plugins/base1/se.lu.onk.BaseFile/trunk/src/basefile/BASEFileSection.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6 10 Oct 05 enell 1 /*
782 18 Sep 08 jari 2   $Id$
782 18 Sep 08 jari 3
782 18 Sep 08 jari 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
782 18 Sep 08 jari 5
782 18 Sep 08 jari 6   This file is part of the se.lu.onk.BaseFile package, a utility
782 18 Sep 08 jari 7   package for reading files generated by BASE. The package is
782 18 Sep 08 jari 8   available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web site is
782 18 Sep 08 jari 9   http://base.thep.lu.se
782 18 Sep 08 jari 10
782 18 Sep 08 jari 11   This is free software; you can redistribute it and/or modify it
782 18 Sep 08 jari 12   under the terms of the GNU General Public License as published by
782 18 Sep 08 jari 13   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
782 18 Sep 08 jari 14   (at your option) any later version.
782 18 Sep 08 jari 15
782 18 Sep 08 jari 16   The software is distributed in the hope that it will be useful, but
782 18 Sep 08 jari 17   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
782 18 Sep 08 jari 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
782 18 Sep 08 jari 19   General Public License for more details.
782 18 Sep 08 jari 20
782 18 Sep 08 jari 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
782 18 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
782 18 Sep 08 jari 23 */
6 10 Oct 05 enell 24 package basefile;
6 10 Oct 05 enell 25
6 10 Oct 05 enell 26 import java.util.ArrayList;
6 10 Oct 05 enell 27 import java.util.Arrays;
248 28 Mar 07 enell 28 import java.util.Collections;
6 10 Oct 05 enell 29 import java.util.HashMap;
6 10 Oct 05 enell 30 import java.util.List;
248 28 Mar 07 enell 31 import java.util.Map;
6 10 Oct 05 enell 32
6 10 Oct 05 enell 33 /**
6 10 Oct 05 enell 34  * This class describes a section in a baseFile created from the BASE database.
6 10 Oct 05 enell 35  * 
6 10 Oct 05 enell 36  * @author Johan Enell
6 10 Oct 05 enell 37  */
6 10 Oct 05 enell 38 /**
6 10 Oct 05 enell 39  * 
6 10 Oct 05 enell 40  * @author Johan Enell, johan.enell@onk.lu.se, Dept Oncology, Lund University,
6 10 Oct 05 enell 41  *         S-221 85 Lund, Sweden
6 10 Oct 05 enell 42  */
6 10 Oct 05 enell 43 public class BASEFileSection
6 10 Oct 05 enell 44 {
6 10 Oct 05 enell 45
6 10 Oct 05 enell 46   /**
6 10 Oct 05 enell 47    * The line number in the inputstream were the section starts
6 10 Oct 05 enell 48    */
97 20 Apr 06 enell 49   private int startLine;
6 10 Oct 05 enell 50
6 10 Oct 05 enell 51   /**
6 10 Oct 05 enell 52    * The line number in the inpustream were the data in the section starts
6 10 Oct 05 enell 53    */
97 20 Apr 06 enell 54   private int dataStartLine;
6 10 Oct 05 enell 55
6 10 Oct 05 enell 56   /**
6 10 Oct 05 enell 57    * The headers in the section put in a HashMap with the parameternames as
6 10 Oct 05 enell 58    * keys.
6 10 Oct 05 enell 59    */
185 12 Oct 06 enell 60   private final HashMap<String, String> headers = new HashMap<String, String>();
6 10 Oct 05 enell 61
6 10 Oct 05 enell 62   /**
248 28 Mar 07 enell 63    * The type of this section. 
248 28 Mar 07 enell 64    */
248 28 Mar 07 enell 65   private String type;
248 28 Mar 07 enell 66
250 30 Mar 07 enell 67   private boolean init = false;
248 28 Mar 07 enell 68
248 28 Mar 07 enell 69   /**
6 10 Oct 05 enell 70    * Creates a new BASEFileSection.
6 10 Oct 05 enell 71    */
250 30 Mar 07 enell 72   @Deprecated
6 10 Oct 05 enell 73   public BASEFileSection()
6 10 Oct 05 enell 74   {
6 10 Oct 05 enell 75     startLine = -1;
6 10 Oct 05 enell 76     dataStartLine = -1;
248 28 Mar 07 enell 77     type = "";
6 10 Oct 05 enell 78   }
6 10 Oct 05 enell 79
250 30 Mar 07 enell 80   /**
250 30 Mar 07 enell 81    * Creates a new BASEFileSection.
