extensions/no.uib.cbu.base.magetabexport/trunk/src/main/java/no/uib/cbu/base/magetabexport/IDF.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1474 29 Nov 11 pawels 1 /*******************************************************************************
1474 29 Nov 11 pawels 2  * Copyright (c) 2011 The Norwegian Microarray Consortium.
1474 29 Nov 11 pawels 3  * All rights reserved. This program and the accompanying materials
1474 29 Nov 11 pawels 4  * are made available under the terms of the GNU Public License v3.0
1474 29 Nov 11 pawels 5  * which accompanies this distribution, and is available at
1474 29 Nov 11 pawels 6  * http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html
1474 29 Nov 11 pawels 7  * 
1474 29 Nov 11 pawels 8  * Contributors:
1474 29 Nov 11 pawels 9  *     The Norwegian Microarray Consortium - initial API and implementation
1474 29 Nov 11 pawels 10  ******************************************************************************/
1474 29 Nov 11 pawels 11 package no.uib.cbu.base.magetabexport;
1474 29 Nov 11 pawels 12
1474 29 Nov 11 pawels 13 import java.util.Arrays;
1474 29 Nov 11 pawels 14 import java.util.HashMap;
1474 29 Nov 11 pawels 15 import java.util.HashSet;
1474 29 Nov 11 pawels 16 import java.util.List;
1474 29 Nov 11 pawels 17 import java.util.Map;
1474 29 Nov 11 pawels 18 import java.util.Set;
1474 29 Nov 11 pawels 19
1474 29 Nov 11 pawels 20 public class IDF {
1474 29 Nov 11 pawels 21   
1474 29 Nov 11 pawels 22   /*
1474 29 Nov 11 pawels 23    * Constants on the bottom
1474 29 Nov 11 pawels 24    */
1474 29 Nov 11 pawels 25   
1474 29 Nov 11 pawels 26   private Map<String, List<String>> idfContent;
1474 29 Nov 11 pawels 27   private Set<String> allowedFields; 
1474 29 Nov 11 pawels 28
1474 29 Nov 11 pawels 29   public IDF() {
1474 29 Nov 11 pawels 30     idfContent = new HashMap<String, List<String>>();
1474 29 Nov 11 pawels 31     allowedFields = new HashSet<String>();
1474 29 Nov 11 pawels 32     populateAllowedFields();
1474 29 Nov 11 pawels 33   }
1474 29 Nov 11 pawels 34   
1474 29 Nov 11 pawels 35   public void setFieldContent(String fieldName, List<String> content) {
1474 29 Nov 11 pawels 36     if (allowedFields.contains(fieldName)) {
1474 29 Nov 11 pawels 37       idfContent.put(fieldName, content);
1474 29 Nov 11 pawels 38     } 
1474 29 Nov 11 pawels 39   }
1474 29 Nov 11 pawels 40   
1474 29 Nov 11 pawels 41   public void setFieldContent(String fieldName, String content) {
1474 29 Nov 11 pawels 42     if (allowedFields.contains(fieldName)) {
1474 29 Nov 11 pawels 43       idfContent.put(fieldName, Arrays.asList(content));
1474 29 Nov 11 pawels 44     } 
1474 29 Nov 11 pawels 45   }
1474 29 Nov 11 pawels 46   
1474 29 Nov 11 pawels 47   public List<String> getFieldContent(String fieldName) {
1474 29 Nov 11 pawels 48     if (idfContent.containsKey(fieldName)) {
1474 29 Nov 11 pawels 49       return idfContent.get(fieldName);
1474 29 Nov 11 pawels 50     }
1474 29 Nov 11 pawels 51     return null;
1474 29 Nov 11 pawels 52   }
1474 29 Nov 11 pawels 53   
1474 29 Nov 11 pawels 54   private void populateAllowedFields() {
1474 29 Nov 11 pawels 55     allowedFields.add(INVESTIGATION_TITLE);
1474 29 Nov 11 pawels 56     allowedFields.add(EXPERIMENTAL_DESIGN);
1474 29 Nov 11 pawels 57     allowedFields.add(EXPERIMENTAL_FACTOR_NAME);
1474 29 Nov 11 pawels 58     allowedFields.add(EXPERIMENTAL_FACTOR_TYPE);
1474 29 Nov 11 pawels 59     allowedFields.add(EXPERIMENTAL_FACTOR_TERM_SOURCE_REF);
1474 29 Nov 11 pawels 60     
1474 29 Nov 11 pawels 61     allowedFields.add(PERSON_LAST_NAME);
1474 29 Nov 11 pawels 62     allowedFields.add(PERSON_FIRST_NAME);
1474 29 Nov 11 pawels 63     allowedFields.add(PERSON_MID_INITIALS);
1474 29 Nov 11 pawels 64     allowedFields.add(PERSON_EMAIL);
1474 29 Nov 11 pawels 65     allowedFields.add(PERSON_PHONE);
1474 29 Nov 11 pawels 66     allowedFields.add(PERSON_ADDRESS);
1474 29 Nov 11 pawels 67     allowedFields.add(PERSON_AFFILIATION);
1474 29 Nov 11 pawels 68     allowedFields.add(PERSON_ROLES);
1474 29 Nov 11 pawels 69     allowedFields.add(PERSON_ROLES_TERM_SOURCE_REF);
1474 29 Nov 11 pawels 70
1474 29 Nov 11 pawels 71     allowedFields.add(QUALITY_CONTROL_TYPE);
1474 29 Nov 11 pawels 72     allowedFields.add(QUALITY_CONTROL_TERM_SOURCE_REF);
1474 29 Nov 11 pawels 73     allowedFields.add(REPLICATE_TYPE);
1474 29 Nov 11 pawels 74     allowedFields.add(REPLICATE_TERM_SOURCE_REF);
