extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/vcf/VcfPair.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4646 14 Dec 17 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.vcf;
4646 14 Dec 17 nicklas 2
4671 07 Feb 18 nicklas 3 import org.json.simple.JSONObject;
4671 07 Feb 18 nicklas 4
4646 14 Dec 17 nicklas 5 /**
4646 14 Dec 17 nicklas 6   A pair of two VCF files. The constructor will
4646 14 Dec 17 nicklas 7   trigger a comparison of genotypes from the
4646 14 Dec 17 nicklas 8   the two files.
4646 14 Dec 17 nicklas 9   
4646 14 Dec 17 nicklas 10   @author nicklas
4646 14 Dec 17 nicklas 11   @since 4.14
4646 14 Dec 17 nicklas 12  */
4646 14 Dec 17 nicklas 13 public class VcfPair 
4646 14 Dec 17 nicklas 14 {
4646 14 Dec 17 nicklas 15
4646 14 Dec 17 nicklas 16   private final VcfData vcf1;
4646 14 Dec 17 nicklas 17   private final VcfData vcf2;
4646 14 Dec 17 nicklas 18   
4646 14 Dec 17 nicklas 19   private int commonGt;
4646 14 Dec 17 nicklas 20   private int mismatches;
4646 14 Dec 17 nicklas 21   
4671 07 Feb 18 nicklas 22   private int homHomMismatches;
4671 07 Feb 18 nicklas 23   private int homHetMismatches;
4671 07 Feb 18 nicklas 24   private int hetHomMismatches;
4671 07 Feb 18 nicklas 25   
4648 15 Dec 17 nicklas 26   private int mismatchesLowGQ;
4671 07 Feb 18 nicklas 27   private int mismatchesHighGQ;
4648 15 Dec 17 nicklas 28   
4646 14 Dec 17 nicklas 29   /**
4646 14 Dec 17 nicklas 30     Creates a new pair.
4646 14 Dec 17 nicklas 31   */
4646 14 Dec 17 nicklas 32   public VcfPair(VcfData vcf1, VcfData vcf2)
4646 14 Dec 17 nicklas 33   {
4646 14 Dec 17 nicklas 34     this.vcf1 = vcf1;
4646 14 Dec 17 nicklas 35     this.vcf2 = vcf2;
4646 14 Dec 17 nicklas 36     
4646 14 Dec 17 nicklas 37     for (GtData gt1 : vcf1.getGtData())
4646 14 Dec 17 nicklas 38     {
4646 14 Dec 17 nicklas 39       GtData gt2 = vcf2.getGtData(gt1.getId());
4646 14 Dec 17 nicklas 40       if (gt2 == null) continue;
4646 14 Dec 17 nicklas 41       commonGt++;
4648 15 Dec 17 nicklas 42       if (gt1.getGenoType() != gt2.getGenoType())
4648 15 Dec 17 nicklas 43       {
4648 15 Dec 17 nicklas 44         mismatches++;
6513 07 Dec 21 nicklas 45         if (vcf1.isLowQuality(gt1) || vcf2.isLowQuality(gt2))
4648 15 Dec 17 nicklas 46         {
4648 15 Dec 17 nicklas 47           mismatchesLowGQ++;
4648 15 Dec 17 nicklas 48         }
6513 07 Dec 21 nicklas 49         else if (vcf1.isHighQuality(gt1) && vcf2.isHighQuality(gt2))
4671 07 Feb 18 nicklas 50         {
4671 07 Feb 18 nicklas 51           mismatchesHighGQ++;
4671 07 Feb 18 nicklas 52         }
4671 07 Feb 18 nicklas 53         if (gt1.getGenoType() != GenoType.HET && gt2.getGenoType() != GenoType.HET)
4671 07 Feb 18 nicklas 54         {
4671 07 Feb 18 nicklas 55           homHomMismatches++;
4671 07 Feb 18 nicklas 56         }
4671 07 Feb 18 nicklas 57         else if (gt1.getGenoType() != GenoType.HET)
4671 07 Feb 18 nicklas 58         {
4671 07 Feb 18 nicklas 59           homHetMismatches++;
4671 07 Feb 18 nicklas 60         }
4671 07 Feb 18 nicklas 61         else
4671 07 Feb 18 nicklas 62         {
4671 07 Feb 18 nicklas 63           hetHomMismatches++;
4671 07 Feb 18 nicklas 64         }
4648 15 Dec 17 nicklas 65       }
4646 14 Dec 17 nicklas 66     }
4646 14 Dec 17 nicklas 67   }
4646 14 Dec 17 nicklas 68   
4646 14 Dec 17 nicklas 69   /**
6451 22 Oct 21 nicklas 70     Get the first VCF in the pair.
