extensions/net.sf.basedb.varsearch/trunk/src/net/sf/basedb/varsearch/analyze/AminoAcidTranslator.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6123 09 Feb 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.varsearch.analyze;
6123 09 Feb 21 nicklas 2
6123 09 Feb 21 nicklas 3 import java.util.ArrayList;
6123 09 Feb 21 nicklas 4 import java.util.List;
6123 09 Feb 21 nicklas 5 import java.util.regex.Matcher;
6123 09 Feb 21 nicklas 6 import java.util.regex.Pattern;
6123 09 Feb 21 nicklas 7
6123 09 Feb 21 nicklas 8
6123 09 Feb 21 nicklas 9 /**
6123 09 Feb 21 nicklas 10   Translate Amino-acid notation from 3-letter to single-letter.
6123 09 Feb 21 nicklas 11   @author nicklas
6123 09 Feb 21 nicklas 12 */
6123 09 Feb 21 nicklas 13 public class AminoAcidTranslator 
6123 09 Feb 21 nicklas 14 {
6123 09 Feb 21 nicklas 15
6123 09 Feb 21 nicklas 16   public static final AminoAcidTranslator INSTANCE = new AminoAcidTranslator();
6123 09 Feb 21 nicklas 17
6123 09 Feb 21 nicklas 18   private final List<AA> aa;
6123 09 Feb 21 nicklas 19   private final Pattern synonymous;
6123 09 Feb 21 nicklas 20   private AminoAcidTranslator()
6123 09 Feb 21 nicklas 21   {
6123 09 Feb 21 nicklas 22     this.synonymous = Pattern.compile("(([A-Z])\\d+)\\2");
6123 09 Feb 21 nicklas 23     this.aa = new ArrayList<>(16);
6123 09 Feb 21 nicklas 24     aa.add(new AA("A", "Ala")); // Alanine   GCA, GCC, GCG, GCT
6123 09 Feb 21 nicklas 25     aa.add(new AA("B", "Asx")); // Asparagine or Aspartic acid   AAC, AAT, GAC, GAT
6123 09 Feb 21 nicklas 26     aa.add(new AA("C", "Cys")); // Cysteine   TGC, TGT
6123 09 Feb 21 nicklas 27     aa.add(new AA("D", "Asp")); // Aspartic acid   GAC, GAT
6123 09 Feb 21 nicklas 28     aa.add(new AA("E", "Glu")); // Glutamic acid   GAA, GAG
6123 09 Feb 21 nicklas 29     aa.add(new AA("F", "Phe")); // Phenylalanine   TTC, TTT
6123 09 Feb 21 nicklas 30     aa.add(new AA("G", "Gly")); // Glycine   GGA, GGC, GGG, GGT
6123 09 Feb 21 nicklas 31     aa.add(new AA("H", "His")); // Histidine   CAC, CAT
6123 09 Feb 21 nicklas 32     aa.add(new AA("I", "Ile")); // Isoleucine   ATA, ATC, ATT
6123 09 Feb 21 nicklas 33     aa.add(new AA("K", "Lys")); // Lysine   AAA, AAG
6123 09 Feb 21 nicklas 34     aa.add(new AA("L", "Leu")); // Leucine   CTA, CTC, CTG, CTT, TTA, TTG
6123 09 Feb 21 nicklas 35     aa.add(new AA("M", "Met")); // Methionine   ATG
6123 09 Feb 21 nicklas 36     aa.add(new AA("N", "Asn")); // Asparagine   AAC, AAT
6123 09 Feb 21 nicklas 37     aa.add(new AA("P", "Pro")); // Proline   CCA, CCC, CCG, CCT
6123 09 Feb 21 nicklas 38     aa.add(new AA("Q", "Gln")); // Glutamine   CAA, CAG
6123 09 Feb 21 nicklas 39     aa.add(new AA("R", "Arg")); // Arginine   AGA, AGG, CGA, CGC, CGG, CGT
6123 09 Feb 21 nicklas 40     aa.add(new AA("S", "Ser")); // Serine   AGC, AGT, TCA, TCC, TCG, TCT
6123 09 Feb 21 nicklas 41     aa.add(new AA("T", "Thr")); // Threonine   ACA, ACC, ACG, ACT
6123 09 Feb 21 nicklas 42     aa.add(new AA("V", "Val")); // Valine   GTA, GTC, GTG, GTT
6123 09 Feb 21 nicklas 43     aa.add(new AA("W", "Trp")); // Tryptophan   TGG
6123 09 Feb 21 nicklas 44     aa.add(new AA("Y", "Tyr")); // Tyrosine   TAC, TAT
6123 09 Feb 21 nicklas 45     aa.add(new AA("Z", "Glx")); // Glutamine or Glutamic acid   CAA, CAG, GAA, GAG
6123 09 Feb 21 nicklas 46     aa.add(new AA("*", "Ter")); // Stop codon
6123 09 Feb 21 nicklas 47     
6123 09 Feb 21 nicklas 48   }
6123 09 Feb 21 nicklas 49   
6123 09 Feb 21 nicklas 50   /**
6123 09 Feb 21 nicklas 51     Translate the input that should contain 3-letter amino
6123 09 Feb 21 nicklas 52     acid codes to a value with 1-letter codes. Also, for 
6123 09 Feb 21 nicklas 53     synonymous variants, the last code is replaced with =.
6123 09 Feb 21 nicklas 54     Example:
6123 09 Feb 21 nicklas 55     
6123 09 Feb 21 nicklas 56     p.His602Tyr --> p.H602Y
6123 09 Feb 21 nicklas 57     p.Glu262Glu --> p.E262=
6123 09 Feb 21 nicklas 58   */
6123 09 Feb 21 nicklas 59   public String translate(String in)
6123 09 Feb 21 nicklas 60   {
6123 09 Feb 21 nicklas 61     if (in == null || in.length() == 0) return null;
6123 09 Feb 21 nicklas 62     String out = in;
6123 09 Feb 21 nicklas 63     for (AA a : aa)
6123 09 Feb 21 nicklas 64     {
6123 09 Feb 21 nicklas 65       out = out.replace(a.three, a.one);
6123 09 Feb 21 nicklas 66     }
6123 09 Feb 21 nicklas 67     Matcher m = synonymous.matcher(out);
6123 09 Feb 21 nicklas 68     out = m.replaceAll("$1=");
6123 09 Feb 21 nicklas 69     return out;
6123 09 Feb 21 nicklas 70   }
6123 09 Feb 21 nicklas 71
6123 09 Feb 21 nicklas 72   /**
6123 09 Feb 21 nicklas 73     Represents a single amino-acid.
6123 09 Feb 21 nicklas 74   */
6123 09 Feb 21 nicklas 75   static class AA
6123 09 Feb 21 nicklas 76   {
6123 09 Feb 21 nicklas 77     final String one;
6123 09 Feb 21 nicklas 78     final String three;
6123 09 Feb 21 nicklas 79     
6123 09 Feb 21 nicklas 80     AA(String one, String three)
6123 09 Feb 21 nicklas 81     {
6123 09 Feb 21 nicklas 82       this.one = one;
6123 09 Feb 21 nicklas 83       this.three = three;
6123 09 Feb 21 nicklas 84     }
6123 09 Feb 21 nicklas 85   }
6123 09 Feb 21 nicklas 86   
6123 09 Feb 21 nicklas 87 }

Generated on Tue Nov 21 03:38:14 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)