extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/vcf/SpecimenData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4646 14 Dec 17 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.vcf;
4646 14 Dec 17 nicklas 2
4794 07 May 18 nicklas 3 import org.json.simple.JSONObject;
4794 07 May 18 nicklas 4
6588 18 Feb 22 nicklas 5 import net.sf.basedb.core.BioMaterial;
4646 14 Dec 17 nicklas 6 import net.sf.basedb.core.Sample;
4646 14 Dec 17 nicklas 7
4646 14 Dec 17 nicklas 8 /**
4646 14 Dec 17 nicklas 9   Holds information about a specimen and the
4646 14 Dec 17 nicklas 10   patient it belongs to.
4646 14 Dec 17 nicklas 11
4646 14 Dec 17 nicklas 12   @author nicklas
4646 14 Dec 17 nicklas 13   @since 4.14
4646 14 Dec 17 nicklas 14 */
4646 14 Dec 17 nicklas 15 public class SpecimenData 
4646 14 Dec 17 nicklas 16 {
4646 14 Dec 17 nicklas 17
6588 18 Feb 22 nicklas 18   
6588 18 Feb 22 nicklas 19   private final SpecimenType type;
6588 18 Feb 22 nicklas 20   
4646 14 Dec 17 nicklas 21   private final int specimenId;
4646 14 Dec 17 nicklas 22   private final String specimenName;
4646 14 Dec 17 nicklas 23   
4646 14 Dec 17 nicklas 24   private final int caseId;
6451 22 Oct 21 nicklas 25   private final String caseName;
4646 14 Dec 17 nicklas 26   
4646 14 Dec 17 nicklas 27   private final int patId;
4646 14 Dec 17 nicklas 28   private final String patName;
4646 14 Dec 17 nicklas 29   
6588 18 Feb 22 nicklas 30   public SpecimenData(SpecimenType type, Sample specimen)
4646 14 Dec 17 nicklas 31   {
6588 18 Feb 22 nicklas 32     this.type = type;
4646 14 Dec 17 nicklas 33     this.specimenId = specimen.getId();
4646 14 Dec 17 nicklas 34     this.specimenName = specimen.getName();
4646 14 Dec 17 nicklas 35     
6588 18 Feb 22 nicklas 36     BioMaterial parent = specimen.getParent();
6588 18 Feb 22 nicklas 37     if (type == SpecimenType.SPECIMEN)
6588 18 Feb 22 nicklas 38     {
6588 18 Feb 22 nicklas 39       this.caseId = parent.getId();
6588 18 Feb 22 nicklas 40       this.caseName = parent.getName();
6588 18 Feb 22 nicklas 41       parent = ((Sample)parent).getParent();
6588 18 Feb 22 nicklas 42     }
6588 18 Feb 22 nicklas 43     else
6588 18 Feb 22 nicklas 44     {
6588 18 Feb 22 nicklas 45       this.caseId = 0;
6588 18 Feb 22 nicklas 46       this.caseName = null;
6588 18 Feb 22 nicklas 47     }
6588 18 Feb 22 nicklas 48     this.patId = parent.getId();
6588 18 Feb 22 nicklas 49     this.patName = parent.getName();
4646 14 Dec 17 nicklas 50   }
4646 14 Dec 17 nicklas 51   
6588 18 Feb 22 nicklas 52   /**
6595 22 Feb 22 nicklas 53     Get the specimen type.
6595 22 Feb 22 nicklas 54     @since 4.37
6595 22 Feb 22 nicklas 55   */
6595 22 Feb 22 nicklas 56   public SpecimenType getSpecimenType()
6595 22 Feb 22 nicklas 57   {
6595 22 Feb 22 nicklas 58     return type;
6595 22 Feb 22 nicklas 59   }
6595 22 Feb 22 nicklas 60   
6595 22 Feb 22 nicklas 61   /**
6588 18 Feb 22 nicklas 62     Get the name of the specimen.
6588 18 Feb 22 nicklas 63   */
4646 14 Dec 17 nicklas 64   public String getSpecimenName()
4646 14 Dec 17 nicklas 65   {
4646 14 Dec 17 nicklas 66     return specimenName;
4646 14 Dec 17 nicklas 67   }
4646 14 Dec 17 nicklas 68   
6588 18 Feb 22 nicklas 69   /**
6588 18 Feb 22 nicklas 70     Get the name of the patient.
6588 18 Feb 22 nicklas 71   */
4646 14 Dec 17 nicklas 72   public String getPatientName()
4646 14 Dec 17 nicklas 73   {
4646 14 Dec 17 nicklas 74     return patName;
4646 14 Dec 17 nicklas 75   }
4646 14 Dec 17 nicklas 76   
6588 18 Feb 22 nicklas 77   /**
6588 18 Feb 22 nicklas 78     Get the id of the patient.
6588 18 Feb 22 nicklas 79   */
6451 22 Oct 21 nicklas 80   public int getPatientId()
6451 22 Oct 21 nicklas 81   {
6451 22 Oct 21 nicklas 82     return patId;
6451 22 Oct 21 nicklas 83   }
6451 22 Oct 21 nicklas 84   
4646 14 Dec 17 nicklas 85   /**
4646 14 Dec 17 nicklas 86     Is this specimen from the same patient as the
4646 14 Dec 17 nicklas 87     other specimen?
4646 14 Dec 17 nicklas 88   */
4646 14 Dec 17 nicklas 89   public boolean hasSamePatient(SpecimenData other)
4646 14 Dec 17 nicklas 90   {
4646 14 Dec 17 nicklas 91     return this.patId == other.patId;
4646 14 Dec 17 nicklas 92   }
4646 14 Dec 17 nicklas 93   
4712 22 Mar 18 nicklas 94   /**
4712 22 Mar 18 nicklas 95     Is this specimen the same as the other specimen?
4712 22 Mar 18 nicklas 96     @since 4.16
4712 22 Mar 18 nicklas 97   */
4712 22 Mar 18 nicklas 98   public boolean hasSameSpecimen(SpecimenData other)
4712 22 Mar 18 nicklas 99   {
4712 22 Mar 18 nicklas 100     return this.specimenId == other.specimenId;
4712 22 Mar 18 nicklas 101   }
4712 22 Mar 18 nicklas 102
4794 07 May 18 nicklas 103   public JSONObject asJSONObject()
4794 07 May 18 nicklas 104   {
4794 07 May 18 nicklas 105     JSONObject json = new JSONObject();
4794 07 May 18 nicklas 106     json.put("id", specimenId);
4794 07 May 18 nicklas 107     json.put("name", specimenName);
6588 18 Feb 22 nicklas 108     json.put("type", type.name());
6451 22 Oct 21 nicklas 109     json.put("caseId", caseId);
6451 22 Oct 21 nicklas 110     json.put("caseName", caseName);
6451 22 Oct 21 nicklas 111     json.put("patientId", patId);
4794 07 May 18 nicklas 112     json.put("patientName", patName);
4794 07 May 18 nicklas 113     return json;
4794 07 May 18 nicklas 114   }
4794 07 May 18 nicklas 115
6588 18 Feb 22 nicklas 116   
6588 18 Feb 22 nicklas 117   public static enum SpecimenType
6588 18 Feb 22 nicklas 118   {
6588 18 Feb 22 nicklas 119     SPECIMEN, BLOOD;
6588 18 Feb 22 nicklas 120   }
4646 14 Dec 17 nicklas 121 }

Generated on Tue Nov 21 03:35:55 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)