plugins/base1/se.lu.onk.BaseFile/trunk/src/basefile/BASEFileAssaySection.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
247 27 Mar 07 enell 1 /*
247 27 Mar 07 enell 2   $Id$
247 27 Mar 07 enell 3
247 27 Mar 07 enell 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
247 27 Mar 07 enell 5
782 18 Sep 08 jari 6   This file is part of the se.lu.onk.BaseFile package, a utility
782 18 Sep 08 jari 7   package for reading files generated by BASE. The package is
782 18 Sep 08 jari 8   available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web site is
782 18 Sep 08 jari 9   http://base.thep.lu.se
247 27 Mar 07 enell 10
782 18 Sep 08 jari 11   This is free software; you can redistribute it and/or modify it
247 27 Mar 07 enell 12   under the terms of the GNU General Public License as published by
782 18 Sep 08 jari 13   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
247 27 Mar 07 enell 14   (at your option) any later version.
247 27 Mar 07 enell 15
782 18 Sep 08 jari 16   The software is distributed in the hope that it will be useful, but
247 27 Mar 07 enell 17   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
782 18 Sep 08 jari 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
247 27 Mar 07 enell 19   General Public License for more details.
247 27 Mar 07 enell 20
247 27 Mar 07 enell 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
782 18 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
247 27 Mar 07 enell 23 */
247 27 Mar 07 enell 24 package basefile;
247 27 Mar 07 enell 25
247 27 Mar 07 enell 26 import java.util.ArrayList;
247 27 Mar 07 enell 27 import java.util.HashMap;
247 27 Mar 07 enell 28 import java.util.List;
247 27 Mar 07 enell 29
248 28 Mar 07 enell 30 public class BASEFileAssaySection extends BASEFileDataSection
247 27 Mar 07 enell 31 {
250 30 Mar 07 enell 32   private final ArrayList<String> data = new ArrayList<String>();
247 27 Mar 07 enell 33   
247 27 Mar 07 enell 34   private final HashMap<Integer, Integer> idIndex = new HashMap<Integer, Integer>();
247 27 Mar 07 enell 35   
250 30 Mar 07 enell 36   public BASEFileAssaySection()
250 30 Mar 07 enell 37   {
250 30 Mar 07 enell 38     super("assays");
265 27 Apr 07 enell 39     this.setAnnotationColumns("");
250 30 Mar 07 enell 40   }
250 30 Mar 07 enell 41   
247 27 Mar 07 enell 42   public BASEFileAssaySection(BASEFileSection bfs) throws BASEFileException
247 27 Mar 07 enell 43   {
248 28 Mar 07 enell 44     super(bfs);
248 28 Mar 07 enell 45     if (!bfs.isType("assays"))
247 27 Mar 07 enell 46     {
247 27 Mar 07 enell 47       throw new BASEFileException("Section must be of type 'assays' to create an assay section.");
247 27 Mar 07 enell 48     }
250 30 Mar 07 enell 49     init();
247 27 Mar 07 enell 50   }
247 27 Mar 07 enell 51   
247 27 Mar 07 enell 52   public final String getAssayName(int id) throws BASEFileException
247 27 Mar 07 enell 53   {
247 27 Mar 07 enell 54     int nameIndex = getColumns().indexOf("name");
247 27 Mar 07 enell 55     if (nameIndex == -1)
247 27 Mar 07 enell 56     {
247 27 Mar 07 enell 57       throw new BASEFileException("Can't find column 'name' in assay section.");
247 27 Mar 07 enell 58     }
247 27 Mar 07 enell 59     Integer assay = idIndex.get(id);
247 27 Mar 07 enell 60     if (assay == null)
247 27 Mar 07 enell 61     {
247 27 Mar 07 enell 62       throw new BASEFileException("Can't find assay with id " + id + " assay section.");
247 27 Mar 07 enell 63     }
247 27 Mar 07 enell 64     return data.get(assay + nameIndex);
247 27 Mar 07 enell 65   }
247 27 Mar 07 enell 66   
247 27 Mar 07 enell 67   public final List<Integer> getAssayIds()
247 27 Mar 07 enell 68   {
247 27 Mar 07 enell 69     return new ArrayList<Integer>(idIndex.values());
247 27 Mar 07 enell 70   }
247 27 Mar 07 enell 71   
250 30 Mar 07 enell 72   public final int getDataSize()
250 30 Mar 07 enell 73   {
250 30 Mar 07 enell 74     return data.size();
