other/pipeline/trunk/hiseq_status.sh

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5474 05 Jun 19 nicklas 1 #!/bin/sh
5474 05 Jun 19 nicklas 2 # $Id $
5474 05 Jun 19 nicklas 3
5474 05 Jun 19 nicklas 4 # Nicklas Nordborg, 2019
5474 05 Jun 19 nicklas 5 #
5474 05 Jun 19 nicklas 6 # Finds information about a sequencing run given the barcode of a flow cell
5474 05 Jun 19 nicklas 7 # It is expected that the sequencing is done with a HiSeq sequencer
5474 05 Jun 19 nicklas 8 #
5474 05 Jun 19 nicklas 9 # run ./hiseq_status.sh <barcode> <run-archive-root-1> [<run-archive-root-2> ...]
5474 05 Jun 19 nicklas 10 # 
5474 05 Jun 19 nicklas 11 # The output is a number of key-value pairs. All values may not be present.
5474 05 Jun 19 nicklas 12 #
5474 05 Jun 19 nicklas 13 # RunArchive: The path to the data folder for the flow cell
5474 05 Jun 19 nicklas 14 # Config: Date and time the 'Config' folder was last modified
5474 05 Jun 19 nicklas 15 # RunParameters: Date and time the 'runParameters.xml' file was last modified
5474 05 Jun 19 nicklas 16
5474 05 Jun 19 nicklas 17 # BclCount: Number of files ending with '.bcl'
5474 05 Jun 19 nicklas 18 # LaneCount: Value from <FlowcellLayout LaneCount> tag in RunInfo.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 19 # SurfaceCount: Value from <FlowcellLayout SurfaceCount> tag in RunInfo.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 20 # SwathCount: Value from <FlowcellLayout SwathCount> tag in RunInfo.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 21 # TileCount: Value from <FlowcellLayout TileCount> tag in RunInfo.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 22 # Read1: Value from <Read1> tag in runParameters.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 23 # Read2: Value from <Read2> tag in runParameters.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 24 # IndexRead1: Value from <IndexRead1> tag in runParameters.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 25 # IndexRead2: Value from <IndexRead2> tag in runParameters.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 26 # RTAComplete: Date and time the 'RTAComplete.txt' was last modified
5474 05 Jun 19 nicklas 27 # HiSeqSerial: Value from <ScannerID> tag in runParameters.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 28
5474 05 Jun 19 nicklas 29 BARCODE=$1
5474 05 Jun 19 nicklas 30 shift
5474 05 Jun 19 nicklas 31 RUN_ARCHIVE=$@
5474 05 Jun 19 nicklas 32
5474 05 Jun 19 nicklas 33 # Format string for file dates/times
5474 05 Jun 19 nicklas 34 DATE_FORMAT="%Y%m%d %H%M%S"
5474 05 Jun 19 nicklas 35
5474 05 Jun 19 nicklas 36 # Try to find a folder inside run-archive that has the barcode in the name
5474 05 Jun 19 nicklas 37 # The folder may not yet exist so a missing folder is not an error
5474 05 Jun 19 nicklas 38 DATA_FOLDER=`find ${RUN_ARCHIVE} -maxdepth 2 -iname "*${BARCODE}*" -type d -print 2> /dev/null || true`;
5474 05 Jun 19 nicklas 39
5474 05 Jun 19 nicklas 40 # Fail if more than one folder is found
5474 05 Jun 19 nicklas 41 readarray -t lines <<< "${DATA_FOLDER}"
5474 05 Jun 19 nicklas 42 if [ ! ${#lines[@]} -eq 1 ]; then
5474 05 Jun 19 nicklas 43   echo "Found ${#lines[@]} data folders for flow cell ${BARCODE}" 1>&2
5474 05 Jun 19 nicklas 44   echo ${DATA_FOLDER} 1>&2
5474 05 Jun 19 nicklas 45   exit 1
5474 05 Jun 19 nicklas 46 fi
5474 05 Jun 19 nicklas 47
5474 05 Jun 19 nicklas 48 echo RunArchive: ${DATA_FOLDER}
5474 05 Jun 19 nicklas 49 # Config folder is created immediately when starting the HiSeq
