extensions/net.sf.basedb.varsearch/trunk/resources/options.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6157 02 Mar 21 nicklas 1 <%@ page
6157 02 Mar 21 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
6157 02 Mar 21 nicklas 3   session="false"
6157 02 Mar 21 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
6157 02 Mar 21 nicklas 5   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
6157 02 Mar 21 nicklas 6   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
6157 02 Mar 21 nicklas 7   import="net.sf.basedb.util.Values"
6157 02 Mar 21 nicklas 8 %>
6157 02 Mar 21 nicklas 9 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
6157 02 Mar 21 nicklas 10 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
6157 02 Mar 21 nicklas 11 <%
6157 02 Mar 21 nicklas 12 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, true);
6157 02 Mar 21 nicklas 13 final String ID = sc.getId();
6157 02 Mar 21 nicklas 14 try
6157 02 Mar 21 nicklas 15 {
6157 02 Mar 21 nicklas 16   String indexId = Values.getString(request.getParameter("indexId"), "filtered");
6157 02 Mar 21 nicklas 17   String visibleColumns = Values.getString(sc.getUserClientSetting("net.sf.basedb.varsearch.visible-columns."+indexId), 
6157 02 Mar 21 nicklas 18     "GENE,POS,REF_ALT,TYPE,HGVSC,HGVSP,LINKS");
6552 26 Jan 22 nicklas 19   boolean isOncoArray = "oncoarray-500K".equals(indexId);
6157 02 Mar 21 nicklas 20 %>
6157 02 Mar 21 nicklas 21 <base:page type="popup" title="Variant search options">
6157 02 Mar 21 nicklas 22 <base:head 
6157 02 Mar 21 nicklas 23   scripts="~options.js"
6261 27 May 21 nicklas 24   >
6261 27 May 21 nicklas 25   <style>
6261 27 May 21 nicklas 26   #columns
6261 27 May 21 nicklas 27   {}
6261 27 May 21 nicklas 28   #columns tr
6261 27 May 21 nicklas 29   {
6261 27 May 21 nicklas 30     border-bottom-width: 1px;
6261 27 May 21 nicklas 31     border-bottom-style: dotted;
6261 27 May 21 nicklas 32   }
6261 27 May 21 nicklas 33   #columns td, #columns th
6261 27 May 21 nicklas 34   {
6261 27 May 21 nicklas 35     padding: 1px 1em 1px 1px;
6261 27 May 21 nicklas 36     text-align: left;
6261 27 May 21 nicklas 37   }
6261 27 May 21 nicklas 38   </style>
6261 27 May 21 nicklas 39 </base:head>
6157 02 Mar 21 nicklas 40 <base:body>
6264 28 May 21 nicklas 41   <h1>Select columns</h1>
6157 02 Mar 21 nicklas 42
6157 02 Mar 21 nicklas 43   <form name="options" id="options" method="post" action="submit_options.jsp">
6157 02 Mar 21 nicklas 44   <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
6157 02 Mar 21 nicklas 45   <input type="hidden" name="cmd" value="SaveOptions">
6157 02 Mar 21 nicklas 46   <input type="hidden" name="indexId" value="<%=HTML.encodeTags(indexId)%>">
6157 02 Mar 21 nicklas 47   <input type="hidden" name="visibleColumns" value="<%=HTML.encodeTags(visibleColumns)%>">
6157 02 Mar 21 nicklas 48   <div class="content bottomborder">
6157 02 Mar 21 nicklas 49   
6264 28 May 21 nicklas 50     <table style="margin: auto; margin-top: 0.5em;">
6157 02 Mar 21 nicklas 51     <tr style="vertical-align: top;">
6176 19 Mar 21 nicklas 52       <td style="width: 1em; vertical-align: middle; font-size: 125%;">
6176 19 Mar 21 nicklas 53         <span style="cursor: pointer;" id="moveUp" title="Move up" data-down="0">▲</span><br>
6176 19 Mar 21 nicklas 54         <span style="cursor: pointer;" id="moveDown" title="Move down" data-down="1">▼</span><br><br>
6176 19 Mar 21 nicklas 55       </td>
6176 19 Mar 21 nicklas 56       <td style="width: 16em;">
6176 19 Mar 21 nicklas 57         <b>Sort order</b><br>
6261 27 May 21 nicklas 58         <select name="sortOrder" id="sortOrder" multiple style="width: 15em;" size="16">
6176 19 Mar 21 nicklas 59         </select>
6176 19 Mar 21 nicklas 60       </td>
6157 02 Mar 21 nicklas 61       <td>
6261 27 May 21 nicklas 62         <table id="columns">
6261 27 May 21 nicklas 63         <tr>
6261 27 May 21 nicklas 64           <th>All columns</th>
6261 27 May 21 nicklas 65           <th>Query prefix</th>
6261 27 May 21 nicklas 66         </tr>
6261 27 May 21 nicklas 67         <tr>
6261 27 May 21 nicklas 68           <td><label><input type="checkbox" name="GENE" id="GENE">Gene</label></td>
6261 27 May 21 nicklas 69           <td>gene:</td>
6261 27 May 21 nicklas 70         </tr>
6261 27 May 21 nicklas 71         <tr>
6261 27 May 21 nicklas 72           <td><label><input type="checkbox" name="POS" id="POS">Position</label></td>
6261 27 May 21 nicklas 73           <td>chrom: pos:</td>
