other/pipeline/trunk/alignment_statistics.sh

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2557 05 Aug 14 nicklas 1 #!/bin/sh
2557 05 Aug 14 nicklas 2
2557 05 Aug 14 nicklas 3 # $Id$
2557 05 Aug 14 nicklas 4
2557 05 Aug 14 nicklas 5 # Nicklas Nordborg
2557 05 Aug 14 nicklas 6
2557 05 Aug 14 nicklas 7 # run ./alignment_statistics.sh path-to-folder
2557 05 Aug 14 nicklas 8 # Path whould be given to a folder containing
2557 05 Aug 14 nicklas 9 # accepted_hits.bam and unmapped.bam
2557 05 Aug 14 nicklas 10
2786 13 Oct 14 nicklas 11 if [ -z "$SAMTOOLS" ]; then
2786 13 Oct 14 nicklas 12   SAMTOOLS=samtools
2786 13 Oct 14 nicklas 13 fi
2557 05 Aug 14 nicklas 14
2557 05 Aug 14 nicklas 15 DIR=$1
2557 05 Aug 14 nicklas 16
4589 25 Sep 17 nicklas 17 # Look for 'accepted_hits.bam' or 'alignment.bam'
2557 05 Aug 14 nicklas 18 ACCEPTED_HITS=${DIR}/accepted_hits.bam
4589 25 Sep 17 nicklas 19 if [ ! -f "${ACCEPTED_HITS}" ]; then
4589 25 Sep 17 nicklas 20   ACCEPTED_HITS=${DIR}/alignment.bam
4589 25 Sep 17 nicklas 21 fi
4589 25 Sep 17 nicklas 22
2557 05 Aug 14 nicklas 23 UNMAPPED=${DIR}/unmapped.bam
2557 05 Aug 14 nicklas 24
2557 05 Aug 14 nicklas 25 # Flag   Chr  Description
2557 05 Aug 14 nicklas 26 # 0x0001  p  the read is paired in sequencing
2557 05 Aug 14 nicklas 27 # 0x0002  P  the read is mapped in a proper pair
2557 05 Aug 14 nicklas 28 # 0x0004  u  the query sequence itself is unmapped
2557 05 Aug 14 nicklas 29 # 0x0008  U  the mate is unmapped
2557 05 Aug 14 nicklas 30 # 0x0010  r  strand of the query (1 for reverse)
2557 05 Aug 14 nicklas 31 # 0x0020  R  strand of the mate
2557 05 Aug 14 nicklas 32 # 0x0040  1  the read is the first read in a pair
2557 05 Aug 14 nicklas 33 # 0x0080  2  the read is the second read in a pair
2557 05 Aug 14 nicklas 34 # 0x0100  s  the alignment is not primary
2557 05 Aug 14 nicklas 35 # 0x0200  f  the read fails platform/vendor quality checks
2557 05 Aug 14 nicklas 36 # 0x0400  d  the read is either a PCR or an optical duplicate
2557 05 Aug 14 nicklas 37
2557 05 Aug 14 nicklas 38   SamtoolsVersion=`${SAMTOOLS} |& grep Version`
2557 05 Aug 14 nicklas 39   echo "${SAMTOOLS} ${SamtoolsVersion}"
2557 05 Aug 14 nicklas 40   echo "---------------------"
4589 25 Sep 17 nicklas 41  
4589 25 Sep 17 nicklas 42 if [ -f "${ACCEPTED_HITS}" ]; then
2557 05 Aug 14 nicklas 43   cmd="${SAMTOOLS} view -c"
2557 05 Aug 14 nicklas 44   # skip not primary alignments
2557 05 Aug 14 nicklas 45   cmd=${cmd}" -F 0x0100"
2557 05 Aug 14 nicklas 46   # keep first reads and mapped proper pair
2557 05 Aug 14 nicklas 47   cmd=${cmd}" -f 0x0042" 
2557 05 Aug 14 nicklas 48   cmd=${cmd}" ${ACCEPTED_HITS}"
2557 05 Aug 14 nicklas 49   echo ${cmd}
2557 05 Aug 14 nicklas 50   ${cmd}
2557 05 Aug 14 nicklas 51
2557 05 Aug 14 nicklas 52   echo "---------------------"
2557 05 Aug 14 nicklas 53
2557 05 Aug 14 nicklas 54   cmd="${SAMTOOLS} flagstat"
2557 05 Aug 14 nicklas 55   cmd=${cmd}" ${ACCEPTED_HITS}"
2557 05 Aug 14 nicklas 56   echo ${cmd}
2557 05 Aug 14 nicklas 57   ${cmd}
2557 05 Aug 14 nicklas 58
2557 05 Aug 14 nicklas 59   echo "---------------------"
4589 25 Sep 17 nicklas 60 fi
2557 05 Aug 14 nicklas 61
4589 25 Sep 17 nicklas 62 if [ -f "${UNMAPPED}" ]; then
2557 05 Aug 14 nicklas 63   cmd="${SAMTOOLS} flagstat"
2557 05 Aug 14 nicklas 64   cmd=${cmd}" ${UNMAPPED}"
2557 05 Aug 14 nicklas 65   echo ${cmd}
4589 25 Sep 17 nicklas 66  ${cmd}
4589 25 Sep 17 nicklas 67 fi

Generated on Tue Nov 21 03:40:13 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)