extensions/net.sf.basedb.relax/trunk/src/net/sf/basedb/relax/plugins/CohortItem.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4571 14 Sep 17 nicklas 1 package net.sf.basedb.relax.plugins;
4571 14 Sep 17 nicklas 2
5219 11 Jan 19 nicklas 3 import java.util.ArrayList;
4571 14 Sep 17 nicklas 4 import java.util.List;
4571 14 Sep 17 nicklas 5
5219 11 Jan 19 nicklas 6 import net.sf.basedb.core.BioSource;
4571 14 Sep 17 nicklas 7 import net.sf.basedb.core.DbControl;
4571 14 Sep 17 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
5219 11 Jan 19 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.Extract;
4571 14 Sep 17 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.Item;
4571 14 Sep 17 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
4571 14 Sep 17 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.ItemSubtype;
4571 14 Sep 17 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial;
4571 14 Sep 17 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.Nameable;
4571 14 Sep 17 nicklas 15 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
5219 11 Jan 19 nicklas 16 import net.sf.basedb.core.Sample;
4571 14 Sep 17 nicklas 17 import net.sf.basedb.core.Subtypable;
4571 14 Sep 17 nicklas 18 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
4571 14 Sep 17 nicklas 19 import net.sf.basedb.core.query.Orders;
5219 11 Jan 19 nicklas 20 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
4571 14 Sep 17 nicklas 21 import net.sf.basedb.relax.Relax;
4571 14 Sep 17 nicklas 22
4571 14 Sep 17 nicklas 23 /**
4571 14 Sep 17 nicklas 24   A wrapper class that represents a single item in a cohort chain.
4571 14 Sep 17 nicklas 25   We use this wrapper to make it easier get name and subtype
4571 14 Sep 17 nicklas 26   of items. All items must be Nameable so the name is easy to get.
4571 14 Sep 17 nicklas 27   If the item is a Subtypable item, we get the subtype from the
4769 18 Apr 18 nicklas 28   name of the ItemSubtype. For RawBioAssay:s the subtype is always
4769 18 Apr 18 nicklas 29   "RawBioAssay" (since it is possible to mix different raw data types).
4571 14 Sep 17 nicklas 30 */
4571 14 Sep 17 nicklas 31 public class CohortItem
4571 14 Sep 17 nicklas 32 {
4571 14 Sep 17 nicklas 33   
4571 14 Sep 17 nicklas 34   private final Nameable item;
4571 14 Sep 17 nicklas 35   private final String name;
4571 14 Sep 17 nicklas 36   private final String subtype;
4571 14 Sep 17 nicklas 37   private Nameable parentItem;
5219 11 Jan 19 nicklas 38   private List<Nameable> childItems;
4571 14 Sep 17 nicklas 39   
4571 14 Sep 17 nicklas 40   public CohortItem(Nameable item)
4571 14 Sep 17 nicklas 41   {
4571 14 Sep 17 nicklas 42     this.item = item;
4571 14 Sep 17 nicklas 43     this.name = ((Nameable)item).getName();
4571 14 Sep 17 nicklas 44     if (item instanceof Subtypable)
4571 14 Sep 17 nicklas 45     {
4571 14 Sep 17 nicklas 46       ItemSubtype st = ((Subtypable)item).getItemSubtype();
4571 14 Sep 17 nicklas 47       subtype = st != null ? st.getName() : null;
4571 14 Sep 17 nicklas 48     }
4571 14 Sep 17 nicklas 49     else if (item instanceof RawBioAssay)
4571 14 Sep 17 nicklas 50     {
5221 11 Jan 19 nicklas 51       subtype = ((RawBioAssay)item).getRawDataType().getName();
4571 14 Sep 17 nicklas 52     }
4571 14 Sep 17 nicklas 53     else 
4571 14 Sep 17 nicklas 54     {
4571 14 Sep 17 nicklas 55       subtype = null;
4571 14 Sep 17 nicklas 56     }
4571 14 Sep 17 nicklas 57   }
4571 14 Sep 17 nicklas 58   
4571 14 Sep 17 nicklas 59   public Nameable getItem()
4571 14 Sep 17 nicklas 60   {
4571 14 Sep 17 nicklas 61     return item;
