extensions/net.sf.basedb.varsearch/trunk/src/net/sf/basedb/varsearch/vcf/VcfParser.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6170 17 Mar 21 nicklas 1 package net.sf.basedb.varsearch.vcf;
6170 17 Mar 21 nicklas 2
6170 17 Mar 21 nicklas 3 import java.io.BufferedReader;
6170 17 Mar 21 nicklas 4 import java.io.Closeable;
6170 17 Mar 21 nicklas 5 import java.io.IOException;
6170 17 Mar 21 nicklas 6 import java.io.InputStreamReader;
6376 07 Sep 21 nicklas 7 import java.util.ArrayList;
6376 07 Sep 21 nicklas 8 import java.util.List;
6170 17 Mar 21 nicklas 9 import java.util.regex.Matcher;
6170 17 Mar 21 nicklas 10 import java.util.regex.Pattern;
6170 17 Mar 21 nicklas 11
7303 28 Aug 23 nicklas 12 import org.apache.commons.compress.compressors.gzip.GzipCompressorInputStream;
7303 28 Aug 23 nicklas 13
6170 17 Mar 21 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.File;
6170 17 Mar 21 nicklas 15 import net.sf.basedb.util.FileUtil;
6556 28 Jan 22 nicklas 16 import net.sf.basedb.util.InputStreamTracker;
6376 07 Sep 21 nicklas 17 import net.sf.basedb.util.Values;
6551 26 Jan 22 nicklas 18 import net.sf.basedb.util.filter.Filter;
6170 17 Mar 21 nicklas 19
6170 17 Mar 21 nicklas 20 /**
6170 17 Mar 21 nicklas 21   Parser for VCF files.
6170 17 Mar 21 nicklas 22 */
6170 17 Mar 21 nicklas 23 public class VcfParser 
6170 17 Mar 21 nicklas 24   implements Closeable
6170 17 Mar 21 nicklas 25 {
6170 17 Mar 21 nicklas 26
7303 28 Aug 23 nicklas 27   private final InputStreamTracker vcfIn;
7303 28 Aug 23 nicklas 28   private final BufferedReader vcfReader;
6170 17 Mar 21 nicklas 29   
6170 17 Mar 21 nicklas 30   private VcfHeader header;
6170 17 Mar 21 nicklas 31   private int lineNo;
6170 17 Mar 21 nicklas 32   private int infoCol;
6170 17 Mar 21 nicklas 33   private int formatCol;
6170 17 Mar 21 nicklas 34   
6170 17 Mar 21 nicklas 35   public VcfParser(File vcf)
6170 17 Mar 21 nicklas 36     throws IOException
6170 17 Mar 21 nicklas 37   {
6556 28 Jan 22 nicklas 38     vcfIn = new InputStreamTracker(vcf.getDownloadStream(0));
6556 28 Jan 22 nicklas 39     vcfReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
7303 28 Aug 23 nicklas 40         vcf.getName().endsWith(".gz") ? new GzipCompressorInputStream(vcfIn, true) : vcfIn));
6170 17 Mar 21 nicklas 41   }
6170 17 Mar 21 nicklas 42
6556 28 Jan 22 nicklas 43   /**
6556 28 Jan 22 nicklas 44     Get the number of bytes that has been parsed from the VCF file so far.
6556 28 Jan 22 nicklas 45     @since 1.5
6556 28 Jan 22 nicklas 46   */
6556 28 Jan 22 nicklas 47   public long getParsedBytes()
6556 28 Jan 22 nicklas 48   {
6556 28 Jan 22 nicklas 49     return vcfIn.getNumRead();
6556 28 Jan 22 nicklas 50   }
6556 28 Jan 22 nicklas 51   
6170 17 Mar 21 nicklas 52   @Override
6170 17 Mar 21 nicklas 53   public void close() 
6170 17 Mar 21 nicklas 54   {
6170 17 Mar 21 nicklas 55     FileUtil.close(vcfReader);
6170 17 Mar 21 nicklas 56     FileUtil.close(vcfIn);
6170 17 Mar 21 nicklas 57   }
6170 17 Mar 21 nicklas 58   
6170 17 Mar 21 nicklas 59   /**
6170 17 Mar 21 nicklas 60     Parse the file until the header line is found.
