extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/servlet/YellowLabelServlet.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3779 10 Mar 16 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.servlet;
3779 10 Mar 16 nicklas 2
3779 10 Mar 16 nicklas 3 import java.io.IOException;
3789 17 Mar 16 nicklas 4 import java.util.ArrayList;
3784 16 Mar 16 nicklas 5 import java.util.Date;
4141 30 Sep 16 nicklas 6 import java.util.HashSet;
3780 10 Mar 16 nicklas 7 import java.util.Iterator;
4141 30 Sep 16 nicklas 8 import java.util.Set;
3779 10 Mar 16 nicklas 9 import java.util.List;
3779 10 Mar 16 nicklas 10
3779 10 Mar 16 nicklas 11 import javax.servlet.ServletException;
3779 10 Mar 16 nicklas 12 import javax.servlet.http.HttpServlet;
3779 10 Mar 16 nicklas 13 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
3779 10 Mar 16 nicklas 14 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
3779 10 Mar 16 nicklas 15
3779 10 Mar 16 nicklas 16 import org.json.simple.JSONArray;
3779 10 Mar 16 nicklas 17 import org.json.simple.JSONObject;
3779 10 Mar 16 nicklas 18
3789 17 Mar 16 nicklas 19 import net.sf.basedb.clients.web.util.ServletExportOutputStream;
4188 28 Oct 16 nicklas 20 import net.sf.basedb.core.AnyToAny;
4188 28 Oct 16 nicklas 21 import net.sf.basedb.core.ChangeHistory;
3779 10 Mar 16 nicklas 22 import net.sf.basedb.core.DbControl;
4028 26 Jul 16 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.Directory;
3779 10 Mar 16 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.Extract;
3810 23 Mar 16 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.File;
3782 11 Mar 16 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.Item;
3779 10 Mar 16 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
4188 28 Oct 16 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.ItemResultIterator;
3814 23 Mar 16 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.Operator;
4028 26 Jul 16 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.Path;
4034 29 Jul 16 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.PluginExecutionRequest;
4034 29 Jul 16 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.PluginResponse;
3782 11 Mar 16 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
3779 10 Mar 16 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.Sample;
3779 10 Mar 16 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.SessionControl;
4141 30 Sep 16 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.SharedItem;
3780 10 Mar 16 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.Type;
4188 28 Oct 16 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.log.ChangeType;
3789 17 Mar 16 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.plugin.ExportOutputStream;
4034 29 Jul 16 nicklas 40 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
3779 10 Mar 16 nicklas 41 import net.sf.basedb.core.query.Annotations;
3814 23 Mar 16 nicklas 42 import net.sf.basedb.core.query.Expression;
3780 10 Mar 16 nicklas 43 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
3779 10 Mar 16 nicklas 44 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
3779 10 Mar 16 nicklas 45 import net.sf.basedb.core.query.Orders;
3814 23 Mar 16 nicklas 46 import net.sf.basedb.core.query.Restriction;
3780 10 Mar 16 nicklas 47 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
3779 10 Mar 16 nicklas 48 import net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager;
3779 10 Mar 16 nicklas 49 import net.sf.basedb.reggie.JsonUtil;
3779 10 Mar 16 nicklas 50 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
3779 10 Mar 16 nicklas 51 import net.sf.basedb.reggie.Site;
3782 11 Mar 16 nicklas 52 import net.sf.basedb.reggie.XmlConfig;
3779 10 Mar 16 nicklas 53 import net.sf.basedb.reggie.counter.CounterService;
3779 10 Mar 16 nicklas 54 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
3780 10 Mar 16 nicklas 55 import net.sf.basedb.reggie.dao.Library;
3782 11 Mar 16 nicklas 56 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rawbioassay;
4665 31 Jan 18 nicklas 57 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rawdatatype;
3779 10 Mar 16 nicklas 58 import net.sf.basedb.reggie.dao.ReggieRole;
3780 10 Mar 16 nicklas 59 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rna;
3827 05 Apr 16 nicklas 60 import net.sf.basedb.reggie.dao.RnaQc;
3779 10 Mar 16 nicklas 61 import net.sf.basedb.reggie.dao.SpecimenTube;
3779 10 Mar 16 nicklas 62 import net.sf.basedb.reggie.dao.Subtype;
3810 23 Mar 16 nicklas 63 import net.sf.basedb.reggie.json.LoadMoreJson;
3789 17 Mar 16 nicklas 64 import net.sf.basedb.reggie.pdf.PdfCombiner;
3789 17 Mar 16 nicklas 65 import net.sf.basedb.reggie.pdf.PdfReportTemplate;
3789 17 Mar 16 nicklas 66 import net.sf.basedb.reggie.pdf.PdfToZipCombiner;
3782 11 Mar 16 nicklas 67 import net.sf.basedb.reggie.pdf.PilotReportWorker;