6451 22 Oct 21 nicklas 71     @since 4.34
6451 22 Oct 21 nicklas 72   */
6451 22 Oct 21 nicklas 73   public VcfData getVcf1()
6451 22 Oct 21 nicklas 74   {
6451 22 Oct 21 nicklas 75     return vcf1;
6451 22 Oct 21 nicklas 76   }
6451 22 Oct 21 nicklas 77   
6451 22 Oct 21 nicklas 78   /**
6451 22 Oct 21 nicklas 79     Get the second VCF in the pair.
6451 22 Oct 21 nicklas 80     @since 4.34
6451 22 Oct 21 nicklas 81   */
6451 22 Oct 21 nicklas 82   public VcfData getVcf2()
6451 22 Oct 21 nicklas 83   {
6451 22 Oct 21 nicklas 84     return vcf2;
6451 22 Oct 21 nicklas 85   }
6451 22 Oct 21 nicklas 86   
6451 22 Oct 21 nicklas 87   /**
4646 14 Dec 17 nicklas 88     Get the number of common genotypes.
4646 14 Dec 17 nicklas 89   */
4646 14 Dec 17 nicklas 90   public int getCommonGt()
4646 14 Dec 17 nicklas 91   {
4646 14 Dec 17 nicklas 92     return commonGt;
4646 14 Dec 17 nicklas 93   }
4646 14 Dec 17 nicklas 94   
4646 14 Dec 17 nicklas 95   /**
4646 14 Dec 17 nicklas 96     Get the number of mismatched genotypes.
4646 14 Dec 17 nicklas 97   */
4646 14 Dec 17 nicklas 98   public int getMismatches()
4646 14 Dec 17 nicklas 99   {
4646 14 Dec 17 nicklas 100     return mismatches;
4646 14 Dec 17 nicklas 101   }
4646 14 Dec 17 nicklas 102   
4648 15 Dec 17 nicklas 103   /**
4671 07 Feb 18 nicklas 104     Get the percentage of mismatches.
4671 07 Feb 18 nicklas 105   */
4671 07 Feb 18 nicklas 106   public float getMismatchPercentage()
4671 07 Feb 18 nicklas 107   {
4671 07 Feb 18 nicklas 108     return commonGt > 0 ? 100f * mismatches / commonGt : 0;
4671 07 Feb 18 nicklas 109   }
4671 07 Feb 18 nicklas 110   
4671 07 Feb 18 nicklas 111   /**
4648 15 Dec 17 nicklas 112     Get the number of mismatches where at least one
4648 15 Dec 17 nicklas 113     of the genotypes has a GQ value below 50.
4648 15 Dec 17 nicklas 114   */
4648 15 Dec 17 nicklas 115   public int getMismatchesWithLowGQ()
4648 15 Dec 17 nicklas 116   {
4648 15 Dec 17 nicklas 117     return mismatchesLowGQ;
4648 15 Dec 17 nicklas 118   }
4646 14 Dec 17 nicklas 119   
4671 07 Feb 18 nicklas 120   /**
4671 07 Feb 18 nicklas 121     Get the percentage of low GQ mismatches.
4671 07 Feb 18 nicklas 122   */
4671 07 Feb 18 nicklas 123   public float getMismatchWithLowGQPercentage()
4671 07 Feb 18 nicklas 124   {
4671 07 Feb 18 nicklas 125     return commonGt > 0 ? 100f * mismatchesLowGQ / commonGt : 0;
4671 07 Feb 18 nicklas 126   }
4671 07 Feb 18 nicklas 127
4671 07 Feb 18 nicklas 128   /**
4671 07 Feb 18 nicklas 129     Get the number of mismatches where both
4671 07 Feb 18 nicklas 130     genotypes have a GQ value of 99.
