plugins/base1/se.lu.onk.Center/trunk/src/center/Center.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
875 05 Dec 08 jari 1 /*
875 05 Dec 08 jari 2  * $Id$
875 05 Dec 08 jari 3  *
875 05 Dec 08 jari 4  * Copyright (C) 2005 Johan Enell
875 05 Dec 08 jari 5  * Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen
875 05 Dec 08 jari 6
875 05 Dec 08 jari 7  * This file is part of the se.lu.onk.Center plug-in for
875 05 Dec 08 jari 8  * BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web site
875 05 Dec 08 jari 9  * is http://base.thep.lu.se
875 05 Dec 08 jari 10
875 05 Dec 08 jari 11  * This is free software; you can redistribute it and/or modify it
875 05 Dec 08 jari 12  * under the terms of the GNU General Public License as published by
875 05 Dec 08 jari 13  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
875 05 Dec 08 jari 14  * (at your option) any later version.
875 05 Dec 08 jari 15
875 05 Dec 08 jari 16  * The software is distributed in the hope that it will be useful, but
875 05 Dec 08 jari 17  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
875 05 Dec 08 jari 18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
875 05 Dec 08 jari 19  * General Public License for more details.
875 05 Dec 08 jari 20
875 05 Dec 08 jari 21  * You should have received a copy of the GNU General Public License
875 05 Dec 08 jari 22  * along with this software. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
875 05 Dec 08 jari 23  */
875 05 Dec 08 jari 24
149 10 Aug 06 enell 25 package center;
149 10 Aug 06 enell 26
149 10 Aug 06 enell 27 import basefile.BASEFileReader;
149 10 Aug 06 enell 28 import basefile.BASEFileSection;
149 10 Aug 06 enell 29
149 10 Aug 06 enell 30 import java.io.File;
149 10 Aug 06 enell 31 import java.io.FileOutputStream;
149 10 Aug 06 enell 32 import java.io.IOException;
149 10 Aug 06 enell 33 import java.io.PrintStream;
149 10 Aug 06 enell 34 import java.util.ArrayList;
149 10 Aug 06 enell 35 import java.util.Arrays;
2012 01 Aug 13 olle 36 import java.util.Collections;
149 10 Aug 06 enell 37 import java.util.HashMap;
149 10 Aug 06 enell 38 import java.util.List;
149 10 Aug 06 enell 39 import java.util.Map;
149 10 Aug 06 enell 40
149 10 Aug 06 enell 41 class Center
149 10 Aug 06 enell 42 {
149 10 Aug 06 enell 43   private int posCol = -1;
149 10 Aug 06 enell 44
149 10 Aug 06 enell 45   private int repCol = -1;
149 10 Aug 06 enell 46
149 10 Aug 06 enell 47   private int dataCol = -1;
149 10 Aug 06 enell 48
149 10 Aug 06 enell 49   private int mCol = -1;
149 10 Aug 06 enell 50   
149 10 Aug 06 enell 51   private int aCol = -1;
149 10 Aug 06 enell 52
149 10 Aug 06 enell 53   private int nbrOfCol = -1;
149 10 Aug 06 enell 54
149 10 Aug 06 enell 55   private int nbrOfAssays = -1;
149 10 Aug 06 enell 56
149 10 Aug 06 enell 57   private int nbrOfFields = -1;
149 10 Aug 06 enell 58
149 10 Aug 06 enell 59   private CenterOn param_mm;
149 10 Aug 06 enell 60
149 10 Aug 06 enell 61   private GeneAssay param_centerGeneAssay;
149 10 Aug 06 enell 62
2026 25 Sep 13 olle 63   private CenteringGroups param_centeringGroups;
2026 25 Sep 13 olle 64   
2026 25 Sep 13 olle 65   private String param_centerGroupsAssayNames = "";
2026 25 Sep 13 olle 66
149 10 Aug 06 enell 67   private int param_centerCycles = -1;
149 10 Aug 06 enell 68
2026 25 Sep 13 olle 69   private List<String> singleCenterGroupAssayNameList = null;
2026 25 Sep 13 olle 70
2026 25 Sep 13 olle 71   private List<Integer> singleCenterGroupAssayIndexList = null;
2026 25 Sep 13 olle 72
2026 25 Sep 13 olle 73   private HashMap<Integer,List<String>> centerGroupsAssayNameHashMap = null;
2026 25 Sep 13 olle 74
2026 25 Sep 13 olle 75   private HashMap<Integer,List<Integer>> centerGroupsAssayIndexHashMap = null;
2026 25 Sep 13 olle 76   
2026 25 Sep 13 olle 77   private boolean param_createDebugFiles = false;
2026 25 Sep 13 olle 78
149 10 Aug 06 enell 79   private ArrayList<AssayRow> data = new ArrayList<AssayRow>();
2026 25 Sep 13 olle 80   
2026 25 Sep 13 olle 81   private boolean debug = false;
149 10 Aug 06 enell 82
149 10 Aug 06 enell 83   public static void main(String[] args)
149 10 Aug 06 enell 84   {
149 10 Aug 06 enell 85     try
149 10 Aug 06 enell 86     {
149 10 Aug 06 enell 87       BASEFileReader bfr = null;
149 10 Aug 06 enell 88       if (args.length == 1)
149 10 Aug 06 enell 89       {
149 10 Aug 06 enell 90         bfr = new BASEFileReader(new File(args[0]));
149 10 Aug 06 enell 91       }
149 10 Aug 06 enell 92       else if (args.length == 0)
149 10 Aug 06 enell 93       {
149 10 Aug 06 enell 94         bfr = new BASEFileReader(new File("stdin.txt"));
149 10 Aug 06 enell 95       }
149 10 Aug 06 enell 96       else
149 10 Aug 06 enell 97       {
149 10 Aug 06 enell 98         System.err.println("center: invalid input given");
149 10 Aug 06 enell 99         System.exit(-1);
149 10 Aug 06 enell 100       }
149 10 Aug 06 enell 101       System.setOut(new PrintStream(new FileOutputStream("stdout.txt")));
149 10 Aug 06 enell 102       System.out.println("BASEfile");
149 10 Aug 06 enell 103
149 10 Aug 06 enell 104       Center center = new Center();
149 10 Aug 06 enell 105       BASEFileSection section = bfr.readSection(true);
149 10 Aug 06 enell 106       while (section != null)
149 10 Aug 06 enell 107       {
149 10 Aug 06 enell 108         if (section.isType("center settings"))
149 10 Aug 06 enell 109         {
149 10 Aug 06 enell 110           center.extractSettings(section);
149 10 Aug 06 enell 111         }
149 10 Aug 06 enell 112         else if (section.isType("assays"))
149 10 Aug 06 enell 113         {
149 10 Aug 06 enell 114           center.extractAssays(section, bfr);
149 10 Aug 06 enell 115         }
149 10 Aug 06 enell 116         else if (section.isType("spots"))
149 10 Aug 06 enell 117         {
149 10 Aug 06 enell 118           center.extractSpots(section, bfr);
149 10 Aug 06 enell 119         }
149 10 Aug 06 enell 120         section = bfr.readSection();
149 10 Aug 06 enell 121       }
149 10 Aug 06 enell 122       center.center();
149 10 Aug 06 enell 123
149 10 Aug 06 enell 124     }
149 10 Aug 06 enell 125     catch (OutOfMemoryError oome)
149 10 Aug 06 enell 126     {
149 10 Aug 06 enell 127       System.err.println("No more memory in the java virtual machine. Try to start the application with 'java -Xmx256m Center' or 'java -Xmx512m Center'. If you need even more memory, duplicate the digit");
149 10 Aug 06 enell 128       System.exit(-1);
149 10 Aug 06 enell 129     }
149 10 Aug 06 enell 130     catch (Exception e)
149 10 Aug 06 enell 131     {
149 10 Aug 06 enell 132       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 133       System.exit(-1);
149 10 Aug 06 enell 134     }
149 10 Aug 06 enell 135   }
2026 25 Sep 13 olle 136
2026 25 Sep 13 olle 137   public Center()
2026 25 Sep 13 olle 138   {
2026 25 Sep 13 olle 139   }
2026 25 Sep 13 olle 140
149 10 Aug 06 enell 141   public void extractSettings(BASEFileSection section)
149 10 Aug 06 enell 142   {
149 10 Aug 06 enell 143     try
149 10 Aug 06 enell 144     {
149 10 Aug 06 enell 145       param_mm = CenterOn.fromValue(section.findIntOpt("mm"));
149 10 Aug 06 enell 146       param_centerGeneAssay = GeneAssay.fromValue(section.findIntOpt("centerGeneAssay"));
2026 25 Sep 13 olle 147       param_centeringGroups = CenteringGroups.fromValue(section.findIntOpt("centerAssayGroups"));
2026 25 Sep 13 olle 148       param_centerGroupsAssayNames = section.findStringOpt("centerGroupsAssayNames");
149 10 Aug 06 enell 149       param_centerCycles = section.findIntOpt("centerCycles");
2026 25 Sep 13 olle 150       param_createDebugFiles = section.findBooleanOpt("createDebugFiles");
2026 25 Sep 13 olle 151       if (param_createDebugFiles)
2026 25 Sep 13 olle 152       {
2026 25 Sep 13 olle 153         debug = true;
2026 25 Sep 13 olle 154         File dataDir = new File("data");
2026 25 Sep 13 olle 155         dataDir.mkdir();
2026 25 Sep 13 olle 156       }
2026 25 Sep 13 olle 157       PrintStream debugOut = null;
2026 25 Sep 13 olle 158       if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 159       {
2026 25 Sep 13 olle 160         debugOut = new PrintStream(new File("data", "debugExtractSettings.txt"));
2026 25 Sep 13 olle 161         debugOut.println("Center::extractSettings(): param_centerGeneAssay = " + param_centerGeneAssay);
2026 25 Sep 13 olle 162         debugOut.println("Center::extractSettings(): param_centeringGroups = " + param_centeringGroups);
