extensions/net.sf.basedb.varsearch/trunk/src/net/sf/basedb/varsearch/index/AnyToAnyVcfLocator.java

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6373 07 Sep 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.varsearch.index;
6373 07 Sep 21 nicklas 2
6373 07 Sep 21 nicklas 3 import java.util.ArrayList;
6373 07 Sep 21 nicklas 4 import java.util.List;
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6373 07 Sep 21 nicklas 6 import org.slf4j.LoggerFactory;
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6373 07 Sep 21 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.AnyToAny;
6373 07 Sep 21 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.DbControl;
6373 07 Sep 21 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.File;
6373 07 Sep 21 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.Item;
6373 07 Sep 21 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
6373 07 Sep 21 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
6373 07 Sep 21 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
6373 07 Sep 21 nicklas 15 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
6373 07 Sep 21 nicklas 16 import net.sf.basedb.core.query.Restriction;
6373 07 Sep 21 nicklas 17 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
7074 24 Mar 23 nicklas 18 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLog;
7074 24 Mar 23 nicklas 19 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLogger;
7074 24 Mar 23 nicklas 20 import net.sf.basedb.varsearch.service.VarSearchService;
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6373 07 Sep 21 nicklas 22 /**
6373 07 Sep 21 nicklas 23   VCF file locator implementation that find a single or multiple 
6373 07 Sep 21 nicklas 24   files that are linked as data files of a given type.
6373 07 Sep 21 nicklas 25   @since 1.2
6373 07 Sep 21 nicklas 26 */
6373 07 Sep 21 nicklas 27 public class AnyToAnyVcfLocator 
6373 07 Sep 21 nicklas 28   implements VcfFileLocator
6373 07 Sep 21 nicklas 29 {
6373 07 Sep 21 nicklas 30
7074 24 Mar 23 nicklas 31   private static final ExtensionsLogger logger = 
7074 24 Mar 23 nicklas 32       ExtensionsLog.getLogger(VarSearchService.ID, true).wrap(LoggerFactory.getLogger(AnyToAnyVcfLocator.class));
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6373 07 Sep 21 nicklas 34   private final String linkName;
6373 07 Sep 21 nicklas 35   private final Restriction linkRestriction;
6373 07 Sep 21 nicklas 36   
6373 07 Sep 21 nicklas 37   /**
6373 07 Sep 21 nicklas 38     Find the file that is linked with the exakt name.
6373 07 Sep 21 nicklas 39   */
6373 07 Sep 21 nicklas 40   public AnyToAnyVcfLocator(String linkName)
6373 07 Sep 21 nicklas 41   {
6373 07 Sep 21 nicklas 42     this.linkName = linkName;
6373 07 Sep 21 nicklas 43     this.linkRestriction = Restrictions.eq(Hql.property("name"), Expressions.string(linkName));
6373 07 Sep 21 nicklas 44   }
6373 07 Sep 21 nicklas 45   
6373 07 Sep 21 nicklas 46   /**
6373 07 Sep 21 nicklas 47     Find all files that are linked matching the given restriction. The
6373 07 Sep 21 nicklas 48     linkName is not used except for logging.
6373 07 Sep 21 nicklas 49   */
6373 07 Sep 21 nicklas 50   public AnyToAnyVcfLocator(Restriction linkRestriction, String linkName)
6373 07 Sep 21 nicklas 51   {
6373 07 Sep 21 nicklas 52     this.linkName = linkName;
6373 07 Sep 21 nicklas 53     this.linkRestriction = linkRestriction;
6373 07 Sep 21 nicklas 54   }
6373 07 Sep 21 nicklas 55   
6373 07 Sep 21 nicklas 56   
6373 07 Sep 21 nicklas 57   @Override
6528 20 Dec 21 nicklas 58   public List<VcfFile> getVcfFiles(DbControl dc, RawBioAssay rba) 
6373 07 Sep 21 nicklas 59   {
6373 07 Sep 21 nicklas 60     ItemQuery<AnyToAny> query = AnyToAny.getLinksFrom(rba);
6373 07 Sep 21 nicklas 61     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("toType"), Expressions.integer(Item.FILE.getValue())));
6373 07 Sep 21 nicklas 62     query.restrict(linkRestriction);
6373 07 Sep 21 nicklas 63
6528 20 Dec 21 nicklas 64     List<VcfFile> vcfFiles = new ArrayList<>();
6373 07 Sep 21 nicklas 65     for (AnyToAny link : query.list(dc))
6373 07 Sep 21 nicklas 66     {
6528 20 Dec 21 nicklas 67       vcfFiles.add(new VcfFile((File)link.getTo(), link));
6528 20 Dec 21 nicklas 68     }
6373 07 Sep 21 nicklas 69     if (vcfFiles.size() == 0)
6373 07 Sep 21 nicklas 70     {
6373 07 Sep 21 nicklas 71       logger.warn("No '" + linkName + "' link found for rawbioassay: "  + rba.getName());
6373 07 Sep 21 nicklas 72     }
6373 07 Sep 21 nicklas 73     return vcfFiles;
6373 07 Sep 21 nicklas 74   }
6373 07 Sep 21 nicklas 75
6373 07 Sep 21 nicklas 76   
6373 07 Sep 21 nicklas 77 }

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