6170 17 Mar 21 nicklas 61     @return A VcfHeader instance or null if not header is found
6170 17 Mar 21 nicklas 62   */
6170 17 Mar 21 nicklas 63   public VcfHeader parseHeaders()
6170 17 Mar 21 nicklas 64     throws IOException
6170 17 Mar 21 nicklas 65   {
6170 17 Mar 21 nicklas 66     // Read until we find #CHROM
6170 17 Mar 21 nicklas 67     String line;
6170 17 Mar 21 nicklas 68     String annHeader = null;
6170 17 Mar 21 nicklas 69     do
6170 17 Mar 21 nicklas 70     {
6170 17 Mar 21 nicklas 71       line = vcfReader.readLine();
6170 17 Mar 21 nicklas 72       if (line != null && line.contains("ID=ANN")) annHeader = line;
6170 17 Mar 21 nicklas 73     } while (line != null && !line.startsWith("#CHROM"));
6170 17 Mar 21 nicklas 74     
6170 17 Mar 21 nicklas 75     if (line != null)
6170 17 Mar 21 nicklas 76     {
6170 17 Mar 21 nicklas 77       header = new VcfHeader(line, annHeader);
6170 17 Mar 21 nicklas 78       lineNo = 0;
6170 17 Mar 21 nicklas 79       infoCol = header.indexOf("INFO");
6170 17 Mar 21 nicklas 80       formatCol = header.indexOf("FORMAT");
6170 17 Mar 21 nicklas 81     }
6170 17 Mar 21 nicklas 82     
6170 17 Mar 21 nicklas 83     return header;
6170 17 Mar 21 nicklas 84   }
6170 17 Mar 21 nicklas 85   
6170 17 Mar 21 nicklas 86   /**
6170 17 Mar 21 nicklas 87     Parse the next line of data.
6170 17 Mar 21 nicklas 88     @return A VcfLine instance or null if there are no more data
6170 17 Mar 21 nicklas 89   */
6170 17 Mar 21 nicklas 90   public VcfLine nextLine()
6170 17 Mar 21 nicklas 91     throws IOException
6170 17 Mar 21 nicklas 92   {
6170 17 Mar 21 nicklas 93     
6170 17 Mar 21 nicklas 94     String line = vcfReader.readLine();
6170 17 Mar 21 nicklas 95     if (line == null) return null;
6170 17 Mar 21 nicklas 96     
6170 17 Mar 21 nicklas 97     lineNo++;
6170 17 Mar 21 nicklas 98     VcfLine variant = new VcfLine(lineNo, line, infoCol, formatCol);
6170 17 Mar 21 nicklas 99
6170 17 Mar 21 nicklas 100     return variant;
6170 17 Mar 21 nicklas 101   }
6170 17 Mar 21 nicklas 102   
6170 17 Mar 21 nicklas 103   /**
6551 26 Jan 22 nicklas 104     Parse the VCF file until a line that is matching the filter is found.
6170 17 Mar 21 nicklas 105     @return A VcfLine instance or null if the line doesn't exists
6170 17 Mar 21 nicklas 106   */
6551 26 Jan 22 nicklas 107   public VcfLine parseToLine(Filter<VcfLine> toLine)
6170 17 Mar 21 nicklas 108     throws IOException
6170 17 Mar 21 nicklas 109   {
6170 17 Mar 21 nicklas 110     VcfLine line = null;
6170 17 Mar 21 nicklas 111     do
6170 17 Mar 21 nicklas 112     {
6170 17 Mar 21 nicklas 113       line = nextLine();
6551 26 Jan 22 nicklas 114     } while (line != null && !toLine.evaluate(line));
6170 17 Mar 21 nicklas 115     return line;
6170 17 Mar 21 nicklas 116   }
6170 17 Mar 21 nicklas 117   
6170 17 Mar 21 nicklas 118   private static final Info[] EMPTY_INFO = new Info[0];
6170 17 Mar 21 nicklas 119   private static final String[] EMPTY = new String[0];
6170 17 Mar 21 nicklas 120
6170 17 Mar 21 nicklas 121   /**
6170 17 Mar 21 nicklas 122     Hold information about the VCF header
6170 17 Mar 21 nicklas 123   */
6170 17 Mar 21 nicklas 124   public static class VcfHeader
6170 17 Mar 21 nicklas 125   {
6170 17 Mar 21 nicklas 126     
6170 17 Mar 21 nicklas 127     private final String[] cols;
6170 17 Mar 21 nicklas 128     private String[] ann = EMPTY;
6170 17 Mar 21 nicklas 129     
6170 17 Mar 21 nicklas 130     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 131       Create header information for the VCF.
