other/pipeline/trunk/trimmomatic

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2495 05 Jun 14 nicklas 1 #!/bin/sh
2495 05 Jun 14 nicklas 2
3583 09 Nov 15 jari 3 # $Id$
2496 05 Jun 14 nicklas 4
2495 05 Jun 14 nicklas 5 if [ -z "$TrimmomaticJAR" ]; then
2495 05 Jun 14 nicklas 6   TrimmomaticJAR=/usr/local/packages/trimmomatic/0.32/trimmomatic-0.32.jar
2495 05 Jun 14 nicklas 7 fi
2495 05 Jun 14 nicklas 8
2495 05 Jun 14 nicklas 9 if [ -z "$TrimmomaticMemory" ]; then
2495 05 Jun 14 nicklas 10   TrimmomaticMemory=16g
2495 05 Jun 14 nicklas 11 fi
2495 05 Jun 14 nicklas 12
2495 05 Jun 14 nicklas 13 NumThreads=`nproc`
2495 05 Jun 14 nicklas 14
2495 05 Jun 14 nicklas 15 cmd=$1
2495 05 Jun 14 nicklas 16 shift
2495 05 Jun 14 nicklas 17
2495 05 Jun 14 nicklas 18 java -Xmx${TrimmomaticMemory} -jar ${TrimmomaticJAR} ${cmd} -threads ${NumThreads} $@

Generated on Tue Nov 21 03:40:20 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)