2026 25 Sep 13 olle 163         debugOut.println("Center::extractSettings(): param_centerGroupsAssayNames = \"" + param_centerGroupsAssayNames + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 164         debugOut.println("Center::extractSettings(): param_centerCycles = " + param_centerCycles);
2026 25 Sep 13 olle 165         debugOut.println("Center::extractSettings(): param_mm = " + param_mm);
2026 25 Sep 13 olle 166         debugOut.println("Center::extractSettings(): param_createDebugFiles = " + param_createDebugFiles);
2026 25 Sep 13 olle 167       }
2026 25 Sep 13 olle 168       if (param_centeringGroups == CenteringGroups.ASSAYGROUPSINGLE)
2026 25 Sep 13 olle 169       {
2026 25 Sep 13 olle 170         singleCenterGroupAssayNameList = new ArrayList<String>();
2026 25 Sep 13 olle 171         for (String s : param_centerGroupsAssayNames.trim().split(","))
2026 25 Sep 13 olle 172         {
2026 25 Sep 13 olle 173           s.trim();
2026 25 Sep 13 olle 174           singleCenterGroupAssayNameList.add(s);
2026 25 Sep 13 olle 175           if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 176           {
2026 25 Sep 13 olle 177             debugOut.println("Center::extractSettings(): s = \"" + s + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 178           }
2026 25 Sep 13 olle 179         }
2026 25 Sep 13 olle 180       }
2026 25 Sep 13 olle 181       if (param_centeringGroups == CenteringGroups.ASSAYGROUPS)
2026 25 Sep 13 olle 182       {
2026 25 Sep 13 olle 183         centerGroupsAssayNameHashMap = new HashMap<Integer,List<String>>();
2026 25 Sep 13 olle 184         int groupIndex = 0;
2026 25 Sep 13 olle 185         for (String assayNames : param_centerGroupsAssayNames.trim().split("\\|"))
2026 25 Sep 13 olle 186         {
2026 25 Sep 13 olle 187           List<String> groupAssayNameList = new ArrayList<String>();
2026 25 Sep 13 olle 188           if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 189           {
2026 25 Sep 13 olle 190             debugOut.println("Center::extractSettings(): assayNames = \"" + assayNames + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 191           }
2026 25 Sep 13 olle 192           for (String s : assayNames.trim().split(","))
2026 25 Sep 13 olle 193           {
2026 25 Sep 13 olle 194             s.trim();
2026 25 Sep 13 olle 195             groupAssayNameList.add(s);
2026 25 Sep 13 olle 196             if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 197             {
2026 25 Sep 13 olle 198               debugOut.println("Center::extractSettings(): s = \"" + s + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 199             }
2026 25 Sep 13 olle 200           }
2026 25 Sep 13 olle 201           centerGroupsAssayNameHashMap.put(groupIndex, groupAssayNameList);
2026 25 Sep 13 olle 202           groupIndex++;
2026 25 Sep 13 olle 203         }
2026 25 Sep 13 olle 204       }
2026 25 Sep 13 olle 205       if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 206       {
2026 25 Sep 13 olle 207         debugOut.println("Center::extractSettings(): singleCenterGroupAssayNameList = " + singleCenterGroupAssayNameList);
2026 25 Sep 13 olle 208         debugOut.println("Center::extractSettings(): centerGroupsAssayNameHashMap = " + centerGroupsAssayNameHashMap);
2026 25 Sep 13 olle 209         debugOut.close();
2026 25 Sep 13 olle 210       }
149 10 Aug 06 enell 211     }
149 10 Aug 06 enell 212     catch (NumberFormatException e)
149 10 Aug 06 enell 213     {
149 10 Aug 06 enell 214       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 215     }
2026 25 Sep 13 olle 216     catch (Exception e1)
2026 25 Sep 13 olle 217     {
2026 25 Sep 13 olle 218       e1.printStackTrace();
2026 25 Sep 13 olle 219     }
149 10 Aug 06 enell 220     if (param_centerCycles < 0)
149 10 Aug 06 enell 221     {
149 10 Aug 06 enell 222       System.err.println("Negative number of center cycles.");
149 10 Aug 06 enell 223     }
149 10 Aug 06 enell 224     if (param_centerCycles > 20)
149 10 Aug 06 enell 225     {
149 10 Aug 06 enell 226       param_centerCycles = 20;
2012 01 Aug 13 olle 227       System.err.println("Too many center cycles. It has been adjusted to 20.");
149 10 Aug 06 enell 228     }
149 10 Aug 06 enell 229     
149 10 Aug 06 enell 230     if ((param_centerGeneAssay == GeneAssay.ASSAYS || param_centerGeneAssay == GeneAssay.GENES) && param_centerCycles > 1)
149 10 Aug 06 enell 231     {
149 10 Aug 06 enell 232       param_centerCycles = 1;
149 10 Aug 06 enell 233       System.err.println("If you choose to center on genes or assays there is no reason to do more then one cycle. The parameter has been adjusted to 1.");
149 10 Aug 06 enell 234     }
149 10 Aug 06 enell 235   }
149 10 Aug 06 enell 236
149 10 Aug 06 enell 237   public void extractAssays(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)
149 10 Aug 06 enell 238   {
149 10 Aug 06 enell 239     try
149 10 Aug 06 enell 240     {
149 10 Aug 06 enell 241       String columns = section.findStringOpt("columns");
149 10 Aug 06 enell 242       String count = section.findStringOpt("count");
149 10 Aug 06 enell 243       String annotationColumns = section.findStringOpt("annotationColumns");
2026 25 Sep 13 olle 244       int nameCol = section.findFieldList("columns").indexOf("name");
2026 25 Sep 13 olle 245       int idCol = section.findFieldList("columns").indexOf("id");
2026 25 Sep 13 olle 246       //
2026 25 Sep 13 olle 247       PrintStream debugOut = null;
2026 25 Sep 13 olle 248       if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 249       {
2026 25 Sep 13 olle 250         debugOut = new PrintStream(new File("data", "debugExtractAssays.txt"));
2026 25 Sep 13 olle 251         debugOut.println("Center::extractAssays(): param_centerGeneAssay = " + param_centerGeneAssay);
2026 25 Sep 13 olle 252         debugOut.println("Center::extractAssays(): param_centeringGroups = " + param_centeringGroups);
2026 25 Sep 13 olle 253         debugOut.println("Center::extractAssays(): param_centerGroupsAssayNames = \"" + param_centerGroupsAssayNames + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 254         debugOut.println("Center::extractAssays(): param_centerCycles = " + param_centerCycles);
2026 25 Sep 13 olle 255         debugOut.println("Center::extractAssays(): param_mm = " + param_mm);
2026 25 Sep 13 olle 256         debugOut.println("Center::extractAssays(): singleCenterGroupAssayNameList = " + singleCenterGroupAssayNameList);
2026 25 Sep 13 olle 257         debugOut.println("Center::extractAssays(): singleCenterGroupAssayIndexList = " + singleCenterGroupAssayIndexList);
2026 25 Sep 13 olle 258         debugOut.println("Center::extractAssays(): param_centerGroupsAssayNames = \"" + param_centerGroupsAssayNames + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 259         debugOut.println("Center::extractAssays(): centerGroupsAssayNameHashMap = " + centerGroupsAssayNameHashMap);
2026 25 Sep 13 olle 260         debugOut.println("Center::extractAssays(): centerGroupsAssayIndexHashMap = " + centerGroupsAssayIndexHashMap);
2026 25 Sep 13 olle 261         debugOut.println("Center::extractAssays(): section.findFieldList(\"columns\") = " + section.findFieldList("columns"));
2026 25 Sep 13 olle 262         debugOut.println("Center::extractAssays(): nameCol = " + nameCol);
2026 25 Sep 13 olle 263         debugOut.println("Center::extractAssays(): idCol = " + idCol);
2026 25 Sep 13 olle 264         debugOut.println("Center::extractAssays(): columns = " + columns);
2026 25 Sep 13 olle 265         debugOut.println("Center::extractAssays(): count = " + count);
2026 25 Sep 13 olle 266         debugOut.println("Center::extractAssays(): annotationColumns = " + annotationColumns);
2026 25 Sep 13 olle 267       }
149 10 Aug 06 enell 268       if (columns == null || count == null || annotationColumns == null)
149 10 Aug 06 enell 269       {
149 10 Aug 06 enell 270         System.err.println("center: Missing header columns/count/annotationColumns in section assays");
149 10 Aug 06 enell 271         System.exit(-1);
149 10 Aug 06 enell 272       }
149 10 Aug 06 enell 273       System.out.println(section);
2026 25 Sep 13 olle 274       //
2026 25 Sep 13 olle 275       if (param_centeringGroups == CenteringGroups.ASSAYGROUPSINGLE)
2026 25 Sep 13 olle 276       {
2026 25 Sep 13 olle 277         singleCenterGroupAssayIndexList = new ArrayList<Integer>();