6170 17 Mar 21 nicklas 132       @param header The header line in the VCF (starting with #CHROM)
6170 17 Mar 21 nicklas 133       @param annHeader The ANN header is needed to parse columns in the ANN annotation
6170 17 Mar 21 nicklas 134     */
6170 17 Mar 21 nicklas 135     VcfHeader(String header, String annHeader)
6170 17 Mar 21 nicklas 136     {
6170 17 Mar 21 nicklas 137       this.cols = header.split("\\t");
6170 17 Mar 21 nicklas 138       if (annHeader != null)
6170 17 Mar 21 nicklas 139       {
6170 17 Mar 21 nicklas 140         Matcher m = Pattern.compile("Description=.*\\'(.*)\\'").matcher(annHeader);
6170 17 Mar 21 nicklas 141         if (m.find()) this.ann = m.group(1).split("\\s\\|\\s");
6170 17 Mar 21 nicklas 142       }
6170 17 Mar 21 nicklas 143     }
6170 17 Mar 21 nicklas 144     
6170 17 Mar 21 nicklas 145     /**
6174 19 Mar 21 nicklas 146       Get all column headers.
6174 19 Mar 21 nicklas 147     */
6174 19 Mar 21 nicklas 148     public String[] headers()
6174 19 Mar 21 nicklas 149     {
6174 19 Mar 21 nicklas 150       return cols;
6174 19 Mar 21 nicklas 151     }
6174 19 Mar 21 nicklas 152     
6174 19 Mar 21 nicklas 153     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 154       Find the column index of the given header.
6170 17 Mar 21 nicklas 155       @return -1 if the header is not found
6170 17 Mar 21 nicklas 156     */
6170 17 Mar 21 nicklas 157     public int indexOf(String header)
6170 17 Mar 21 nicklas 158     {
6170 17 Mar 21 nicklas 159       int idx = 0;
6170 17 Mar 21 nicklas 160       while (idx < cols.length)
6170 17 Mar 21 nicklas 161       {
6170 17 Mar 21 nicklas 162         if (header.equals(cols[idx])) return idx;
6170 17 Mar 21 nicklas 163         idx++;
6170 17 Mar 21 nicklas 164       }
6170 17 Mar 21 nicklas 165       return -1;
6170 17 Mar 21 nicklas 166     }
6170 17 Mar 21 nicklas 167     
6170 17 Mar 21 nicklas 168     /**
6174 19 Mar 21 nicklas 169       Get all ANN column headers.
6174 19 Mar 21 nicklas 170     */
6174 19 Mar 21 nicklas 171     public String[] annHeaders()
6174 19 Mar 21 nicklas 172     {
6174 19 Mar 21 nicklas 173       return ann;
6174 19 Mar 21 nicklas 174     }
6174 19 Mar 21 nicklas 175     
6174 19 Mar 21 nicklas 176     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 177       Find the column index of the given ANN header.
