extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/ssp/SspModelResult.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5668 15 Oct 19 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.ssp;
5668 15 Oct 19 nicklas 2
5668 15 Oct 19 nicklas 3 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rawbioassay;
5668 15 Oct 19 nicklas 4
5668 15 Oct 19 nicklas 5 /**
5668 15 Oct 19 nicklas 6   Holds the result for a specified model applied to a raw bioassay.
5668 15 Oct 19 nicklas 7   @since 4.24
5668 15 Oct 19 nicklas 8 */
5668 15 Oct 19 nicklas 9 public class SspModelResult 
5668 15 Oct 19 nicklas 10 {
5668 15 Oct 19 nicklas 11   
5668 15 Oct 19 nicklas 12   private final Rawbioassay raw;
5668 15 Oct 19 nicklas 13   private final SspModel model;
5668 15 Oct 19 nicklas 14   private final String result;
5668 15 Oct 19 nicklas 15   
5937 15 May 20 nicklas 16   private final String resultClass;
5937 15 May 20 nicklas 17   private final String allScores;
5937 15 May 20 nicklas 18   //private final Map<String, Float> scores;
5937 15 May 20 nicklas 19   
5668 15 Oct 19 nicklas 20   public SspModelResult(Rawbioassay raw, SspModel model, String result)
5668 15 Oct 19 nicklas 21   {
5668 15 Oct 19 nicklas 22     this.raw = raw;
5668 15 Oct 19 nicklas 23     this.model = model;
5668 15 Oct 19 nicklas 24     this.result = result;
5937 15 May 20 nicklas 25     
5937 15 May 20 nicklas 26     String[] tmp = result.split("\\;", 2);
5937 15 May 20 nicklas 27     this.resultClass = tmp[0];
5937 15 May 20 nicklas 28     this.allScores = tmp[1].strip();
5937 15 May 20 nicklas 29     /*
5937 15 May 20 nicklas 30     TODO -- extract indivudual scores ?? 
5937 15 May 20 nicklas 31     tmp = allScores.split("\\;");
5937 15 May 20 nicklas 32     this.scores = new TreeMap<String, Float>();
5937 15 May 20 nicklas 33     for (String t : tmp)
5937 15 May 20 nicklas 34     {
5937 15 May 20 nicklas 35       String[] s = t.split("\\=");
5937 15 May 20 nicklas 36       scores.put(s[0], Float.parseFloat(s[1]));
5937 15 May 20 nicklas 37     }
5937 15 May 20 nicklas 38     */
5668 15 Oct 19 nicklas 39   }
5668 15 Oct 19 nicklas 40   
5668 15 Oct 19 nicklas 41   public Rawbioassay getRawbioassay()
5668 15 Oct 19 nicklas 42   {
5668 15 Oct 19 nicklas 43     return raw;
5668 15 Oct 19 nicklas 44   }
5668 15 Oct 19 nicklas 45   
5668 15 Oct 19 nicklas 46   public SspModel getModel()
5668 15 Oct 19 nicklas 47   {
5668 15 Oct 19 nicklas 48     return model;
5668 15 Oct 19 nicklas 49   }
5668 15 Oct 19 nicklas 50   
5668 15 Oct 19 nicklas 51   public String getResult()
5668 15 Oct 19 nicklas 52   {
5668 15 Oct 19 nicklas 53     return result;
5668 15 Oct 19 nicklas 54   }
5668 15 Oct 19 nicklas 55   
5937 15 May 20 nicklas 56   public String getResultClass()
5937 15 May 20 nicklas 57   {
5937 15 May 20 nicklas 58     return resultClass;
5937 15 May 20 nicklas 59   }
5937 15 May 20 nicklas 60   
5937 15 May 20 nicklas 61   public String getAllScores()
5937 15 May 20 nicklas 62   {
5937 15 May 20 nicklas 63     return allScores;
5937 15 May 20 nicklas 64   }
5937 15 May 20 nicklas 65   /*
5937 15 May 20 nicklas 66   public Set<String> getClasses()
5937 15 May 20 nicklas 67   {
5937 15 May 20 nicklas 68     return Collections.unmodifiableSet(scores.keySet());
5937 15 May 20 nicklas 69   }
5937 15 May 20 nicklas 70   
5937 15 May 20 nicklas 71   public Float getScore(String className)
5937 15 May 20 nicklas 72   {
5937 15 May 20 nicklas 73     return scores.get(className);
5937 15 May 20 nicklas 74   }
5937 15 May 20 nicklas 75   */
5668 15 Oct 19 nicklas 76 }

Generated on Tue Nov 21 03:35:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)