extensions/net.sf.basedb.varsearch/trunk/src/net/sf/basedb/varsearch/index/VcfFileLocator.java

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6373 07 Sep 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.varsearch.index;
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6373 07 Sep 21 nicklas 3 import java.util.List;
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6373 07 Sep 21 nicklas 5 import net.sf.basedb.core.DbControl;
6373 07 Sep 21 nicklas 6 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
6373 07 Sep 21 nicklas 7
6373 07 Sep 21 nicklas 8 /**
6373 07 Sep 21 nicklas 9   Implementors should know how to find VCF files that should be 
6373 07 Sep 21 nicklas 10   indexed.
6373 07 Sep 21 nicklas 11   @since 1.2
6373 07 Sep 21 nicklas 12 */
6373 07 Sep 21 nicklas 13 public interface VcfFileLocator 
6373 07 Sep 21 nicklas 14 {
6373 07 Sep 21 nicklas 15   /**
6373 07 Sep 21 nicklas 16     Find all VCF files that should be indexed for the given variant call.
6373 07 Sep 21 nicklas 17     @return A list with File items (may be empty)
6373 07 Sep 21 nicklas 18   */
6528 20 Dec 21 nicklas 19   List<VcfFile> getVcfFiles(DbControl dc, RawBioAssay variantCall);
6373 07 Sep 21 nicklas 20   
6373 07 Sep 21 nicklas 21 }

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