2026 25 Sep 13 olle 278       }
2026 25 Sep 13 olle 279       if (param_centeringGroups == CenteringGroups.ASSAYGROUPS)
2026 25 Sep 13 olle 280       {
2026 25 Sep 13 olle 281         centerGroupsAssayIndexHashMap = new HashMap<Integer,List<Integer>>();
2026 25 Sep 13 olle 282       }
149 10 Aug 06 enell 283       String[] vals;
2026 25 Sep 13 olle 284       int index = 0;
149 10 Aug 06 enell 285       while ((vals = reader.readDataRow()) != null)
149 10 Aug 06 enell 286       {
2026 25 Sep 13 olle 287         if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 288         {
2026 25 Sep 13 olle 289           debugOut.println("Center::extractAssays(): Data row: " + (index + 1) + " vals[idCol]: " + vals[idCol] + " vals[nameCol]: " + vals[nameCol]);
2026 25 Sep 13 olle 290         }
2026 25 Sep 13 olle 291         if (param_centeringGroups == CenteringGroups.ASSAYGROUPSINGLE)
2026 25 Sep 13 olle 292         {
2026 25 Sep 13 olle 293           String assayName = vals[nameCol];
2026 25 Sep 13 olle 294           if (singleCenterGroupAssayNameList.contains(assayName))
2026 25 Sep 13 olle 295           {
2026 25 Sep 13 olle 296             // Add index value for assay
2026 25 Sep 13 olle 297             singleCenterGroupAssayIndexList.add(index);
2026 25 Sep 13 olle 298             if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 299             {
2026 25 Sep 13 olle 300               debugOut.println("Center::extractAssays(): Assay \"" + assayName + "\" with index " + index + " included: yes");
2026 25 Sep 13 olle 301             }          }
2026 25 Sep 13 olle 302           else
2026 25 Sep 13 olle 303           {
2026 25 Sep 13 olle 304             if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 305             {
2026 25 Sep 13 olle 306               debugOut.println("Center::extractAssays(): Assay \"" + assayName + "\" with index " + index + " included: no");
2026 25 Sep 13 olle 307             }
2026 25 Sep 13 olle 308           }            
2026 25 Sep 13 olle 309         }
2026 25 Sep 13 olle 310         if (param_centeringGroups == CenteringGroups.ASSAYGROUPS)
2026 25 Sep 13 olle 311         {
2026 25 Sep 13 olle 312           String assayName = vals[nameCol];
2026 25 Sep 13 olle 313           for (int i=0; i < centerGroupsAssayNameHashMap.size(); i++)
2026 25 Sep 13 olle 314           {
2026 25 Sep 13 olle 315             List<String> assayNameList = (List<String>) centerGroupsAssayNameHashMap.get(i);
2026 25 Sep 13 olle 316             if (assayNameList != null && assayNameList.contains(assayName))
2026 25 Sep 13 olle 317             {
2026 25 Sep 13 olle 318               // Add index value for assay
2026 25 Sep 13 olle 319               if (centerGroupsAssayIndexHashMap.get(i) == null)
2026 25 Sep 13 olle 320               {
2026 25 Sep 13 olle 321                 List<Integer> assayIndexList = new ArrayList<Integer>();
2026 25 Sep 13 olle 322                 centerGroupsAssayIndexHashMap.put(i, assayIndexList);
2026 25 Sep 13 olle 323               }
2026 25 Sep 13 olle 324               centerGroupsAssayIndexHashMap.get(i).add(index);
2026 25 Sep 13 olle 325             }
2026 25 Sep 13 olle 326           }
2026 25 Sep 13 olle 327         }
2026 25 Sep 13 olle 328         index++;
149 10 Aug 06 enell 329         for (int i = 0; i < vals.length; i++)
149 10 Aug 06 enell 330         {
149 10 Aug 06 enell 331           System.out.print(vals[i]);
149 10 Aug 06 enell 332           if (i < vals.length - 1)
149 10 Aug 06 enell 333           {
149 10 Aug 06 enell 334             System.out.print("\t");
149 10 Aug 06 enell 335           }
149 10 Aug 06 enell 336         }
149 10 Aug 06 enell 337         System.out.println();
149 10 Aug 06 enell 338       }
149 10 Aug 06 enell 339       System.out.println();
2026 25 Sep 13 olle 340       if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 341       {
2026 25 Sep 13 olle 342         debugOut.println("Center::extractAssays(): singleCenterGroupAssayIndexList = " + singleCenterGroupAssayIndexList);
2026 25 Sep 13 olle 343         debugOut.close();
2026 25 Sep 13 olle 344       }
149 10 Aug 06 enell 345     }
149 10 Aug 06 enell 346     catch (IOException e)
149 10 Aug 06 enell 347     {
149 10 Aug 06 enell 348       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 349     }
149 10 Aug 06 enell 350   }
149 10 Aug 06 enell 351
149 10 Aug 06 enell 352   public void extractSpots(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)
149 10 Aug 06 enell 353   {
149 10 Aug 06 enell 354     List<String> columns = section.findFieldList("columns");
149 10 Aug 06 enell 355     List<String> assayFields = section.findFieldList("assayFields");
149 10 Aug 06 enell 356     List<String> assays = section.findFieldList("assays");
149 10 Aug 06 enell 357     if (columns == null || assayFields == null || assays == null)
149 10 Aug 06 enell 358     {
149 10 Aug 06 enell 359       System.err.println("center: Missing header columns/assayFields/assays in section spots");
149 10 Aug 06 enell 360       System.exit(-1);
149 10 Aug 06 enell 361     }
149 10 Aug 06 enell 362
149 10 Aug 06 enell 363     posCol = columns.indexOf("position");
149 10 Aug 06 enell 364     repCol = columns.indexOf("reporter");
149 10 Aug 06 enell 365     dataCol = columns.indexOf("assayData");
149 10 Aug 06 enell 366     mCol = assayFields.indexOf("l2ratio1_2");
149 10 Aug 06 enell 367     aCol = assayFields.indexOf("l10intgmean1_2");
149 10 Aug 06 enell 368     if (posCol == -1 || repCol == -1 || dataCol == -1 || mCol == -1 || aCol == -1)
149 10 Aug 06 enell 369     {
149 10 Aug 06 enell 370       System.err.println("center: Missing position/reporter/assayData columns or l2ratio1_2/l10intgmean1_2 fields in section spots");
149 10 Aug 06 enell 371       System.exit(-1);
149 10 Aug 06 enell 372     }
149 10 Aug 06 enell 373     aCol += dataCol;
149 10 Aug 06 enell 374     mCol += dataCol;
149 10 Aug 06 enell 375
149 10 Aug 06 enell 376     nbrOfCol = columns.size();
149 10 Aug 06 enell 377     nbrOfAssays = assays.size();
149 10 Aug 06 enell 378     nbrOfFields = assayFields.size();
149 10 Aug 06 enell 379
2026 25 Sep 13 olle 380     if (param_centeringGroups == CenteringGroups.DEFAULT)
2026 25 Sep 13 olle 381     {
2026 25 Sep 13 olle 382       if (param_centerGeneAssay == GeneAssay.ASSAYS)
2026 25 Sep 13 olle 383       {
2026 25 Sep 13 olle 384         // Add index value for each assay in its own group
2026 25 Sep 13 olle 385         if (centerGroupsAssayIndexHashMap == null)
2026 25 Sep 13 olle 386         {
2026 25 Sep 13 olle 387           centerGroupsAssayIndexHashMap = new HashMap<Integer,List<Integer>>();
2026 25 Sep 13 olle 388         }
2026 25 Sep 13 olle 389         for (int i=0; i < nbrOfAssays; i++)
2026 25 Sep 13 olle 390         {
2026 25 Sep 13 olle 391           if (centerGroupsAssayIndexHashMap.get(i) == null)
2026 25 Sep 13 olle 392           {
2026 25 Sep 13 olle 393             List<Integer> assayIndexList = new ArrayList<Integer>();
2026 25 Sep 13 olle 394             centerGroupsAssayIndexHashMap.put(i, assayIndexList);
2026 25 Sep 13 olle 395           }
2026 25 Sep 13 olle 396           centerGroupsAssayIndexHashMap.get(i).add(i);
2026 25 Sep 13 olle 397         }
2026 25 Sep 13 olle 398       }
2026 25 Sep 13 olle 399       if (param_centerGeneAssay == GeneAssay.GENES)
2026 25 Sep 13 olle 400       {
2026 25 Sep 13 olle 401         // Add index value for all assays in its one single group
2026 25 Sep 13 olle 402         if (centerGroupsAssayIndexHashMap == null)
2026 25 Sep 13 olle 403         {
2026 25 Sep 13 olle 404           centerGroupsAssayIndexHashMap = new HashMap<Integer,List<Integer>>();
2026 25 Sep 13 olle 405         }
2026 25 Sep 13 olle 406         for (int i=0; i < nbrOfAssays; i++)
2026 25 Sep 13 olle 407         {
2026 25 Sep 13 olle 408           if (centerGroupsAssayIndexHashMap.get(0) == null)
2026 25 Sep 13 olle 409           {
2026 25 Sep 13 olle 410             List<Integer> assayIndexList = new ArrayList<Integer>();
2026 25 Sep 13 olle 411             centerGroupsAssayIndexHashMap.put(0, assayIndexList);
2026 25 Sep 13 olle 412           }
2026 25 Sep 13 olle 413           centerGroupsAssayIndexHashMap.get(0).add(i);
2026 25 Sep 13 olle 414         }
2026 25 Sep 13 olle 415       }
2026 25 Sep 13 olle 416     }
2026 25 Sep 13 olle 417
149 10 Aug 06 enell 418     int totNbrOfCol = nbrOfCol - 1 + nbrOfAssays * nbrOfFields;
149 10 Aug 06 enell 419     try