6170 17 Mar 21 nicklas 178       @return -1 if the header is not found
6170 17 Mar 21 nicklas 179     */
6170 17 Mar 21 nicklas 180     public int annIndexOf(String header)
6170 17 Mar 21 nicklas 181     {
6170 17 Mar 21 nicklas 182       int idx = 0;
6170 17 Mar 21 nicklas 183       while (idx < ann.length)
6170 17 Mar 21 nicklas 184       {
6170 17 Mar 21 nicklas 185         if (header.equals(ann[idx])) return idx;
6170 17 Mar 21 nicklas 186         idx++;
6170 17 Mar 21 nicklas 187       }
6170 17 Mar 21 nicklas 188       return -1;
6170 17 Mar 21 nicklas 189     }
6170 17 Mar 21 nicklas 190   }
6170 17 Mar 21 nicklas 191   
6170 17 Mar 21 nicklas 192   /**
6170 17 Mar 21 nicklas 193     Hold information about a VCF data line
6170 17 Mar 21 nicklas 194   */
6170 17 Mar 21 nicklas 195   public static class VcfLine
6170 17 Mar 21 nicklas 196   {
6170 17 Mar 21 nicklas 197     private final String line;
6170 17 Mar 21 nicklas 198     private final int lineNo;
6170 17 Mar 21 nicklas 199     private final String[] cols;
6170 17 Mar 21 nicklas 200     private Info[] info = EMPTY_INFO;
6170 17 Mar 21 nicklas 201     private String[] ann = EMPTY;
6170 17 Mar 21 nicklas 202     private Info[] format = EMPTY_INFO;
6170 17 Mar 21 nicklas 203     
6170 17 Mar 21 nicklas 204     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 205       Create line information.
6170 17 Mar 21 nicklas 206       
6170 17 Mar 21 nicklas 207       @param line The text line
6170 17 Mar 21 nicklas 208       @param infoCol Column index for the INFO column
6170 17 Mar 21 nicklas 209     */
6170 17 Mar 21 nicklas 210     VcfLine(int lineNo, String line, int infoCol, int formatCol)
6170 17 Mar 21 nicklas 211     {
6170 17 Mar 21 nicklas 212       this.lineNo = lineNo;
6170 17 Mar 21 nicklas 213       this.line = line;
6170 17 Mar 21 nicklas 214       this.cols = line.split("\\t");
6170 17 Mar 21 nicklas 215       if (0 <= infoCol && infoCol < cols.length) parseInfo(cols[infoCol]);
6170 17 Mar 21 nicklas 216       if (0 <= formatCol && formatCol < cols.length-1) parseFormat(cols[formatCol], cols[formatCol+1]);
6170 17 Mar 21 nicklas 217     }    
6170 17 Mar 21 nicklas 218   
6170 17 Mar 21 nicklas 219   
6170 17 Mar 21 nicklas 220     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 221       The INFO string is formatted as key-value pairs
6170 17 Mar 21 nicklas 222       separated with semi-colon, or flags with only a key:
6170 17 Mar 21 nicklas 223       
6170 17 Mar 21 nicklas 224       KEY1=VALUE1;KEY2=VALUE2;FLAG1;KEY4=VALUE4;FLAG2;....
6170 17 Mar 21 nicklas 225     */
6170 17 Mar 21 nicklas 226     private void parseInfo(String info)
6170 17 Mar 21 nicklas 227     {
6170 17 Mar 21 nicklas 228       
6170 17 Mar 21 nicklas 229       String[] tmp = info.split("\\;");
6170 17 Mar 21 nicklas 230       Info[] result = new Info[tmp.length];
6170 17 Mar 21 nicklas 231       
6170 17 Mar 21 nicklas 232       int r = 0;
6170 17 Mar 21 nicklas 233       for (String t : tmp)
6170 17 Mar 21 nicklas 234       {
6170 17 Mar 21 nicklas 235         String[] kv = t.split("\\=", 2);
6170 17 Mar 21 nicklas 236         if (kv.length == 1 || kv[1].length() == 0) continue; // We don't care about flags (so far)
6170 17 Mar 21 nicklas 237         
6170 17 Mar 21 nicklas 238         if ("ANN".equals(kv[0]))
6170 17 Mar 21 nicklas 239         {
6170 17 Mar 21 nicklas 240           // The ANN field is a table with rows separated by comma (,) 
6383 15 Sep 21 nicklas 241           // and columns separated by pipe (|). We get the FIRST ROW
6383 15 Sep 21 nicklas 242           // that is not one of (unless there are no other rows):
6383 15 Sep 21 nicklas 243           //  * structural_interaction_variant.
