other/pipeline/trunk/nextseq_status.sh

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3698 18 Jan 16 nicklas 1 #!/bin/sh
3698 18 Jan 16 nicklas 2 # $Id $
3698 18 Jan 16 nicklas 3
3698 18 Jan 16 nicklas 4 # Nicklas Nordborg, 2015
3698 18 Jan 16 nicklas 5 #
3698 18 Jan 16 nicklas 6 # Finds information about a sequencing run given the barcode of a flow cell
5474 05 Jun 19 nicklas 7 # It is expected that the sequencing is done with a NextSeq sequencer 
3698 18 Jan 16 nicklas 8 #
4045 03 Aug 16 nicklas 9 # run ./nextseq_status.sh <barcode> <run-archive-root-1> [<run-archive-root-2> ...]
3698 18 Jan 16 nicklas 10 # 
3698 18 Jan 16 nicklas 11 # The output is a number of key-value pairs. All values may not be present.
3698 18 Jan 16 nicklas 12 #
3698 18 Jan 16 nicklas 13 # RunArchive: The path to the data folder for the flow cell
3698 18 Jan 16 nicklas 14 # Config: Date and time the 'Config' folder was last modified
3698 18 Jan 16 nicklas 15 # RunParameters: Date and time the 'RunParameters.xml' file was last modified
3698 18 Jan 16 nicklas 16 # BgzfCount: Number of files ending with 'bgzf.bci'
3698 18 Jan 16 nicklas 17 # NumLanes: Value from <NumLanes> tag in RunParameters.xml
3698 18 Jan 16 nicklas 18 # Read1: Value from <Read1> tag in RunParameters.xml
3698 18 Jan 16 nicklas 19 # Read2: Value from <Read2> tag in RunParameters.xml
3698 18 Jan 16 nicklas 20 # Index1Read: Value from <Index1Read> tag in RunParameters.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 21 # Index2Read: Value from <Index2Read> tag in RunParameters.xml
5474 05 Jun 19 nicklas 22 # NextSeqSerial: Value from <InstrumentID> tag in RunParameters.xml
3698 18 Jan 16 nicklas 23 # RunCompletionStatus: Date and time the 'RunCompletionStatus.xml' was last modified
3698 18 Jan 16 nicklas 24
4045 03 Aug 16 nicklas 25 BARCODE=$1
4045 03 Aug 16 nicklas 26 shift
4045 03 Aug 16 nicklas 27 RUN_ARCHIVE=$@
3698 18 Jan 16 nicklas 28
3698 18 Jan 16 nicklas 29 # Format string for file dates/times
3698 18 Jan 16 nicklas 30 DATE_FORMAT="%Y%m%d %H%M%S"
3698 18 Jan 16 nicklas 31
3698 18 Jan 16 nicklas 32 # Try to find a folder inside run-archive that has the barcode in the name
3698 18 Jan 16 nicklas 33 # The folder may not yet exist so a missing folder is not an error
4045 03 Aug 16 nicklas 34 DATA_FOLDER=`find ${RUN_ARCHIVE} -maxdepth 2 -iname "*${BARCODE}*" -type d -print 2> /dev/null || true`;
3698 18 Jan 16 nicklas 35
3698 18 Jan 16 nicklas 36 # Fail if more than one folder is found
3698 18 Jan 16 nicklas 37 readarray -t lines <<< "${DATA_FOLDER}"
3698 18 Jan 16 nicklas 38 if [ ! ${#lines[@]} -eq 1 ]; then
3698 18 Jan 16 nicklas 39   echo "Found ${#lines[@]} data folders for flow cell ${BARCODE}" 1>&2
3698 18 Jan 16 nicklas 40   echo ${DATA_FOLDER} 1>&2
3698 18 Jan 16 nicklas 41   exit 1
3698 18 Jan 16 nicklas 42 fi
3698 18 Jan 16 nicklas 43
3698 18 Jan 16 nicklas 44 echo RunArchive: ${DATA_FOLDER}
3698 18 Jan 16 nicklas 45 # Config folder is created immediately when starting the NextSeq
3698 18 Jan 16 nicklas 46 # We use the date of this folder to set the start date of the job
3698 18 Jan 16 nicklas 47 if [ -d "${DATA_FOLDER}/Config" ]; then
3698 18 Jan 16 nicklas 48   echo "Config: `date +"${DATE_FORMAT}" -r "${DATA_FOLDER}/Config"`"
3698 18 Jan 16 nicklas 49 fi
3698 18 Jan 16 nicklas 50
3698 18 Jan 16 nicklas 51 # RunParameters.xml is created after clustering
3698 18 Jan 16 nicklas 52 # We extract information about number of reads and lanes
3698 18 Jan 16 nicklas 53 # and compare that to the number of *.bgzf.bci files we can find
3698 18 Jan 16 nicklas 54 # This gives an estimate of the current sequencing cycle and we can
3698 18 Jan 16 nicklas 55 # use this for progress reporting
3698 18 Jan 16 nicklas 56 RUN_PARAMETERS=${DATA_FOLDER}/RunParameters.xml
3698 18 Jan 16 nicklas 57 if [ -f "${RUN_PARAMETERS}" ]; then
3698 18 Jan 16 nicklas 58   echo "RunParameters: `date +"${DATE_FORMAT}" -r "${RUN_PARAMETERS}"`"
3698 18 Jan 16 nicklas 59   echo "BgzfCount: `find "${DATA_FOLDER}" -type f -name *.bgzf.bci | wc -l`"
3698 18 Jan 16 nicklas 60   echo "NumLanes: `grep '<NumLanes>' "${RUN_PARAMETERS}" | cut -d '>' -f 2 | cut -d '<' -f 1`"
3698 18 Jan 16 nicklas 61   echo "Read1: `grep '<Read1>' "${RUN_PARAMETERS}" | cut -d '>' -f 2 | cut -d '<' -f 1`"
3698 18 Jan 16 nicklas 62   echo "Read2: `grep '<Read2>' "${RUN_PARAMETERS}" | cut -d '>' -f 2 | cut -d '<' -f 1`"
3698 18 Jan 16 nicklas 63   echo "Index1Read: `grep '<Index1Read>' "${RUN_PARAMETERS}" | cut -d '>' -f 2 | cut -d '<' -f 1`"
5474 05 Jun 19 nicklas 64   echo "Index2Read: `grep '<Index2Read>' "${RUN_PARAMETERS}" | cut -d '>' -f 2 | cut -d '<' -f 1`"
3698 18 Jan 16 nicklas 65   echo "NextSeqSerial: `grep '<InstrumentID>' "${RUN_PARAMETERS}" | cut -d '>' -f 2 | cut -d '<' -f 1`"
3698 18 Jan 16 nicklas 66 fi
3698 18 Jan 16 nicklas 67
3698 18 Jan 16 nicklas 68 # RunCompletionStatus.xml is created when everything is complete
3698 18 Jan 16 nicklas 69 # This becomes the end date of the job and should trigger
3698 18 Jan 16 nicklas 70 # Reggie to start file checks and secondary analysis
3698 18 Jan 16 nicklas 71 if [ -f "${DATA_FOLDER}/RunCompletionStatus.xml" ]; then
3698 18 Jan 16 nicklas 72   echo "RunCompletionStatus: `date +"${DATE_FORMAT}" -r "${DATA_FOLDER}/RunCompletionStatus.xml"`"
3698 18 Jan 16 nicklas 73 fi

Generated on Tue Nov 21 03:40:17 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)