149 10 Aug 06 enell 420     {
2026 25 Sep 13 olle 421       PrintStream debugOut = null;
2026 25 Sep 13 olle 422       if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 423       {
2026 25 Sep 13 olle 424         debugOut = new PrintStream(new File("data", "debugExtractSpots.txt"));
2026 25 Sep 13 olle 425         debugOut.println("Center::extractSpots(): section.getHeaders() = " + section.getHeaders());        
2026 25 Sep 13 olle 426         debugOut.println("Center::extractSpots(): param_centerGeneAssay = " + param_centerGeneAssay);
2026 25 Sep 13 olle 427         debugOut.println("Center::extractSpots(): param_centeringGroups = " + param_centeringGroups);
2026 25 Sep 13 olle 428         debugOut.println("Center::extractSpots(): param_centerGroupsAssayNames = \"" + param_centerGroupsAssayNames + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 429         debugOut.println("Center::extractSpots(): param_centerCycles = " + param_centerCycles);
2026 25 Sep 13 olle 430         debugOut.println("Center::extractSpots(): param_mm = " + param_mm);
2026 25 Sep 13 olle 431         debugOut.println("Center::extractSpots(): singleCenterGroupAssayNameList = " + singleCenterGroupAssayNameList);
2026 25 Sep 13 olle 432         debugOut.println("Center::extractSpots(): singleCenterGroupAssayIndexList = " + singleCenterGroupAssayIndexList);
2026 25 Sep 13 olle 433         debugOut.println("Center::extractSpots(): param_centerGroupsAssayNames = \"" + param_centerGroupsAssayNames + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 434         debugOut.println("Center::extractSpots(): centerGroupsAssayNameHashMap = " + centerGroupsAssayNameHashMap);
2026 25 Sep 13 olle 435         debugOut.println("Center::extractSpots(): centerGroupsAssayIndexHashMap = " + centerGroupsAssayIndexHashMap);
2026 25 Sep 13 olle 436         debugOut.println("Center::extractSpots(): nbrOfCol = " + nbrOfCol);
2026 25 Sep 13 olle 437         debugOut.println("Center::extractSpots(): nbrOfAssays = " + nbrOfAssays);
2026 25 Sep 13 olle 438         debugOut.println("Center::extractSpots(): nbrOfFields = " + nbrOfFields);
2026 25 Sep 13 olle 439         debugOut.println("Center::extractSpots(): assays = " + assays);
2026 25 Sep 13 olle 440         debugOut.println("Center::extractSpots(): columns = " + columns);
2026 25 Sep 13 olle 441         debugOut.println("Center::extractSpots(): posCol = " + posCol);
2026 25 Sep 13 olle 442         debugOut.println("Center::extractSpots(): repCol = " + repCol);
2026 25 Sep 13 olle 443         debugOut.println("Center::extractSpots(): dataCol = " + dataCol);
2026 25 Sep 13 olle 444         debugOut.println("Center::extractSpots(): mCol = " + mCol);
2026 25 Sep 13 olle 445         debugOut.println("Center::extractSpots(): aCol = " + aCol);
2026 25 Sep 13 olle 446       }
2026 25 Sep 13 olle 447       int nRow = 0;
149 10 Aug 06 enell 448       String[] vals = reader.readDataRow(totNbrOfCol);
149 10 Aug 06 enell 449       while (vals != null)
149 10 Aug 06 enell 450       {
149 10 Aug 06 enell 451         AssayRow assayRow = new AssayRow(Integer.parseInt(vals[posCol]), Integer.parseInt(vals[repCol]), nbrOfAssays);
149 10 Aug 06 enell 452         for (int i = 0; i < nbrOfAssays; i++)
149 10 Aug 06 enell 453         {
149 10 Aug 06 enell 454           float m, a;
149 10 Aug 06 enell 455           try
149 10 Aug 06 enell 456           {
149 10 Aug 06 enell 457             m = Float.parseFloat(vals[mCol + i * nbrOfFields]);
149 10 Aug 06 enell 458             a = Float.parseFloat(vals[aCol + i * nbrOfFields]);
149 10 Aug 06 enell 459           }
149 10 Aug 06 enell 460           catch (NumberFormatException e)
149 10 Aug 06 enell 461           {
149 10 Aug 06 enell 462             m = Float.NaN;
149 10 Aug 06 enell 463             a = Float.NaN;
149 10 Aug 06 enell 464           }
149 10 Aug 06 enell 465           assayRow.add(i, m, a);
149 10 Aug 06 enell 466         }
149 10 Aug 06 enell 467         data.add(assayRow);
149 10 Aug 06 enell 468         vals = reader.readDataRow(totNbrOfCol);
2026 25 Sep 13 olle 469         nRow++;
149 10 Aug 06 enell 470       }
2026 25 Sep 13 olle 471       if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 472       {
2026 25 Sep 13 olle 473         debugOut.println("Center::extractSpots(): Number of rows = " + nRow);
2026 25 Sep 13 olle 474         debugOut.close();
2026 25 Sep 13 olle 475       }
149 10 Aug 06 enell 476     }
149 10 Aug 06 enell 477     catch (Exception e)
149 10 Aug 06 enell 478     {
149 10 Aug 06 enell 479       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 480     }
149 10 Aug 06 enell 481
149 10 Aug 06 enell 482     System.out.println(section);
149 10 Aug 06 enell 483   }
149 10 Aug 06 enell 484
149 10 Aug 06 enell 485   public void center()
149 10 Aug 06 enell 486   {
2026 25 Sep 13 olle 487     try {
2026 25 Sep 13 olle 488       PrintStream debugOut = null;
2026 25 Sep 13 olle 489       if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 490       {
2026 25 Sep 13 olle 491         debugOut = new PrintStream(new File("data", "debugCenter.txt"));
2026 25 Sep 13 olle 492         debugOut.println("Center::center(): param_centerGeneAssay = " + param_centerGeneAssay);
2026 25 Sep 13 olle 493         debugOut.println("Center::center(): param_centeringGroups = " + param_centeringGroups);
2026 25 Sep 13 olle 494         debugOut.println("Center::center(): param_centerGroupsAssayNames = \"" + param_centerGroupsAssayNames + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 495         debugOut.println("Center::center(): param_centerCycles = " + param_centerCycles);
2026 25 Sep 13 olle 496         debugOut.println("Center::center(): param_mm = " + param_mm);
2026 25 Sep 13 olle 497         debugOut.println("Center::center(): singleCenterGroupAssayNameList = " + singleCenterGroupAssayNameList);
2026 25 Sep 13 olle 498         debugOut.println("Center::center(): singleCenterGroupAssayIndexList = " + singleCenterGroupAssayIndexList);
2026 25 Sep 13 olle 499         debugOut.println("Center::center(): centerGroupsAssayNameHashMap = " + centerGroupsAssayNameHashMap);
2026 25 Sep 13 olle 500         debugOut.println("Center::center(): centerGroupsAssayIndexHashMap = " + centerGroupsAssayIndexHashMap);
2026 25 Sep 13 olle 501       }
2026 25 Sep 13 olle 502       //
2026 25 Sep 13 olle 503       for (int i = 0; i < param_centerCycles; i++)
2026 25 Sep 13 olle 504       {
2026 25 Sep 13 olle 505         if (param_centerGeneAssay == GeneAssay.GENES || param_centerGeneAssay == GeneAssay.BOTH)
2026 25 Sep 13 olle 506         {
2026 25 Sep 13 olle 507           if (centerGroupsAssayIndexHashMap == null)
2026 25 Sep 13 olle 508           {
2026 25 Sep 13 olle 509             centerRows(data);
2026 25 Sep 13 olle 510           }
2026 25 Sep 13 olle 511           else
2026 25 Sep 13 olle 512           {
2026 25 Sep 13 olle 513             centerRowsForGroupsSeparately(data);
2026 25 Sep 13 olle 514           }
2026 25 Sep 13 olle 515         }
2026 25 Sep 13 olle 516         if (param_centerGeneAssay == GeneAssay.ASSAYS || param_centerGeneAssay == GeneAssay.BOTH)
2026 25 Sep 13 olle 517         {
2026 25 Sep 13 olle 518           if (centerGroupsAssayIndexHashMap == null)
2026 25 Sep 13 olle 519           {
2026 25 Sep 13 olle 520             centerColumns(data);
2026 25 Sep 13 olle 521           }
2026 25 Sep 13 olle 522           else
2026 25 Sep 13 olle 523           {
2026 25 Sep 13 olle 524             centerColumnsForGroupsSeparately(data);
2026 25 Sep 13 olle 525           }
2026 25 Sep 13 olle 526         }
2026 25 Sep 13 olle 527       }
149 10 Aug 06 enell 528
2026 25 Sep 13 olle 529       for (AssayRow ar : data)
149 10 Aug 06 enell 530       {
2026 25 Sep 13 olle 531         System.out.println(ar);
149 10 Aug 06 enell 532       }
2026 25 Sep 13 olle 533       if (debug)
149 10 Aug 06 enell 534       {
2026 25 Sep 13 olle 535         debugOut.close();
149 10 Aug 06 enell 536       }
149 10 Aug 06 enell 537     }
2026 25 Sep 13 olle 538     catch (Exception e)
149 10 Aug 06 enell 539     {
2026 25 Sep 13 olle 540       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 541     }
149 10 Aug 06 enell 542   }
149 10 Aug 06 enell 543
149 10 Aug 06 enell 544
2026 25 Sep 13 olle 545   /**
2026 25 Sep 13 olle 546    * Center rows (genes) with same correction for each A-value (gene)
2026 25 Sep 13 olle 547    * in M/A-plot for all assays.
