plugins/base1/se.lu.onk.Center/trunk/src/center/Main.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
875 05 Dec 08 jari 1 /*
875 05 Dec 08 jari 2  * $Id$
875 05 Dec 08 jari 3  *
875 05 Dec 08 jari 4  * Copyright (C) 2005 Johan Enell
875 05 Dec 08 jari 5  * Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen
875 05 Dec 08 jari 6
875 05 Dec 08 jari 7  * This file is part of the se.lu.onk.Center plug-in for
875 05 Dec 08 jari 8  * BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web site
875 05 Dec 08 jari 9  * is http://base.thep.lu.se
875 05 Dec 08 jari 10
875 05 Dec 08 jari 11  * This is free software; you can redistribute it and/or modify it
875 05 Dec 08 jari 12  * under the terms of the GNU General Public License as published by
875 05 Dec 08 jari 13  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
875 05 Dec 08 jari 14  * (at your option) any later version.
875 05 Dec 08 jari 15
875 05 Dec 08 jari 16  * The software is distributed in the hope that it will be useful, but
875 05 Dec 08 jari 17  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
875 05 Dec 08 jari 18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
875 05 Dec 08 jari 19  * General Public License for more details.
875 05 Dec 08 jari 20
875 05 Dec 08 jari 21  * You should have received a copy of the GNU General Public License
875 05 Dec 08 jari 22  * along with this software. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
875 05 Dec 08 jari 23  */
875 05 Dec 08 jari 24
149 10 Aug 06 enell 25 package center;
149 10 Aug 06 enell 26
149 10 Aug 06 enell 27 import basefile.BASEFileReader;
149 10 Aug 06 enell 28 import basefile.BASEFileSection;
149 10 Aug 06 enell 29
149 10 Aug 06 enell 30 import java.io.File;
149 10 Aug 06 enell 31 import java.io.FileOutputStream;
149 10 Aug 06 enell 32 import java.io.PrintStream;
149 10 Aug 06 enell 33
149 10 Aug 06 enell 34 public class Main
149 10 Aug 06 enell 35 {
149 10 Aug 06 enell 36   public static void main(String[] args)
149 10 Aug 06 enell 37   {
149 10 Aug 06 enell 38     try
149 10 Aug 06 enell 39     {
149 10 Aug 06 enell 40       BASEFileReader bfr = null;
149 10 Aug 06 enell 41       if (args.length == 1)
149 10 Aug 06 enell 42       {
149 10 Aug 06 enell 43         bfr = new BASEFileReader(new File(args[0]));
149 10 Aug 06 enell 44       }
149 10 Aug 06 enell 45       else if (args.length == 0)
149 10 Aug 06 enell 46       {
149 10 Aug 06 enell 47         bfr = new BASEFileReader(new File("stdin.txt"));
149 10 Aug 06 enell 48       }
149 10 Aug 06 enell 49       else
149 10 Aug 06 enell 50       {
149 10 Aug 06 enell 51         System.err.println("center: invalid input given");
149 10 Aug 06 enell 52         System.exit(-1);
149 10 Aug 06 enell 53       }
149 10 Aug 06 enell 54       System.setOut(new PrintStream(new FileOutputStream("stdout.txt")));
149 10 Aug 06 enell 55       System.out.println("BASEfile");
149 10 Aug 06 enell 56
149 10 Aug 06 enell 57       Center center = new Center();
149 10 Aug 06 enell 58       BASEFileSection section = bfr.readSection(true);
149 10 Aug 06 enell 59       while (section != null)
149 10 Aug 06 enell 60       {
149 10 Aug 06 enell 61         if (section.isType("center settings"))
149 10 Aug 06 enell 62         {
149 10 Aug 06 enell 63           center.extractSettings(section);
149 10 Aug 06 enell 64         }
149 10 Aug 06 enell 65         else if (section.isType("assays"))
149 10 Aug 06 enell 66         {
149 10 Aug 06 enell 67           center.extractAssays(section, bfr);
149 10 Aug 06 enell 68         }
149 10 Aug 06 enell 69         else if (section.isType("spots"))
149 10 Aug 06 enell 70         {
149 10 Aug 06 enell 71           center.extractSpots(section, bfr);
149 10 Aug 06 enell 72         }
149 10 Aug 06 enell 73         section = bfr.readSection();
149 10 Aug 06 enell 74       }
149 10 Aug 06 enell 75       center.center();
149 10 Aug 06 enell 76
149 10 Aug 06 enell 77     }
149 10 Aug 06 enell 78     catch (OutOfMemoryError oome)
149 10 Aug 06 enell 79     {
149 10 Aug 06 enell 80       System.err.println("No more memory in the java virtual machine. Try to start the application with 'java -Xmx256m Center' or 'java -Xmx512m Center'. If you need even more memory, duplicate the digit");
149 10 Aug 06 enell 81       System.exit(-1);
149 10 Aug 06 enell 82     }
149 10 Aug 06 enell 83     catch (Exception e)
149 10 Aug 06 enell 84     {
149 10 Aug 06 enell 85       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 86       System.exit(-1);
149 10 Aug 06 enell 87     }
149 10 Aug 06 enell 88   }
149 10 Aug 06 enell 89 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:29 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)