1474 29 Nov 11 pawels 75     allowedFields.add(DATE_OF_EXPERIMENT);
1474 29 Nov 11 pawels 76     allowedFields.add(PUBLIC_RELEASE_DATE);
1474 29 Nov 11 pawels 77
1474 29 Nov 11 pawels 78     allowedFields.add(PUBMED_ID);
1474 29 Nov 11 pawels 79     allowedFields.add(EXPERIMENT_DESCRIPTION);
1474 29 Nov 11 pawels 80
1474 29 Nov 11 pawels 81     allowedFields.add(PROTOCOL_NAME);
1474 29 Nov 11 pawels 82     allowedFields.add(PROTOCOL_TYPE);
1474 29 Nov 11 pawels 83     allowedFields.add(PROTOCOL_DESCRIPTION);
1474 29 Nov 11 pawels 84     allowedFields.add(PROTOCOL_PARAMETERS);
1474 29 Nov 11 pawels 85     allowedFields.add(PROTOCOL_TERM_SOURCE_REF);
1474 29 Nov 11 pawels 86
1474 29 Nov 11 pawels 87     allowedFields.add(SDRF_FILE);
1474 29 Nov 11 pawels 88
1474 29 Nov 11 pawels 89     allowedFields.add(TERM_SOURCE_NAME);
1474 29 Nov 11 pawels 90     allowedFields.add(TERM_SOURCE_FILE);
1474 29 Nov 11 pawels 91     allowedFields.add(TERM_SOURCE_VERSION);    
1474 29 Nov 11 pawels 92   }
1474 29 Nov 11 pawels 93
1474 29 Nov 11 pawels 94
1474 29 Nov 11 pawels 95
1474 29 Nov 11 pawels 96   public final static String INVESTIGATION_TITLE="Investigation Title";
1474 29 Nov 11 pawels 97   public final static String EXPERIMENTAL_DESIGN="Experimental Design";
1474 29 Nov 11 pawels 98   public final static String EXPERIMENTAL_FACTOR_NAME="Experimental Factor Name";
1474 29 Nov 11 pawels 99   public final static String EXPERIMENTAL_FACTOR_TYPE="Experimental Factor Type";
1474 29 Nov 11 pawels 100   public final static String EXPERIMENTAL_FACTOR_TERM_SOURCE_REF="Experimental Factor Term Source REF";
1474 29 Nov 11 pawels 101   
1474 29 Nov 11 pawels 102   public final static String PERSON_LAST_NAME="Person Last Name";
1474 29 Nov 11 pawels 103   public final static String PERSON_FIRST_NAME="Person First Name";
1474 29 Nov 11 pawels 104   public final static String PERSON_MID_INITIALS="Person Mid Initials";
1474 29 Nov 11 pawels 105   public final static String PERSON_EMAIL="Person Email";
1474 29 Nov 11 pawels 106   public final static String PERSON_PHONE="Person Phone";
1474 29 Nov 11 pawels 107   public final static String PERSON_ADDRESS="Person Address";
1474 29 Nov 11 pawels 108   public final static String PERSON_AFFILIATION="Person Affiliation";
1474 29 Nov 11 pawels 109   public final static String PERSON_ROLES="Person Roles";
1474 29 Nov 11 pawels 110   public final static String PERSON_ROLES_TERM_SOURCE_REF="Person Roles Term Source REF";
1474 29 Nov 11 pawels 111     
1474 29 Nov 11 pawels 112   public final static String QUALITY_CONTROL_TYPE="Quality Control Type";
1474 29 Nov 11 pawels 113   public final static String QUALITY_CONTROL_TERM_SOURCE_REF="Quality Control Term Source REF";
1474 29 Nov 11 pawels 114   public final static String REPLICATE_TYPE="Replicate Type";
1474 29 Nov 11 pawels 115   public final static String REPLICATE_TERM_SOURCE_REF="Replicate Term Source REF";
1474 29 Nov 11 pawels 116   public final static String DATE_OF_EXPERIMENT="Date of Experiment";
1474 29 Nov 11 pawels 117   public final static String PUBLIC_RELEASE_DATE="Public Release Date";
1474 29 Nov 11 pawels 118     
1474 29 Nov 11 pawels 119   public final static String PUBMED_ID="PubMed ID";
1474 29 Nov 11 pawels 120   public final static String EXPERIMENT_DESCRIPTION="Experiment Description";
1474 29 Nov 11 pawels 121     
1474 29 Nov 11 pawels 122   public final static String PROTOCOL_NAME="Protocol Name";
1474 29 Nov 11 pawels 123   public final static String PROTOCOL_TYPE="Protocol Type";
1474 29 Nov 11 pawels 124   public final static String PROTOCOL_DESCRIPTION="Protocol Description";
1474 29 Nov 11 pawels 125   public final static String PROTOCOL_PARAMETERS="Protocol Parameters";
1474 29 Nov 11 pawels 126   public final static String PROTOCOL_TERM_SOURCE_REF="Protocol Term Source REF";
1474 29 Nov 11 pawels 127     
1474 29 Nov 11 pawels 128   public final static String SDRF_FILE="SDRF File";
1474 29 Nov 11 pawels 129     
1474 29 Nov 11 pawels 130   public final static String TERM_SOURCE_NAME="Term Source Name";
1474 29 Nov 11 pawels 131   public final static String TERM_SOURCE_FILE="Term Source File";
1474 29 Nov 11 pawels 132   public final static String TERM_SOURCE_VERSION="Term Source Version";
1474 29 Nov 11 pawels 133
1474 29 Nov 11 pawels 134 }

Generated on Tue Nov 21 03:39:43 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)