6383 15 Sep 21 nicklas 244           //  * protein_protein_contact
6383 15 Sep 21 nicklas 245           String[] annRows = kv[1].split("\\,");
6383 15 Sep 21 nicklas 246           String annTmp = annRows[0];
6383 15 Sep 21 nicklas 247           for (String annRow : annRows)
6383 15 Sep 21 nicklas 248           {
6383 15 Sep 21 nicklas 249             // TODO -- if we find more effects that should be ignored a better solution is needed
6383 15 Sep 21 nicklas 250             if (annRow.contains("structural_interaction") || annRow.contains("protein_protein_contact"))
6383 15 Sep 21 nicklas 251             {
6383 15 Sep 21 nicklas 252               continue;
6383 15 Sep 21 nicklas 253             }
6383 15 Sep 21 nicklas 254             annTmp = annRow;
6383 15 Sep 21 nicklas 255             break;
6383 15 Sep 21 nicklas 256           }
6383 15 Sep 21 nicklas 257           ann = annTmp.split("\\|", -1);
6170 17 Mar 21 nicklas 258         }
6170 17 Mar 21 nicklas 259         else
6170 17 Mar 21 nicklas 260         {
6170 17 Mar 21 nicklas 261           result[r] = new Info(kv[0], kv[1]);
6170 17 Mar 21 nicklas 262           r++;
6170 17 Mar 21 nicklas 263         }
6170 17 Mar 21 nicklas 264       }
6170 17 Mar 21 nicklas 265       
6170 17 Mar 21 nicklas 266       if (r < result.length)
6170 17 Mar 21 nicklas 267       {
6170 17 Mar 21 nicklas 268         Info[] result2 = new Info[r];
6170 17 Mar 21 nicklas 269         System.arraycopy(result, 0, result2, 0, r);
6170 17 Mar 21 nicklas 270         result = result2;
6170 17 Mar 21 nicklas 271       }
6170 17 Mar 21 nicklas 272       this.info = result;
6170 17 Mar 21 nicklas 273     }
6170 17 Mar 21 nicklas 274
6170 17 Mar 21 nicklas 275     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 276       The FORMAT string is formatted as list with keys
6170 17 Mar 21 nicklas 277       separated with colon. VALUES is a separate string
6170 17 Mar 21 nicklas 278       with values also separated with colon. The two
6170 17 Mar 21 nicklas 279       strings should have the same number of elements.
6170 17 Mar 21 nicklas 280       
6170 17 Mar 21 nicklas 281       KEY1:KEY2:KEY3  VALUE1:VALUE2:VALUE3
6170 17 Mar 21 nicklas 282     */
6170 17 Mar 21 nicklas 283     private void parseFormat(String format, String values)
6170 17 Mar 21 nicklas 284     {
6170 17 Mar 21 nicklas 285       String[] keys = format.split("\\:");
6170 17 Mar 21 nicklas 286       String[] vals = values.split("\\:");
6376 07 Sep 21 nicklas 287       List<Info> result = new ArrayList<>();
6376 07 Sep 21 nicklas 288       String ad = null;
6376 07 Sep 21 nicklas 289       String af = null;
6376 07 Sep 21 nicklas 290       String vd = null;
6376 07 Sep 21 nicklas 291       for (int i = 0; i < Math.min(keys.length, vals.length); i++)
6170 17 Mar 21 nicklas 292       {
6376 07 Sep 21 nicklas 293         result.add(new Info(keys[i], vals[i]));
6376 07 Sep 21 nicklas 294         if ("AD".equals(keys[i])) ad = vals[i];
6376 07 Sep 21 nicklas 295         if ("AF".equals(keys[i])) af = vals[i];
6376 07 Sep 21 nicklas 296         if ("VD".equals(keys[i])) vd = vals[i];
6170 17 Mar 21 nicklas 297       }
6376 07 Sep 21 nicklas 298       // If the AF and VD fields are missing calculate them from the AD field
6376 07 Sep 21 nicklas 299       if (ad != null)
6376 07 Sep 21 nicklas 300       {
6376 07 Sep 21 nicklas 301         String[] tmp = ad.split(",");
6404 17 Sep 21 nicklas 302         if (af == null && tmp.length >= 2)
6376 07 Sep 21 nicklas 303         {
6376 07 Sep 21 nicklas 304           float ref = Values.getFloat(tmp[0]);
6376 07 Sep 21 nicklas 305           float alt = Values.getFloat(tmp[1]);
6376 07 Sep 21 nicklas 306           if (ref > 0 || alt > 0) 
6376 07 Sep 21 nicklas 307           {
6376 07 Sep 21 nicklas 308             result.add(new Info("AF", Values.formatNumber(alt / (ref+alt), 3)));
6376 07 Sep 21 nicklas 309           }
6376 07 Sep 21 nicklas 310         }
6404 17 Sep 21 nicklas 311         if (vd == null && tmp.length >= 2)
6376 07 Sep 21 nicklas 312         {
6376 07 Sep 21 nicklas 313           result.add(new Info("VD", tmp[1]));
6376 07 Sep 21 nicklas 314         }
6376 07 Sep 21 nicklas 315       }
6376 07 Sep 21 nicklas 316       this.format = result.toArray(new Info[result.size()]);
6170 17 Mar 21 nicklas 317     }
6170 17 Mar 21 nicklas 318     
6170 17 Mar 21 nicklas 319     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 320       The raw line data.
