extensions/net.sf.basedb.varsearch/trunk/src/net/sf/basedb/varsearch/query/RawBioAssayIdCollector.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6133 16 Feb 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.varsearch.query;
6133 16 Feb 21 nicklas 2
6133 16 Feb 21 nicklas 3 import java.io.IOException;
6233 17 May 21 nicklas 4 import java.util.HashSet;
6133 16 Feb 21 nicklas 5 import java.util.Set;
6133 16 Feb 21 nicklas 6
6248 25 May 21 nicklas 7 import org.apache.lucene.index.DocValues;
6133 16 Feb 21 nicklas 8 import org.apache.lucene.index.LeafReaderContext;
6248 25 May 21 nicklas 9 import org.apache.lucene.index.NumericDocValues;
6133 16 Feb 21 nicklas 10 import org.apache.lucene.search.ScoreMode;
6133 16 Feb 21 nicklas 11 import org.apache.lucene.search.SimpleCollector;
6260 27 May 21 nicklas 12 import org.slf4j.LoggerFactory;
6133 16 Feb 21 nicklas 13
7074 24 Mar 23 nicklas 14 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLog;
7074 24 Mar 23 nicklas 15 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLogger;
7074 24 Mar 23 nicklas 16
6133 16 Feb 21 nicklas 17 /**
6133 16 Feb 21 nicklas 18   Collect all RawBioAssay ID from the search results. The searcher
6133 16 Feb 21 nicklas 19   will call {@link #collect(int)} for each matched document and we
6133 16 Feb 21 nicklas 20   load it and get the ID value.
6133 16 Feb 21 nicklas 21 */
6133 16 Feb 21 nicklas 22 public class RawBioAssayIdCollector
6133 16 Feb 21 nicklas 23   extends SimpleCollector
6133 16 Feb 21 nicklas 24 {
6133 16 Feb 21 nicklas 25   
7074 24 Mar 23 nicklas 26   private static final ExtensionsLogger logger = 
7074 24 Mar 23 nicklas 27       ExtensionsLog.getLogger(LuceneQueryFactory.ID, true).wrap(LoggerFactory.getLogger(RawBioAssayIdCollector.class));
6260 27 May 21 nicklas 28
6141 19 Feb 21 nicklas 29   private final String idField;
6133 16 Feb 21 nicklas 30   private final Set<Integer> rbaIds;
6241 21 May 21 nicklas 31   private final long timeLimit;
6248 25 May 21 nicklas 32   
6241 21 May 21 nicklas 33   private int totalCollect;
6248 25 May 21 nicklas 34   private int collectAfterTimeout;  
6248 25 May 21 nicklas 35   private NumericDocValues idValues;
6133 16 Feb 21 nicklas 36   
6553 27 Jan 22 nicklas 37   public RawBioAssayIdCollector(String idField, long timeLimit) 
6133 16 Feb 21 nicklas 38   {
6141 19 Feb 21 nicklas 39     this.idField = idField;
6233 17 May 21 nicklas 40     this.rbaIds = new HashSet<>();
6248 25 May 21 nicklas 41     this.timeLimit = timeLimit <= 0 ? Long.MAX_VALUE : timeLimit;
6133 16 Feb 21 nicklas 42   }
6133 16 Feb 21 nicklas 43   
6133 16 Feb 21 nicklas 44   @Override
6133 16 Feb 21 nicklas 45   public void collect(int docId)
6133 16 Feb 21 nicklas 46     throws IOException
6133 16 Feb 21 nicklas 47   {
6241 21 May 21 nicklas 48     totalCollect++;
6241 21 May 21 nicklas 49     if (System.currentTimeMillis() < timeLimit)
6241 21 May 21 nicklas 50     {
6248 25 May 21 nicklas 51       if (idValues.advanceExact(docId))
6248 25 May 21 nicklas 52       {
6248 25 May 21 nicklas 53         rbaIds.add((int)idValues.longValue());
6248 25 May 21 nicklas 54       }
6248 25 May 21 nicklas 55       else
6248 25 May 21 nicklas 56       {
6260 27 May 21 nicklas 57         logger.warn("Could not advance while collecting search results: "+docId);
6248 25 May 21 nicklas 58       }
6241 21 May 21 nicklas 59     }
6241 21 May 21 nicklas 60     else
6241 21 May 21 nicklas 61     {
6241 21 May 21 nicklas 62       collectAfterTimeout++;
6241 21 May 21 nicklas 63     }
6133 16 Feb 21 nicklas 64   }
6133 16 Feb 21 nicklas 65   @Override
6133 16 Feb 21 nicklas 66   protected void doSetNextReader(LeafReaderContext context)
6133 16 Feb 21 nicklas 67     throws IOException
6133 16 Feb 21 nicklas 68   {
6248 25 May 21 nicklas 69     idValues = DocValues.getNumeric(context.reader(), idField);
6133 16 Feb 21 nicklas 70   }
6133 16 Feb 21 nicklas 71   @Override
6133 16 Feb 21 nicklas 72   public ScoreMode scoreMode()
6133 16 Feb 21 nicklas 73   {
6133 16 Feb 21 nicklas 74     return ScoreMode.COMPLETE_NO_SCORES;
6133 16 Feb 21 nicklas 75   }
6133 16 Feb 21 nicklas 76
6233 17 May 21 nicklas 77   /**
6233 17 May 21 nicklas 78     Get all collected raw bioassay ids.
6233 17 May 21 nicklas 79    */
6233 17 May 21 nicklas 80   public Set<Integer> getRbaIds()
6233 17 May 21 nicklas 81   {
6233 17 May 21 nicklas 82     return rbaIds;
6233 17 May 21 nicklas 83   }
6233 17 May 21 nicklas 84   
6233 17 May 21 nicklas 85   /**
6241 21 May 21 nicklas 86     Get the total number of calls to collect.
6241 21 May 21 nicklas 87   */
6241 21 May 21 nicklas 88   public int getNumTotalCollect()
6241 21 May 21 nicklas 89   {
6241 21 May 21 nicklas 90     return totalCollect;
6241 21 May 21 nicklas 91   }
6241 21 May 21 nicklas 92   
6241 21 May 21 nicklas 93   /**
6241 21 May 21 nicklas 94     Get the number of calls to collect after timeout.
6241 21 May 21 nicklas 95   */
6241 21 May 21 nicklas 96   public int getNumCollectAfterTimeout()
6241 21 May 21 nicklas 97   {
6241 21 May 21 nicklas 98     return collectAfterTimeout;
6241 21 May 21 nicklas 99   }
6233 17 May 21 nicklas 100
6133 16 Feb 21 nicklas 101 }

Generated on Tue Nov 21 03:38:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)