3789 17 Mar 16 nicklas 68 import net.sf.basedb.reggie.plugins.GeneReportsCombinerPlugin;
4034 29 Jul 16 nicklas 69 import net.sf.basedb.reggie.plugins.SetPermissionsForDeliveryPlugin;
3789 17 Mar 16 nicklas 70 import net.sf.basedb.util.Values;
3779 10 Mar 16 nicklas 71 import net.sf.basedb.util.error.ThrowableUtil;
3779 10 Mar 16 nicklas 72
3779 10 Mar 16 nicklas 73
3779 10 Mar 16 nicklas 74 public class YellowLabelServlet 
3779 10 Mar 16 nicklas 75   extends HttpServlet 
3779 10 Mar 16 nicklas 76 {
3779 10 Mar 16 nicklas 77
3779 10 Mar 16 nicklas 78   private static final long serialVersionUID = 6418083429277485013L;
3779 10 Mar 16 nicklas 79
3779 10 Mar 16 nicklas 80   public YellowLabelServlet()
3779 10 Mar 16 nicklas 81   {}
3779 10 Mar 16 nicklas 82
3779 10 Mar 16 nicklas 83   @Override
3779 10 Mar 16 nicklas 84   protected void doGet(HttpServletRequest req, HttpServletResponse resp)
3779 10 Mar 16 nicklas 85     throws ServletException, IOException 
3779 10 Mar 16 nicklas 86   {
3779 10 Mar 16 nicklas 87     String cmd = req.getParameter("cmd");
3779 10 Mar 16 nicklas 88     JsonUtil.setJsonResponseHeaders(resp);
3779 10 Mar 16 nicklas 89     
3779 10 Mar 16 nicklas 90     JSONObject json = new JSONObject();
3779 10 Mar 16 nicklas 91     json.put("status", "ok");
3779 10 Mar 16 nicklas 92   
3975 26 May 16 nicklas 93     final SessionControl sc = Reggie.getSessionControl(req);
3779 10 Mar 16 nicklas 94     DbControl dc = null;
3779 10 Mar 16 nicklas 95     try
3779 10 Mar 16 nicklas 96     {
3815 23 Mar 16 nicklas 97       if ("LoadSitesAndPermissions".equals(cmd))
3779 10 Mar 16 nicklas 98       {
6336 16 Jun 21 nicklas 99         dc = sc.newDbControl(":YellowLabel reporting");
3815 23 Mar 16 nicklas 100         json.put("sites", ReportTableUtil.getJSONSites(Site.SORT_BY_NAME));
3815 23 Mar 16 nicklas 101         json.put("permissions", JsonUtil.getPermissions(dc));
3815 23 Mar 16 nicklas 102       }
3815 23 Mar 16 nicklas 103       else if ("LoadActiveYellowSpecimen".equals(cmd))
3815 23 Mar 16 nicklas 104       {
6336 16 Jun 21 nicklas 105         dc = sc.newDbControl(":YellowLabel reporting");
3779 10 Mar 16 nicklas 106         ItemQuery<Sample> query = Sample.getQuery();
3779 10 Mar 16 nicklas 107         Subtype.SPECIMEN.addFilter(dc, query);
3779 10 Mar 16 nicklas 108         query.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
3779 10 Mar 16 nicklas 109         query.join(Annotations.innerJoin(Annotationtype.YELLOW_LABEL.get(dc), "yl"));
3779 10 Mar 16 nicklas 110         query.join(Annotations.innerJoin(Annotationtype.ARRIVAL_DATE.get(dc), "ad"));
3784 16 Mar 16 nicklas 111         query.join(Annotations.leftJoin(Annotationtype.COMPLETED_DATE.get(dc), "cd"));
5334 28 Mar 19 nicklas 112         query.restrict(Restrictions.like(Hql.property("bioWell.bioPlate.name"), Expressions.string("Sp%")));
3814 23 Mar 16 nicklas 113         
3814 23 Mar 16 nicklas 114         String completedDateFilter = Values.getStringOrNull(req.getParameter("completedDateFilter"));
3814 23 Mar 16 nicklas 115         query.restrict(getCompletedDateRestriction(completedDateFilter));
3814 23 Mar 16 nicklas 116         
3779 10 Mar 16 nicklas 117         query.order(Orders.asc(Hql.alias("ad")));
3779 10 Mar 16 nicklas 118         query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
3779 10 Mar 16 nicklas 119         
3779 10 Mar 16 nicklas 120         SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
3779 10 Mar 16 nicklas 121         List<SpecimenTube> result = SpecimenTube.toList(query.list(dc));
3779 10 Mar 16 nicklas 122         JSONArray jsonSpecimen = new JSONArray();
3779 10 Mar 16 nicklas 123         for (SpecimenTube sp : result)
3779 10 Mar 16 nicklas 124         {
3779 10 Mar 16 nicklas 125           Site site = Site.findByCaseName(sp.getName());
3779 10 Mar 16 nicklas 126           sp.loadAnnotations(dc, manager, "SamplingDate", Annotationtype.SAMPLING_DATETIME, Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING);
3779 10 Mar 16 nicklas 127           sp.loadAnnotations(dc, manager, "ArrivalDate", Annotationtype.ARRIVAL_DATE, Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING);
4188 28 Oct 16 nicklas 128           Date completedDate = (Date)Annotationtype.COMPLETED_DATE.getAnnotationValue(dc, manager, sp.getItem());
4188 28 Oct 16 nicklas 129           sp.setAnnotation("CompletedDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(completedDate));
3826 05 Apr 16 nicklas 130           
3826 05 Apr 16 nicklas 131           Sample theCase = (Sample)sp.getItem().getParent();
3826 05 Apr 16 nicklas 132           sp.setAnnotation("ConsentDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert((Date)Annotationtype.CONSENT_DATE.getAnnotationValue(dc, theCase)));
3779 10 Mar 16 nicklas 133           sp.setAnnotation("site", site.asJSONObject());
3779 10 Mar 16 nicklas 134           