6170 17 Mar 21 nicklas 321     */
6170 17 Mar 21 nicklas 322     public String line()
6170 17 Mar 21 nicklas 323     {
6170 17 Mar 21 nicklas 324       return line;
6170 17 Mar 21 nicklas 325     }
6170 17 Mar 21 nicklas 326     
6170 17 Mar 21 nicklas 327     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 328       Line number in the VCF file.
6170 17 Mar 21 nicklas 329     */
6170 17 Mar 21 nicklas 330     public int lineNo()
6170 17 Mar 21 nicklas 331     {
6170 17 Mar 21 nicklas 332       return lineNo;
6170 17 Mar 21 nicklas 333     }
6170 17 Mar 21 nicklas 334     
6170 17 Mar 21 nicklas 335     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 336       Get the value from the given column.
6170 17 Mar 21 nicklas 337       @return null if the column doesn't exists
6170 17 Mar 21 nicklas 338     */
6170 17 Mar 21 nicklas 339     public String col(int index)
6170 17 Mar 21 nicklas 340     {
6170 17 Mar 21 nicklas 341       return 0 <= index && index < cols.length ? cols[index] : null;
6170 17 Mar 21 nicklas 342     }
6170 17 Mar 21 nicklas 343     
6170 17 Mar 21 nicklas 344     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 345       Get the value from the given column as a numeric Long value.
6170 17 Mar 21 nicklas 346       @return null if the column doesn't exists or if the value can't be parsed as a number
6170 17 Mar 21 nicklas 347     */
6170 17 Mar 21 nicklas 348     public Long longValue(int index)
6170 17 Mar 21 nicklas 349     {
6170 17 Mar 21 nicklas 350       String val = col(index);
6170 17 Mar 21 nicklas 351       if (val == null) return null;
6170 17 Mar 21 nicklas 352       try
6170 17 Mar 21 nicklas 353       {
6170 17 Mar 21 nicklas 354         return Long.parseLong(val);
6170 17 Mar 21 nicklas 355       }
6170 17 Mar 21 nicklas 356       catch (NumberFormatException ex)
6170 17 Mar 21 nicklas 357       {}
6170 17 Mar 21 nicklas 358       return null;
6170 17 Mar 21 nicklas 359     }
6170 17 Mar 21 nicklas 360   
6170 17 Mar 21 nicklas 361     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 362       Get the value from the given ANN column.
6170 17 Mar 21 nicklas 363       @return null if the column doesn't exists
6170 17 Mar 21 nicklas 364     */
6170 17 Mar 21 nicklas 365     public String ann(int index)
6170 17 Mar 21 nicklas 366     {
6170 17 Mar 21 nicklas 367       return 0 <= index && index < ann.length ? ann[index] : null;
6170 17 Mar 21 nicklas 368     }
6170 17 Mar 21 nicklas 369     
6170 17 Mar 21 nicklas 370     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 371       Get all INFO annotations.
6170 17 Mar 21 nicklas 372     */
6170 17 Mar 21 nicklas 373     public Info[] info()
6170 17 Mar 21 nicklas 374     {
6170 17 Mar 21 nicklas 375       return info;
6170 17 Mar 21 nicklas 376     }
6170 17 Mar 21 nicklas 377     
6170 17 Mar 21 nicklas 378     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 379       Get the INFO annotation with the given key.
