plugins/base1/se.lu.onk.Center/trunk/misc/description.txt

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
875 05 Dec 08 jari 1 $Id$
875 05 Dec 08 jari 2
875 05 Dec 08 jari 3 The information in this file is the more or less the original BASE1
875 05 Dec 08 jari 4 plug-in documentation. For BASE2 related material please see
875 05 Dec 08 jari 5 ../README.
875 05 Dec 08 jari 6
875 05 Dec 08 jari 7 Center
875 05 Dec 08 jari 8 Copyright (C) 2005 Johan Enell
875 05 Dec 08 jari 9
875 05 Dec 08 jari 10 This file is part of Center plugin for BASE. Center is a program 
875 05 Dec 08 jari 11 designed as a BASE (http://base.thep.lu.se) plugin. Center is 
875 05 Dec 08 jari 12 developed at Department of Oncology, Lund University.
875 05 Dec 08 jari 13
875 05 Dec 08 jari 14 For questions or bug reports please contact:
875 05 Dec 08 jari 15 johan.enell@med.lu.se
875 05 Dec 08 jari 16 Johan Enell, Dept Oncology, Lund University, S-221 85 Lund, Sweden
875 05 Dec 08 jari 17 -------------------------------------------------------------------------------
875 05 Dec 08 jari 18
875 05 Dec 08 jari 19 This document contains information about the BASE plugin Center
875 05 Dec 08 jari 20
875 05 Dec 08 jari 21 Document index:
875 05 Dec 08 jari 22
875 05 Dec 08 jari 23 1. Requirements
875 05 Dec 08 jari 24 2. Installation
875 05 Dec 08 jari 25 3. Download Center
875 05 Dec 08 jari 26 4. Description
875 05 Dec 08 jari 27
875 05 Dec 08 jari 28 -------------------------------------------------------------------------------
875 05 Dec 08 jari 29
875 05 Dec 08 jari 30 1. Requirements
875 05 Dec 08 jari 31  
875 05 Dec 08 jari 32 We have tested and used Center on a BASE installation with the following 
875 05 Dec 08 jari 33 configuration:
875 05 Dec 08 jari 34 BASE 1.2.16
875 05 Dec 08 jari 35 java v1.5.0
875 05 Dec 08 jari 36
875 05 Dec 08 jari 37 For compiling the source code java 1.5 is required.
875 05 Dec 08 jari 38
875 05 Dec 08 jari 39 -------------------------------------------------------------------------------
875 05 Dec 08 jari 40
875 05 Dec 08 jari 41 2. Installation
875 05 Dec 08 jari 42
875 05 Dec 08 jari 43 Place the files 'Center.jar' and 'run' in your base plugin folder and make sure
875 05 Dec 08 jari 44 that run has execute permission. Then import plugin_Transformation_Center.base 
875 05 Dec 08 jari 45 into base and change the name of the executable to the path of the run script. 
875 05 Dec 08 jari 46 Don't forget to activate the plugin. You might take a look at line 4 in the run
875 05 Dec 08 jari 47 script so the path for java is correct.
875 05 Dec 08 jari 48
875 05 Dec 08 jari 49 Installing java
875 05 Dec 08 jari 50
875 05 Dec 08 jari 51 Java is available on http://java.sun.com/j2se/1.5.0/download.html follow the
875 05 Dec 08 jari 52 installation instruction http://java.sun.com/j2se/1.5.0/install.html.
875 05 Dec 08 jari 53
875 05 Dec 08 jari 54 -------------------------------------------------------------------------------
875 05 Dec 08 jari 55
875 05 Dec 08 jari 56 3. Download Center
875 05 Dec 08 jari 57
875 05 Dec 08 jari 58 A demo of Center is available on BASE demo site http://base.thep.lu.se/demo and the 
875 05 Dec 08 jari 59 latest version can be downloaded from http://base.thep.lu.se/plugins.
875 05 Dec 08 jari 60
875 05 Dec 08 jari 61 -------------------------------------------------------------------------------
875 05 Dec 08 jari 62
875 05 Dec 08 jari 63 4. Center description
875 05 Dec 08 jari 64
875 05 Dec 08 jari 65 To center your data means that you adjust your values to reflect their 
875 05 Dec 08 jari 66 variation from some property of the data such as the mean or median. The center
875 05 Dec 08 jari 67 plugin allows the user to center the expression levels either per gene or per 
875 05 Dec 08 jari 68 array. Consider a common experimental design where you are looking at a large 
875 05 Dec 08 jari 69 number of samples all compared to a common reference. For each gene, you have a
875 05 Dec 08 jari 70 series of ration values that are relative to the expression level of that gene 
875 05 Dec 08 jari 71 in the reference sample. Since the reference sample really has nothing  to do 
875 05 Dec 08 jari 72 with your experiment, you want your analysis to be independent of the amount of
875 05 Dec 08 jari 73 a gene present in the reference sample. This is achieved by center your data on
875 05 Dec 08 jari 74 genes. Centering makes less sense in experiments where the reference sample is 
875 05 Dec 08 jari 75 part of the experiment. Centering the data for arrays can also be used to 
875 05 Dec 08 jari 76 remove certain types of biases and can be seen as a crude normalization. The 
875 05 Dec 08 jari 77 results of many two-color fluorescent hybridization experiments are not 
875 05 Dec 08 jari 78 corrected for systematic biases in ratios that are the result of differences in
875 05 Dec 08 jari 79 RNA amounts, labeling efficiency and image acquisition parameters. Such biases 
875 05 Dec 08 jari 80 have the effect of multiplying ratios for all genes by a fixed scalar. Mean or 
875 05 Dec 08 jari 81 median centering the data in log-space has the effect of correcting this bias, 
875 05 Dec 08 jari 82 although it should be noted that an assumption is being made in correcting this
875 05 Dec 08 jari 83 bias, which is that the average gene in a given experiment is expected to have 
875 05 Dec 08 jari 84 a ratio of 1.0 (or log-ratio of 0).
875 05 Dec 08 jari 85
875 05 Dec 08 jari 86 In general, I recommend the use of median rather than mean centering, as it is 
875 05 Dec 08 jari 87 more robust against outliers. 
875 05 Dec 08 jari 88
875 05 Dec 08 jari 89
875 05 Dec 08 jari 90 Parameters:
875 05 Dec 08 jari 91
875 05 Dec 08 jari 92 Center on genes/arrays - If the centering should be done on genes, arrays or 
875 05 Dec 08 jari 93 both. If both i chosen then the centering will first be done on genes then on
875 05 Dec 08 jari 94 arrays, this is called a cycle.
875 05 Dec 08 jari 95
875 05 Dec 08 jari 96 Number of centering cycles - How many cycles should be done. This value is only
875 05 Dec 08 jari 97 relevant if the centering should be done on both genes and arrays. 
875 05 Dec 08 jari 98
875 05 Dec 08 jari 99 Centering using median or mean - If median or mean should be used for the 
875 05 Dec 08 jari 100 centering.
875 05 Dec 08 jari 101
875 05 Dec 08 jari 102 -----------

Generated on Tue Nov 21 03:41:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)