extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/vcf/PassFilterFilter.java

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7413 10 Nov 23 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.vcf;
7413 10 Nov 23 nicklas 2
7413 10 Nov 23 nicklas 3 /**
7413 10 Nov 23 nicklas 4   Filter implementation for VCF files that passes SNPs with
7413 10 Nov 23 nicklas 5   "PASS" in the filter columns.
7413 10 Nov 23 nicklas 6   
7413 10 Nov 23 nicklas 7   TODO -- It should be easy to implement other filtering options in the future
7413 10 Nov 23 nicklas 8   @author nicklas
7413 10 Nov 23 nicklas 9   @since 4.50
7413 10 Nov 23 nicklas 10 */
7413 10 Nov 23 nicklas 11 public class PassFilterFilter 
7413 10 Nov 23 nicklas 12   implements VcfDataFilter
7413 10 Nov 23 nicklas 13 {
7413 10 Nov 23 nicklas 14   public PassFilterFilter()
7413 10 Nov 23 nicklas 15   {}
7413 10 Nov 23 nicklas 16
7413 10 Nov 23 nicklas 17   @Override
7413 10 Nov 23 nicklas 18   public boolean acceptSnp(SnpData snp) 
7413 10 Nov 23 nicklas 19   {
7413 10 Nov 23 nicklas 20     return "PASS".equals(snp.getFilter());
7413 10 Nov 23 nicklas 21   }
7413 10 Nov 23 nicklas 22   
7413 10 Nov 23 nicklas 23 }

Generated on Tue Nov 21 03:35:54 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)