3780 10 Mar 16 nicklas 135           Rna rna = findLatestRnaForSpecimen(dc, sp.getName());
3780 10 Mar 16 nicklas 136           if (rna != null)
3780 10 Mar 16 nicklas 137           {
3780 10 Mar 16 nicklas 138             rna.loadAnnotations(dc, manager, "QiacubeDate", Annotationtype.QIACUBE_DATE, Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING);
3822 04 Apr 16 nicklas 139             rna.loadAnnotations(dc, manager, "Flag", Annotationtype.FLAG, null);
4993 02 Oct 18 nicklas 140             rna.loadDoNotUseAnnotations(dc, manager);
3780 10 Mar 16 nicklas 141             sp.setAnnotation("rna", rna.asJSONObject());
3780 10 Mar 16 nicklas 142             
3827 05 Apr 16 nicklas 143             RnaQc rnaQc = rna.findLastRnaQc(dc, manager);
3827 05 Apr 16 nicklas 144             if (rnaQc != null) 
3827 05 Apr 16 nicklas 145             {
3827 05 Apr 16 nicklas 146               rnaQc.loadAnnotations(dc, manager, "RIN", Annotationtype.BA_RIN, null);
3827 05 Apr 16 nicklas 147               rnaQc.loadAnnotations(dc, manager, "RQS", Annotationtype.CA_RQS, null);
3827 05 Apr 16 nicklas 148               sp.setAnnotation("rnaqc", rnaQc.asJSONObject());
3827 05 Apr 16 nicklas 149             }
3827 05 Apr 16 nicklas 150             
3780 10 Mar 16 nicklas 151             // Use the RNA name here so we don't get a Library from a different RNA
3780 10 Mar 16 nicklas 152             Library lib = findLatestLibraryForSpecimen(dc, rna.getName());
3780 10 Mar 16 nicklas 153             if (lib != null)
3780 10 Mar 16 nicklas 154             {
3780 10 Mar 16 nicklas 155               lib.setAnnotation("creationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(lib.getExtract().getCreationEvent().getEventDate()));
3780 10 Mar 16 nicklas 156               sp.setAnnotation("library", lib.asJSONObject());
3782 11 Mar 16 nicklas 157               
4665 31 Jan 18 nicklas 158               Rawbioassay raw = findLatestRawBioAssayForLibrary(dc, lib, Rawdatatype.CUFFLINKS);
3782 11 Mar 16 nicklas 159               if (raw != null)
3782 11 Mar 16 nicklas 160               {
3782 11 Mar 16 nicklas 161                 RawBioAssay rba = raw.getRawBioAssay();
3782 11 Mar 16 nicklas 162                 raw.setAnnotation("creationDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(rba.getEntryDate()));
4993 02 Oct 18 nicklas 163                 raw.loadDoNotUseAnnotations(dc, manager);
3782 11 Mar 16 nicklas 164                 sp.setAnnotation("raw", raw.asJSONObject());
3782 11 Mar 16 nicklas 165
3782 11 Mar 16 nicklas 166                 XmlConfig cfg = Reggie.getConfig();
3810 23 Mar 16 nicklas 167                 String pdfName = cfg.getConfig("rscript/pilot-report/pdf-name", null, PilotReportWorker.DEFAULT_PDF_NAME);
3810 23 Mar 16 nicklas 168                 JSONObject jsonPilot = JsonUtil.loadLinkedItem(dc, rba, pdfName, Item.FILE, 
3810 23 Mar 16 nicklas 169                   new LoadMoreJson<File>()
3810 23 Mar 16 nicklas 170                   {
3810 23 Mar 16 nicklas 171                     @Override
3810 23 Mar 16 nicklas 172                     public void addMore(DbControl dc, JSONObject json, File file) 
3810 23 Mar 16 nicklas 173                     {
3810 23 Mar 16 nicklas 174                       json.put("lastUpdatedDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(file.getLastUpdate()));
3810 23 Mar 16 nicklas 175                     }
3810 23 Mar 16 nicklas 176                     
3810 23 Mar 16 nicklas 177                   });
3782 11 Mar 16 nicklas 178                 if (jsonPilot != null) 
3782 11 Mar 16 nicklas 179                 {
3782 11 Mar 16 nicklas 180                   sp.setAnnotation("pilotReport", jsonPilot);
4188 28 Oct 16 nicklas 181                   boolean pilotIsPublished = AnyToAny.exists(dc, sp.getItem(), pdfName);
4188 28 Oct 16 nicklas 182                   jsonPilot.put("isPublished", pilotIsPublished);
4188 28 Oct 16 nicklas 183                   
4188 28 Oct 16 nicklas 184                   if (pilotIsPublished)
4188 28 Oct 16 nicklas 185                   {
4188 28 Oct 16 nicklas 186                     ItemQuery<ChangeHistory> historyQuery = ChangeHistory.getHistoryOf(sp.getItem());
4188 28 Oct 16 nicklas 187                     historyQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("changeType"), Expressions.integer(ChangeType.DOWNLOAD.getValue())));
4188 28 Oct 16 nicklas 188                     historyQuery.order(Orders.desc(Hql.property("changeHistory.time")));
4188 28 Oct 16 nicklas 189                     historyQuery.setCacheResult(true);
4188 28 Oct 16 nicklas 190                     historyQuery.setReturnTotalCount(true);
4188 28 Oct 16 nicklas 191                     historyQuery.setMaxResults(1);
4188 28 Oct 16 nicklas 192                     
4188 28 Oct 16 nicklas 193                     ItemResultIterator<ChangeHistory> it = historyQuery.iterate(dc);