250 30 Mar 07 enell 75   }
250 30 Mar 07 enell 76   
247 27 Mar 07 enell 77   public final List<String> getAnnotationColumns()
247 27 Mar 07 enell 78   {
250 30 Mar 07 enell 79     return findFieldList("annotationColumns");
247 27 Mar 07 enell 80   }
247 27 Mar 07 enell 81   
250 30 Mar 07 enell 82   public final int getAnnotationColumnsColIndex(String col) throws BASEFileException
250 30 Mar 07 enell 83   {
250 30 Mar 07 enell 84     return getColIndex("annotationColumns", col);
250 30 Mar 07 enell 85   }
248 28 Mar 07 enell 86
250 30 Mar 07 enell 87   public final String setAnnotationColumns(Object... values)
250 30 Mar 07 enell 88   {
250 30 Mar 07 enell 89     return setHeader("annotationColumns", values);
250 30 Mar 07 enell 90   }
250 30 Mar 07 enell 91   
248 28 Mar 07 enell 92   @Override
248 28 Mar 07 enell 93   public int getDataLineLength()
248 28 Mar 07 enell 94   {
248 28 Mar 07 enell 95     return getColumns().size();
248 28 Mar 07 enell 96   }
250 30 Mar 07 enell 97
250 30 Mar 07 enell 98   @Override
250 30 Mar 07 enell 99   public String getDataLine(int i)
250 30 Mar 07 enell 100   {
250 30 Mar 07 enell 101     int index = i * getWidth();
250 30 Mar 07 enell 102     String line = data.get(index);
250 30 Mar 07 enell 103     for (int j = 1; j < getWidth(); ++j)
250 30 Mar 07 enell 104     {
250 30 Mar 07 enell 105       line += "\t" + data.get(index + j);
250 30 Mar 07 enell 106     }
250 30 Mar 07 enell 107     return line;
250 30 Mar 07 enell 108   }
250 30 Mar 07 enell 109
250 30 Mar 07 enell 110   @Override
250 30 Mar 07 enell 111   protected void init() throws BASEFileException
250 30 Mar 07 enell 112   {
250 30 Mar 07 enell 113     super.init();
250 30 Mar 07 enell 114     setHeight(getCount());
250 30 Mar 07 enell 115     setWidth(getColumns().size());
250 30 Mar 07 enell 116     data.ensureCapacity(getHeight()*getWidth());
250 30 Mar 07 enell 117   }
250 30 Mar 07 enell 118
250 30 Mar 07 enell 119   @Override
250 30 Mar 07 enell 120   public void addData(Object... data)
250 30 Mar 07 enell 121     throws BASEFileException
250 30 Mar 07 enell 122   {
250 30 Mar 07 enell 123     super.addData(data);
250 30 Mar 07 enell 124     addData((String[]) data);
250 30 Mar 07 enell 125   }
247 27 Mar 07 enell 126   
250 30 Mar 07 enell 127   public void addData(String... data) throws BASEFileException
250 30 Mar 07 enell 128   {
250 30 Mar 07 enell 129     super.addData((Object[]) data);
250 30 Mar 07 enell 130     if (data.length != getWidth())
250 30 Mar 07 enell 131     {
250 30 Mar 07 enell 132       throw new BASEFileException("The data line must contain "+getWidth()+" items");
250 30 Mar 07 enell 133     }
250 30 Mar 07 enell 134     int idcol = getColumnsColIndex("id");
250 30 Mar 07 enell 135     int namecol = getColumnsColIndex("name");
250 30 Mar 07 enell 136     idIndex.put(new Integer(data[idcol]), this.data.size() + namecol - 1);
250 30 Mar 07 enell 137     for (String s : data)
250 30 Mar 07 enell 138     {
250 30 Mar 07 enell 139       this.data.add(s);
250 30 Mar 07 enell 140     }
250 30 Mar 07 enell 141   }
250 30 Mar 07 enell 142
250 30 Mar 07 enell 143   @Override
250 30 Mar 07 enell 144   public void validate()
250 30 Mar 07 enell 145     throws BASEFileException
250 30 Mar 07 enell 146   {
250 30 Mar 07 enell 147     super.validate();
250 30 Mar 07 enell 148     if (getHeader("annotationColumns") == null) throw new BadSectionException("Data section must contain annotationColumns header");
250 30 Mar 07 enell 149     if (getHeader("columns") == null) throw new BadSectionException("Data section must contain columns header");
250 30 Mar 07 enell 150     if (getDataSize() != getHeight() * getWidth()) throw new BadSectionException("The size of the data list is missmatch");
250 30 Mar 07 enell 151   }
247 27 Mar 07 enell 152 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:17 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)