extensions/net.sf.basedb.varsearch/trunk/src/net/sf/basedb/varsearch/index/DatafileVcfLocator.java

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6373 07 Sep 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.varsearch.index;
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6528 20 Dec 21 nicklas 3 import java.util.ArrayList;
6373 07 Sep 21 nicklas 4 import java.util.Collections;
6373 07 Sep 21 nicklas 5 import java.util.List;
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6373 07 Sep 21 nicklas 7 import org.slf4j.LoggerFactory;
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6528 20 Dec 21 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.DataFileType;
6373 07 Sep 21 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.DbControl;
6373 07 Sep 21 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.File;
6373 07 Sep 21 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
7074 24 Mar 23 nicklas 13 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLog;
7074 24 Mar 23 nicklas 14 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLogger;
6373 07 Sep 21 nicklas 15 import net.sf.basedb.varsearch.dao.Datafiletype;
7074 24 Mar 23 nicklas 16 import net.sf.basedb.varsearch.service.VarSearchService;
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6373 07 Sep 21 nicklas 18 /**
6373 07 Sep 21 nicklas 19   VCF file locator implementation that find a single or multiple 
6373 07 Sep 21 nicklas 20   files that are linked as data files of a given type.
6373 07 Sep 21 nicklas 21   @since 1.2
6373 07 Sep 21 nicklas 22 */
6373 07 Sep 21 nicklas 23 public class DatafileVcfLocator 
6373 07 Sep 21 nicklas 24   implements VcfFileLocator
6373 07 Sep 21 nicklas 25 {
6373 07 Sep 21 nicklas 26
7074 24 Mar 23 nicklas 27   private static final ExtensionsLogger logger = 
7074 24 Mar 23 nicklas 28       ExtensionsLog.getLogger(VarSearchService.ID, true).wrap(LoggerFactory.getLogger(DatafileVcfLocator.class));
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6373 07 Sep 21 nicklas 30   private final Datafiletype vcfFileType;
6373 07 Sep 21 nicklas 31   private final boolean multiple;
6373 07 Sep 21 nicklas 32   
6373 07 Sep 21 nicklas 33   public DatafileVcfLocator(Datafiletype vcfFileType, boolean multiple)
6373 07 Sep 21 nicklas 34   {
6373 07 Sep 21 nicklas 35     this.vcfFileType = vcfFileType;
6373 07 Sep 21 nicklas 36     this.multiple = multiple;
6373 07 Sep 21 nicklas 37   }
6373 07 Sep 21 nicklas 38   
6373 07 Sep 21 nicklas 39   
6373 07 Sep 21 nicklas 40   @Override
6528 20 Dec 21 nicklas 41   public List<VcfFile> getVcfFiles(DbControl dc, RawBioAssay variantCall) 
6373 07 Sep 21 nicklas 42   {
6528 20 Dec 21 nicklas 43     List<VcfFile> vcfFiles = null;
6528 20 Dec 21 nicklas 44     DataFileType type = vcfFileType.get(dc);
6373 07 Sep 21 nicklas 45     if (multiple)
6373 07 Sep 21 nicklas 46     {
6528 20 Dec 21 nicklas 47       vcfFiles = new ArrayList<>();
6528 20 Dec 21 nicklas 48       for (File f : vcfFileType.getAllFiles(dc, variantCall))
6528 20 Dec 21 nicklas 49       {
6528 20 Dec 21 nicklas 50         vcfFiles.add(new VcfFile(f, type));
6528 20 Dec 21 nicklas 51       }
6373 07 Sep 21 nicklas 52     }
6373 07 Sep 21 nicklas 53     else
6373 07 Sep 21 nicklas 54     {
6373 07 Sep 21 nicklas 55       File vcfFile = vcfFileType.getFile(dc, variantCall);
6528 20 Dec 21 nicklas 56       vcfFiles = vcfFile == null ? Collections.emptyList() : Collections.singletonList(new VcfFile(vcfFile, type));
6373 07 Sep 21 nicklas 57     }
6373 07 Sep 21 nicklas 58     if (vcfFiles.size() == 0)
6373 07 Sep 21 nicklas 59     {
6373 07 Sep 21 nicklas 60       logger.warn("No '" + vcfFileType.getName() + "' file found for rawbioassay: "  + variantCall.getName());
6373 07 Sep 21 nicklas 61     }
6373 07 Sep 21 nicklas 62     return vcfFiles;
6373 07 Sep 21 nicklas 63   }
6373 07 Sep 21 nicklas 64
6373 07 Sep 21 nicklas 65   
6373 07 Sep 21 nicklas 66   
6373 07 Sep 21 nicklas 67 }

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