6170 17 Mar 21 nicklas 380       @return null if the column doesn't exists
6170 17 Mar 21 nicklas 381     */
6170 17 Mar 21 nicklas 382     public String info(String key)
6170 17 Mar 21 nicklas 383     {
6170 17 Mar 21 nicklas 384       for (Info i : info)
6170 17 Mar 21 nicklas 385       {
6170 17 Mar 21 nicklas 386         if (i.key.equals(key)) return i.value;
6170 17 Mar 21 nicklas 387       }
6170 17 Mar 21 nicklas 388       return null;
6170 17 Mar 21 nicklas 389     }
6170 17 Mar 21 nicklas 390
6170 17 Mar 21 nicklas 391     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 392       Get all FORMAT annotations.
6170 17 Mar 21 nicklas 393     */
6170 17 Mar 21 nicklas 394     public Info[] format()
6170 17 Mar 21 nicklas 395     {
6170 17 Mar 21 nicklas 396       return format;
6170 17 Mar 21 nicklas 397     }
6170 17 Mar 21 nicklas 398     
6170 17 Mar 21 nicklas 399     /**
6170 17 Mar 21 nicklas 400       Get the FORMAT annotation with the given key.
6170 17 Mar 21 nicklas 401       @return null if the column doesn't exists
6170 17 Mar 21 nicklas 402     */
6170 17 Mar 21 nicklas 403     public String format(String key)
6170 17 Mar 21 nicklas 404     {
6170 17 Mar 21 nicklas 405       for (Info i : format)
6170 17 Mar 21 nicklas 406       {
6170 17 Mar 21 nicklas 407         if (i.key.equals(key)) return i.value;
6170 17 Mar 21 nicklas 408       }
6170 17 Mar 21 nicklas 409       return null;
6170 17 Mar 21 nicklas 410     }
6170 17 Mar 21 nicklas 411
6170 17 Mar 21 nicklas 412   }
6170 17 Mar 21 nicklas 413   
6170 17 Mar 21 nicklas 414   /**
6170 17 Mar 21 nicklas 415     Holds key/value pairs for an INFO and FORMAT annotation.
6170 17 Mar 21 nicklas 416   */
6170 17 Mar 21 nicklas 417   public static class Info
6170 17 Mar 21 nicklas 418   {
6170 17 Mar 21 nicklas 419     public final String key;
6170 17 Mar 21 nicklas 420     public final String value;
6170 17 Mar 21 nicklas 421
6170 17 Mar 21 nicklas 422     Info(String key, String value)
6170 17 Mar 21 nicklas 423     {
6170 17 Mar 21 nicklas 424       this.key = key;
6170 17 Mar 21 nicklas 425       this.value = value;
6170 17 Mar 21 nicklas 426     }
6171 18 Mar 21 nicklas 427     
6171 18 Mar 21 nicklas 428     /**
6171 18 Mar 21 nicklas 429       Get the value as an integer. 
6171 18 Mar 21 nicklas 430       @return A numeric value or null if the value is not a number
6171 18 Mar 21 nicklas 431     */
6171 18 Mar 21 nicklas 432     public Integer intValue()
6171 18 Mar 21 nicklas 433     {
6171 18 Mar 21 nicklas 434       if (value == null) return null;
6171 18 Mar 21 nicklas 435       try
6171 18 Mar 21 nicklas 436       {
6171 18 Mar 21 nicklas 437         return Integer.parseInt(value);
6171 18 Mar 21 nicklas 438       }
6171 18 Mar 21 nicklas 439       catch (NumberFormatException ex)
6171 18 Mar 21 nicklas 440       {}
6171 18 Mar 21 nicklas 441       return null;
6171 18 Mar 21 nicklas 442     }
6171 18 Mar 21 nicklas 443     
6171 18 Mar 21 nicklas 444     /**
6171 18 Mar 21 nicklas 445       Get the value as a long. 