4571 14 Sep 17 nicklas 62   }
4571 14 Sep 17 nicklas 63   
4571 14 Sep 17 nicklas 64   public Nameable getParentItem(DbControl dc)
4571 14 Sep 17 nicklas 65   {
4571 14 Sep 17 nicklas 66     if (parentItem == null)
4571 14 Sep 17 nicklas 67     {
4571 14 Sep 17 nicklas 68       if (item instanceof RawBioAssay)
4571 14 Sep 17 nicklas 69       {
4571 14 Sep 17 nicklas 70         RawBioAssay raw = (RawBioAssay)item;
4571 14 Sep 17 nicklas 71         parentItem = raw.getParentBioAssay();
4571 14 Sep 17 nicklas 72         if (parentItem == null) parentItem = raw.getParentExtract();
4571 14 Sep 17 nicklas 73       }
4571 14 Sep 17 nicklas 74       else if (item instanceof DerivedBioAssay)
4571 14 Sep 17 nicklas 75       {
4571 14 Sep 17 nicklas 76         DerivedBioAssay dba = (DerivedBioAssay)item;
4571 14 Sep 17 nicklas 77         if (!dba.isRoot())
4571 14 Sep 17 nicklas 78         {
4571 14 Sep 17 nicklas 79           ItemQuery<DerivedBioAssay> query = dba.getParents();
4571 14 Sep 17 nicklas 80           query.setIncludes(Relax.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
4571 14 Sep 17 nicklas 81           query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
4571 14 Sep 17 nicklas 82           List<DerivedBioAssay> result = query.list(dc);
4571 14 Sep 17 nicklas 83           if (result.size() > 0) parentItem = result.get(0);
4571 14 Sep 17 nicklas 84         }
4571 14 Sep 17 nicklas 85         if (parentItem == null) parentItem = dba.getExtract();
4571 14 Sep 17 nicklas 86       }
4571 14 Sep 17 nicklas 87       else if (item instanceof MeasuredBioMaterial)
4571 14 Sep 17 nicklas 88       {
4571 14 Sep 17 nicklas 89         MeasuredBioMaterial bm = (MeasuredBioMaterial)item;
4571 14 Sep 17 nicklas 90         parentItem = bm.getParent();
4571 14 Sep 17 nicklas 91       }
4571 14 Sep 17 nicklas 92     }
4571 14 Sep 17 nicklas 93     return parentItem;
4571 14 Sep 17 nicklas 94   }
4571 14 Sep 17 nicklas 95   
5219 11 Jan 19 nicklas 96   public List<Nameable> getChildItems(DbControl dc)
5219 11 Jan 19 nicklas 97   {
5219 11 Jan 19 nicklas 98     if (childItems == null)
5219 11 Jan 19 nicklas 99     {
5219 11 Jan 19 nicklas 100       childItems = new ArrayList<>();
5219 11 Jan 19 nicklas 101       if (item instanceof BioSource)
5219 11 Jan 19 nicklas 102       {
5219 11 Jan 19 nicklas 103         BioSource bs = (BioSource)item;
5219 11 Jan 19 nicklas 104         ItemQuery<Sample> query = bs.getSamples();
5219 11 Jan 19 nicklas 105         query.setIncludes(Relax.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
5219 11 Jan 19 nicklas 106         query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5219 11 Jan 19 nicklas 107         childItems.addAll(query.list(dc));
5219 11 Jan 19 nicklas 108       }
5219 11 Jan 19 nicklas 109       else if (item instanceof Sample)
5219 11 Jan 19 nicklas 110       {
5219 11 Jan 19 nicklas 111         Sample s = (Sample)item;
5219 11 Jan 19 nicklas 112         ItemQuery<? extends Nameable> query = s.getChildSamples();
5219 11 Jan 19 nicklas 113         query.setIncludes(Relax.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
5219 11 Jan 19 nicklas 114         query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5219 11 Jan 19 nicklas 115         childItems.addAll(query.list(dc));
5219 11 Jan 19 nicklas 116
5219 11 Jan 19 nicklas 117         query = s.getExtracts();
5219 11 Jan 19 nicklas 118         query.setIncludes(Relax.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
5219 11 Jan 19 nicklas 119         query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5219 11 Jan 19 nicklas 120         childItems.addAll(query.list(dc));