4188 28 Oct 16 nicklas 194                     
4188 28 Oct 16 nicklas 195                     long downloadCount = it.getTotalCount();
4188 28 Oct 16 nicklas 196                     jsonPilot.put("downloadCount", downloadCount);
4188 28 Oct 16 nicklas 197                     if (downloadCount > 0) 
4188 28 Oct 16 nicklas 198                     {
4188 28 Oct 16 nicklas 199                       ChangeHistory ch = it.next();
4188 28 Oct 16 nicklas 200                       jsonPilot.put("downloadedDate", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(ch.getTime()));
4188 28 Oct 16 nicklas 201                     }
4188 28 Oct 16 nicklas 202                   }
3782 11 Mar 16 nicklas 203                 }
3782 11 Mar 16 nicklas 204               }
3780 10 Mar 16 nicklas 205             }
3780 10 Mar 16 nicklas 206           }
3780 10 Mar 16 nicklas 207           
3779 10 Mar 16 nicklas 208           Sample specimen = sp.getSample();
3779 10 Mar 16 nicklas 209           jsonSpecimen.add(sp.asJSONObject());
3779 10 Mar 16 nicklas 210         }
3779 10 Mar 16 nicklas 211
3779 10 Mar 16 nicklas 212         json.put("specimen", jsonSpecimen);
3779 10 Mar 16 nicklas 213       }
3789 17 Mar 16 nicklas 214       else if ("CreatePilotReportZip".equals(cmd))
3789 17 Mar 16 nicklas 215       {
6336 16 Jun 21 nicklas 216         dc = sc.newDbControl(":YellowLabel reporting");
3789 17 Mar 16 nicklas 217
3789 17 Mar 16 nicklas 218         ReggieRole.checkPermission(dc, "'" + cmd + "' wizard", ReggieRole.PATIENT_CURATOR, ReggieRole.ADMINISTRATOR);
3789 17 Mar 16 nicklas 219
3821 04 Apr 16 nicklas 220         Date completedDate = Reggie.CONVERTER_STRING_TO_DATE.convert(req.getParameter("completedDate"));
3821 04 Apr 16 nicklas 221         if (completedDate != null)
3821 04 Apr 16 nicklas 222         {
3821 04 Apr 16 nicklas 223           Integer[] ids = Values.getInt(req.getParameter("specimen").split(","));
3821 04 Apr 16 nicklas 224           for (int id : ids)
3821 04 Apr 16 nicklas 225           {
3821 04 Apr 16 nicklas 226             Sample specimen = Sample.getById(dc, id);
3821 04 Apr 16 nicklas 227             Annotationtype.COMPLETED_DATE.setAnnotationValue(dc, specimen, completedDate);
3821 04 Apr 16 nicklas 228           }
3821 04 Apr 16 nicklas 229         }
3821 04 Apr 16 nicklas 230         
3823 04 Apr 16 nicklas 231         String sitePrefix = Values.getStringOrNull(req.getParameter("site"));
3823 04 Apr 16 nicklas 232         Site commonSite = sitePrefix != null ? Site.findByCaseName(sitePrefix) : null;
3823 04 Apr 16 nicklas 233         
3789 17 Mar 16 nicklas 234         Integer[] ids = Values.getInt(req.getParameter("rawBioAssays").split(","));
3791 17 Mar 16 nicklas 235         String password = Values.getStringOrNull(req.getParameter("password"));
3789 17 Mar 16 nicklas 236         
3789 17 Mar 16 nicklas 237         List<RawBioAssay> rawBioAssays = new ArrayList<RawBioAssay>();
3789 17 Mar 16 nicklas 238         for (int id : ids)
3789 17 Mar 16 nicklas 239         {
3823 04 Apr 16 nicklas 240           RawBioAssay raw = RawBioAssay.getById(dc, id);
3823 04 Apr 16 nicklas 241           Site site = Site.findByCaseName(raw.getName());
3823 04 Apr 16 nicklas 242           // If all selected reports are from the same site we
3823 04 Apr 16 nicklas 243           // want to include the site name to the generated ZIP filename
3823 04 Apr 16 nicklas 244           if (commonSite == null)
3823 04 Apr 16 nicklas 245           {
3823 04 Apr 16 nicklas 246             commonSite = site;
3823 04 Apr 16 nicklas 247           }
3823 04 Apr 16 nicklas 248           else if (commonSite != site)
3823 04 Apr 16 nicklas 249           {
3823 04 Apr 16 nicklas 250             commonSite = Site.UNKNOWN;
3823 04 Apr 16 nicklas 251           }
3823 04 Apr 16 nicklas 252           rawBioAssays.add(raw);
3789 17 Mar 16 nicklas 253         }
3789 17 Mar 16 nicklas 254         
3789 17 Mar 16 nicklas 255         ExportOutputStream out = new ServletExportOutputStream(resp);
3791 17 Mar 16 nicklas 256         PdfCombiner pdf2Zip = new PdfToZipCombiner(out, password);
3789 17 Mar 16 nicklas 257         
3789 17 Mar 16 nicklas 258         out.setMimeType(pdf2Zip.getMimeType());
3823 04 Apr 16 nicklas 259         String filename = PdfReportTemplate.PILOT_REPORT.getDefaultFilename().replace(".pdf", "");
3823 04 Apr 16 nicklas 260         if (commonSite != null && commonSite != Site.UNKNOWN) 
3823 04 Apr 16 nicklas 261         {
3823 04 Apr 16 nicklas 262           // All reports are from the same site
3823 04 Apr 16 nicklas 263           filename += "-"+commonSite.getName().toLowerCase();
3823 04 Apr 16 nicklas 264         }
3823 04 Apr 16 nicklas 265         filename += "-"+Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(new Date());
3823 04 Apr 16 nicklas 266         filename += ".zip";