250 30 Mar 07 enell 82    */
250 30 Mar 07 enell 83   public BASEFileSection(String type)
250 30 Mar 07 enell 84   {
250 30 Mar 07 enell 85     startLine = -1;
250 30 Mar 07 enell 86     dataStartLine = -1;
250 30 Mar 07 enell 87     this.type = type;
250 30 Mar 07 enell 88   }
250 30 Mar 07 enell 89   
248 28 Mar 07 enell 90   public BASEFileSection(BASEFileSection bfs) throws BASEFileException
248 28 Mar 07 enell 91   {
248 28 Mar 07 enell 92     if (bfs == null)
248 28 Mar 07 enell 93     {
248 28 Mar 07 enell 94       throw new BASEFileException("Can't initiate an assay section with a null section.");
248 28 Mar 07 enell 95     }
248 28 Mar 07 enell 96     startLine = bfs.getStartLine();
248 28 Mar 07 enell 97     dataStartLine = bfs.getDataStartLine();
248 28 Mar 07 enell 98     type = bfs.getType();
248 28 Mar 07 enell 99     setHeaders(bfs.getHeaders());
248 28 Mar 07 enell 100   }
248 28 Mar 07 enell 101
6 10 Oct 05 enell 102   /**
6 10 Oct 05 enell 103    * Find the specified header from the headers and return it as an int.
6 10 Oct 05 enell 104    * 
6 10 Oct 05 enell 105    * @param name
6 10 Oct 05 enell 106    *            The name of the header
6 10 Oct 05 enell 107    * @return the option value as an int
6 10 Oct 05 enell 108    * @throws NumberFormatException
6 10 Oct 05 enell 109    *             If the option is not an integer
6 10 Oct 05 enell 110    */
105 02 Jun 06 enell 111   public final Integer findIntOpt(String name)
105 02 Jun 06 enell 112     throws NumberFormatException
6 10 Oct 05 enell 113   {
6 10 Oct 05 enell 114     String ret = headers.get(name);
6 10 Oct 05 enell 115     try
6 10 Oct 05 enell 116     {
105 02 Jun 06 enell 117       return new Integer(ret);
6 10 Oct 05 enell 118     }
6 10 Oct 05 enell 119     catch (NumberFormatException e)
6 10 Oct 05 enell 120     {
264 27 Apr 07 enell 121       throw new NumberFormatException("The value of parameter '" + name + "' is not an int: " + ret);
6 10 Oct 05 enell 122     }
6 10 Oct 05 enell 123   }
6 10 Oct 05 enell 124
6 10 Oct 05 enell 125   /**
6 10 Oct 05 enell 126    * Find the specified header from the headers and return it as a float.
6 10 Oct 05 enell 127    * 
6 10 Oct 05 enell 128    * @param name
6 10 Oct 05 enell 129    *            The name of the header
6 10 Oct 05 enell 130    * @return the option value as a float
6 10 Oct 05 enell 131    * @throws NumberFormatException
6 10 Oct 05 enell 132    *             If the option is not a float
6 10 Oct 05 enell 133    */
105 02 Jun 06 enell 134   public Float findFloatOpt(String name)
105 02 Jun 06 enell 135     throws NumberFormatException
6 10 Oct 05 enell 136   {
6 10 Oct 05 enell 137     String ret = headers.get(name);
105 02 Jun 06 enell 138     return new Float(ret);
6 10 Oct 05 enell 139   }
6 10 Oct 05 enell 140
6 10 Oct 05 enell 141   /**
6 10 Oct 05 enell 142    * Find the specified header from the headers and return it as a String.
6 10 Oct 05 enell 143    * 
6 10 Oct 05 enell 144    * @param name
6 10 Oct 05 enell 145    *            The name of the header
6 10 Oct 05 enell 146    * @return the option value as a String
6 10 Oct 05 enell 147    */
97 20 Apr 06 enell 148   public final String findStringOpt(String name)
6 10 Oct 05 enell 149   {
6 10 Oct 05 enell 150     String ret = headers.get(name);
6 10 Oct 05 enell 151     return ret;
6 10 Oct 05 enell 152   }
6 10 Oct 05 enell 153
6 10 Oct 05 enell 154   /**
6 10 Oct 05 enell 155    * Find the specified header from the headers and return it as a String[].
