extensions/no.uib.cbu.base.magetabexport/trunk/src/main/java/no/uib/cbu/base/magetabexport/TermSources.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1474 29 Nov 11 pawels 1 /*******************************************************************************
1474 29 Nov 11 pawels 2  * Copyright (c) 2011 The Norwegian Microarray Consortium.
1474 29 Nov 11 pawels 3  * All rights reserved. This program and the accompanying materials
1474 29 Nov 11 pawels 4  * are made available under the terms of the GNU Public License v3.0
1474 29 Nov 11 pawels 5  * which accompanies this distribution, and is available at
1474 29 Nov 11 pawels 6  * http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html
1474 29 Nov 11 pawels 7  * 
1474 29 Nov 11 pawels 8  * Contributors:
1474 29 Nov 11 pawels 9  *     The Norwegian Microarray Consortium - initial API and implementation
1474 29 Nov 11 pawels 10  ******************************************************************************/
1474 29 Nov 11 pawels 11 package no.uib.cbu.base.magetabexport;
1474 29 Nov 11 pawels 12
1474 29 Nov 11 pawels 13 public class TermSources {
1474 29 Nov 11 pawels 14   
1474 29 Nov 11 pawels 15   /** Constant used to mark ArrayExpress terms and references */
1474 29 Nov 11 pawels 16   public static final String ARRAY_EXPRESS_TERM_SOURCE_REF = "ArrayExpress";
1474 29 Nov 11 pawels 17   /** ArrayExpress site */
1474 29 Nov 11 pawels 18   public static final String ARRAY_EXPRESS_TERM_SOURCE_FILE= "http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/";
1474 29 Nov 11 pawels 19   
1474 29 Nov 11 pawels 20   /** Constant used to mark MGED Ontology terms and references */
1474 29 Nov 11 pawels 21   public static final String MGED_ONTOLOGY_TERM_SOURCE_REF = "MO";
1474 29 Nov 11 pawels 22   /** MGED Ontology site */
1474 29 Nov 11 pawels 23   public static final String MGED_ONTOLOGY_TERM_SOURCE_FILE= "http://mged.sourceforge.net/ontologies/MGEDontology.php";
1474 29 Nov 11 pawels 24   
1474 29 Nov 11 pawels 25   /** Constant used to mark local BASE terms and references */
1474 29 Nov 11 pawels 26   public static final String BASE_TERM_SOURCE_REF = "BASE";
1474 29 Nov 11 pawels 27   /** URL of the local BASE server. Can be set using TermSources#setHost() method */
1474 29 Nov 11 pawels 28   public static final String BASE_TERM_SOURCE_FILE = MageTabExporterSettings.BASE_HOST;
1474 29 Nov 11 pawels 29   
1474 29 Nov 11 pawels 30   /** Constant used when the source of a term can't be identified*/
1474 29 Nov 11 pawels 31   public static final String UNKNOWN_TERM_SOURCE_REF = "N/A";
1474 29 Nov 11 pawels 32   
1474 29 Nov 11 pawels 33   /**
1474 29 Nov 11 pawels 34    * Guesses the source of a term(reference) based on the format of it. 
1474 29 Nov 11 pawels 35    * @param term - term (reference) to guess source of
1474 29 Nov 11 pawels 36    * @return source of the term
1474 29 Nov 11 pawels 37    */
1474 29 Nov 11 pawels 38   public static String guessSource(String term) {
1474 29 Nov 11 pawels 39     if (term == null) {
1474 29 Nov 11 pawels 40       return null;
1474 29 Nov 11 pawels 41     } else if (term.startsWith("BASE")) {
1474 29 Nov 11 pawels 42       return BASE_TERM_SOURCE_REF;
1474 29 Nov 11 pawels 43     // the check below could be more sophisticated, e.g. regular expression...
1474 29 Nov 11 pawels 44     } else if (term.startsWith("A-") || term.startsWith("P-")){ 
1474 29 Nov 11 pawels 45       return ARRAY_EXPRESS_TERM_SOURCE_REF;
1474 29 Nov 11 pawels 46     } 
1474 29 Nov 11 pawels 47     return UNKNOWN_TERM_SOURCE_REF;
1474 29 Nov 11 pawels 48   }
1474 29 Nov 11 pawels 49
1474 29 Nov 11 pawels 50 }

Generated on Tue Nov 21 03:39:48 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)