2026 25 Sep 13 olle 548    * 
2026 25 Sep 13 olle 549    * @param data_arr List<AssayRow> AssayRow list data to use.
2026 25 Sep 13 olle 550    */
149 10 Aug 06 enell 551   private void centerRows(List<AssayRow> data_arr)
149 10 Aug 06 enell 552   {
2026 25 Sep 13 olle 553     List<Integer> assayIndexList = singleCenterGroupAssayIndexList;
2026 25 Sep 13 olle 554     int nAssayRows = 0;
2026 25 Sep 13 olle 555     List<Float> rFitList = new ArrayList<Float>();
149 10 Aug 06 enell 556     for (AssayRow ar : data_arr)
149 10 Aug 06 enell 557     {
149 10 Aug 06 enell 558       if (ar.valid())
149 10 Aug 06 enell 559       {
149 10 Aug 06 enell 560         float r_fit;
149 10 Aug 06 enell 561         ArrayList<Float> r = new ArrayList<Float>();
149 10 Aug 06 enell 562         for (int j = 0; j < nbrOfAssays; j++)
149 10 Aug 06 enell 563         {
2026 25 Sep 13 olle 564           // Check if data for assay should be included when calculating center value
2026 25 Sep 13 olle 565           boolean includeAssayData = true;
2026 25 Sep 13 olle 566           if (assayIndexList != null && !assayIndexList.contains(j))
149 10 Aug 06 enell 567           {
2026 25 Sep 13 olle 568             includeAssayData = false;
149 10 Aug 06 enell 569           }
2026 25 Sep 13 olle 570           if (includeAssayData)
2026 25 Sep 13 olle 571           {
2026 25 Sep 13 olle 572             if (!Float.isNaN(ar.ratio[j]))
2026 25 Sep 13 olle 573             {
2026 25 Sep 13 olle 574               r.add(ar.ratio[j]);
2026 25 Sep 13 olle 575             }
2026 25 Sep 13 olle 576           }
149 10 Aug 06 enell 577         }
149 10 Aug 06 enell 578         if (param_mm == CenterOn.MEDIAN)
149 10 Aug 06 enell 579         {
149 10 Aug 06 enell 580           r_fit = median(r);
149 10 Aug 06 enell 581         }
149 10 Aug 06 enell 582         else
149 10 Aug 06 enell 583         {
149 10 Aug 06 enell 584           r_fit = mean(r);
149 10 Aug 06 enell 585         }
2026 25 Sep 13 olle 586         // Center data for all groups
149 10 Aug 06 enell 587         for (int j = 0; j < nbrOfAssays; j++)
149 10 Aug 06 enell 588         {
149 10 Aug 06 enell 589           ar.ratio[j] -= r_fit;
149 10 Aug 06 enell 590         }
2026 25 Sep 13 olle 591         rFitList.add(r_fit);
2026 25 Sep 13 olle 592         nAssayRows++;
149 10 Aug 06 enell 593       }  
149 10 Aug 06 enell 594     }
2026 25 Sep 13 olle 595     try
2026 25 Sep 13 olle 596     {
2026 25 Sep 13 olle 597       if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 598       {
2026 25 Sep 13 olle 599         PrintStream debugOut = new PrintStream(new File("data", "debugCenterRows.txt"));
2026 25 Sep 13 olle 600         debugOut.println("Center::centerRows(): param_centerGeneAssay = " + param_centerGeneAssay);
2026 25 Sep 13 olle 601         debugOut.println("Center::centerRows(): param_centeringGroups = " + param_centeringGroups);
2026 25 Sep 13 olle 602         debugOut.println("Center::centerRows(): param_centerGroupsAssayNames = \"" + param_centerGroupsAssayNames + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 603         debugOut.println("Center::centerRows(): param_centerCycles = " + param_centerCycles);
2026 25 Sep 13 olle 604         debugOut.println("Center::centerRows(): param_mm = " + param_mm);
2026 25 Sep 13 olle 605         debugOut.println("Center::centerRows(): singleCenterGroupAssayIndexList = " + singleCenterGroupAssayIndexList);
2026 25 Sep 13 olle 606         debugOut.println("Center::centerRows(): centerGroupsAssayIndexHashMap = " + centerGroupsAssayIndexHashMap);
2026 25 Sep 13 olle 607         debugOut.println("Center::centerRows(): nbrOfAssays = " + nbrOfAssays);
2026 25 Sep 13 olle 608         debugOut.println("Center::centerRows(): nAssayRows = " + nAssayRows);
2026 25 Sep 13 olle 609         debugOut.close();
2026 25 Sep 13 olle 610         PrintStream debugOutRFitList = new PrintStream(new File("data", "debugCenterRowsRFitList.txt"));
2026 25 Sep 13 olle 611         for (int nRow = 0; nRow < nAssayRows; nRow++)
2026 25 Sep 13 olle 612         {
2026 25 Sep 13 olle 613           Float r_fit = (Float) rFitList.get(nRow);
2026 25 Sep 13 olle 614           debugOutRFitList.println("Center::centerRows(): row = " + nRow + " r_fit = " + r_fit);
2026 25 Sep 13 olle 615         }
2026 25 Sep 13 olle 616         debugOutRFitList.close();
2026 25 Sep 13 olle 617       }
2026 25 Sep 13 olle 618     }
2026 25 Sep 13 olle 619     catch (Exception e)
2026 25 Sep 13 olle 620     {
2026 25 Sep 13 olle 621       e.printStackTrace();
2026 25 Sep 13 olle 622     }
149 10 Aug 06 enell 623   }
149 10 Aug 06 enell 624
2026 25 Sep 13 olle 625   /**
2026 25 Sep 13 olle 626    * Center rows (genes) for groups separately.
2026 25 Sep 13 olle 627    * 
2026 25 Sep 13 olle 628    * @param data_arr List<AssayRow> AssayRow list data to use.
2026 25 Sep 13 olle 629    */
2026 25 Sep 13 olle 630   private void centerRowsForGroupsSeparately(List<AssayRow> data_arr)
2026 25 Sep 13 olle 631   {
2026 25 Sep 13 olle 632     HashMap<Integer,List<Float>> rFitHashMap = new HashMap<Integer,List<Float>>();
2026 25 Sep 13 olle 633     int nAssayRows = 0;
2026 25 Sep 13 olle 634     for (AssayRow ar : data_arr)
2026 25 Sep 13 olle 635     {
2026 25 Sep 13 olle 636       if (ar.valid())
2026 25 Sep 13 olle 637       {
2026 25 Sep 13 olle 638         List<Float> rFitList = new ArrayList<Float>();
2026 25 Sep 13 olle 639         for (int j = 0; j < nbrOfAssays; j++)
2026 25 Sep 13 olle 640         {
2026 25 Sep 13 olle 641           rFitList.add(0f);
2026 25 Sep 13 olle 642         }
2026 25 Sep 13 olle 643         // Center data for groups separately
2026 25 Sep 13 olle 644         for (int i = 0; i < centerGroupsAssayIndexHashMap.size(); i++)
2026 25 Sep 13 olle 645         {
2026 25 Sep 13 olle 646           List<Integer> assayIndexList = (List<Integer>) centerGroupsAssayIndexHashMap.get(i);
2026 25 Sep 13 olle 647           float r_fit = 0f;
2026 25 Sep 13 olle 648           ArrayList<Float> r = new ArrayList<Float>();
2026 25 Sep 13 olle 649           for (int j = 0; j < nbrOfAssays; j++)
2026 25 Sep 13 olle 650           {
2026 25 Sep 13 olle 651             // Check if data for assay should be included when calculating center value
2026 25 Sep 13 olle 652             boolean includeAssayData = true;
2026 25 Sep 13 olle 653             if (assayIndexList != null && !assayIndexList.contains(j))
2026 25 Sep 13 olle 654             {
2026 25 Sep 13 olle 655               includeAssayData = false;
2026 25 Sep 13 olle 656             }
2026 25 Sep 13 olle 657             if (includeAssayData)
2026 25 Sep 13 olle 658             {
2026 25 Sep 13 olle 659               if (!Float.isNaN(ar.ratio[j]))
2026 25 Sep 13 olle 660               {
2026 25 Sep 13 olle 661                 r.add(ar.ratio[j]);
2026 25 Sep 13 olle 662               }
2026 25 Sep 13 olle 663             }
2026 25 Sep 13 olle 664           }
2026 25 Sep 13 olle 665           if (param_mm == CenterOn.MEDIAN)
2026 25 Sep 13 olle 666           {
2026 25 Sep 13 olle 667             r_fit = median(r);
2026 25 Sep 13 olle 668           }
2026 25 Sep 13 olle 669           else
2026 25 Sep 13 olle 670           {
2026 25 Sep 13 olle 671             r_fit = mean(r);
2026 25 Sep 13 olle 672           }
2026 25 Sep 13 olle 673           // Only center data for current group
2026 25 Sep 13 olle 674           for (int j = 0; j < nbrOfAssays; j++)
2026 25 Sep 13 olle 675           {
2026 25 Sep 13 olle 676             if (assayIndexList == null || assayIndexList.contains(j))
2026 25 Sep 13 olle 677             {
2026 25 Sep 13 olle 678               ar.ratio[j] -= r_fit;
2026 25 Sep 13 olle 679               rFitList.set(j, r_fit);
2026 25 Sep 13 olle 680             }
2026 25 Sep 13 olle 681           }
2026 25 Sep 13 olle 682         }
2026 25 Sep 13 olle 683         rFitHashMap.put(nAssayRows, rFitList);
2026 25 Sep 13 olle 684         nAssayRows++;
2026 25 Sep 13 olle 685       }  
2026 25 Sep 13 olle 686     }
2026 25 Sep 13 olle 687     try
2026 25 Sep 13 olle 688     {