6 10 Oct 05 enell 156    * The values is separated by the tab (\u0009) character.
6 10 Oct 05 enell 157    * 
6 10 Oct 05 enell 158    * @param name
6 10 Oct 05 enell 159    *            The name of the header
6 10 Oct 05 enell 160    * @return the option value as a String
6 10 Oct 05 enell 161    */
97 20 Apr 06 enell 162   public final String[] findStringOpts(String name)
6 10 Oct 05 enell 163   {
106 13 Jun 06 enell 164     return findStringOpts(name, "\t");
6 10 Oct 05 enell 165   }
106 13 Jun 06 enell 166   
106 13 Jun 06 enell 167   /**
106 13 Jun 06 enell 168    * Find the specified header from the headers and return it as a String[].
106 13 Jun 06 enell 169    * The values is separated by the del String.
106 13 Jun 06 enell 170    * 
106 13 Jun 06 enell 171    * @param name The name of the header
106 13 Jun 06 enell 172    * @param del The string that splits the value. Using the method String.split()
106 13 Jun 06 enell 173    * @return the option value as a String or null if name isnt found in the headers
106 13 Jun 06 enell 174    */
106 13 Jun 06 enell 175   public final String[] findStringOpts(String name, String del)
106 13 Jun 06 enell 176   {
106 13 Jun 06 enell 177     String value = headers.get(name);
106 13 Jun 06 enell 178     if (value != null)
106 13 Jun 06 enell 179     {
106 13 Jun 06 enell 180       return value.split(del);
106 13 Jun 06 enell 181     }
106 13 Jun 06 enell 182     return null;
106 13 Jun 06 enell 183   }
6 10 Oct 05 enell 184
6 10 Oct 05 enell 185   /**
6 10 Oct 05 enell 186    * Find the specified header from the headers and return it as a boolean.
6 10 Oct 05 enell 187    * 
6 10 Oct 05 enell 188    * @param name
6 10 Oct 05 enell 189    *            The name of the header
6 10 Oct 05 enell 190    * @return the option value as a boolean
6 10 Oct 05 enell 191    * @throws NumberFormatException
6 10 Oct 05 enell 192    *             If the option is not a boolean
6 10 Oct 05 enell 193    */
97 20 Apr 06 enell 194   public final boolean findBooleanOpt(String name)
6 10 Oct 05 enell 195   {
6 10 Oct 05 enell 196     String ret = headers.get(name);
6 10 Oct 05 enell 197
6 10 Oct 05 enell 198     boolean value = false;
6 10 Oct 05 enell 199     try
6 10 Oct 05 enell 200     {
6 10 Oct 05 enell 201       value = Boolean.valueOf(ret).booleanValue();
6 10 Oct 05 enell 202     }
6 10 Oct 05 enell 203     catch (NumberFormatException e)
6 10 Oct 05 enell 204     {
6 10 Oct 05 enell 205       throw new NumberFormatException("The value of parameter " + name + " is not a boolean: " + ret);
6 10 Oct 05 enell 206     }
6 10 Oct 05 enell 207     return value;
6 10 Oct 05 enell 208   }
6 10 Oct 05 enell 209
6 10 Oct 05 enell 210   /**
6 10 Oct 05 enell 211    * Used to get the values from a header as a {@link java.util.List<String>}. 
6 10 Oct 05 enell 212    * The order is the same as in the basefile if the user hasent changed it.
6 10 Oct 05 enell 213    * 
6 10 Oct 05 enell 214    * @param name
6 10 Oct 05 enell 215    *            The name of the header
6 10 Oct 05 enell 216    * @return A list of the values.
6 10 Oct 05 enell 217    */
97 20 Apr 06 enell 218   public final List<String> findFieldList(String name)
6 10 Oct 05 enell 219   {
6 10 Oct 05 enell 220     String s = headers.get(name);
6 10 Oct 05 enell 221     if (s == null) return null;
269 15 May 07 enell 222     if (s.equals("")) return new ArrayList<String>();
6 10 Oct 05 enell 223     return new ArrayList<String>(Arrays.asList(s.split("\\t")));
6 10 Oct 05 enell 224
6 10 Oct 05 enell 225   }
6 10 Oct 05 enell 226
6 10 Oct 05 enell 227   /**
94 05 Apr 06 enell 228    * Used to get the values from a header as a {@link java.util.List<Integer>}. 