6171 18 Mar 21 nicklas 446       @return A numeric value or null if the value is not a number
6171 18 Mar 21 nicklas 447     */
6171 18 Mar 21 nicklas 448     public Long longValue()
6171 18 Mar 21 nicklas 449     {
6171 18 Mar 21 nicklas 450       if (value == null) return null;
6171 18 Mar 21 nicklas 451       try
6171 18 Mar 21 nicklas 452       {
6171 18 Mar 21 nicklas 453         return Long.parseLong(value);
6171 18 Mar 21 nicklas 454       }
6171 18 Mar 21 nicklas 455       catch (NumberFormatException ex)
6171 18 Mar 21 nicklas 456       {}
6171 18 Mar 21 nicklas 457       return null;
6171 18 Mar 21 nicklas 458     }
6171 18 Mar 21 nicklas 459
6171 18 Mar 21 nicklas 460     /**
6171 18 Mar 21 nicklas 461       Get the value as a float. 
6171 18 Mar 21 nicklas 462       @return A numeric value or null if the value is not a number
6171 18 Mar 21 nicklas 463     */
6171 18 Mar 21 nicklas 464     public Float floatValue()
6171 18 Mar 21 nicklas 465     {
6171 18 Mar 21 nicklas 466       if (value == null) return null;
6171 18 Mar 21 nicklas 467       try
6171 18 Mar 21 nicklas 468       {
6171 18 Mar 21 nicklas 469         return Float.parseFloat(value);
6171 18 Mar 21 nicklas 470       }
6171 18 Mar 21 nicklas 471       catch (NumberFormatException ex)
6171 18 Mar 21 nicklas 472       {}
6171 18 Mar 21 nicklas 473       return null;
6171 18 Mar 21 nicklas 474     }
6171 18 Mar 21 nicklas 475
6170 17 Mar 21 nicklas 476   }
6551 26 Jan 22 nicklas 477   
6551 26 Jan 22 nicklas 478   /**
6551 26 Jan 22 nicklas 479     A filter implementation that matches a given line number.
6551 26 Jan 22 nicklas 480   */
6551 26 Jan 22 nicklas 481   public static class LineNoFilter
6551 26 Jan 22 nicklas 482     implements Filter<VcfLine>
6551 26 Jan 22 nicklas 483   {
6551 26 Jan 22 nicklas 484     private final int lineNo;
6551 26 Jan 22 nicklas 485     public LineNoFilter(int lineNo)
6551 26 Jan 22 nicklas 486     {
6551 26 Jan 22 nicklas 487       this.lineNo = lineNo;
6551 26 Jan 22 nicklas 488     }
6551 26 Jan 22 nicklas 489     @Override
6551 26 Jan 22 nicklas 490     public boolean evaluate(VcfLine line) 
6551 26 Jan 22 nicklas 491     {
6551 26 Jan 22 nicklas 492       return line.lineNo() == lineNo;
6551 26 Jan 22 nicklas 493     }
6551 26 Jan 22 nicklas 494   }
6170 17 Mar 21 nicklas 495
6551 26 Jan 22 nicklas 496   /**
6551 26 Jan 22 nicklas 497     A filter implementation that matches the ID value.
6551 26 Jan 22 nicklas 498   */
6551 26 Jan 22 nicklas 499   public static class IdFilter
6551 26 Jan 22 nicklas 500     implements Filter<VcfLine>
6551 26 Jan 22 nicklas 501   {
6551 26 Jan 22 nicklas 502     private final String snpId;
6551 26 Jan 22 nicklas 503     private final int idCol;
6551 26 Jan 22 nicklas 504     
6551 26 Jan 22 nicklas 505     public IdFilter(String snpId, int idCol)
6551 26 Jan 22 nicklas 506     {
6551 26 Jan 22 nicklas 507       this.snpId = snpId;
6551 26 Jan 22 nicklas 508       this.idCol = idCol;
6551 26 Jan 22 nicklas 509     }
6551 26 Jan 22 nicklas 510     @Override
6551 26 Jan 22 nicklas 511     public boolean evaluate(VcfLine line) 
6551 26 Jan 22 nicklas 512     {
6551 26 Jan 22 nicklas 513       return snpId.equals(line.col(idCol));
6551 26 Jan 22 nicklas 514     }
6551 26 Jan 22 nicklas 515   }
6551 26 Jan 22 nicklas 516
6170 17 Mar 21 nicklas 517 }

Generated on Tue Nov 21 03:38:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)