2026 25 Sep 13 olle 689       if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 690       {
2026 25 Sep 13 olle 691         PrintStream debugOut = new PrintStream(new File("data", "debugCenterRowsForGroupsSeparately.txt"));
2026 25 Sep 13 olle 692         debugOut.println("Center::centerRowsForGroupsSeparately(): param_centerGeneAssay = " + param_centerGeneAssay);
2026 25 Sep 13 olle 693         debugOut.println("Center::centerRowsForGroupsSeparately(): param_centeringGroups = " + param_centeringGroups);
2026 25 Sep 13 olle 694         debugOut.println("Center::centerRowsForGroupsSeparately(): param_centerGroupsAssayNames = \"" + param_centerGroupsAssayNames + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 695         debugOut.println("Center::centerRowsForGroupsSeparately(): param_centerCycles = " + param_centerCycles);
2026 25 Sep 13 olle 696         debugOut.println("Center::centerRowsForGroupsSeparately(): param_mm = " + param_mm);
2026 25 Sep 13 olle 697         debugOut.println("Center::centerRowsForGroupsSeparately(): singleCenterGroupAssayIndexList = " + singleCenterGroupAssayIndexList);
2026 25 Sep 13 olle 698         debugOut.println("Center::centerRowsForGroupsSeparately(): centerGroupsAssayIndexHashMap = " + centerGroupsAssayIndexHashMap);
2026 25 Sep 13 olle 699         debugOut.println("Center::centerRowsForGroupsSeparately(): nbrOfAssays = " + nbrOfAssays);
2026 25 Sep 13 olle 700         debugOut.println("Center::centerRowsForGroupsSeparately(): nAssayRows = " + nAssayRows);
2026 25 Sep 13 olle 701         PrintStream debugOutRFitList = new PrintStream(new File("data", "debugCenterRowsForGroupsSeparatelyRFitList.txt"));
2026 25 Sep 13 olle 702         for (int nRow = 0; nRow < nAssayRows; nRow++)
2026 25 Sep 13 olle 703         {
2026 25 Sep 13 olle 704           List<Float> rFitList = (List<Float>) rFitHashMap.get(nRow);
2026 25 Sep 13 olle 705           for (int nAssay = 0; nAssay < nbrOfAssays; nAssay++)
2026 25 Sep 13 olle 706           {
2026 25 Sep 13 olle 707             // Get r_fit for gene nRow and assay nAssay
2026 25 Sep 13 olle 708             Float r_fit = (Float) rFitList.get(nAssay);
2026 25 Sep 13 olle 709             debugOutRFitList.println("Center::centerRowsForGroupsSeparately(): nRow = " + nRow + " nAssay = " + nAssay + " r_fit = " + r_fit);
2026 25 Sep 13 olle 710           }
2026 25 Sep 13 olle 711         }
2026 25 Sep 13 olle 712         debugOutRFitList.close();
2026 25 Sep 13 olle 713         debugOut.close();
2026 25 Sep 13 olle 714       }
2026 25 Sep 13 olle 715     }
2026 25 Sep 13 olle 716     catch (Exception e)
2026 25 Sep 13 olle 717     {
2026 25 Sep 13 olle 718       e.printStackTrace();
2026 25 Sep 13 olle 719     }
2026 25 Sep 13 olle 720   }
2026 25 Sep 13 olle 721
2026 25 Sep 13 olle 722   /**
2026 25 Sep 13 olle 723    * Center columns (assays) with constant correction over A in M/A-plot.
2026 25 Sep 13 olle 724    * 
2026 25 Sep 13 olle 725    * @param data_arr List<AssayRow> AssayRow list data to use.
2026 25 Sep 13 olle 726    */
149 10 Aug 06 enell 727   private void centerColumns(List<AssayRow> data_arr)
149 10 Aug 06 enell 728   {
2026 25 Sep 13 olle 729     List<Integer> assayIndexList = singleCenterGroupAssayIndexList;
2026 25 Sep 13 olle 730     // Store centering values for debug output
2026 25 Sep 13 olle 731     List<Float> rFitList = new ArrayList<Float>();
2026 25 Sep 13 olle 732     List<Integer> nAssayRowList = new ArrayList<Integer>();
2026 25 Sep 13 olle 733     List<Float> r_single = null;
2026 25 Sep 13 olle 734     if (assayIndexList != null)
2026 25 Sep 13 olle 735     {
2026 25 Sep 13 olle 736       // Collect data from single selected assay group
2026 25 Sep 13 olle 737       r_single = new ArrayList<Float>();
2026 25 Sep 13 olle 738       for (int j = 0; j < nbrOfAssays; j++)
2026 25 Sep 13 olle 739       {
2026 25 Sep 13 olle 740         if (assayIndexList.contains(j))
2026 25 Sep 13 olle 741         {
2026 25 Sep 13 olle 742           for (AssayRow ar : data_arr)
2026 25 Sep 13 olle 743           {
2026 25 Sep 13 olle 744             if (!Float.isNaN(ar.ratio[j]))
2026 25 Sep 13 olle 745             {
2026 25 Sep 13 olle 746               r_single.add(ar.ratio[j]);
2026 25 Sep 13 olle 747             }
2026 25 Sep 13 olle 748           }
2026 25 Sep 13 olle 749         }
2026 25 Sep 13 olle 750       }
2026 25 Sep 13 olle 751     }
149 10 Aug 06 enell 752     for (int j = 0; j < nbrOfAssays; j++)
149 10 Aug 06 enell 753     {
149 10 Aug 06 enell 754       float r_fit;
2026 25 Sep 13 olle 755       List<Float> r = new ArrayList<Float>();
2026 25 Sep 13 olle 756       if (r_single != null)
149 10 Aug 06 enell 757       {
2026 25 Sep 13 olle 758         // Use data from single assay group for centering
2026 25 Sep 13 olle 759         r = r_single;
2026 25 Sep 13 olle 760       }
2026 25 Sep 13 olle 761       else
2026 25 Sep 13 olle 762       {
2026 25 Sep 13 olle 763         // Use data from each assay for centering
2026 25 Sep 13 olle 764         for (AssayRow ar : data_arr)
149 10 Aug 06 enell 765         {
2026 25 Sep 13 olle 766           if (!Float.isNaN(ar.ratio[j]))
2026 25 Sep 13 olle 767           {
2026 25 Sep 13 olle 768             r.add(ar.ratio[j]);
2026 25 Sep 13 olle 769           }
149 10 Aug 06 enell 770         }
149 10 Aug 06 enell 771       }
149 10 Aug 06 enell 772       if (param_mm == CenterOn.MEDIAN)
149 10 Aug 06 enell 773       {
149 10 Aug 06 enell 774         r_fit = median(r);
149 10 Aug 06 enell 775       }
149 10 Aug 06 enell 776       else
149 10 Aug 06 enell 777       {
149 10 Aug 06 enell 778         r_fit = mean(r);
149 10 Aug 06 enell 779       }
2026 25 Sep 13 olle 780       rFitList.add(r_fit);
2026 25 Sep 13 olle 781       int nAssayRows = 0;
149 10 Aug 06 enell 782       for (AssayRow ar : data_arr)
149 10 Aug 06 enell 783       {
149 10 Aug 06 enell 784         ar.ratio[j] -= r_fit;
2026 25 Sep 13 olle 785         nAssayRows++;
149 10 Aug 06 enell 786       }
2026 25 Sep 13 olle 787       nAssayRowList.add(nAssayRows);
149 10 Aug 06 enell 788     }
2026 25 Sep 13 olle 789     try
2026 25 Sep 13 olle 790     {
2026 25 Sep 13 olle 791       if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 792       {
2026 25 Sep 13 olle 793         PrintStream debugOut = new PrintStream(new File("data", "debugCenterColumns.txt"));
2026 25 Sep 13 olle 794         debugOut.println("Center::centerColumns(): param_centerGeneAssay = " + param_centerGeneAssay);
2026 25 Sep 13 olle 795         debugOut.println("Center::centerColumns(): param_centeringGroups = " + param_centeringGroups);
2026 25 Sep 13 olle 796         debugOut.println("Center::centerColumns(): param_centerGroupsAssayNames = \"" + param_centerGroupsAssayNames + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 797         debugOut.println("Center::centerColumns(): param_centerCycles = " + param_centerCycles);
2026 25 Sep 13 olle 798         debugOut.println("Center::centerColumns(): param_mm = " + param_mm);
2026 25 Sep 13 olle 799         debugOut.println("Center::centerColumns(): singleCenterGroupAssayIndexList = " + singleCenterGroupAssayIndexList);
2026 25 Sep 13 olle 800         debugOut.println("Center::centerColumns(): centerGroupsAssayIndexHashMap = " + centerGroupsAssayIndexHashMap);
2026 25 Sep 13 olle 801         debugOut.println("Center::centerColumns(): nbrOfAssays = " + nbrOfAssays);
2026 25 Sep 13 olle 802         for (int i = 0; i < nbrOfAssays; i++)
2026 25 Sep 13 olle 803         {
2026 25 Sep 13 olle 804           debugOut.println("Center::centerColumns(): assay = " + i + " nAssayRows = " + (Integer) nAssayRowList.get(i) + " r_fit = " + (Float) rFitList.get(i));
2026 25 Sep 13 olle 805         }
2026 25 Sep 13 olle 806         debugOut.close();
2026 25 Sep 13 olle 807       }
2026 25 Sep 13 olle 808     }
2026 25 Sep 13 olle 809     catch (Exception e)
2026 25 Sep 13 olle 810     {
2026 25 Sep 13 olle 811       e.printStackTrace();
2026 25 Sep 13 olle 812     }
149 10 Aug 06 enell 813   }
149 10 Aug 06 enell 814
2026 25 Sep 13 olle 815   /**
2026 25 Sep 13 olle 816    * Center columns (assays) for groups separately.
