extensions/net.sf.basedb.varsearch/trunk/src/net/sf/basedb/varsearch/query/AutoPrefixer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6133 16 Feb 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.varsearch.query;
6133 16 Feb 21 nicklas 2
6133 16 Feb 21 nicklas 3 import java.util.regex.Matcher;
6133 16 Feb 21 nicklas 4 import java.util.regex.Pattern;
6133 16 Feb 21 nicklas 5
6133 16 Feb 21 nicklas 6 /**
6133 16 Feb 21 nicklas 7   Some query fields can automatically be prefixed with the correct
6133 16 Feb 21 nicklas 8   field name. This should make it easier to type queries without having
6133 16 Feb 21 nicklas 9   to know or type field names. Examples:
6133 16 Feb 21 nicklas 10   
6133 16 Feb 21 nicklas 11   rsNNNN -> rsid:rsNNNN (where NNNN is numeric)
6133 16 Feb 21 nicklas 12   COSVnnnn -> cosmic:COSVnnnn (where nnnn i numeric)
6133 16 Feb 21 nicklas 13   p.XXXX -> p:XXXX (where XXXX is non-whitespace)
6133 16 Feb 21 nicklas 14   ANNNB -> p:ANNNB (where A and B is [A-Z*=]  and NNN is numeric)
6133 16 Feb 21 nicklas 15   c.XXXX -> c:XXXX (where XXXX is non-whitespace)
6133 16 Feb 21 nicklas 16   NNNNA>B -> c:NNNNA>B (where NNNN is numeric or -+ and A,B is [ACGT]
7304 28 Aug 23 nicklas 17   chrN -> chrom:chrN (where N is number or X or Y or M)
6133 16 Feb 21 nicklas 18   NNNN -> pos:NNNN (where NNNN is numeric)
6143 22 Feb 21 nicklas 19   SNV|Insertion|Deletion|Complex -> type:SNV|Insertion|Deletion|Complex
6171 18 Mar 21 nicklas 20   N/N -> gt:N/N (where N is 0 or 1)
6171 18 Mar 21 nicklas 21   
6171 18 Mar 21 nicklas 22   Finally, it will also escape all '/' with '\'.
6133 16 Feb 21 nicklas 23 */
6133 16 Feb 21 nicklas 24 public final class AutoPrefixer
6133 16 Feb 21 nicklas 25 {
6133 16 Feb 21 nicklas 26   public static final AutoPrefixer INSTANCE = new AutoPrefixer();
6133 16 Feb 21 nicklas 27   
6133 16 Feb 21 nicklas 28   private final Pattern rsid;
6133 16 Feb 21 nicklas 29   private final Pattern cosmic;
6133 16 Feb 21 nicklas 30   private final Pattern hgvsp;
6133 16 Feb 21 nicklas 31   private final Pattern hgvsp2;
6133 16 Feb 21 nicklas 32   private final Pattern hgvsc;
6133 16 Feb 21 nicklas 33   private final Pattern hgvsc2;
6133 16 Feb 21 nicklas 34   private final Pattern chr;
6133 16 Feb 21 nicklas 35   private final Pattern pos;
6143 22 Feb 21 nicklas 36   private final Pattern type;
6171 18 Mar 21 nicklas 37   private final Pattern gt;
6171 18 Mar 21 nicklas 38   private final Pattern escape;
6133 16 Feb 21 nicklas 39   
6133 16 Feb 21 nicklas 40   private AutoPrefixer()
6133 16 Feb 21 nicklas 41   {
6133 16 Feb 21 nicklas 42     rsid = Pattern.compile("(?<!:)\\b(rs\\d+)");
6133 16 Feb 21 nicklas 43     cosmic = Pattern.compile("(?<!:)\\b(COSV\\d+)");
6133 16 Feb 21 nicklas 44     hgvsp = Pattern.compile("(?<!:)\\bp\\.(\\S+)");