94 05 Apr 06 enell 229    * The order is the same as in the basefile if the user hasent changed it.
94 05 Apr 06 enell 230    * 
94 05 Apr 06 enell 231    * @param name
94 05 Apr 06 enell 232    *            The name of the header
94 05 Apr 06 enell 233    * @return A list of the values.
94 05 Apr 06 enell 234    */
97 20 Apr 06 enell 235   public final List<Integer> findFieldIntList(String name)
94 05 Apr 06 enell 236   {
269 15 May 07 enell 237     List<String> stringList = this.findFieldList(name);
269 15 May 07 enell 238     if (stringList == null) return null;
94 05 Apr 06 enell 239     ArrayList<Integer> ret = new ArrayList<Integer>();
269 15 May 07 enell 240     for (String assay : stringList)
94 05 Apr 06 enell 241     {
94 05 Apr 06 enell 242       ret.add(new Integer(assay));
94 05 Apr 06 enell 243     }
94 05 Apr 06 enell 244     return ret;
94 05 Apr 06 enell 245   }
94 05 Apr 06 enell 246
94 05 Apr 06 enell 247   /**
6 10 Oct 05 enell 248    * Puts a header in the header map. The header is stored as a String using
6 10 Oct 05 enell 249    * the Object.toString() method. If the map previously contained a mapping
6 10 Oct 05 enell 250    * for this key, the old value is replaced.
6 10 Oct 05 enell 251    * 
6 10 Oct 05 enell 252    * @param key
6 10 Oct 05 enell 253    *            key with which the specified value is to be associated.
6 10 Oct 05 enell 254    * @param value
6 10 Oct 05 enell 255    *            value to be associated with the specified key.
6 10 Oct 05 enell 256    * @return previous value associated with specified key, or null if there
6 10 Oct 05 enell 257    *         was no mapping for key. A null return can also indicate that the
6 10 Oct 05 enell 258    *         HashMap previously associated null with the specified key.
6 10 Oct 05 enell 259    */
97 20 Apr 06 enell 260   public final String setHeader(Object key, Object value)
6 10 Oct 05 enell 261   {
248 28 Mar 07 enell 262     String ret = "";
248 28 Mar 07 enell 263     if ("section".equals(key))
248 28 Mar 07 enell 264     {
248 28 Mar 07 enell 265       ret = this.getType();
248 28 Mar 07 enell 266       this.setType(value.toString());
248 28 Mar 07 enell 267     }
248 28 Mar 07 enell 268     else
248 28 Mar 07 enell 269     {
248 28 Mar 07 enell 270       ret = headers.put(key.toString(), value.toString());
248 28 Mar 07 enell 271     }
248 28 Mar 07 enell 272     return ret;
6 10 Oct 05 enell 273   }
6 10 Oct 05 enell 274
6 10 Oct 05 enell 275   /**
6 10 Oct 05 enell 276    * Puts a header in the header map. The header is stored as a String using
6 10 Oct 05 enell 277    * the Object.toString() method. All the Object in the array is conbined the
6 10 Oct 05 enell 278    * with a tabulation character '\t'. If the map previously contained a
6 10 Oct 05 enell 279    * mapping for this key, the old value is replaced.
6 10 Oct 05 enell 280    * 
6 10 Oct 05 enell 281    * @param key
6 10 Oct 05 enell 282    *            key with which the specified value is to be associated.
6 10 Oct 05 enell 283    * @param value
6 10 Oct 05 enell 284    *            values to be associated with the specified key.
6 10 Oct 05 enell 285    * @return previous value associated with specified key, or null if there
6 10 Oct 05 enell 286    *         was no mapping for key. A null return can also indicate that the
6 10 Oct 05 enell 287    *         HashMap previously associated null with the specified key.
6 10 Oct 05 enell 288    */
97 20 Apr 06 enell 289   public final String setHeader(Object key, Object... value)
6 10 Oct 05 enell 290   {
25 21 Oct 05 enell 291     return this.setHeader(key, '\t', value);
6 10 Oct 05 enell 292   }
6 10 Oct 05 enell 293
6 10 Oct 05 enell 294   /**
6 10 Oct 05 enell 295    * Puts a header in the header map. The header is stored as a String using
6 10 Oct 05 enell 296    * the Object.toString() method. All the Object in the array is conbined the
6 10 Oct 05 enell 297    * with the character c. If the map previously contained a mapping for this
6 10 Oct 05 enell 298    * key, the old value is replaced.