5474 05 Jun 19 nicklas 50 # We use the date of this folder to set the start date of the job
5474 05 Jun 19 nicklas 51 if [ -d "${DATA_FOLDER}/Config" ]; then
5474 05 Jun 19 nicklas 52   echo "Config: `date +"${DATE_FORMAT}" -r "${DATA_FOLDER}/Config"`"
5474 05 Jun 19 nicklas 53 fi
5474 05 Jun 19 nicklas 54
5474 05 Jun 19 nicklas 55 # runParameters.xml is created after clustering
5474 05 Jun 19 nicklas 56 # We extract information about number of reads and lanes
5474 05 Jun 19 nicklas 57 # and compare that to the number of *.bgzf.bci files we can find
5474 05 Jun 19 nicklas 58 # This gives an estimate of the current sequencing cycle and we can
5474 05 Jun 19 nicklas 59 # use this for progress reporting
5474 05 Jun 19 nicklas 60 RUN_PARAMETERS=${DATA_FOLDER}/runParameters.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 61 if [ -f "${RUN_PARAMETERS}" ]; then
5474 05 Jun 19 nicklas 62   echo "RunParameters: `date +"${DATE_FORMAT}" -r "${RUN_PARAMETERS}"`"
5474 05 Jun 19 nicklas 63   echo "Read1: `grep '<Read1>' "${RUN_PARAMETERS}" | cut -d '>' -f 2 | cut -d '<' -f 1`"
5474 05 Jun 19 nicklas 64   echo "Read2: `grep '<Read2>' "${RUN_PARAMETERS}" | cut -d '>' -f 2 | cut -d '<' -f 1`"
5474 05 Jun 19 nicklas 65   echo "IndexRead1: `grep '<IndexRead1>' "${RUN_PARAMETERS}" | cut -d '>' -f 2 | cut -d '<' -f 1`"
5474 05 Jun 19 nicklas 66   echo "IndexRead2: `grep '<IndexRead2>' "${RUN_PARAMETERS}" | cut -d '>' -f 2 | cut -d '<' -f 1`"
5474 05 Jun 19 nicklas 67   echo "HiSeqSerial: `grep '<ScannerID>' "${RUN_PARAMETERS}" | cut -d '>' -f 2 | cut -d '<' -f 1`"
5474 05 Jun 19 nicklas 68 fi
5474 05 Jun 19 nicklas 69
5476 10 Jun 19 nicklas 70 # Count number of BCL files which gives us information about
5476 10 Jun 19 nicklas 71 # the progress of the sequencing
5476 10 Jun 19 nicklas 72 BCL_FOLDER=${DATA_FOLDER}/Data/Intensities/BaseCalls
5476 10 Jun 19 nicklas 73 if [ -d "${BCL_FOLDER}" ]; then
5476 10 Jun 19 nicklas 74   echo "BclCount: `find "${BCL_FOLDER}" -type f -name *.bcl | wc -l`"
5476 10 Jun 19 nicklas 75 fi
5476 10 Jun 19 nicklas 76
5476 10 Jun 19 nicklas 77 # RunInfo.xml contains information about the layout of the flowcell
5476 10 Jun 19 nicklas 78 # which we need to be able to compare the number of BCL files
5476 10 Jun 19 nicklas 79 RUN_INFO=${DATA_FOLDER}/RunInfo.xml
5476 10 Jun 19 nicklas 80 if [ -f "${RUN_PARAMETERS}" ]; then
5476 10 Jun 19 nicklas 81   echo "LaneCount: `grep -o 'LaneCount="[^"]*"' "${RUN_INFO}" | cut -d '"' -f 2`"
5476 10 Jun 19 nicklas 82   echo "SurfaceCount: `grep -o 'SurfaceCount="[^"]*"' "${RUN_INFO}" | cut -d '"' -f 2`"
5476 10 Jun 19 nicklas 83   echo "SwathCount: `grep -o 'SwathCount="[^"]*"' "${RUN_INFO}" | cut -d '"' -f 2`"
5476 10 Jun 19 nicklas 84   echo "TileCount: `grep -o 'TileCount="[^"]*"' "${RUN_INFO}" | cut -d '"' -f 2`"
5476 10 Jun 19 nicklas 85 fi
5476 10 Jun 19 nicklas 86
5476 10 Jun 19 nicklas 87
5476 10 Jun 19 nicklas 88
5474 05 Jun 19 nicklas 89 # RTAComplete.txt is created when everything is complete
5474 05 Jun 19 nicklas 90 # This becomes the end date of the job and should trigger
5474 05 Jun 19 nicklas 91 # Reggie to start file checks and secondary analysis
5474 05 Jun 19 nicklas 92 if [ -f "${DATA_FOLDER}/RTAComplete.txt" ]; then
5474 05 Jun 19 nicklas 93   echo "RTAComplete: `date +"${DATE_FORMAT}" -r "${DATA_FOLDER}/RTAComplete.txt"`"
5474 05 Jun 19 nicklas 94 fi

Generated on Tue Nov 21 03:40:15 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)