3823 04 Apr 16 nicklas 267         out.setFilename(pdf2Zip.getOutFilename(filename));
3789 17 Mar 16 nicklas 268         
3789 17 Mar 16 nicklas 269         GeneReportsCombinerPlugin.PdfReportCombiner combiner = 
3789 17 Mar 16 nicklas 270           new GeneReportsCombinerPlugin.PdfReportCombiner(PdfReportTemplate.PILOT_REPORT, pdf2Zip);
3789 17 Mar 16 nicklas 271         combiner.setIncludePersonalInformation(true);
3789 17 Mar 16 nicklas 272         combiner.combineReports(dc, rawBioAssays, null, null);
3789 17 Mar 16 nicklas 273
3821 04 Apr 16 nicklas 274         dc.commit();
3789 17 Mar 16 nicklas 275         pdf2Zip.close();
3789 17 Mar 16 nicklas 276         out.flush();
3789 17 Mar 16 nicklas 277         out.close();
3789 17 Mar 16 nicklas 278       }
3779 10 Mar 16 nicklas 279       
3779 10 Mar 16 nicklas 280     }
3779 10 Mar 16 nicklas 281     catch (Throwable t)
3779 10 Mar 16 nicklas 282     {
3779 10 Mar 16 nicklas 283       t.printStackTrace();
3779 10 Mar 16 nicklas 284       json.clear();
3779 10 Mar 16 nicklas 285       json.put("status", "error");
3779 10 Mar 16 nicklas 286       json.put("message", t.getMessage());
3779 10 Mar 16 nicklas 287       json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
3779 10 Mar 16 nicklas 288     }
3779 10 Mar 16 nicklas 289     finally
3779 10 Mar 16 nicklas 290     {
3779 10 Mar 16 nicklas 291       if (dc != null) dc.close();
3779 10 Mar 16 nicklas 292       json.writeJSONString(resp.getWriter());
3779 10 Mar 16 nicklas 293     }
3779 10 Mar 16 nicklas 294     
3779 10 Mar 16 nicklas 295   }
3779 10 Mar 16 nicklas 296
3779 10 Mar 16 nicklas 297   @Override
3779 10 Mar 16 nicklas 298   protected void doPost(HttpServletRequest req, HttpServletResponse resp)
3779 10 Mar 16 nicklas 299     throws ServletException, IOException 
3779 10 Mar 16 nicklas 300   {
3779 10 Mar 16 nicklas 301     String cmd = req.getParameter("cmd");
3779 10 Mar 16 nicklas 302     JsonUtil.setJsonResponseHeaders(resp);
3779 10 Mar 16 nicklas 303     
3779 10 Mar 16 nicklas 304     JSONObject json = new JSONObject();
3779 10 Mar 16 nicklas 305     json.put("status", "ok");
3779 10 Mar 16 nicklas 306     
3779 10 Mar 16 nicklas 307     JSONArray jsonMessages = new JSONArray();
3779 10 Mar 16 nicklas 308   
3975 26 May 16 nicklas 309     final SessionControl sc = Reggie.getSessionControl(req);
3779 10 Mar 16 nicklas 310     DbControl dc = null;
3779 10 Mar 16 nicklas 311     try
3779 10 Mar 16 nicklas 312     {
3787 17 Mar 16 nicklas 313       if ("MarkAsCompleted".equals(cmd))
3779 10 Mar 16 nicklas 314       {
6336 16 Jun 21 nicklas 315         dc = sc.newDbControl(":YellowLabel reporting");
3787 17 Mar 16 nicklas 316         ReggieRole.checkPermission(dc, "'" + cmd + "' wizard", ReggieRole.PATIENT_CURATOR, ReggieRole.ADMINISTRATOR);
3779 10 Mar 16 nicklas 317
3779 10 Mar 16 nicklas 318         JSONObject jsonReq = JsonUtil.parseRequest(req);
3787 17 Mar 16 nicklas 319         JSONArray jsonSpecimen = (JSONArray)jsonReq.get("specimen");
3824 04 Apr 16 nicklas 320         JSONObject jsonOptions = (JSONObject)jsonReq.get("options");
3779 10 Mar 16 nicklas 321         
3824 04 Apr 16 nicklas 322         Date completedDate = Reggie.CONVERTER_STRING_TO_DATE.convert((String)jsonOptions.get("completedDate"));
4141 30 Sep 16 nicklas 323         Set<SharedItem> itemsToPublish = new HashSet<>();
3824 04 Apr 16 nicklas 324         
3787 17 Mar 16 nicklas 325         for (int spNo = 0; spNo < jsonSpecimen.size(); spNo++)
3779 10 Mar 16 nicklas 326         {
3787 17 Mar 16 nicklas 327           JSONObject jsonSp = (JSONObject)jsonSpecimen.get(spNo);
3787 17 Mar 16 nicklas 328           Number spId = (Number)jsonSp.get("id");
3779 10 Mar 16 nicklas 329           
3787 17 Mar 16 nicklas 330           Sample specimen = Sample.getById(dc, spId.intValue());
3824 04 Apr 16 nicklas 331           Annotationtype.COMPLETED_DATE.setAnnotationValue(dc, specimen, completedDate);
4141 30 Sep 16 nicklas 332           itemsToPublish.add(specimen);
3779 10 Mar 16 nicklas 333         }
3779 10 Mar 16 nicklas 334         
3824 04 Apr 16 nicklas 335         jsonMessages.add(jsonSpecimen.size() + " specimen marked as completed on " + Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING_WITH_SEPARATOR.convert(completedDate));
3779 10 Mar 16 nicklas 336         dc.commit();
4141 30 Sep 16 nicklas 337         
4141 30 Sep 16 nicklas 338         // Publish items to site
4141 30 Sep 16 nicklas 339         if (itemsToPublish.size() > 0)
4141 30 Sep 16 nicklas 340         {
6336 16 Jun 21 nicklas 341           dc = sc.newDbControl(dc.getName());
4141 30 Sep 16 nicklas 342           PluginExecutionRequest permissionChangeRequest = SetPermissionsForDeliveryPlugin.createExecutionRequest(dc, "YellowLabelServlet.MarkAsCompleted");
