extensions/net.sf.basedb.varsearch/trunk/src/net/sf/basedb/varsearch/query/RawBioAssayIdCollectorManager.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6233 17 May 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.varsearch.query;
6233 17 May 21 nicklas 2
6233 17 May 21 nicklas 3 import java.io.IOException;
6233 17 May 21 nicklas 4 import java.util.Collection;
6233 17 May 21 nicklas 5
6233 17 May 21 nicklas 6 import org.apache.lucene.search.CollectorManager;
6241 21 May 21 nicklas 7 import org.slf4j.LoggerFactory;
6233 17 May 21 nicklas 8
7074 24 Mar 23 nicklas 9 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLog;
7074 24 Mar 23 nicklas 10 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLogger;
7074 24 Mar 23 nicklas 11
6233 17 May 21 nicklas 12 /**
6233 17 May 21 nicklas 13   Collector manager for multi-threaded searching. The index searcher
6233 17 May 21 nicklas 14   create {@link RawBioAssayIdCollector} instances as needed. The
6233 17 May 21 nicklas 15   results are then merged in by the reduce() method.
6233 17 May 21 nicklas 16 */
6233 17 May 21 nicklas 17 public class RawBioAssayIdCollectorManager 
6241 21 May 21 nicklas 18   implements CollectorManager<RawBioAssayIdCollector, QueryResult>
6233 17 May 21 nicklas 19 {
6241 21 May 21 nicklas 20   
7074 24 Mar 23 nicklas 21   private static final ExtensionsLogger logger = 
7074 24 Mar 23 nicklas 22       ExtensionsLog.getLogger(LuceneQueryFactory.ID, true).wrap(LoggerFactory.getLogger(RawBioAssayIdCollectorManager.class));
6233 17 May 21 nicklas 23
6233 17 May 21 nicklas 24   private final String idField;
6241 21 May 21 nicklas 25   private final int timeOutInSeconds;
6241 21 May 21 nicklas 26   private final long timeLimit;
6241 21 May 21 nicklas 27
6241 21 May 21 nicklas 28   private int numCollectors;
6233 17 May 21 nicklas 29   
6553 27 Jan 22 nicklas 30   public RawBioAssayIdCollectorManager(String idField, int timeOutInSeconds) 
6233 17 May 21 nicklas 31   {
6233 17 May 21 nicklas 32     this.idField = idField;
6241 21 May 21 nicklas 33     this.timeOutInSeconds = timeOutInSeconds;
6241 21 May 21 nicklas 34     this.timeLimit = timeOutInSeconds <= 0 ? Long.MAX_VALUE : System.currentTimeMillis()+1000*timeOutInSeconds;
6233 17 May 21 nicklas 35   }
6233 17 May 21 nicklas 36
6233 17 May 21 nicklas 37   @Override
6233 17 May 21 nicklas 38   public RawBioAssayIdCollector newCollector() 
6233 17 May 21 nicklas 39     throws IOException
6233 17 May 21 nicklas 40   {
6241 21 May 21 nicklas 41     numCollectors++;
6246 24 May 21 nicklas 42     logger.trace("newCollector: " + numCollectors);
6553 27 Jan 22 nicklas 43     return new RawBioAssayIdCollector(idField, timeLimit);
6233 17 May 21 nicklas 44   }
6233 17 May 21 nicklas 45
6233 17 May 21 nicklas 46   @Override
6241 21 May 21 nicklas 47   public QueryResult reduce(Collection<RawBioAssayIdCollector> collectors) 
6233 17 May 21 nicklas 48     throws IOException 
6233 17 May 21 nicklas 49   {
6241 21 May 21 nicklas 50     QueryResult result = new QueryResult(timeOutInSeconds);
6233 17 May 21 nicklas 51     for (RawBioAssayIdCollector c : collectors)
6233 17 May 21 nicklas 52     {
6246 24 May 21 nicklas 53       if (logger.isTraceEnabled())
6241 21 May 21 nicklas 54       {
6246 24 May 21 nicklas 55         logger.trace("mergeResults: rba="+c.getRbaIds().size()+"; variants=" + c.getNumTotalCollect()+"; after timeout="+c.getNumCollectAfterTimeout());
6241 21 May 21 nicklas 56       }
6241 21 May 21 nicklas 57       result.mergeResults(c);
6233 17 May 21 nicklas 58     }
6241 21 May 21 nicklas 59     return result;
6233 17 May 21 nicklas 60   }
6233 17 May 21 nicklas 61   
6233 17 May 21 nicklas 62 }

Generated on Tue Nov 21 03:38:33 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)