5219 11 Jan 19 nicklas 121       }
5219 11 Jan 19 nicklas 122       else if (item instanceof Extract)
5219 11 Jan 19 nicklas 123       {
5219 11 Jan 19 nicklas 124         Extract e = (Extract)item;
5219 11 Jan 19 nicklas 125         ItemQuery<? extends Nameable> query = e.getChildExtracts();
5219 11 Jan 19 nicklas 126         query.setIncludes(Relax.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
5219 11 Jan 19 nicklas 127         query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5219 11 Jan 19 nicklas 128         childItems.addAll(query.list(dc));
5219 11 Jan 19 nicklas 129         
5219 11 Jan 19 nicklas 130         query = DerivedBioAssay.getQuery();
5219 11 Jan 19 nicklas 131         query.setIncludes(Relax.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
5219 11 Jan 19 nicklas 132         query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5219 11 Jan 19 nicklas 133         query.join(Hql.innerJoin("extract", "e"));
5219 11 Jan 19 nicklas 134         query.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("e"), Hql.entity(e)));
5219 11 Jan 19 nicklas 135         childItems.addAll(query.list(dc));
5219 11 Jan 19 nicklas 136
5219 11 Jan 19 nicklas 137         query = RawBioAssay.getQuery();
5219 11 Jan 19 nicklas 138         query.setIncludes(Relax.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
5219 11 Jan 19 nicklas 139         query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5219 11 Jan 19 nicklas 140         query.join(Hql.innerJoin("parentExtract", "e"));
5219 11 Jan 19 nicklas 141         query.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("e"), Hql.entity(e)));
5219 11 Jan 19 nicklas 142         childItems.addAll(query.list(dc));
5219 11 Jan 19 nicklas 143       }
5229 14 Jan 19 nicklas 144       else if (item instanceof DerivedBioAssay)
5229 14 Jan 19 nicklas 145       {
5229 14 Jan 19 nicklas 146         DerivedBioAssay dba = (DerivedBioAssay)item;
5229 14 Jan 19 nicklas 147         ItemQuery<? extends Nameable> query = dba.getChildren();
5229 14 Jan 19 nicklas 148         query.setIncludes(Relax.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
5229 14 Jan 19 nicklas 149         query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5229 14 Jan 19 nicklas 150         childItems.addAll(query.list(dc));
5229 14 Jan 19 nicklas 151
5229 14 Jan 19 nicklas 152         query = dba.getRawBioAssays();
5229 14 Jan 19 nicklas 153         query.setIncludes(Relax.INCLUDE_IN_CURRENT_PROJECT);
5229 14 Jan 19 nicklas 154         query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5229 14 Jan 19 nicklas 155         childItems.addAll(query.list(dc));
5229 14 Jan 19 nicklas 156       }
5219 11 Jan 19 nicklas 157     }
5219 11 Jan 19 nicklas 158     return childItems;
5219 11 Jan 19 nicklas 159   }
5219 11 Jan 19 nicklas 160   
4571 14 Sep 17 nicklas 161   public String getName()
4571 14 Sep 17 nicklas 162   {
4571 14 Sep 17 nicklas 163     return name;
4571 14 Sep 17 nicklas 164   }
4571 14 Sep 17 nicklas 165   
4571 14 Sep 17 nicklas 166   public Item getType()
4571 14 Sep 17 nicklas 167   {
4571 14 Sep 17 nicklas 168     return item.getType();
4571 14 Sep 17 nicklas 169   }
4571 14 Sep 17 nicklas 170   
4571 14 Sep 17 nicklas 171   public String getSubtype()
4571 14 Sep 17 nicklas 172   {
4571 14 Sep 17 nicklas 173     return subtype;
4571 14 Sep 17 nicklas 174   }
4571 14 Sep 17 nicklas 175   
4571 14 Sep 17 nicklas 176 }

Generated on Tue Nov 21 03:36:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)