4671 07 Feb 18 nicklas 131   */
4671 07 Feb 18 nicklas 132   public int getMismatchesWithHighGQ()
4671 07 Feb 18 nicklas 133   {
4671 07 Feb 18 nicklas 134     return mismatchesHighGQ;
4671 07 Feb 18 nicklas 135   }
4671 07 Feb 18 nicklas 136   
4671 07 Feb 18 nicklas 137   /**
4671 07 Feb 18 nicklas 138     Get the percentage of high GQ mismatches.
4671 07 Feb 18 nicklas 139   */
4671 07 Feb 18 nicklas 140   public float getMismatchWithHighGQPercentage()
4671 07 Feb 18 nicklas 141   {
4671 07 Feb 18 nicklas 142     return commonGt > 0 ? 100f * mismatchesHighGQ / commonGt : 0;
4671 07 Feb 18 nicklas 143   }
4671 07 Feb 18 nicklas 144
4671 07 Feb 18 nicklas 145   
4671 07 Feb 18 nicklas 146   /**
4671 07 Feb 18 nicklas 147     Get the number of mismatches where both samples are homozygous.
4671 07 Feb 18 nicklas 148   */
4671 07 Feb 18 nicklas 149   public int getHomHomMismatches()
4671 07 Feb 18 nicklas 150   {
4671 07 Feb 18 nicklas 151     return homHomMismatches;
4671 07 Feb 18 nicklas 152   }
4671 07 Feb 18 nicklas 153   
4671 07 Feb 18 nicklas 154   /**
4681 21 Feb 18 nicklas 155     Get the percentage of high HOMHOM mismatches (in relation to all mismatches).
4681 21 Feb 18 nicklas 156   */
4681 21 Feb 18 nicklas 157   public float getHomHomMismatchPercentage()
4681 21 Feb 18 nicklas 158   {
4681 21 Feb 18 nicklas 159     return mismatches > 0 ? 100f * homHomMismatches / mismatches : 0;
4681 21 Feb 18 nicklas 160   }
4681 21 Feb 18 nicklas 161   
4681 21 Feb 18 nicklas 162   /**
4671 07 Feb 18 nicklas 163     Get the number of mismatches where the first sample
4671 07 Feb 18 nicklas 164     is homozygous and the other heterozygous.
4671 07 Feb 18 nicklas 165   */
4671 07 Feb 18 nicklas 166   public int getHomHetMismatches()
4671 07 Feb 18 nicklas 167   {
4671 07 Feb 18 nicklas 168     return homHetMismatches;
4671 07 Feb 18 nicklas 169   }
4671 07 Feb 18 nicklas 170   
4671 07 Feb 18 nicklas 171   /**
4671 07 Feb 18 nicklas 172     Get the number of mismatches where the first sample
4671 07 Feb 18 nicklas 173     is heterozygous and the other homozygous.
4671 07 Feb 18 nicklas 174   */
4671 07 Feb 18 nicklas 175   public int getHetHomMismatches()
4671 07 Feb 18 nicklas 176   {
4671 07 Feb 18 nicklas 177     return hetHomMismatches;
4671 07 Feb 18 nicklas 178   }
4671 07 Feb 18 nicklas 179   
4671 07 Feb 18 nicklas 180   public JSONObject asJSONObject()
4671 07 Feb 18 nicklas 181   {
4671 07 Feb 18 nicklas 182     JSONObject json = new JSONObject();
4671 07 Feb 18 nicklas 183     json.put("commonGt", commonGt);
4671 07 Feb 18 nicklas 184     json.put("mismatches", mismatches);
4671 07 Feb 18 nicklas 185     json.put("mismatchesLowGQ", mismatchesLowGQ);
4671 07 Feb 18 nicklas 186     json.put("mismatchesHighGQ", mismatchesHighGQ);
4671 07 Feb 18 nicklas 187     json.put("homHomMismatches", homHomMismatches);
4671 07 Feb 18 nicklas 188     json.put("homHetMismatches", homHetMismatches);
4671 07 Feb 18 nicklas 189     json.put("hetHomMismatches", hetHomMismatches);
4671 07 Feb 18 nicklas 190     return json;
4671 07 Feb 18 nicklas 191   }
4646 14 Dec 17 nicklas 192 }

Generated on Tue Nov 21 03:35:57 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)