnnotation("software", JsonUtil.getSoftwareAsJSON(dba.getSoftware()));
7341 11 Sep 23 nicklas 1398     cn.loadAnnotations(dc, "ImbalanceTest", Annotationtype.IMBALANCE_TEST, null);
7341 11 Sep 23 nicklas 1399     cn.loadAnnotations(dc, "Penalty", Annotationtype.PENALTY, null);
7341 11 Sep 23 nicklas 1400     cn.loadAnnotations(dc, "MinDepth", Annotationtype.MIN_DEPTH, null);
7341 11 Sep 23 nicklas 1401     cn.loadAnnotations(dc, "TauManual", Annotationtype.TAU_MANUAL, null);
7341 11 Sep 23 nicklas 1402     cn.loadAnnotations(dc, "RhoManual", Annotationtype.RHO_MANUAL, null);
7341 11 Sep 23 nicklas 1403     cn.loadAnnotations(dc, "PsiManual", Annotationtype.PSI_MANUAL, null);
7296 23 Aug 23 nicklas 1404     if (job == null || job.getEnded() != null)
7296 23 Aug 23 nicklas 1405     {
7296 23 Aug 23 nicklas 1406       cn.loadAnnotations(dc, "Ploidy", Annotationtype.PLOIDY, null);
7296 23 Aug 23 nicklas 1407       cn.loadAnnotations(dc, "Purity", Annotationtype.PURITY, null);
7296 23 Aug 23 nicklas 1408       cn.loadAnnotations(dc, "GoodnessOfFit", Annotationtype.GOODNESS_OF_FIT, null);
7296 23 Aug 23 nicklas 1409       cn.loadAnnotations(dc, "NormalContamination", Annotationtype.NORMAL_CONTAMINATION, null);
7341 11 Sep 23 nicklas 1410       cn.loadAnnotations(dc, "NonAberrant", Annotationtype.NON_ABERRANT, null);
7296 23 Aug 23 nicklas 1411       cn.loadAnnotations(dc, "AscatResult", Annotationtype.ASCAT_RESULT, null);
7296 23 Aug 23 nicklas 1412       cn.loadAnnotations(dc, "result", Annotationtype.ANALYSIS_RESULT, null);
7296 23 Aug 23 nicklas 1413       cn.setAnnotation("sunrisePlot", JsonUtil.loadLinkedItem(dc, dba, "sunrise.png", Item.FILE, null));
7296 23 Aug 23 nicklas 1414       cn.setAnnotation("ascatProfile", JsonUtil.loadLinkedItem(dc, dba, "ASCATprofile.png", Item.FILE, null));
7296 23 Aug 23 nicklas 1415       cn.setAnnotation("segmentationPlot", JsonUtil.loadLinkedItem(dc, dba, "ASPCF.png", Item.FILE, null));
7296 23 Aug 23 nicklas 1416     }
7296 23 Aug 23 nicklas 1417     cn.setAnnotation("comment", dba.getDescription());
7296 23 Aug 23 nicklas 1418   }
7296 23 Aug 23 nicklas 1419
7296 23 Aug 23 nicklas 1420   
2918 11 Nov 14 nicklas 1421   private void loadRawBioAssayInfo(DbControl dc, Rawbioassay raw)
2918 11 Nov 14 nicklas 1422   {
2918 11 Nov 14 nicklas 1423     RawBioAssay rba = raw.getRawBioAssay();
2918 11 Nov 14 nicklas 1424     Job job = rba.getJob();
4674 08 Feb 18 nicklas 1425     raw.setAnnotation("rawDataType", rba.getRawDataType().getName());
5548 08 Aug 19 nicklas 1426     raw.loadAnnotations(dc, "pipeline", Annotationtype.PIPELINE, null);
2918 11 Nov 14 nicklas 1427     raw.setAnnotation("job", JsonUtil.getJobAsJSON(job));
2918 11 Nov 14 nicklas 1428     raw.setAnnotation("editable", rba.hasPermission(Permission.WRITE));
5009 04 Oct 18 nicklas 1429     raw.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
6453 22 Oct 21 nicklas 1430     if (job == null || job.getEnded() != null)
2918 11 Nov 14 nicklas 1431     {
2918 11 Nov 14 nicklas 1432       raw.loadAnnotations(dc, "result", Annotationtype.ANALYSIS_RESULT, null);
3534 08 Oct 15 nicklas 1433       XmlConfig cfg = Reggie.getConfig();
3810 23 Mar 16 nicklas 1434       raw.setAnnotation("geneReport", JsonUtil.loadLinkedItem(dc, rba, cfg.getConfig("rscript/gene-report/pdf-name", null, GeneReportWorker.DEFAULT_PDF_NAME), Item.FILE, null));
3810 23 Mar 16 nicklas 1435       raw.setAnnotation("pilotReport", JsonUtil.loadLinkedItem(dc, rba, cfg.getConfig("rscript/pilot-report/pdf-name", null, PilotReportWorker.DEFAULT_PDF_NAME), Item.FILE, null));
6094 14 Dec 20 nicklas 1436       raw.setAnnotation("scanbReport", JsonUtil.loadLinkedItem(dc, rba, cfg.getConfig("rscript/scanb-report/pdf-name", null, ScanBReportWorker.DEFAULT_PDF_NAME), Item.FILE, null));
2918 11 Nov 14 nicklas 1437     }
2918 11 Nov 14 nicklas 1438     raw.setAnnotation("comment", rba.getDescription());
2918 11 Nov 14 nicklas 1439   }
2918 11 Nov 14 nicklas 1440
2918 11 Nov 14 nicklas 1441
7411 10 Nov 23 nicklas 1442   private Pipeline loadVariantCallingInfo(DbControl dc, Rawbioassay raw)
5731 19 Nov 19 nicklas 1443   {
5731 19 Nov 19 nicklas 1444     RawBioAssay rba = raw.getRawBioAssay();
