extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/vcf/VariantCallingInfoFactory.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5730 18 Nov 19 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.vcf;
5730 18 Nov 19 nicklas 2
5730 18 Nov 19 nicklas 3 import java.util.Collection;
5730 18 Nov 19 nicklas 4 import java.util.HashMap;
5730 18 Nov 19 nicklas 5 import java.util.Map;
5730 18 Nov 19 nicklas 6 import java.util.regex.Matcher;
5730 18 Nov 19 nicklas 7 import java.util.regex.Pattern;
5730 18 Nov 19 nicklas 8
5730 18 Nov 19 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.Type;
5730 18 Nov 19 nicklas 10
5730 18 Nov 19 nicklas 11 /**
5730 18 Nov 19 nicklas 12   InfoFactory implementation that extract a pre-defined set of fields
5730 18 Nov 19 nicklas 13   and ignore all others. It recognises Integer, Float and Flag (=Boolean) 
5730 18 Nov 19 nicklas 14   types and will try to parse values to those types. All other values are
5730 18 Nov 19 nicklas 15   kept as strings. 
5730 18 Nov 19 nicklas 16   
5730 18 Nov 19 nicklas 17   The ANN field is treated specially and is extracted into sub-fields
5730 18 Nov 19 nicklas 18   from the Description fields. Values can be retreived by keys: ANN.<subkey>[index]
5730 18 Nov 19 nicklas 19   for example, ANN.Gene_Name[0]
5730 18 Nov 19 nicklas 20   
5730 18 Nov 19 nicklas 21   ANN# gives number of entries for the ANN field.
5730 18 Nov 19 nicklas 22 */
5730 18 Nov 19 nicklas 23 public class VariantCallingInfoFactory 
5730 18 Nov 19 nicklas 24   implements InfoFactory
5730 18 Nov 19 nicklas 25 {
5730 18 Nov 19 nicklas 26
5730 18 Nov 19 nicklas 27   private final Map<String, Type> keys;
5730 18 Nov 19 nicklas 28   private final Collection<String> annKeys;
5730 18 Nov 19 nicklas 29   
5730 18 Nov 19 nicklas 30   private final Pattern getType;
5730 18 Nov 19 nicklas 31   private final Pattern getAnnKeys;
5730 18 Nov 19 nicklas 32   private String[] annColumns;
5730 18 Nov 19 nicklas 33   
5730 18 Nov 19 nicklas 34   /**
5730 18 Nov 19 nicklas 35     Create a new factory that is extracting the given fields
5730 18 Nov 19 nicklas 36     @param keys All regular fields 
5730 18 Nov 19 nicklas 37     @param annKeys Sub-fields under the ANN key
5730 18 Nov 19 nicklas 38   */
5730 18 Nov 19 nicklas 39   public VariantCallingInfoFactory(Collection<String> keys, Collection<String> annKeys)
5730 18 Nov 19 nicklas 40   {
5730 18 Nov 19 nicklas 41     this.keys = new HashMap<String, Type>();
5730 18 Nov 19 nicklas 42     if (keys != null)
5730 18 Nov 19 nicklas 43     {
5730 18 Nov 19 nicklas 44       // Start by assuming all fields are Strings
5730 18 Nov 19 nicklas 45       for (String k : keys)
5730 18 Nov 19 nicklas 46       {
5730 18 Nov 19 nicklas 47         this.keys.put(k, Type.STRING);
5730 18 Nov 19 nicklas 48       }
5730 18 Nov 19 nicklas 49     }
5730 18 Nov 19 nicklas 50     this.annKeys = annKeys;
5730 18 Nov 19 nicklas 51     this.getType = Pattern.compile("Type=(\\w+)");
5730 18 Nov 19 nicklas 52     this.getAnnKeys = Pattern.compile("Description=.*\\'(.*)\\'");
5730 18 Nov 19 nicklas 53   }
5730 18 Nov 19 nicklas 54
5730 18 Nov 19 nicklas 55   @Override
5730 18 Nov 19 nicklas 56   public void addInfoHeader(String id, String data) 
5730 18 Nov 19 nicklas 57   {
5730 18 Nov 19 nicklas 58     if (keys.containsKey(id))
5730 18 Nov 19 nicklas 59     {
5730 18 Nov 19 nicklas 60       // Parse Type of predefined keys
5730 18 Nov 19 nicklas 61       Matcher m = getType.matcher(data);
5730 18 Nov 19 nicklas 62       if (m.find())
5730 18 Nov 19 nicklas 63       {
5730 18 Nov 19 nicklas 64         String type = m.group(1);
5730 18 Nov 19 nicklas 65         if ("Float".equals(type))
5730 18 Nov 19 nicklas 66         {
5730 18 Nov 19 nicklas 67           keys.put(id, Type.FLOAT);
5730 18 Nov 19 nicklas 68         }
5730 18 Nov 19 nicklas 69         else if ("Integer".equals(type))
5730 18 Nov 19 nicklas 70         {
5730 18 Nov 19 nicklas 71           keys.put(id, Type.INT);
5730 18 Nov 19 nicklas 72         }
5730 18 Nov 19 nicklas 73         else if ("Flag".equals(type))
5730 18 Nov 19 nicklas 74         {
5730 18 Nov 19 nicklas 75           keys.put(id, Type.BOOLEAN);
5730 18 Nov 19 nicklas 76         }
5730 18 Nov 19 nicklas 77       }
5730 18 Nov 19 nicklas 78     }
5730 18 Nov 19 nicklas 79
5730 18 Nov 19 nicklas 80     if ("ANN".equals(id) && annKeys != null)
5730 18 Nov 19 nicklas 81     {
5730 18 Nov 19 nicklas 82       // The ANN key has subfields specified in Description that are separated by '|'
5730 18 Nov 19 nicklas 83       // We get all subfields and match against the specified annKeys and keep
5730 18 Nov 19 nicklas 84       // a string[] with only the specified subfields (including 'ANN.' prefix).