4141 30 Sep 16 nicklas 343           permissionChangeRequest.setParameterValue("items", itemsToPublish);
4141 30 Sep 16 nicklas 344           PluginResponse response = permissionChangeRequest.invoke();
4141 30 Sep 16 nicklas 345           if (response.getStatus() != Response.Status.DONE)
4141 30 Sep 16 nicklas 346           {
4141 30 Sep 16 nicklas 347             jsonMessages.add("[Warning]Could not set permissions for specimen/case/patient to site (see below)");
4141 30 Sep 16 nicklas 348             jsonMessages.add("[Warning]"+response.getMessage());
4141 30 Sep 16 nicklas 349           }
4141 30 Sep 16 nicklas 350           dc.close();
4141 30 Sep 16 nicklas 351         }
4141 30 Sep 16 nicklas 352
3779 10 Mar 16 nicklas 353       }
4028 26 Jul 16 nicklas 354       else if ("PublishForDelivery".equals(cmd))
4028 26 Jul 16 nicklas 355       {
6336 16 Jun 21 nicklas 356         dc = sc.newDbControl(":YellowLabel reporting");
3779 10 Mar 16 nicklas 357
4028 26 Jul 16 nicklas 358         ReggieRole.checkPermission(dc, "'" + cmd + "' wizard", ReggieRole.PATIENT_CURATOR, ReggieRole.ADMINISTRATOR);
4028 26 Jul 16 nicklas 359
4028 26 Jul 16 nicklas 360         JSONObject jsonReq = JsonUtil.parseRequest(req);
4028 26 Jul 16 nicklas 361         JSONArray jsonSpecimen = (JSONArray)jsonReq.get("specimen");
4028 26 Jul 16 nicklas 362         JSONArray jsonRaw = (JSONArray)jsonReq.get("rawBioAssays");
4028 26 Jul 16 nicklas 363         JSONObject jsonOptions = (JSONObject)jsonReq.get("options");
4028 26 Jul 16 nicklas 364
4028 26 Jul 16 nicklas 365         Date completedDate = Reggie.CONVERTER_STRING_TO_DATE.convert((String)jsonOptions.get("completedDate"));
4141 30 Sep 16 nicklas 366         Set<SharedItem> itemsToPublish = new HashSet<>();
4028 26 Jul 16 nicklas 367         for (int spNo = 0; spNo < jsonSpecimen.size(); spNo++)
4028 26 Jul 16 nicklas 368         {
4028 26 Jul 16 nicklas 369           JSONObject jsonSp = (JSONObject)jsonSpecimen.get(spNo);
4028 26 Jul 16 nicklas 370           Number spId = (Number)jsonSp.get("id");
4028 26 Jul 16 nicklas 371           
4028 26 Jul 16 nicklas 372           Sample specimen = Sample.getById(dc, spId.intValue());
4043 01 Aug 16 nicklas 373           Annotationtype.COMPLETED_DATE.setAnnotationValue(dc, specimen, completedDate);
4141 30 Sep 16 nicklas 374           itemsToPublish.add(specimen);
4028 26 Jul 16 nicklas 375         }
4028 26 Jul 16 nicklas 376
4028 26 Jul 16 nicklas 377         List<RawBioAssay> rawBioAssays = new ArrayList<RawBioAssay>();
4028 26 Jul 16 nicklas 378         for (int rawNo = 0; rawNo < jsonRaw.size(); rawNo++)
4028 26 Jul 16 nicklas 379         {
4028 26 Jul 16 nicklas 380           JSONObject jsonR = (JSONObject)jsonRaw.get(rawNo);
4028 26 Jul 16 nicklas 381           Number rawId = (Number)jsonR.get("id");
4028 26 Jul 16 nicklas 382           
4028 26 Jul 16 nicklas 383           RawBioAssay raw = RawBioAssay.getById(dc, rawId.intValue());
4028 26 Jul 16 nicklas 384           rawBioAssays.add(raw);
4028 26 Jul 16 nicklas 385         }
4028 26 Jul 16 nicklas 386         
4141 30 Sep 16 nicklas 387         Directory deliveryRootDir = Directory.getNew(dc, new Path(Reggie.DELIVERY_DIR, Path.Type.DIRECTORY));
4141 30 Sep 16 nicklas 388         DeliveryServlet.CombineForDelivery pdf2File = new DeliveryServlet.CombineForDelivery(dc, deliveryRootDir, PdfReportTemplate.PILOT_REPORT);
4028 26 Jul 16 nicklas 389         
4028 26 Jul 16 nicklas 390         GeneReportsCombinerPlugin.PdfReportCombiner combiner = 
4028 26 Jul 16 nicklas 391           new GeneReportsCombinerPlugin.PdfReportCombiner(PdfReportTemplate.PILOT_REPORT, pdf2File);
4028 26 Jul 16 nicklas 392         combiner.setIncludePersonalInformation(true);
4028 26 Jul 16 nicklas 393         combiner.combineReports(dc, rawBioAssays, null, null);
4034 29 Jul 16 nicklas 394         pdf2File.close();
4034 29 Jul 16 nicklas 395         dc.commit();
4028 26 Jul 16 nicklas 396
4034 29 Jul 16 nicklas 397         jsonMessages.add(jsonSpecimen.size() + " specimen marked as completed on " + Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING_WITH_SEPARATOR.convert(completedDate));
4034 29 Jul 16 nicklas 398
4034 29 Jul 16 nicklas 399         // Publish items to site
4141 30 Sep 16 nicklas 400         if (itemsToPublish.size() > 0 || pdf2File.numberOfItemsToPublish() > 0)
4034 29 Jul 16 nicklas 401         {
4141 30 Sep 16 nicklas 402           itemsToPublish.addAll(pdf2File.getItemsToPublish());
6336 16 Jun 21 nicklas 403           dc = sc.newDbControl(dc.getName());
4141 30 Sep 16 nicklas 404           PluginExecutionRequest permissionChangeRequest = SetPermissionsForDeliveryPlugin.createExecutionRequest(dc, "YellowLabelServlet.PublishForDelivery");
4141 30 Sep 16 nicklas 405           permissionChangeRequest.setParameterValue("items", itemsToPublish);
4034 29 Jul 16 nicklas 406           PluginResponse response = permissionChangeRequest.invoke();