6147 23 Feb 21 nicklas 45     hgvsp2 = Pattern.compile("(?<=\\s|\\(|^)([A-Z*=]\\d+[A-Z*=])(?=\\s|\\)|$)");
6133 16 Feb 21 nicklas 46     hgvsc = Pattern.compile("(?<!:)\\bc\\.(\\S+)");
6147 23 Feb 21 nicklas 47     hgvsc2 = Pattern.compile("(?<=\\s|\\(|^)(\\*?[0-9+-]+[ACGT]+\\>[ACGT]+)(?=\\s|\\)|$)");
7304 28 Aug 23 nicklas 48     chr = Pattern.compile("(?<!:)\\b(chr[0-9XYM]{1,2})(?=\\s|$)");
6147 23 Feb 21 nicklas 49     pos = Pattern.compile("(?<=\\s|\\(|^)(\\d+)(?=\\s|\\)|$)");
6147 23 Feb 21 nicklas 50     type = Pattern.compile("(?<!:)\\b(SNV|Insertion|Deletion|Complex)(?=\\s|\\)|$)");
6171 18 Mar 21 nicklas 51     gt = Pattern.compile("(?<!:)\\b([0-1]\\/[0-1])");
6171 18 Mar 21 nicklas 52     escape = Pattern.compile("(?<!\\\\)(\\/)");
6133 16 Feb 21 nicklas 53   }
6133 16 Feb 21 nicklas 54   
6522 20 Dec 21 nicklas 55   public String autoPrefix(String query)
6133 16 Feb 21 nicklas 56   {
6133 16 Feb 21 nicklas 57     Matcher m = rsid.matcher(query);
6133 16 Feb 21 nicklas 58     query = m.replaceAll("rsid:$1");
6133 16 Feb 21 nicklas 59     
6133 16 Feb 21 nicklas 60     m = cosmic.matcher(query);
6133 16 Feb 21 nicklas 61     query = m.replaceAll("cosmic:$1");
6133 16 Feb 21 nicklas 62     
6133 16 Feb 21 nicklas 63     m = hgvsp.matcher(query);
6133 16 Feb 21 nicklas 64     query = m.replaceAll("p:$1");
6133 16 Feb 21 nicklas 65
6133 16 Feb 21 nicklas 66     m = hgvsp2.matcher(query);
6133 16 Feb 21 nicklas 67     query = m.replaceAll("p:$1");
6133 16 Feb 21 nicklas 68
6133 16 Feb 21 nicklas 69     m = hgvsc.matcher(query);
6133 16 Feb 21 nicklas 70     query = m.replaceAll("c:$1");
6133 16 Feb 21 nicklas 71
6133 16 Feb 21 nicklas 72     m = hgvsc2.matcher(query);
6133 16 Feb 21 nicklas 73     query = m.replaceAll("c:$1");
6133 16 Feb 21 nicklas 74
6133 16 Feb 21 nicklas 75     m = chr.matcher(query);
6133 16 Feb 21 nicklas 76     query = m.replaceAll("chrom:$1");
6133 16 Feb 21 nicklas 77
6133 16 Feb 21 nicklas 78     m = pos.matcher(query);
6133 16 Feb 21 nicklas 79     query = m.replaceAll("pos:$1");
6133 16 Feb 21 nicklas 80     
6143 22 Feb 21 nicklas 81     m = type.matcher(query);
6143 22 Feb 21 nicklas 82     query = m.replaceAll("type:$1");
6143 22 Feb 21 nicklas 83     
6171 18 Mar 21 nicklas 84     m = gt.matcher(query);
6171 18 Mar 21 nicklas 85     query = m.replaceAll("gt:$1");
6171 18 Mar 21 nicklas 86     
6171 18 Mar 21 nicklas 87     m = escape.matcher(query);
6171 18 Mar 21 nicklas 88     query = m.replaceAll("\\\\$1");
6171 18 Mar 21 nicklas 89     
6133 16 Feb 21 nicklas 90     return query;
6133 16 Feb 21 nicklas 91   }
6133 16 Feb 21 nicklas 92   
6133 16 Feb 21 nicklas 93 }

Generated on Tue Nov 21 03:38:28 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)