2026 25 Sep 13 olle 817    * 
2026 25 Sep 13 olle 818    * @param data_arr List<AssayRow> AssayRow list data to use.
2026 25 Sep 13 olle 819    */
2026 25 Sep 13 olle 820   private void centerColumnsForGroupsSeparately(List<AssayRow> data_arr)
2026 25 Sep 13 olle 821   {
2026 25 Sep 13 olle 822     // Store centering values for debug output
2026 25 Sep 13 olle 823     List<Float> rFitList = new ArrayList<Float>();
2026 25 Sep 13 olle 824     List<Integer> nAssayRowList = new ArrayList<Integer>();
2026 25 Sep 13 olle 825     for (int i = 0; i < centerGroupsAssayIndexHashMap.size(); i++)
2026 25 Sep 13 olle 826     {
2026 25 Sep 13 olle 827       List<Integer> assayIndexList = (List<Integer>) centerGroupsAssayIndexHashMap.get(i);
2026 25 Sep 13 olle 828       // Step 1 - Calculate centering values for assay groups
2026 25 Sep 13 olle 829       float r_fit = 0f;
2026 25 Sep 13 olle 830       ArrayList<Float> r = new ArrayList<Float>();
2026 25 Sep 13 olle 831       for (int j = 0; j < nbrOfAssays; j++)
2026 25 Sep 13 olle 832       {
2026 25 Sep 13 olle 833         // Check if data for assay should be included when calculating center value
2026 25 Sep 13 olle 834         boolean includeAssayData = true;
2026 25 Sep 13 olle 835         if (assayIndexList != null && !assayIndexList.contains(j))
2026 25 Sep 13 olle 836         {
2026 25 Sep 13 olle 837           includeAssayData = false;
2026 25 Sep 13 olle 838         }
2026 25 Sep 13 olle 839         if (includeAssayData)
2026 25 Sep 13 olle 840         {
2026 25 Sep 13 olle 841           for (AssayRow ar : data_arr)
2026 25 Sep 13 olle 842           {
2026 25 Sep 13 olle 843             if (!Float.isNaN(ar.ratio[j]))
2026 25 Sep 13 olle 844             {
2026 25 Sep 13 olle 845               r.add(ar.ratio[j]);
2026 25 Sep 13 olle 846             }
2026 25 Sep 13 olle 847           }
2026 25 Sep 13 olle 848         }
2026 25 Sep 13 olle 849       }
2026 25 Sep 13 olle 850       if (param_mm == CenterOn.MEDIAN)
2026 25 Sep 13 olle 851       {
2026 25 Sep 13 olle 852         r_fit = median(r);
2026 25 Sep 13 olle 853       }
2026 25 Sep 13 olle 854       else
2026 25 Sep 13 olle 855       {
2026 25 Sep 13 olle 856         r_fit = mean(r);
2026 25 Sep 13 olle 857       }
2026 25 Sep 13 olle 858       rFitList.add(r_fit);
2026 25 Sep 13 olle 859       // Only center data for current group
2026 25 Sep 13 olle 860       for (int j = 0; j < nbrOfAssays; j++)
2026 25 Sep 13 olle 861       {
2026 25 Sep 13 olle 862         int nAssayRows = 0;
2026 25 Sep 13 olle 863         if (assayIndexList == null || assayIndexList.contains(j))
2026 25 Sep 13 olle 864         {
2026 25 Sep 13 olle 865           for (AssayRow ar : data_arr)
2026 25 Sep 13 olle 866           {
2026 25 Sep 13 olle 867             if (!Float.isNaN(ar.ratio[j]))
2026 25 Sep 13 olle 868             {
2026 25 Sep 13 olle 869               ar.ratio[j] -= r_fit;
2026 25 Sep 13 olle 870               nAssayRows++;
2026 25 Sep 13 olle 871             }
2026 25 Sep 13 olle 872           }
2026 25 Sep 13 olle 873         }
2026 25 Sep 13 olle 874         nAssayRowList.add(nAssayRows);
2026 25 Sep 13 olle 875       }
2026 25 Sep 13 olle 876     }
2026 25 Sep 13 olle 877     try
2026 25 Sep 13 olle 878     {
2026 25 Sep 13 olle 879       if (debug)
2026 25 Sep 13 olle 880       {
2026 25 Sep 13 olle 881         PrintStream debugOut = new PrintStream(new File("data", "debugCenterColumnsForGroupsSeparately.txt"));
2026 25 Sep 13 olle 882         debugOut.println("Center::centerColumnsForGroupsSeparately(): param_centerGeneAssay = " + param_centerGeneAssay);
2026 25 Sep 13 olle 883         debugOut.println("Center::centerColumnsForGroupsSeparately(): param_centeringGroups = " + param_centeringGroups);
2026 25 Sep 13 olle 884         debugOut.println("Center::centerColumnsForGroupsSeparately(): param_centerGroupsAssayNames = \"" + param_centerGroupsAssayNames + "\"");
2026 25 Sep 13 olle 885         debugOut.println("Center::centerColumnsForGroupsSeparately(): param_centerCycles = " + param_centerCycles);
2026 25 Sep 13 olle 886         debugOut.println("Center::centerColumnsForGroupsSeparately(): param_mm = " + param_mm);
2026 25 Sep 13 olle 887         debugOut.println("Center::centerColumnsForGroupsSeparately(): singleCenterGroupAssayIndexList = " + singleCenterGroupAssayIndexList);
2026 25 Sep 13 olle 888         debugOut.println("Center::centerColumnsForGroupsSeparately(): centerGroupsAssayIndexHashMap = " + centerGroupsAssayIndexHashMap);
2026 25 Sep 13 olle 889         debugOut.println("Center::centerColumnsForGroupsSeparately(): nbrOfAssays = " + nbrOfAssays);
2026 25 Sep 13 olle 890         for (int i = 0; i < centerGroupsAssayIndexHashMap.size(); i++)
2026 25 Sep 13 olle 891         {
2026 25 Sep 13 olle 892           debugOut.println("Center::centerColumnsForGroupsSeparately(): assay group = " + i + " nAssayRows = " + (Integer) nAssayRowList.get(i) + " r_fit = " + (Float) rFitList.get(i));
2026 25 Sep 13 olle 893         }
2026 25 Sep 13 olle 894         debugOut.close();
2026 25 Sep 13 olle 895       }
2026 25 Sep 13 olle 896     }
2026 25 Sep 13 olle 897     catch (Exception e)
2026 25 Sep 13 olle 898     {
2026 25 Sep 13 olle 899       e.printStackTrace();
2026 25 Sep 13 olle 900     }
2026 25 Sep 13 olle 901   }
2026 25 Sep 13 olle 902
149 10 Aug 06 enell 903   private float median(List<Float> vec)
149 10 Aug 06 enell 904   {
2012 01 Aug 13 olle 905     /*
2012 01 Aug 13 olle 906     // Old code
149 10 Aug 06 enell 907     float[] window =
149 10 Aug 06 enell 908       { Float.NaN, Float.NaN, Float.NaN};
149 10 Aug 06 enell 909     window[0] = vec.get(0);
149 10 Aug 06 enell 910     int j = 0;
149 10 Aug 06 enell 911     for (Float f : vec)
149 10 Aug 06 enell 912     {
149 10 Aug 06 enell 913       window[++j] = f;
149 10 Aug 06 enell 914
149 10 Aug 06 enell 915       if (j == 2)
149 10 Aug 06 enell 916       {
149 10 Aug 06 enell 917         Arrays.sort(window);
149 10 Aug 06 enell 918         window[0] = window[1];
149 10 Aug 06 enell 919         window[1] = Float.NaN;
149 10 Aug 06 enell 920         window[2] = Float.NaN;
149 10 Aug 06 enell 921         j = 0;
149 10 Aug 06 enell 922       }
149 10 Aug 06 enell 923     }
149 10 Aug 06 enell 924     if (j == 1)
149 10 Aug 06 enell 925     {
149 10 Aug 06 enell 926       window[0] = (window[0] + window[1]) / 2f;
149 10 Aug 06 enell 927     }
149 10 Aug 06 enell 928     return window[0];
2012 01 Aug 13 olle 929     */
2012 01 Aug 13 olle 930     return calculatePercentile(vec, 0.5f);
149 10 Aug 06 enell 931   }
149 10 Aug 06 enell 932
2012 01 Aug 13 olle 933   /**
2012 01 Aug 13 olle 934    * Calculates percentile value for list with (Float) values.
2012 01 Aug 13 olle 935    * If the percentile corresponds exactly to an integer index,
2012 01 Aug 13 olle 936    * the list value for that index is returned, otherwise a
2012 01 Aug 13 olle 937    * weighted value of the list values of the two index values
2012 01 Aug 13 olle 938    * nearest to the desired percentile.