5731 19 Nov 19 nicklas 1445     Job job = rba.getJob();
5731 19 Nov 19 nicklas 1446     raw.setAnnotation("rawDataType", rba.getRawDataType().getName());
5731 19 Nov 19 nicklas 1447     raw.setAnnotation("job", JsonUtil.getJobAsJSON(job));
5731 19 Nov 19 nicklas 1448     raw.setAnnotation("editable", rba.hasPermission(Permission.WRITE));
5731 19 Nov 19 nicklas 1449     raw.loadDoNotUseAnnotations(dc, null);
7411 10 Nov 23 nicklas 1450     Pipeline pipeline = Pipeline.getFromItem(dc, raw);
7411 10 Nov 23 nicklas 1451     raw.setAnnotation("pipeline", pipeline == null ? null : pipeline.getName());
7440 16 Nov 23 nicklas 1452     raw.loadAnnotations(dc, "PanelOfNormals", Annotationtype.PANEL_OF_NORMALS, null);
6453 22 Oct 21 nicklas 1453     if (job == null || job.getEnded() != null)
5731 19 Nov 19 nicklas 1454     {
5731 19 Nov 19 nicklas 1455       raw.loadAnnotations(dc, "result", Annotationtype.ANALYSIS_RESULT, null);
5731 19 Nov 19 nicklas 1456       raw.loadAnnotations(dc, "VariantsPassedFilter", Annotationtype.VARIANTS_PASSED_FILTER, null);
7411 10 Nov 23 nicklas 1457       raw.loadAnnotations(dc, "CallableBases", Annotationtype.CALLABLE_BASES, null);
5731 19 Nov 19 nicklas 1458       File vcf = raw.getFile(dc, Datafiletype.VCF);
5731 19 Nov 19 nicklas 1459       if (vcf != null) raw.setAnnotation("vcfFile", JsonUtil.getFileAsJSON(vcf));
6393 16 Sep 21 nicklas 1460       
7411 10 Nov 23 nicklas 1461       if (pipeline != null && pipeline.isRnaPipeline())
6393 16 Sep 21 nicklas 1462       {
7411 10 Nov 23 nicklas 1463         ItemQuery<AnyToAny> query = AnyToAny.getLinksFrom(raw.getItem());
7411 10 Nov 23 nicklas 1464         query.restrict(Restrictions.like(Hql.property("name"), Expressions.string("genotype_%.vcf")));
7411 10 Nov 23 nicklas 1465         query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("toType"), Expressions.integer(Item.FILE.getValue())));
7411 10 Nov 23 nicklas 1466         query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7411 10 Nov 23 nicklas 1467         JSONArray jsonTargeted = new JSONArray();
7411 10 Nov 23 nicklas 1468         for (AnyToAny vcfLink : query.list(dc))
6393 16 Sep 21 nicklas 1469         {
7411 10 Nov 23 nicklas 1470           File gtVcf = (File)vcfLink.getTo();
7411 10 Nov 23 nicklas 1471           String target = (String)Annotationtype.TARGETED_GENOTYPE.getAnnotationValue(dc, gtVcf);
7411 10 Nov 23 nicklas 1472           TargetedGenotypeDefinition targetDef = TargetedGenotypeJobCreator.getTargetByName(target);
7411 10 Nov 23 nicklas 1473           JSONObject jsonGtVcf = JsonUtil.getFileAsJSON(gtVcf);
7411 10 Nov 23 nicklas 1474           jsonGtVcf.put("TargetedGenotype", target);
7411 10 Nov 23 nicklas 1475           if (targetDef != null)
7411 10 Nov 23 nicklas 1476           {
7411 10 Nov 23 nicklas 1477             jsonGtVcf.put("TargetedGenotypeDescription", targetDef.getDescription());
7411 10 Nov 23 nicklas 1478           }
7411 10 Nov 23 nicklas 1479           jsonGtVcf.put("NumTargetedGenotypes", Annotationtype.NUM_TARGETED_GENOTYPES.getAnnotationValue(dc, gtVcf));
7411 10 Nov 23 nicklas 1480           jsonGtVcf.put("NumTargetedVariants", Annotationtype.NUM_TARGETED_VARIANTS.getAnnotationValue(dc, gtVcf));
7411 10 Nov 23 nicklas 1481           jsonTargeted.add(jsonGtVcf);
6393 16 Sep 21 nicklas 1482         }
7411 10 Nov 23 nicklas 1483         raw.setAnnotation("targetedGenotyping", jsonTargeted);
6393 16 Sep 21 nicklas 1484       }
5731 19 Nov 19 nicklas 1485     }
5731 19 Nov 19 nicklas 1486     raw.setAnnotation("comment", rba.getDescription());
7411 10 Nov 23 nicklas 1487     return pipeline;
5731 19 Nov 19 nicklas 1488   }
5731 19 Nov 19 nicklas 1489
2918 11 Nov 14 nicklas 1490   
2103 25 Oct 13 nicklas 1491   private BioPlate getBioPlate(MeasuredBioMaterial bioMaterial)
2103 25 Oct 13 nicklas 1492   {
2103 25 Oct 13 nicklas 1493     BioWell well = bioMaterial.getBioWell();
2103 25 Oct 13 nicklas 1494     return well == null ? null : well.getPlate();
2103 25 Oct 13 nicklas 1495   }
2103 25 Oct 13 nicklas 1496   
1821 06 Feb 13 nicklas 1497 }

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