other/pipeline/trunk/fix_cufflinks_tracking_id.sh

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2749 08 Oct 14 nicklas 1 #!/bin/sh
2749 08 Oct 14 nicklas 2
2749 08 Oct 14 nicklas 3 # $Id$
2749 08 Oct 14 nicklas 4
2749 08 Oct 14 nicklas 5 # Nicklas Nordborg, 2014
2749 08 Oct 14 nicklas 6 #
2749 08 Oct 14 nicklas 7 # Replaces tracking_id and gene_id values in Cufflinks
2749 08 Oct 14 nicklas 8 # *.fpkm_tracking files
2749 08 Oct 14 nicklas 9 #
2749 08 Oct 14 nicklas 10 # The values to search for and their replacement values must
2749 08 Oct 14 nicklas 11 # be defined in the file given as a parameter to this script.
2749 08 Oct 14 nicklas 12 # This file must have at least two columns. The second column
2749 08 Oct 14 nicklas 13 # contain the values to look for and the first column is the 
2749 08 Oct 14 nicklas 14 # replacement values.
2749 08 Oct 14 nicklas 15 #
2749 08 Oct 14 nicklas 16 # The script then read stdin, perform the replacement and
2749 08 Oct 14 nicklas 17 # write the result to stdout
2749 08 Oct 14 nicklas 18 #
2749 08 Oct 14 nicklas 19 # Script inspired by post on http://www.unix.com/302448486-post6.html
2749 08 Oct 14 nicklas 20 #
2749 08 Oct 14 nicklas 21 # run ./fix_cufflinks_tracking_id.sh path/to/map-file < infile > outfile
2749 08 Oct 14 nicklas 22 #
2749 08 Oct 14 nicklas 23
2749 08 Oct 14 nicklas 24 awk 'NR==FNR {a[$2]=$1;next} {for (i in a) gsub(i,a[i])}1' $1 /dev/stdin

Generated on Tue Nov 21 03:40:14 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)