2012 01 Aug 13 olle 939    * 
2012 01 Aug 13 olle 940    * Code adapted from Python function described in
2012 01 Aug 13 olle 941    * http://stackoverflow.com/questions/2374640/how-do-i-calculate-percentiles-with-python-numpy.
2012 01 Aug 13 olle 942    * 
2012 01 Aug 13 olle 943    * @param vec List<Float> List with (Float) values to calculate percentile for.
2012 01 Aug 13 olle 944    * @param fraction float Fraction corresponding to desired percentile, e.g. median ~ 0.5, 95% percentile ~ 0.95.
2012 01 Aug 13 olle 945    * @return float The percentile value.
2012 01 Aug 13 olle 946    */
2012 01 Aug 13 olle 947   private float calculatePercentile(List<Float> vec, float fraction)
2012 01 Aug 13 olle 948   {
2026 25 Sep 13 olle 949     if (vec == null || vec.size() == 0)
2026 25 Sep 13 olle 950     {
2026 25 Sep 13 olle 951       return 0f;
2026 25 Sep 13 olle 952     }
2012 01 Aug 13 olle 953     Float percentileValue = null;
2012 01 Aug 13 olle 954     // Get ascending sorted list
2012 01 Aug 13 olle 955     List<Float> ascSortedList = new ArrayList<Float>();
2012 01 Aug 13 olle 956     for (Float val: vec)
2012 01 Aug 13 olle 957     {
2012 01 Aug 13 olle 958       ascSortedList.add(val);
2012 01 Aug 13 olle 959     }
2012 01 Aug 13 olle 960     Collections.sort(ascSortedList);
2012 01 Aug 13 olle 961     //
2012 01 Aug 13 olle 962     int len = ascSortedList.size();
2012 01 Aug 13 olle 963     // List index values goes from 0 to (len - 1)
2012 01 Aug 13 olle 964     float indexVal = fraction*(len - 1);
2012 01 Aug 13 olle 965     float floorVal = Double.valueOf(Math.floor(indexVal)).floatValue();
2012 01 Aug 13 olle 966     float ceilVal = Double.valueOf(Math.ceil(indexVal)).floatValue();
2012 01 Aug 13 olle 967     if (floorVal == ceilVal)
2012 01 Aug 13 olle 968     {
2012 01 Aug 13 olle 969       percentileValue = ascSortedList.get((int) indexVal);
2012 01 Aug 13 olle 970     }
2012 01 Aug 13 olle 971     else
2012 01 Aug 13 olle 972     {
2012 01 Aug 13 olle 973       // Calculate percentile value as weighted value of two list values
2012 01 Aug 13 olle 974       float d0 = ascSortedList.get((int) floorVal) * (ceilVal - indexVal);
2012 01 Aug 13 olle 975       float d1 = ascSortedList.get((int) ceilVal)  * (indexVal - floorVal);
2012 01 Aug 13 olle 976       percentileValue = d0 + d1;
2012 01 Aug 13 olle 977     }
2012 01 Aug 13 olle 978     return percentileValue.floatValue();
2012 01 Aug 13 olle 979   }
2012 01 Aug 13 olle 980
149 10 Aug 06 enell 981   private float mean(List<Float> vec)
149 10 Aug 06 enell 982   {
2026 25 Sep 13 olle 983     if (vec == null || vec.size() == 0)
2026 25 Sep 13 olle 984     {
2026 25 Sep 13 olle 985       return 0f;
2026 25 Sep 13 olle 986     }
149 10 Aug 06 enell 987     float ret = 0;
149 10 Aug 06 enell 988     for (int i = 0; i < vec.size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 989     {
149 10 Aug 06 enell 990       ret += vec.get(i);
149 10 Aug 06 enell 991     }
149 10 Aug 06 enell 992     return ret / vec.size();
149 10 Aug 06 enell 993   }
149 10 Aug 06 enell 994
149 10 Aug 06 enell 995   private enum CenterOn {
149 10 Aug 06 enell 996
149 10 Aug 06 enell 997     MEDIAN(1), MEAN(2), ASSAY(3);
149 10 Aug 06 enell 998
149 10 Aug 06 enell 999     private int value;
149 10 Aug 06 enell 1000
149 10 Aug 06 enell 1001     private CenterOn(int value)
149 10 Aug 06 enell 1002     {
149 10 Aug 06 enell 1003       this.value = value;
149 10 Aug 06 enell 1004     }
149 10 Aug 06 enell 1005
149 10 Aug 06 enell 1006     private static final Map<Integer, CenterOn> valueMapping = new HashMap<Integer, CenterOn>();
149 10 Aug 06 enell 1007
149 10 Aug 06 enell 1008     static
149 10 Aug 06 enell 1009     {
149 10 Aug 06 enell 1010       for (CenterOn centeron : CenterOn.values())
149 10 Aug 06 enell 1011       {
149 10 Aug 06 enell 1012         valueMapping.put(centeron.getValue(), centeron);
149 10 Aug 06 enell 1013       }
149 10 Aug 06 enell 1014     }
149 10 Aug 06 enell 1015
149 10 Aug 06 enell 1016     public static CenterOn fromValue(int value)
149 10 Aug 06 enell 1017     {
149 10 Aug 06 enell 1018       CenterOn centeron = valueMapping.get(value);
149 10 Aug 06 enell 1019       return centeron;
149 10 Aug 06 enell 1020     }
149 10 Aug 06 enell 1021
149 10 Aug 06 enell 1022     public int getValue()
149 10 Aug 06 enell 1023     {
149 10 Aug 06 enell 1024       return value;
149 10 Aug 06 enell 1025     }
149 10 Aug 06 enell 1026   }
149 10 Aug 06 enell 1027
149 10 Aug 06 enell 1028   private enum GeneAssay {
149 10 Aug 06 enell 1029     BOTH(1), ASSAYS(2), GENES(3);
149 10 Aug 06 enell 1030
149 10 Aug 06 enell 1031     private int value;
149 10 Aug 06 enell 1032
149 10 Aug 06 enell 1033     private GeneAssay(int value)
149 10 Aug 06 enell 1034     {
149 10 Aug 06 enell 1035       this.value = value;
149 10 Aug 06 enell 1036     }
149 10 Aug 06 enell 1037
149 10 Aug 06 enell 1038     private static final Map<Integer, GeneAssay> valueMapping = new HashMap<Integer, GeneAssay>();
149 10 Aug 06 enell 1039
149 10 Aug 06 enell 1040     static
149 10 Aug 06 enell 1041     {
149 10 Aug 06 enell 1042       for (GeneAssay geneAssay : GeneAssay.values())
149 10 Aug 06 enell 1043       {
149 10 Aug 06 enell 1044         valueMapping.put(geneAssay.getValue(), geneAssay);
149 10 Aug 06 enell 1045       }
149 10 Aug 06 enell 1046     }
149 10 Aug 06 enell 1047
149 10 Aug 06 enell 1048     public static GeneAssay fromValue(int value)
149 10 Aug 06 enell 1049     {
149 10 Aug 06 enell 1050       GeneAssay geneAssay = valueMapping.get(value);
149 10 Aug 06 enell 1051       return geneAssay;
149 10 Aug 06 enell 1052     }
149 10 Aug 06 enell 1053
149 10 Aug 06 enell 1054     public int getValue()
149 10 Aug 06 enell 1055     {
149 10 Aug 06 enell 1056       return value;
149 10 Aug 06 enell 1057     }
149 10 Aug 06 enell 1058   }
149 10 Aug 06 enell 1059
2026 25 Sep 13 olle 1060   private enum CenteringGroups {
2026 25 Sep 13 olle 1061     DEFAULT(1), ASSAYGROUPSINGLE(2), ASSAYGROUPS(3);
2026 25 Sep 13 olle 1062
2026 25 Sep 13 olle 1063     private int value;
2026 25 Sep 13 olle 1064
2026 25 Sep 13 olle 1065     private CenteringGroups(int value)
2026 25 Sep 13 olle 1066     {
2026 25 Sep 13 olle 1067       this.value = value;
2026 25 Sep 13 olle 1068     }
2026 25 Sep 13 olle 1069
2026 25 Sep 13 olle 1070     private static final Map<Integer, CenteringGroups> valueMapping = new HashMap<Integer, CenteringGroups>();
2026 25 Sep 13 olle 1071
2026 25 Sep 13 olle 1072     static
2026 25 Sep 13 olle 1073     {
2026 25 Sep 13 olle 1074       for (CenteringGroups centeringGroups : CenteringGroups.values())
2026 25 Sep 13 olle 1075       {
2026 25 Sep 13 olle 1076         valueMapping.put(centeringGroups.getValue(), centeringGroups);
2026 25 Sep 13 olle 1077       }
2026 25 Sep 13 olle 1078     }
2026 25 Sep 13 olle 1079
2026 25 Sep 13 olle 1080     public static CenteringGroups fromValue(int value)
2026 25 Sep 13 olle 1081     {
2026 25 Sep 13 olle 1082       CenteringGroups centeringGroups = valueMapping.get(value);
2026 25 Sep 13 olle 1083       return centeringGroups;
2026 25 Sep 13 olle 1084     }
2026 25 Sep 13 olle 1085
2026 25 Sep 13 olle 1086     public int getValue()
2026 25 Sep 13 olle 1087     {
2026 25 Sep 13 olle 1088       return value;
2026 25 Sep 13 olle 1089     }
2026 25 Sep 13 olle 1090   }
2026 25 Sep 13 olle 1091
875 05 Dec 08 jari 1092 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:29 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)