5730 18 Nov 19 nicklas 85       Matcher m = getAnnKeys.matcher(data);
5730 18 Nov 19 nicklas 86       if (m.find())
5730 18 Nov 19 nicklas 87       {
5730 18 Nov 19 nicklas 88         annColumns = m.group(1).split("\\s\\|\\s");
5730 18 Nov 19 nicklas 89         for (int colNo = 0; colNo < annColumns.length; colNo++)
5730 18 Nov 19 nicklas 90         {
5730 18 Nov 19 nicklas 91           annColumns[colNo] = annKeys.contains(annColumns[colNo]) ?
5730 18 Nov 19 nicklas 92             "ANN."+annColumns[colNo] : null;
5730 18 Nov 19 nicklas 93         }
5730 18 Nov 19 nicklas 94       }
5730 18 Nov 19 nicklas 95     }
5730 18 Nov 19 nicklas 96   }
5730 18 Nov 19 nicklas 97
5730 18 Nov 19 nicklas 98   @Override
5730 18 Nov 19 nicklas 99   public InfoData getInfo(String info, SnpData snp) 
5730 18 Nov 19 nicklas 100   {
5730 18 Nov 19 nicklas 101     if (info == null) return null;
5730 18 Nov 19 nicklas 102
5730 18 Nov 19 nicklas 103     InfoData data = new InfoData();
5730 18 Nov 19 nicklas 104     String[] entries = info.split(";");
5730 18 Nov 19 nicklas 105     for (String e : entries)
5730 18 Nov 19 nicklas 106     {
5730 18 Nov 19 nicklas 107       String[] kv = e.split("=", 2);
5730 18 Nov 19 nicklas 108       String key = kv[0];
5730 18 Nov 19 nicklas 109       String val = kv.length == 2 ? kv[1] : key;
5730 18 Nov 19 nicklas 110       Type vType = keys.get(key);
5730 18 Nov 19 nicklas 111       if (vType != null)
5730 18 Nov 19 nicklas 112       {
5730 18 Nov 19 nicklas 113         data.setInfo(key, vType.parseString(val));
5730 18 Nov 19 nicklas 114       }
5730 18 Nov 19 nicklas 115       
5730 18 Nov 19 nicklas 116       if ("ANN".equals(key) && annColumns != null)
5730 18 Nov 19 nicklas 117       {
5730 18 Nov 19 nicklas 118         // There can be multiple entries that are separated by ','
5730 18 Nov 19 nicklas 119         String[] annEntries = val.split(",");
6387 15 Sep 21 nicklas 120         int numAnn = -1;
5730 18 Nov 19 nicklas 121         for (int eNo = 0; eNo < annEntries.length; eNo++)
5730 18 Nov 19 nicklas 122         {
6387 15 Sep 21 nicklas 123           String annRow = annEntries[eNo];
6387 15 Sep 21 nicklas 124           if (annRow.contains("structural_interaction") || annRow.contains("protein_protein_contact"))
6387 15 Sep 21 nicklas 125           {
6387 15 Sep 21 nicklas 126             continue; // with next row
6387 15 Sep 21 nicklas 127           }
6387 15 Sep 21 nicklas 128           numAnn++;
6387 15 Sep 21 nicklas 129           String[] annVals = annRow.split("\\|");
5730 18 Nov 19 nicklas 130           for (int colNo = 0; colNo < Math.min(annVals.length, annColumns.length); colNo++)
5730 18 Nov 19 nicklas 131           {
5730 18 Nov 19 nicklas 132             if (annColumns[colNo] != null)
5730 18 Nov 19 nicklas 133             {
6387 15 Sep 21 nicklas 134               data.setInfo(annColumns[colNo]+"["+numAnn+"]", annVals[colNo]);
5730 18 Nov 19 nicklas 135             }
5730 18 Nov 19 nicklas 136           }
5730 18 Nov 19 nicklas 137         }
6387 15 Sep 21 nicklas 138         data.setInfo("ANN#", numAnn+1); // Number of entries is stored in ANN#
5730 18 Nov 19 nicklas 139       }
5730 18 Nov 19 nicklas 140     }
5730 18 Nov 19 nicklas 141     return data;
5730 18 Nov 19 nicklas 142   }
5730 18 Nov 19 nicklas 143   
5730 18 Nov 19 nicklas 144 }

Generated on Tue Nov 21 03:35:56 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)