plugins/base1/se.lu.onk.Center/trunk/src/center/AssayRow.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
142 10 Aug 06 enell 1 /*
875 05 Dec 08 jari 2  * $Id$
875 05 Dec 08 jari 3  *
142 10 Aug 06 enell 4  * Copyright (C) 2005 Johan Enell
875 05 Dec 08 jari 5  * Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen
875 05 Dec 08 jari 6
875 05 Dec 08 jari 7  * This file is part of the se.lu.onk.Center plug-in for
875 05 Dec 08 jari 8  * BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web site
875 05 Dec 08 jari 9  * is http://base.thep.lu.se
875 05 Dec 08 jari 10
875 05 Dec 08 jari 11  * This is free software; you can redistribute it and/or modify it
875 05 Dec 08 jari 12  * under the terms of the GNU General Public License as published by
875 05 Dec 08 jari 13  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
875 05 Dec 08 jari 14  * (at your option) any later version.
875 05 Dec 08 jari 15
875 05 Dec 08 jari 16  * The software is distributed in the hope that it will be useful, but
875 05 Dec 08 jari 17  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
875 05 Dec 08 jari 18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
875 05 Dec 08 jari 19  * General Public License for more details.
875 05 Dec 08 jari 20
142 10 Aug 06 enell 21  * You should have received a copy of the GNU General Public License
875 05 Dec 08 jari 22  * along with this software. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
142 10 Aug 06 enell 23  */
142 10 Aug 06 enell 24
875 05 Dec 08 jari 25 package center;
875 05 Dec 08 jari 26
142 10 Aug 06 enell 27 class AssayRow
142 10 Aug 06 enell 28 {
142 10 Aug 06 enell 29   public int reporter;
142 10 Aug 06 enell 30
142 10 Aug 06 enell 31   public int position, assays;
142 10 Aug 06 enell 32
142 10 Aug 06 enell 33   public float[] ratio, A;
142 10 Aug 06 enell 34   
142 10 Aug 06 enell 35   private boolean allNaN = true;
142 10 Aug 06 enell 36
142 10 Aug 06 enell 37   public AssayRow(int position, int reporter, int assays)
142 10 Aug 06 enell 38   {
142 10 Aug 06 enell 39     this.reporter = reporter;
142 10 Aug 06 enell 40     this.position = position;
142 10 Aug 06 enell 41     this.assays = assays;
142 10 Aug 06 enell 42     ratio = new float[assays];
142 10 Aug 06 enell 43     A = new float[assays];
142 10 Aug 06 enell 44   }
142 10 Aug 06 enell 45
142 10 Aug 06 enell 46   public boolean add(int index, float ratio, float A)
142 10 Aug 06 enell 47   {
142 10 Aug 06 enell 48     if (index >= 0 && index < assays)
142 10 Aug 06 enell 49     {
142 10 Aug 06 enell 50       this.ratio[index] = ratio;
142 10 Aug 06 enell 51       this.A[index] = A;
142 10 Aug 06 enell 52       if (!Float.isNaN(ratio) && !Float.isNaN(A)) 
142 10 Aug 06 enell 53       {
142 10 Aug 06 enell 54         allNaN = false;
142 10 Aug 06 enell 55       }
142 10 Aug 06 enell 56       return true;
142 10 Aug 06 enell 57     }
142 10 Aug 06 enell 58     return false;
142 10 Aug 06 enell 59   }
142 10 Aug 06 enell 60   
142 10 Aug 06 enell 61   public boolean valid()
142 10 Aug 06 enell 62   {
142 10 Aug 06 enell 63     return !allNaN;
142 10 Aug 06 enell 64   }
142 10 Aug 06 enell 65   
142 10 Aug 06 enell 66   @Override
142 10 Aug 06 enell 67   public String toString()
142 10 Aug 06 enell 68   {
142 10 Aug 06 enell 69     String ret = position + "\t" + reporter;
142 10 Aug 06 enell 70     for(int i = 0; i < assays; i++) 
142 10 Aug 06 enell 71     {
142 10 Aug 06 enell 72       ret += Float.isNaN(ratio[i]) ? "\t\t" : "\t" + ratio[i] + "\t" + A[i]; 
142 10 Aug 06 enell 73     }
142 10 Aug 06 enell 74     return ret;
142 10 Aug 06 enell 75   }
142 10 Aug 06 enell 76 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:28 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)