6 10 Oct 05 enell 299    * 
6 10 Oct 05 enell 300    * @param key
6 10 Oct 05 enell 301    *            key with which the specified value is to be associated.
25 21 Oct 05 enell 302    * @param c
25 21 Oct 05 enell 303    *            the character used to combine the value array.
6 10 Oct 05 enell 304    * @param value
6 10 Oct 05 enell 305    *            values to be associated with the specified key.
6 10 Oct 05 enell 306    * @return previous value associated with specified key, or null if there
6 10 Oct 05 enell 307    *         was no mapping for key. A null return can also indicate that the
6 10 Oct 05 enell 308    *         HashMap previously associated null with the specified key.
6 10 Oct 05 enell 309    */
97 20 Apr 06 enell 310   public final String setHeader(Object key, char c, Object... value)
6 10 Oct 05 enell 311   {
6 10 Oct 05 enell 312     StringBuffer s = new StringBuffer("");
6 10 Oct 05 enell 313     if (value.length > 0)
6 10 Oct 05 enell 314     {
6 10 Oct 05 enell 315       s = new StringBuffer(value[0].toString());
6 10 Oct 05 enell 316       for (int i = 1; i < value.length; i++)
6 10 Oct 05 enell 317       {
6 10 Oct 05 enell 318         s.append(c);
6 10 Oct 05 enell 319         s.append(value[i]);
6 10 Oct 05 enell 320       }
6 10 Oct 05 enell 321     }
6 10 Oct 05 enell 322     return this.setHeader(key, s);
6 10 Oct 05 enell 323   }
6 10 Oct 05 enell 324
97 20 Apr 06 enell 325   public final String getHeader(Object key)
6 10 Oct 05 enell 326   {
6 10 Oct 05 enell 327     return this.headers.get(key.toString());
6 10 Oct 05 enell 328   }
248 28 Mar 07 enell 329   
248 28 Mar 07 enell 330   public final Map<String, String> getHeaders()
248 28 Mar 07 enell 331   {
248 28 Mar 07 enell 332     return Collections.unmodifiableMap(this.headers);
248 28 Mar 07 enell 333   }
6 10 Oct 05 enell 334
97 20 Apr 06 enell 335   public final String removeHeader(Object key)
6 10 Oct 05 enell 336   {
18 18 Oct 05 enell 337     if (key.equals("section"))
18 18 Oct 05 enell 338     {
18 18 Oct 05 enell 339       return "";
18 18 Oct 05 enell 340     }
6 10 Oct 05 enell 341     return headers.remove(key.toString());
6 10 Oct 05 enell 342   }
6 10 Oct 05 enell 343
248 28 Mar 07 enell 344   final boolean setHeaders(Map<String, String> headers)
97 20 Apr 06 enell 345   {
185 12 Oct 06 enell 346     if (headers == null)
185 12 Oct 06 enell 347     {
185 12 Oct 06 enell 348       return false;
185 12 Oct 06 enell 349     }
185 12 Oct 06 enell 350     this.headers.clear();
185 12 Oct 06 enell 351     for (String key : headers.keySet())
185 12 Oct 06 enell 352     {
248 28 Mar 07 enell 353       this.setHeader(key, headers.get(key));
185 12 Oct 06 enell 354     }
97 20 Apr 06 enell 355     return true;
97 20 Apr 06 enell 356   }
248 28 Mar 07 enell 357   
248 28 Mar 07 enell 358   public int getColIndex(String header, String col) throws BASEFileException
248 28 Mar 07 enell 359   {
248 28 Mar 07 enell 360     List<String> l = this.findFieldList(header);
248 28 Mar 07 enell 361     if (l == null) throw new BASEFileException("Can't find header "+header);
248 28 Mar 07 enell 362     int index = l.indexOf(col);
248 28 Mar 07 enell 363     if (index == -1) throw new BASEFileException("Can't find column "+col+" in header "+header);
248 28 Mar 07 enell 364     return index;
248 28 Mar 07 enell 365   }
97 20 Apr 06 enell 366
6 10 Oct 05 enell 367   /**
97 20 Apr 06 enell 368    * Get the type of the section.