4034 29 Jul 16 nicklas 407           if (response.getStatus() != Response.Status.DONE)
4034 29 Jul 16 nicklas 408           {
4034 29 Jul 16 nicklas 409             jsonMessages.add("[Warning]The reports may not have been published correctly (see below)!");
4034 29 Jul 16 nicklas 410             jsonMessages.add("[Warning]"+response.getMessage());
4034 29 Jul 16 nicklas 411           }
4034 29 Jul 16 nicklas 412           else
4034 29 Jul 16 nicklas 413           {
4034 29 Jul 16 nicklas 414             jsonMessages.add(rawBioAssays.size() + " reports has been published");
4034 29 Jul 16 nicklas 415           }
4034 29 Jul 16 nicklas 416           dc.close();
4034 29 Jul 16 nicklas 417         }
4034 29 Jul 16 nicklas 418         
4028 26 Jul 16 nicklas 419       }
4028 26 Jul 16 nicklas 420
3779 10 Mar 16 nicklas 421       json.put("messages", jsonMessages);
3779 10 Mar 16 nicklas 422       CounterService.getInstance().setForceCount();
3779 10 Mar 16 nicklas 423     }
3779 10 Mar 16 nicklas 424     catch (Throwable t)
3779 10 Mar 16 nicklas 425     {
3779 10 Mar 16 nicklas 426       t.printStackTrace();
3779 10 Mar 16 nicklas 427       json.clear();
3779 10 Mar 16 nicklas 428       json.put("status", "error");
3779 10 Mar 16 nicklas 429       json.put("message", t.getMessage());
3779 10 Mar 16 nicklas 430       json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
3779 10 Mar 16 nicklas 431     }
3779 10 Mar 16 nicklas 432     finally
3779 10 Mar 16 nicklas 433     {
3779 10 Mar 16 nicklas 434       if (dc != null) dc.close();
3779 10 Mar 16 nicklas 435       json.writeJSONString(resp.getWriter());
3779 10 Mar 16 nicklas 436     }
3779 10 Mar 16 nicklas 437   }
3814 23 Mar 16 nicklas 438
3814 23 Mar 16 nicklas 439   /**
3814 23 Mar 16 nicklas 440     Generate a filter restriction for the given completed date.
3814 23 Mar 16 nicklas 441     * If not date is given, the restriction return items without a 
3814 23 Mar 16 nicklas 442       completed date or with a completed date within the last 2 days
3814 23 Mar 16 nicklas 443     * Only the operators > and < are supported
3814 23 Mar 16 nicklas 444     * The filter may be for a year only or for a year+month only
3814 23 Mar 16 nicklas 445   */
3814 23 Mar 16 nicklas 446   private Restriction getCompletedDateRestriction(String completedDateFilter)
3814 23 Mar 16 nicklas 447   {
3814 23 Mar 16 nicklas 448     Restriction r = null;
3814 23 Mar 16 nicklas 449     if (completedDateFilter != null)
3814 23 Mar 16 nicklas 450     {
3814 23 Mar 16 nicklas 451       try
3814 23 Mar 16 nicklas 452       {
3814 23 Mar 16 nicklas 453         Operator op = Operator.EQ;
3814 23 Mar 16 nicklas 454         String lastDateFilter = completedDateFilter;
3814 23 Mar 16 nicklas 455         if (completedDateFilter.startsWith(">")) 
3814 23 Mar 16 nicklas 456         {
3814 23 Mar 16 nicklas 457           // Later than given date
3814 23 Mar 16 nicklas 458           completedDateFilter = completedDateFilter.substring(1);
3814 23 Mar 16 nicklas 459           op = Operator.GTEQ;
3814 23 Mar 16 nicklas 460           // Fill in month and day if needed
3814 23 Mar 16 nicklas 461           if (completedDateFilter.length() == 4) completedDateFilter += "0101";
3814 23 Mar 16 nicklas 462           if (completedDateFilter.length() == 6) completedDateFilter += "01";
3814 23 Mar 16 nicklas 463         }
3814 23 Mar 16 nicklas 464         else if (completedDateFilter.startsWith("<"))
3814 23 Mar 16 nicklas 465         {
3814 23 Mar 16 nicklas 466           // Before given date
3814 23 Mar 16 nicklas 467           completedDateFilter = completedDateFilter.substring(1);
3814 23 Mar 16 nicklas 468           op = Operator.LTEQ;
3814 23 Mar 16 nicklas 469           // Fill in month and day if needed
3814 23 Mar 16 nicklas 470           if (completedDateFilter.length() == 4) completedDateFilter += "0101";
3814 23 Mar 16 nicklas 471           if (completedDateFilter.length() == 6) completedDateFilter += "01";
3814 23 Mar 16 nicklas 472         }
3814 23 Mar 16 nicklas 473         else
3814 23 Mar 16 nicklas 474         {
3814 23 Mar 16 nicklas 475           if (completedDateFilter.length() == 4)
3814 23 Mar 16 nicklas 476           {
3814 23 Mar 16 nicklas 477             // Only year is given, we check dates between 01/01 and 12/31
3814 23 Mar 16 nicklas 478             op = Operator.BETWEEN;
3814 23 Mar 16 nicklas 479             completedDateFilter += "0101";
3814 23 Mar 16 nicklas 480             lastDateFilter += "1231";
3814 23 Mar 16 nicklas 481           }
3814 23 Mar 16 nicklas 482           else if (completedDateFilter.length() == 6) 
3814 23 Mar 16 nicklas 483           {
3814 23 Mar 16 nicklas 484             // Only year+month is given, we check dates between 01 and 31
3814 23 Mar 16 nicklas 485             op = Operator.BETWEEN;
