extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/vcf/FormatFactory.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4620 16 Nov 17 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.vcf;
4620 16 Nov 17 nicklas 2
4620 16 Nov 17 nicklas 3 import java.util.HashMap;
4620 16 Nov 17 nicklas 4 import java.util.Map;
4620 16 Nov 17 nicklas 5
4620 16 Nov 17 nicklas 6 import net.sf.basedb.util.Values;
4620 16 Nov 17 nicklas 7
4620 16 Nov 17 nicklas 8
4620 16 Nov 17 nicklas 9 /**
4620 16 Nov 17 nicklas 10   A helper class for extracting information from the
4620 16 Nov 17 nicklas 11   sample column with a known given FORMAT value.
4620 16 Nov 17 nicklas 12   We provide support for the following FORMAT properties:
4620 16 Nov 17 nicklas 13   
4620 16 Nov 17 nicklas 14   GT, DP, GQ, AD
4620 16 Nov 17 nicklas 15   
4620 16 Nov 17 nicklas 16   @author nicklas
4620 16 Nov 17 nicklas 17   @since 4.13
4620 16 Nov 17 nicklas 18 */
4620 16 Nov 17 nicklas 19 public class FormatFactory 
4620 16 Nov 17 nicklas 20 {
4620 16 Nov 17 nicklas 21   
4620 16 Nov 17 nicklas 22   private final Map<String, Format> formats;
4620 16 Nov 17 nicklas 23   
4620 16 Nov 17 nicklas 24   /**
4620 16 Nov 17 nicklas 25     Create a new format factory instance.
4620 16 Nov 17 nicklas 26     Use the {@link #getFormat(String)} method to
4620 16 Nov 17 nicklas 27     get actual format instances.
4620 16 Nov 17 nicklas 28   */
4620 16 Nov 17 nicklas 29   public FormatFactory()
4620 16 Nov 17 nicklas 30   {
4620 16 Nov 17 nicklas 31     this.formats = new HashMap<>();
4620 16 Nov 17 nicklas 32   }
4620 16 Nov 17 nicklas 33   
4620 16 Nov 17 nicklas 34   /**
4620 16 Nov 17 nicklas 35     Get a Format instance for the given format.
4620 16 Nov 17 nicklas 36     If an existing format exists it is re-used,
4620 16 Nov 17 nicklas 37     otherwise a new instance is created.
4620 16 Nov 17 nicklas 38     @param format A string with colon-separated format codes
4620 16 Nov 17 nicklas 39   */
6455 25 Oct 21 nicklas 40   public Format getFormat(String format, boolean swapRefAlt)
4620 16 Nov 17 nicklas 41   {
6455 25 Oct 21 nicklas 42     Format f = formats.get(format+":"+swapRefAlt);
4620 16 Nov 17 nicklas 43     if (f == null)
4620 16 Nov 17 nicklas 44     {
6455 25 Oct 21 nicklas 45       f = new Format(format, swapRefAlt);
6455 25 Oct 21 nicklas 46       formats.put(format+":"+swapRefAlt, f);
4620 16 Nov 17 nicklas 47     }
4620 16 Nov 17 nicklas 48     return f;
4620 16 Nov 17 nicklas 49   }
4620 16 Nov 17 nicklas 50   
4620 16 Nov 17 nicklas 51   public static class Format
4620 16 Nov 17 nicklas 52   {
4620 16 Nov 17 nicklas 53     // Number of data columns
6455 25 Oct 21 nicklas 54     private boolean swapRefAlt;
4620 16 Nov 17 nicklas 55     private int size;
4620 16 Nov 17 nicklas 56     // Column indexes
6450 21 Oct 21 nicklas 57     private int idxGT = -1;
7414 10 Nov 23 nicklas 58     private int idxPS = -1;
6450 21 Oct 21 nicklas 59     private int idxDP = -1;
6450 21 Oct 21 nicklas 60     private int idxGQ = -1;
6450 21 Oct 21 nicklas 61     private int idxAD = -1;
6450 21 Oct 21 nicklas 62     private int idxBAF = -1;
4620 16 Nov 17 nicklas 63     
6455 25 Oct 21 nicklas 64     Format(String format, boolean swapRefAlt)
4620 16 Nov 17 nicklas 65     {
6455 25 Oct 21 nicklas 66       this.swapRefAlt = swapRefAlt;
4620 16 Nov 17 nicklas 67       String[] tmp = format.split(":");
6455 25 Oct 21 nicklas 68       this.size = tmp.length;
4620 16 Nov 17 nicklas 69       
4620 16 Nov 17 nicklas 70       for (int i = 0; i < tmp.length; i++)
4620 16 Nov 17 nicklas 71       {
4620 16 Nov 17 nicklas 72         String fmt = tmp[i];
