extensions/net.sf.basedb.varsearch/trunk/src/net/sf/basedb/varsearch/query/SortByChromAndPos.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6263 28 May 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.varsearch.query;
6263 28 May 21 nicklas 2
6263 28 May 21 nicklas 3 import java.util.Comparator;
6263 28 May 21 nicklas 4
6263 28 May 21 nicklas 5 import org.apache.lucene.document.Document;
6263 28 May 21 nicklas 6
6263 28 May 21 nicklas 7 import net.sf.basedb.util.Values;
6263 28 May 21 nicklas 8
6263 28 May 21 nicklas 9 /**
6377 08 Sep 21 nicklas 10   Sort documents in chromosome and position order. If they are the same,
6377 08 Sep 21 nicklas 11   the ref and alt values are also considered.
6263 28 May 21 nicklas 12   @since 1.0
6263 28 May 21 nicklas 13 */
6263 28 May 21 nicklas 14 public class SortByChromAndPos 
6263 28 May 21 nicklas 15   implements Comparator<Document>
6263 28 May 21 nicklas 16 {
6263 28 May 21 nicklas 17
6263 28 May 21 nicklas 18   public SortByChromAndPos() 
6263 28 May 21 nicklas 19   {}
6263 28 May 21 nicklas 20   
6263 28 May 21 nicklas 21   @Override
6263 28 May 21 nicklas 22   public int compare(Document o1, Document o2) 
6263 28 May 21 nicklas 23   {
6263 28 May 21 nicklas 24     String chr1 = makeComparable(o1.get("chrom"));
6263 28 May 21 nicklas 25     String chr2 = makeComparable(o2.get("chrom"));
6263 28 May 21 nicklas 26     int c = chr1.compareTo(chr2);
6263 28 May 21 nicklas 27     if (c != 0) return c;
6263 28 May 21 nicklas 28     
6263 28 May 21 nicklas 29     long pos1 = Values.getLong(o1.get("pos"));
6263 28 May 21 nicklas 30     long pos2 = Values.getLong(o2.get("pos"));
6377 08 Sep 21 nicklas 31     if (pos1 != pos2) return pos1 < pos2 ? -1 : 1;
6377 08 Sep 21 nicklas 32     
6377 08 Sep 21 nicklas 33     String refAlt1 = o1.get("ref")+">"+o1.get("alt");
6377 08 Sep 21 nicklas 34     String refAlt2 =  o2.get("ref")+">"+o2.get("alt");
6377 08 Sep 21 nicklas 35     return refAlt1.compareTo(refAlt2);
6263 28 May 21 nicklas 36   }
6263 28 May 21 nicklas 37   
6263 28 May 21 nicklas 38   /**
6263 28 May 21 nicklas 39     To solve the problem with chr1, chr11, ... , chr2 we 
6263 28 May 21 nicklas 40     insert a 0 before the number. Other values such as 'chrX' 
6263 28 May 21 nicklas 41     etc. should automatically be correct.
6263 28 May 21 nicklas 42   */
6263 28 May 21 nicklas 43   private String makeComparable(String chr)
6263 28 May 21 nicklas 44   {
6263 28 May 21 nicklas 45     if (chr.length() == 4)
6263 28 May 21 nicklas 46     {
6263 28 May 21 nicklas 47       char last = chr.charAt(3);
6263 28 May 21 nicklas 48       if (last >= '0' && last <= '9') chr = "chr0"+chr.substring(3);
6263 28 May 21 nicklas 49     }
6263 28 May 21 nicklas 50     return chr;
6263 28 May 21 nicklas 51   }
6263 28 May 21 nicklas 52   
6263 28 May 21 nicklas 53 }

Generated on Tue Nov 21 03:38:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)