3814 23 Mar 16 nicklas 486             completedDateFilter += "01";
3814 23 Mar 16 nicklas 487             lastDateFilter += "31";
3814 23 Mar 16 nicklas 488           }
3814 23 Mar 16 nicklas 489         }
3814 23 Mar 16 nicklas 490         Date completedDate = Reggie.CONVERTER_STRING_TO_DATE.convert(completedDateFilter);
3814 23 Mar 16 nicklas 491         if (op == Operator.BETWEEN)
3814 23 Mar 16 nicklas 492         {
3814 23 Mar 16 nicklas 493           Date lastDate = Reggie.CONVERTER_STRING_TO_DATE.convert(lastDateFilter);
3814 23 Mar 16 nicklas 494           r = op.getRestriction(Hql.alias("cd"), new Expression[] { Expressions.parameter("completed", completedDate, Type.DATE), Expressions.parameter("lastCompleted", lastDate, Type.DATE)});
3814 23 Mar 16 nicklas 495         }
3814 23 Mar 16 nicklas 496         else
3814 23 Mar 16 nicklas 497         {
3814 23 Mar 16 nicklas 498           r = op.getRestriction(Hql.alias("cd"), Expressions.parameter("completed", completedDate, Type.DATE));
3814 23 Mar 16 nicklas 499         }
3814 23 Mar 16 nicklas 500       }
3814 23 Mar 16 nicklas 501       catch (RuntimeException ex)
3814 23 Mar 16 nicklas 502       {} // Ignore the filter
3814 23 Mar 16 nicklas 503     }
3814 23 Mar 16 nicklas 504     if (r == null)
3814 23 Mar 16 nicklas 505     {
3814 23 Mar 16 nicklas 506       // Default filter: not completed or completed with last two days
3814 23 Mar 16 nicklas 507       long twoDaysAgo = System.currentTimeMillis()-48*3600*1000;
3814 23 Mar 16 nicklas 508       r = Restrictions.or(
3814 23 Mar 16 nicklas 509           Restrictions.eq(Hql.alias("cd"), null),
3814 23 Mar 16 nicklas 510           Restrictions.gteq(Hql.alias("cd"), Expressions.parameter("twoDaysAgo", new Date(twoDaysAgo),  Type.DATE))
3814 23 Mar 16 nicklas 511       );
3814 23 Mar 16 nicklas 512     }
3814 23 Mar 16 nicklas 513     return r;
3814 23 Mar 16 nicklas 514   }
3779 10 Mar 16 nicklas 515   
3780 10 Mar 16 nicklas 516   public static Rna findLatestRnaForSpecimen(DbControl dc, String name)
3780 10 Mar 16 nicklas 517   {
3780 10 Mar 16 nicklas 518     ItemQuery<Extract> rnaQuery = Extract.getQuery();
3780 10 Mar 16 nicklas 519     Subtype.RNA.addFilter(dc, rnaQuery);
3780 10 Mar 16 nicklas 520     rnaQuery.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
3780 10 Mar 16 nicklas 521     rnaQuery.restrict(Restrictions.like(Hql.property("name"), Expressions.parameter("name", name+".%", Type.STRING)));
3780 10 Mar 16 nicklas 522     rnaQuery.order(Orders.desc(Hql.property("creationEvent.eventDate")));
3780 10 Mar 16 nicklas 523     Iterator<Extract> it = rnaQuery.iterate(dc);
3780 10 Mar 16 nicklas 524     return it.hasNext() ? Rna.get(it.next()) : null;
3780 10 Mar 16 nicklas 525   }
3779 10 Mar 16 nicklas 526   
3780 10 Mar 16 nicklas 527   public static Library findLatestLibraryForSpecimen(DbControl dc, String name)
3780 10 Mar 16 nicklas 528   {
3869 22 Apr 16 nicklas 529     ItemQuery<Extract> libQuery = Extract.getQuery();
3869 22 Apr 16 nicklas 530     Subtype.LIBRARY.addFilter(dc, libQuery);
3869 22 Apr 16 nicklas 531     libQuery.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
3869 22 Apr 16 nicklas 532     libQuery.restrict(Restrictions.like(Hql.property("name"), Expressions.parameter("name", name+".%", Type.STRING)));
3869 22 Apr 16 nicklas 533     libQuery.restrict(Restrictions.neq(Hql.property("bioWell"), null));
3869 22 Apr 16 nicklas 534     libQuery.order(Orders.desc(Hql.property("creationEvent.eventDate")));
3869 22 Apr 16 nicklas 535     Iterator<Extract> it = libQuery.iterate(dc);
3780 10 Mar 16 nicklas 536     return it.hasNext() ? Library.get(it.next()) : null;
3780 10 Mar 16 nicklas 537   }
3780 10 Mar 16 nicklas 538   
4667 01 Feb 18 nicklas 539   public static Rawbioassay findLatestRawBioAssayForLibrary(DbControl dc, Library lib, Rawdatatype rawDataType)
3782 11 Mar 16 nicklas 540   {
3782 11 Mar 16 nicklas 541     ItemQuery<RawBioAssay> rawQuery = RawBioAssay.getQuery();
3782 11 Mar 16 nicklas 542     rawQuery.setIncludes(Reggie.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
4665 31 Jan 18 nicklas 543     if (rawDataType != null)
4665 31 Jan 18 nicklas 544     {
4667 01 Feb 18 nicklas 545       rawDataType.addFilter(dc, rawQuery);
4665 31 Jan 18 nicklas 546     }
3782 11 Mar 16 nicklas 547     rawQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentExtract"), Hql.entity(lib.getExtract())));
3782 11 Mar 16 nicklas 548     rawQuery.order(Orders.desc(Hql.property("entryDate")));
3782 11 Mar 16 nicklas 549     Iterator<RawBioAssay> it = rawQuery.iterate(dc);
3782 11 Mar 16 nicklas 550     return it.hasNext() ? Rawbioassay.get(it.next()) : null;
3782 11 Mar 16 nicklas 551   }
3782 11 Mar 16 nicklas 552
3779 10 Mar 16 nicklas 553 }

Generated on Tue Nov 21 03:35:43 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)