extensions/net.sf.basedb.varsearch/trunk/src/net/sf/basedb/varsearch/query/SnpCollector.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6547 24 Jan 22 nicklas 1 package net.sf.basedb.varsearch.query;
6547 24 Jan 22 nicklas 2
6547 24 Jan 22 nicklas 3 import java.io.IOException;
6547 24 Jan 22 nicklas 4 import java.util.Collection;
6548 24 Jan 22 nicklas 5 import java.util.HashMap;
6548 24 Jan 22 nicklas 6 import java.util.Map;
6547 24 Jan 22 nicklas 7
6547 24 Jan 22 nicklas 8 import org.apache.lucene.document.Document;
6551 26 Jan 22 nicklas 9 import org.apache.lucene.document.StoredField;
6550 25 Jan 22 nicklas 10 import org.apache.lucene.index.LeafReader;
6547 24 Jan 22 nicklas 11 import org.apache.lucene.index.LeafReaderContext;
6559 01 Feb 22 nicklas 12 import org.apache.lucene.search.BooleanClause.Occur;
6547 24 Jan 22 nicklas 13 import org.apache.lucene.search.ScoreMode;
6547 24 Jan 22 nicklas 14 import org.apache.lucene.search.SimpleCollector;
6547 24 Jan 22 nicklas 15
6547 24 Jan 22 nicklas 16 /**
6547 24 Jan 22 nicklas 17   Collect SNP ID values and all matching documents from a query.
6547 24 Jan 22 nicklas 18 */
6547 24 Jan 22 nicklas 19 public class SnpCollector
6547 24 Jan 22 nicklas 20   extends SimpleCollector
6547 24 Jan 22 nicklas 21 {
6547 24 Jan 22 nicklas 22   
6550 25 Jan 22 nicklas 23   private final Map<String, SnpDocument> snpDocuments;
6549 25 Jan 22 nicklas 24   private final int maxHits;
6555 27 Jan 22 nicklas 25   private final String requestedGt;
6559 01 Feb 22 nicklas 26   private final Occur requestedGtOccur;
6549 25 Jan 22 nicklas 27   private int totalHits = 0;
6550 25 Jan 22 nicklas 28   private LeafReader reader;
6547 24 Jan 22 nicklas 29   
6559 01 Feb 22 nicklas 30   public SnpCollector(int maxHits, String requestedGt, Occur requestedGtOccur) 
6547 24 Jan 22 nicklas 31   {
6549 25 Jan 22 nicklas 32     this.maxHits = maxHits;
6555 27 Jan 22 nicklas 33     this.requestedGt = requestedGt;
6559 01 Feb 22 nicklas 34     this.requestedGtOccur = requestedGtOccur;
6548 24 Jan 22 nicklas 35     this.snpDocuments = new HashMap<>();
6547 24 Jan 22 nicklas 36   }
6547 24 Jan 22 nicklas 37   
6547 24 Jan 22 nicklas 38   /**
6555 27 Jan 22 nicklas 39     Get the total number of matching SNPs.
6555 27 Jan 22 nicklas 40   */
6555 27 Jan 22 nicklas 41   public int getNumSnps()
6548 24 Jan 22 nicklas 42   {
6555 27 Jan 22 nicklas 43     return totalHits;
6548 24 Jan 22 nicklas 44   }
6548 24 Jan 22 nicklas 45   
6548 24 Jan 22 nicklas 46   /**
6555 27 Jan 22 nicklas 47     Get the genotype that the query requested for all hits.
6555 27 Jan 22 nicklas 48     If null, the hits should have either 0/1 or 1/1.
6547 24 Jan 22 nicklas 49   */
6555 27 Jan 22 nicklas 50   public String getRequstedGt()
6547 24 Jan 22 nicklas 51   {
6555 27 Jan 22 nicklas 52     return requestedGt;
6547 24 Jan 22 nicklas 53   }
6547 24 Jan 22 nicklas 54   
6547 24 Jan 22 nicklas 55   /**
6559 01 Feb 22 nicklas 56     MUST or MUST_NOT depening on if the requested genotype should
6559 01 Feb 22 nicklas 57     match or not.
6559 01 Feb 22 nicklas 58   */
6559 01 Feb 22 nicklas 59   public Occur getRequstedGtOccur()
6559 01 Feb 22 nicklas 60   {
6559 01 Feb 22 nicklas 61     return requestedGtOccur;
6559 01 Feb 22 nicklas 62   }
6559 01 Feb 22 nicklas 63   
6559 01 Feb 22 nicklas 64   /**
6547 24 Jan 22 nicklas 65     Get all matching SNP ID values.