6261 27 May 21 nicklas 74         </tr>
6261 27 May 21 nicklas 75         <tr>
6261 27 May 21 nicklas 76           <td><label><input type="checkbox" name="REF_ALT" id="REF_ALT">Ref › Alt</label></td>
6261 27 May 21 nicklas 77           <td>ref: alt:</td>
6261 27 May 21 nicklas 78         </tr>
6261 27 May 21 nicklas 79         <tr>
6261 27 May 21 nicklas 80           <td><label><input type="checkbox" name="TYPE" id="TYPE">Type</label></td>
6261 27 May 21 nicklas 81           <td>type:</td>
6261 27 May 21 nicklas 82         </tr>
6261 27 May 21 nicklas 83         <tr>
6261 27 May 21 nicklas 84           <td><label><input type="checkbox" name="EFFECT" id="EFFECT">Effect</label></td>
6261 27 May 21 nicklas 85           <td>effect:</td>
6261 27 May 21 nicklas 86         </tr>
6261 27 May 21 nicklas 87         <tr>
6261 27 May 21 nicklas 88           <td><label><input type="checkbox" name="HGVSC" id="HGVSC">HGVS.c</label></td>
6261 27 May 21 nicklas 89           <td>c:</td>
6261 27 May 21 nicklas 90         </tr>
6261 27 May 21 nicklas 91         <tr>
6261 27 May 21 nicklas 92           <td><label><input type="checkbox" name="HGVSP" id="HGVSP">HGVS.p</label></td>
6261 27 May 21 nicklas 93           <td>p:</td>
6261 27 May 21 nicklas 94         </tr>
6261 27 May 21 nicklas 95         <tr>
6261 27 May 21 nicklas 96           <td><label><input type="checkbox" name="GT" id="GT">Genotype</label></td>
6261 27 May 21 nicklas 97           <td>gt:</td>
6261 27 May 21 nicklas 98         </tr>
6552 26 Jan 22 nicklas 99         <%
6552 26 Jan 22 nicklas 100         if (!isOncoArray)
6552 26 Jan 22 nicklas 101         {
6552 26 Jan 22 nicklas 102           %>
6552 26 Jan 22 nicklas 103           <tr>
6552 26 Jan 22 nicklas 104             <td><label><input type="checkbox" name="DP" id="DP">Depth</label></td>
6552 26 Jan 22 nicklas 105             <td>dp:</td>
6552 26 Jan 22 nicklas 106           </tr>
6552 26 Jan 22 nicklas 107           <tr>
6552 26 Jan 22 nicklas 108             <td><label><input type="checkbox" name="VD" id="VD">Variant depth</label></td>
6552 26 Jan 22 nicklas 109             <td>vd:</td>
6552 26 Jan 22 nicklas 110           </tr>
6552 26 Jan 22 nicklas 111           <tr>
6552 26 Jan 22 nicklas 112             <td><label><input type="checkbox" name="AF" id="AF">Allele frequency</label></td>
6552 26 Jan 22 nicklas 113             <td>af:</td>
6552 26 Jan 22 nicklas 114           </tr>
6552 26 Jan 22 nicklas 115           <%
6552 26 Jan 22 nicklas 116           }
6552 26 Jan 22 nicklas 117         %>
6261 27 May 21 nicklas 118         <tr>
6261 27 May 21 nicklas 119           <td><label><input type="checkbox" name="LINKS" id="LINKS">Links</label></td>
6261 27 May 21 nicklas 120           <td>cosmic: rsid:</td>
6261 27 May 21 nicklas 121         </tr>
6261 27 May 21 nicklas 122         </table>
6157 02 Mar 21 nicklas 123       </td>
6157 02 Mar 21 nicklas 124     </tr>
6157 02 Mar 21 nicklas 125     <tr class="dynamic">
6261 27 May 21 nicklas 126       <td></td>
6264 28 May 21 nicklas 127       <td colspan="2" style="padding-top: 0.5em;">
6261 27 May 21 nicklas 128         <i>
6264 28 May 21 nicklas 129         Max query time is 30 seconds. Add <code>#NN</code> to the end of the query to force a<br>
6264 28 May 21 nicklas 130         different timeout. For example: <code>chr1 #60</code>
6261 27 May 21 nicklas 131         <br>
6312 11 Jun 21 nicklas 132         See the <a href="https://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.varsearch/using"
6261 27 May 21 nicklas 133         target="_blank">Variant search help page</a> for more information.
6261 27 May 21 nicklas 134         </i>
6157 02 Mar 21 nicklas 135       </td>
6157 02 Mar 21 nicklas 136     </tr>
6157 02 Mar 21 nicklas 137     </table>
6157 02 Mar 21 nicklas 138   
6157 02 Mar 21 nicklas 139   </div>
6157 02 Mar 21 nicklas 140   </form>
6157 02 Mar 21 nicklas 141   
6157 02 Mar 21 nicklas 142   <base:buttongroup subclass="dialogbuttons" id="dialogbuttons">
6157 02 Mar 21 nicklas 143     <base:button id="btnOk" title="Ok" />
6157 02 Mar 21 nicklas 144     <base:button id="close" title="Cancel" />
6157 02 Mar 21 nicklas 145   </base:buttongroup>
6157 02 Mar 21 nicklas 146 </base:body>
6157 02 Mar 21 nicklas 147 </base:page>
6157 02 Mar 21 nicklas 148 <%
6157 02 Mar 21 nicklas 149 }
6157 02 Mar 21 nicklas 150 finally
6157 02 Mar 21 nicklas 151 {}
6157 02 Mar 21 nicklas 152 %>

Generated on Tue Nov 21 03:38:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)