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6107 22 Jan 21 nicklas 4     <name>Variant Search Engine</name>
6107 22 Jan 21 nicklas 5     <description>
6107 22 Jan 21 nicklas 6       A package implementing an indexing service
6107 22 Jan 21 nicklas 7       and search engine for variants in VCF files.
6107 22 Jan 21 nicklas 8       The implementation works with VCF files produced by
6107 22 Jan 21 nicklas 9       the variant calling pipeline in Reggie and with the
6107 22 Jan 21 nicklas 10       released data in Relax.
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6107 22 Jan 21 nicklas 15     <email>basedb-users@lists.sourceforge.net</email>
6312 11 Jun 21 nicklas 16     <url>https://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.varsearch</url>
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6109 25 Jan 21 nicklas 19   <extension
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6111 29 Jan 21 nicklas 24       <name>Variant Indexing Service</name>
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6111 29 Jan 21 nicklas 26         A service for maintaining an index of variants discovered
6111 29 Jan 21 nicklas 27         by the variant calling pipeline.
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6111 29 Jan 21 nicklas 29     </about>
6111 29 Jan 21 nicklas 30     <action-factory>
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6111 29 Jan 21 nicklas 32         net.sf.basedb.varsearch.service.VarSearchServiceFactory
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6111 29 Jan 21 nicklas 38   <extension
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6109 25 Jan 21 nicklas 43       <name>Lucene query filter</name>
6109 25 Jan 21 nicklas 44       <description>
6109 25 Jan 21 nicklas 45         Implements Lucene query againts variants. Triggered
6109 25 Jan 21 nicklas 46         on filter expressions starting with "!x.lucene".
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6109 25 Jan 21 nicklas 48     </about>
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6132 16 Feb 21 nicklas 52         net.sf.basedb.varsearch.query.LuceneQueryFactory
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6109 25 Jan 21 nicklas 64       <description>
6109 25 Jan 21 nicklas 65         Adds a Lucene column to the raw bioassays table. 
6109 25 Jan 21 nicklas 66         It will only display information that is matching
6109 25 Jan 21 nicklas 67         the filter.
6109 25 Jan 21 nicklas 68       </description>
6109 25 Jan 21 nicklas 69     </about>
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6109 25 Jan 21 nicklas 72         net.sf.basedb.varsearch.LuceneColumnFactory
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6129 12 Feb 21 nicklas 75         <stylesheet>~/css/varsearch.css</stylesheet>
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6160 04 Mar 21 nicklas 88       <description>
6160 04 Mar 21 nicklas 89         Menu entry for Variant Search administrators.
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6160 04 Mar 21 nicklas 91     </about>
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6160 04 Mar 21 nicklas 94         net.sf.basedb.varsearch.extensions.RequireRoleMenuItemFactory
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6160 04 Mar 21 nicklas 97         <title>Variant Search (admin)</title>
6160 04 Mar 21 nicklas 98         <tooltip>Variant Search administration</tooltip>
6160 04 Mar 21 nicklas 99         <data-url>~/admin/index.jsp?ID=$SESSION-ID$</data-url>
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6526 20 Dec 21 nicklas 105   <extension 
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6526 20 Dec 21 nicklas 109     <about>
6526 20 Dec 21 nicklas 110       <name>Genotype and variant call VCF viewer</name>
6526 20 Dec 21 nicklas 111       <description>
6526 20 Dec 21 nicklas 112         Add links for viewing the genotype VCF (genotype_*.vcf) 
6526 20 Dec 21 nicklas 113         file and the filtered variant call VCF file (variants-filtered.vcf).
6526 20 Dec 21 nicklas 114       </description>
6526 20 Dec 21 nicklas 115     </about>
6526 20 Dec 21 nicklas 116     <action-factory>
6526 20 Dec 21 nicklas 117       <factory-class>
6526 20 Dec 21 nicklas 118         net.sf.basedb.varsearch.extensions.VcfViewerActionFactory
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6526 20 Dec 21 nicklas 121         <script>~/scripts/vcf-actions.js</script>
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Generated on Tue Nov 21 03:38:01 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)