6 10 Oct 05 enell 369    * 
97 20 Apr 06 enell 370    * @return The value of the header 'section'
6 10 Oct 05 enell 371    */
97 20 Apr 06 enell 372   public final String getType()
6 10 Oct 05 enell 373   {
248 28 Mar 07 enell 374     return type;
6 10 Oct 05 enell 375   }
250 30 Mar 07 enell 376   
250 30 Mar 07 enell 377   protected boolean isInitiated()
250 30 Mar 07 enell 378   {
250 30 Mar 07 enell 379     return init;
250 30 Mar 07 enell 380   }
6 10 Oct 05 enell 381
97 20 Apr 06 enell 382   /**
248 28 Mar 07 enell 383    * Checks the type of this section.
248 28 Mar 07 enell 384    * 
248 28 Mar 07 enell 385    * @param string the type to test
248 28 Mar 07 enell 386    * @return true if type matches string
97 20 Apr 06 enell 387    */
97 20 Apr 06 enell 388   public final boolean isType(String string)
97 20 Apr 06 enell 389   {
97 20 Apr 06 enell 390     return getType().equals(string);
97 20 Apr 06 enell 391   }
248 28 Mar 07 enell 392   
248 28 Mar 07 enell 393   /**
248 28 Mar 07 enell 394    * Sets the type of this section.
248 28 Mar 07 enell 395    * 
248 28 Mar 07 enell 396    * @return the new type
248 28 Mar 07 enell 397    */
250 30 Mar 07 enell 398   @Deprecated
248 28 Mar 07 enell 399   public final void setType(String type)
248 28 Mar 07 enell 400   {
248 28 Mar 07 enell 401     this.type = type;
248 28 Mar 07 enell 402   }
105 02 Jun 06 enell 403
97 20 Apr 06 enell 404   public final int getDataStartLine()
97 20 Apr 06 enell 405   {
97 20 Apr 06 enell 406     return dataStartLine;
97 20 Apr 06 enell 407   }
97 20 Apr 06 enell 408
248 28 Mar 07 enell 409   @Deprecated
97 20 Apr 06 enell 410   public final void setDataStartLine(int dataStartLine)
97 20 Apr 06 enell 411   {
97 20 Apr 06 enell 412     this.dataStartLine = dataStartLine;
97 20 Apr 06 enell 413   }
97 20 Apr 06 enell 414   public final int getStartLine()
97 20 Apr 06 enell 415   {
97 20 Apr 06 enell 416     return startLine;
97 20 Apr 06 enell 417   }
248 28 Mar 07 enell 418   
97 20 Apr 06 enell 419   public final void setStartLine(int startLine)
97 20 Apr 06 enell 420   {
97 20 Apr 06 enell 421     this.startLine = startLine;
97 20 Apr 06 enell 422   }
97 20 Apr 06 enell 423
103 01 Jun 06 enell 424   public void clear()
103 01 Jun 06 enell 425   {
103 01 Jun 06 enell 426     this.headers.clear();
103 01 Jun 06 enell 427     startLine = -1;
103 01 Jun 06 enell 428     dataStartLine = -1;
103 01 Jun 06 enell 429   }
103 01 Jun 06 enell 430
31 08 Nov 05 enell 431   @Override
6 10 Oct 05 enell 432   public String toString()
6 10 Oct 05 enell 433   {
6 10 Oct 05 enell 434     String ret = "section\t" + this.getType() + "\n";
6 10 Oct 05 enell 435
6 10 Oct 05 enell 436     for (String key : headers.keySet())
6 10 Oct 05 enell 437     {
248 28 Mar 07 enell 438       ret += key + "\t" + headers.get(key) + "\n";
6 10 Oct 05 enell 439     }
6 10 Oct 05 enell 440     ret += "%";
6 10 Oct 05 enell 441
6 10 Oct 05 enell 442     return ret;
6 10 Oct 05 enell 443   }
250 30 Mar 07 enell 444
250 30 Mar 07 enell 445   protected void init() throws BASEFileException
250 30 Mar 07 enell 446   {
250 30 Mar 07 enell 447     if (init)
250 30 Mar 07 enell 448     {
250 30 Mar 07 enell 449       throw new BASEFileException("This section has already been initiated");
250 30 Mar 07 enell 450     }
250 30 Mar 07 enell 451     init  = true;
250 30 Mar 07 enell 452   }
250 30 Mar 07 enell 453
250 30 Mar 07 enell 454   public void validate() throws BASEFileException
250 30 Mar 07 enell 455   {}
6 10 Oct 05 enell 456 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:20 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)