6547 24 Jan 22 nicklas 66   */
6547 24 Jan 22 nicklas 67   public Collection<String> getSnpList()
6547 24 Jan 22 nicklas 68   {
6548 24 Jan 22 nicklas 69     return snpDocuments.keySet();
6547 24 Jan 22 nicklas 70   }
6547 24 Jan 22 nicklas 71   /**
6547 24 Jan 22 nicklas 72     Get all matching documents.
6547 24 Jan 22 nicklas 73   */
6550 25 Jan 22 nicklas 74   public Collection<SnpDocument> getDocuments()
6547 24 Jan 22 nicklas 75   {
6548 24 Jan 22 nicklas 76     return snpDocuments.values();
6547 24 Jan 22 nicklas 77   }
6547 24 Jan 22 nicklas 78
6547 24 Jan 22 nicklas 79   @Override
6547 24 Jan 22 nicklas 80   public void collect(int docId)
6547 24 Jan 22 nicklas 81     throws IOException
6547 24 Jan 22 nicklas 82   {
6549 25 Jan 22 nicklas 83     if (totalHits < maxHits)
6549 25 Jan 22 nicklas 84     {
6550 25 Jan 22 nicklas 85       Document doc = reader.document(docId);
6549 25 Jan 22 nicklas 86       String val = doc.get("snpId");
6550 25 Jan 22 nicklas 87       if (val != null) snpDocuments.put(val, new SnpDocument(val, doc));
6549 25 Jan 22 nicklas 88     }
6549 25 Jan 22 nicklas 89     totalHits++;
6547 24 Jan 22 nicklas 90   }
6547 24 Jan 22 nicklas 91   @Override
6547 24 Jan 22 nicklas 92   protected void doSetNextReader(LeafReaderContext context)
6547 24 Jan 22 nicklas 93     throws IOException
6547 24 Jan 22 nicklas 94   {
6550 25 Jan 22 nicklas 95     reader = context.reader();
6547 24 Jan 22 nicklas 96   }
6547 24 Jan 22 nicklas 97   @Override
6547 24 Jan 22 nicklas 98   public ScoreMode scoreMode()
6547 24 Jan 22 nicklas 99   {
6547 24 Jan 22 nicklas 100     return ScoreMode.COMPLETE_NO_SCORES;
6547 24 Jan 22 nicklas 101   }
6547 24 Jan 22 nicklas 102
6550 25 Jan 22 nicklas 103   /**
6550 25 Jan 22 nicklas 104     Wrapper around a Document instance that also holds
6553 27 Jan 22 nicklas 105     a shortcut to the 'gt' and 'file2' fields so that we
6553 27 Jan 22 nicklas 106     can set it when displaying hits for raw bioassays.
6550 25 Jan 22 nicklas 107   */
6550 25 Jan 22 nicklas 108   public static class SnpDocument
6550 25 Jan 22 nicklas 109   {
6550 25 Jan 22 nicklas 110     public final Document document;
6550 25 Jan 22 nicklas 111     public final String snpId;
6553 27 Jan 22 nicklas 112     public final StoredField gt;
6550 25 Jan 22 nicklas 113     
6550 25 Jan 22 nicklas 114     public SnpDocument(String snpId, Document doc)
6550 25 Jan 22 nicklas 115     {
6550 25 Jan 22 nicklas 116       this.snpId = snpId;
6550 25 Jan 22 nicklas 117       this.document = doc;
6553 27 Jan 22 nicklas 118       this.gt = new StoredField("gt", "");
6553 27 Jan 22 nicklas 119       document.add(gt);
6550 25 Jan 22 nicklas 120     }
6550 25 Jan 22 nicklas 121     
6550 25 Jan 22 nicklas 122     /**
6550 25 Jan 22 nicklas 123       Get the 'gt' value.
6550 25 Jan 22 nicklas 124     */
6550 25 Jan 22 nicklas 125     public String gt()
6550 25 Jan 22 nicklas 126     {
6553 27 Jan 22 nicklas 127       return gt.stringValue();
6550 25 Jan 22 nicklas 128     }
6550 25 Jan 22 nicklas 129   }
6547 24 Jan 22 nicklas 130 }

Generated on Tue Nov 21 03:38:33 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)