4620 16 Nov 17 nicklas 73         if ("GT".equals(fmt))
4620 16 Nov 17 nicklas 74         {
4620 16 Nov 17 nicklas 75           idxGT = i;
4620 16 Nov 17 nicklas 76         }
4620 16 Nov 17 nicklas 77         else if ("DP".equals(fmt))
4620 16 Nov 17 nicklas 78         {
4620 16 Nov 17 nicklas 79           idxDP = i;
4620 16 Nov 17 nicklas 80         }
4620 16 Nov 17 nicklas 81         else if ("GQ".equals(fmt))
4620 16 Nov 17 nicklas 82         {
4620 16 Nov 17 nicklas 83           idxGQ = i;
4620 16 Nov 17 nicklas 84         }
4620 16 Nov 17 nicklas 85         else if ("AD".equals(fmt))
4620 16 Nov 17 nicklas 86         {
4620 16 Nov 17 nicklas 87           idxAD = i;
4620 16 Nov 17 nicklas 88         }
6450 21 Oct 21 nicklas 89         else if ("BAF".equals(fmt))
6450 21 Oct 21 nicklas 90         {
6450 21 Oct 21 nicklas 91           idxBAF = i;
6450 21 Oct 21 nicklas 92         }
7414 10 Nov 23 nicklas 93         else if ("PS".equals(fmt))
7414 10 Nov 23 nicklas 94         {
7414 10 Nov 23 nicklas 95           idxPS = i;
7414 10 Nov 23 nicklas 96         }
4620 16 Nov 17 nicklas 97       }
4620 16 Nov 17 nicklas 98     }
4620 16 Nov 17 nicklas 99     
4620 16 Nov 17 nicklas 100     /**
4620 16 Nov 17 nicklas 101       Extracts data from the 'data' string to
4620 16 Nov 17 nicklas 102       the 'GtData' instance.
4620 16 Nov 17 nicklas 103       @returns The 'gt' instance
4620 16 Nov 17 nicklas 104     */
4620 16 Nov 17 nicklas 105     public GtData extractTo(String data, GtData gt)
4620 16 Nov 17 nicklas 106     {
4620 16 Nov 17 nicklas 107       if (data != null)
4620 16 Nov 17 nicklas 108       {
4620 16 Nov 17 nicklas 109         String[] tmp = data.split(":");
4620 16 Nov 17 nicklas 110         if (tmp.length == size) 
4620 16 Nov 17 nicklas 111         {
6455 25 Oct 21 nicklas 112           gt.setGT(idxGT == -1 ? "./." : swapRefAlt ? swapGT(tmp[idxGT]) : tmp[idxGT]);
7414 10 Nov 23 nicklas 113           gt.setPS(idxPS == -1 ? -1 : Values.getInt(tmp[idxPS]));
6450 21 Oct 21 nicklas 114           gt.setDP(idxDP == -1 ? -1 : Values.getInt(tmp[idxDP]));
6513 07 Dec 21 nicklas 115           gt.setGQ(idxGQ == -1 ? Float.NaN : Values.getFloat(tmp[idxGQ]));
6455 25 Oct 21 nicklas 116           gt.setAD(idxAD == -1 ? "" : swapRefAlt ? swapAD(tmp[idxAD]) : tmp[idxAD]);
6455 25 Oct 21 nicklas 117           gt.setAF(idxBAF == -1 ? Float.NaN : swapRefAlt ? 1-Values.getFloat(tmp[idxBAF]) : Values.getFloat(tmp[idxBAF]));
4620 16 Nov 17 nicklas 118         }
4620 16 Nov 17 nicklas 119       }
4620 16 Nov 17 nicklas 120       return gt;
4620 16 Nov 17 nicklas 121     }
4620 16 Nov 17 nicklas 122     
6455 25 Oct 21 nicklas 123     private String swapGT(String val)
6455 25 Oct 21 nicklas 124     {
6455 25 Oct 21 nicklas 125       if ("0/0".equals(val)) 
6455 25 Oct 21 nicklas 126       {
6455 25 Oct 21 nicklas 127         val = "1/1";
6455 25 Oct 21 nicklas 128       }
6455 25 Oct 21 nicklas 129       else if ("1/1".equals(val))
6455 25 Oct 21 nicklas 130       {
6455 25 Oct 21 nicklas 131         val = "0/0";
6455 25 Oct 21 nicklas 132       }
6455 25 Oct 21 nicklas 133       return val;
6455 25 Oct 21 nicklas 134     }
6455 25 Oct 21 nicklas 135     
6455 25 Oct 21 nicklas 136     private String swapAD(String val)
6455 25 Oct 21 nicklas 137     {
6455 25 Oct 21 nicklas 138       int i = val.indexOf(',');
6455 25 Oct 21 nicklas 139       return val.substring(i+1)+','+val.substring(0, i);
6455 25 Oct 21 nicklas 140     }
4620 16 Nov 17 nicklas 141   }
4620 16 Nov 17 nicklas 142 }

Generated on Tue Nov 21 03:35:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)