other/pipeline/trunk/picard2

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5529 27 Jun 19 nicklas 1 #!/bin/sh
5529 27 Jun 19 nicklas 2
5529 27 Jun 19 nicklas 3 # Nicklas Nordborg, June 2019
5529 27 Jun 19 nicklas 4 # NOTE! For Picard 2.20 or later only, since we are using the new command line syntax
5529 27 Jun 19 nicklas 5
5529 27 Jun 19 nicklas 6 if [ -z "$PicardDir" ]; then
5529 27 Jun 19 nicklas 7   PicardDir=/usr/local/packages/picard-tools/2.20.0
5529 27 Jun 19 nicklas 8 fi
5529 27 Jun 19 nicklas 9
5529 27 Jun 19 nicklas 10 if [ -z "$PicardMemory" ]; then
5529 27 Jun 19 nicklas 11   PicardMemory=50g
5529 27 Jun 19 nicklas 12 fi
5529 27 Jun 19 nicklas 13
5529 27 Jun 19 nicklas 14 cmd=$1
5529 27 Jun 19 nicklas 15 shift
5529 27 Jun 19 nicklas 16 java -Dpicard.useLegacyParser=false -Xmx${PicardMemory} -jar ${PicardDir}/picard.jar ${cmd} $@

Generated on Tue Nov 21 03:40:18 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)